2004년 5월부터 2005년 8월까지 미호천에서 어류상과 어류군집을 조사한 결과는 다음과 같다. 채집된 어류는 총 10과 41종이었으며 이중 한반도 고유종 종은 12종 (29.3%) 이었다. 국외에서 도입된 외래어종은 Carassius cuvieri, Lepomis macrochirus, Micropterus salmoides 3종이었고 개체수 비교풍부도는 0.3% 이었다. 미호천 수계 어류상에서 우점종은 Zacco platypus로서 54.7%의 높은 우점율을 나타내었으며 모든 조사 지점 에서도 우점하였다. 1982년에 비해 종다양도 지수, 균등도 지수, 종풍부도는 낮았고 우점도 지수는 높았으며 Lampetra reissneri, Anguilla japonica, Acheilognathus macropterus, Coreoleuciscus splendidus, Pseudopungtungia nigra, Gobiobotia naktongensis, Lefua costata, Pseudobagrus koreanus, Monopterus albus, Iksookimia choii 등은 본 조사에서 출현하지 않았고 Carassius auratus, Rhodeus uyekii, Rhodeus notatus, Acheilognathus lanceolatus, Pseudogobio esocinus, Hemibarbus longirostris, Microphysogobio yaluensis, Cobitis lutheri, Iksookimia koreensis, Pseudobagrus fulvidraco, Rhinogobius brunneus 등은 급격한 감소 추세를 나타내었다. 증가 추세에 있는 대표적인 종은 Z. platypus, Pseudorasbora parva, Squalidus gracilis majimae 등이었다.