한 유전좌위 또는 소수의 유전좌위에 기반한 계통발생학적 재구성은 분자 계통수/종 계통수의 불일치로 인해 오해를 불러일으킬 수 있다. 종의 구분과 종내 연구에서도 적은 유전좌위를 사용할 때 통계력 부족으로 해상도가 낮은 경우가 많이 발생한다. 엑손 포획법은 게놈 규모의 데이터를 수집하는 가장 효율적인 방법 중 하나로, 종내 및 상위 수준에서 생물의 패턴과 역사를 구명하는 연구에 크게 이바지할 수 있다. 이 논문에서는 단일 유전자 방법에서 게놈 접근으로의 전환의 진보와 게놈 기술에 비해 엑손 포획법의 적용 이점을 설명하였다. 또한 엑손 포획법의 원리를 설명하고 이 방법의 적용을 위한 상세한 제언을 기술하였다. 최종적으로, 두 가지 적용을 활용한 엑손 포획법을 설명하고 이 기술에 대한 미래 전망을 논의하였다.

양태과는 경제적으로 중요한 저서성 바닷물고기로써 인도태평양과 지중해의 열대 또는 온대지역의 하구역에 서식한다. 이번 연구에서 우리는 차세대염기서열분석법을 이용하여 flathead의 일종인 Platycephalus cultellatus Richardson, 1846의 전장 미토콘드리아 유전체를 최초로 분석하였다. 그 총 길이는 16,641 bp이었고, 단백질암호화 유전자 13개, 리보솜 RNA 유전자 2개, 전량 RNA 유전자 22개로 구성되었다. 그 유전자의 구성과 배열은 전형적인 척추동물과 같았다. 단백질암호화 유전자 13개를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 P. cultellatus는 같은 과에 속하는 종들과 단계통군을 형성하였고, P. indicus를 비롯하여 Platycephalus sp.로 등록된 표본들과 함께 분기하였다. 또한 DNA 바코딩 분자마커로 널리 사용되는 cox1 유전자를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 우리의 표본은 같은 종에 속하는 표본들과 단계통군을 형성하여 그 분류학적 위치가 명확하게 밝혀졌다. 이번 연구에서 새롭게 분석된 P. cultellatus의 미토콘드리아 유전체는 이후 flatheads의 분류와 분자계통을 위한 중요한 기초정보로 활용될 것이다.

좀볼락 (Sebastes minor), 세줄볼락 (Sebastes trivittatus), 황볼락 (Sebastes owstoni) 및 노랑볼락 (Sebastes steindachneri)은 한국 동해 중부 이북해역에 서식하는 동해안 특산 어종이다. 이들 동해안 특산 볼락류의 분자진화를 이해하기 위하여 좀볼락과 세줄볼락의 미토콘드리아 유전체 (미토게놈)를 해독하였고, 한반도 주변 해역에 출현하는 16종 볼락의 미토게놈과 비교하였다. 좀볼락 및 세줄볼락의 미토게놈 전체 크기는 각각 16,408 bp 및 16,409 bp이었으며, 37개의 유전자 (13개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 리보솜 RNA 유전자 및 22개의 tRNA 유전자)와 1개의 비암호화 영역으로 이루어져 있었다. 동해안 특산 볼락에 속하는 좀볼락, 세줄볼락, 황볼락 및 노랑볼락의 미토게놈을 분석한 결과, 유전체 구조, 뉴클레오티드 구성, 유전자 배열 등에서 매우 유사한 특징을 가지고 있었다. 또한 비암호화 영역인 조절영역에 잘 보존된 "ATGTA" 모티프(motif) 2개가 존재하는 것이 확인되었고, 특정 염기서열의 반복(tandem repeats)은 발견되지 않았다. 이들 동해안 특산 볼락류 4종의 미토게놈 염기서열 간에 차이는 단백질 코딩 유전자 영역보다 조절영역에서 더 큰 것으로 나타났다. 한반도 주변 해역에 출현하는 볼락속 어류의 미토게놈 정보를 이용하여 분자계통학적 유연관계를 분석한 결과, 16종의 볼락을 4개의 클러스터(cluster)로 그룹화할 수 있었고, 이 중에서 동해안 특산 볼락류 4종은 3개의 클러스터에 속해 있었다. 황볼락(S. owstoni)은 흰꼬리볼락(S. longispinis), 우럭볼락(S. hubbsi), 개볼락(S. pachycephalus), 황점볼락(S. oblongus), 황해볼락 (S. koreanus), 조피볼락 (S. schlegelii) 및 탁자볼락(S. taczanowskii)과 동일한 클러스터에 속하고, 세줄볼락 (S. trivittatus)은 누루시볼락 (S. vulpes)과 동일한 유전적 분기군으로 나타났다. 동해안 특산 볼락류 4종 중에서 좀볼락(S. minor)과 노랑볼락(S. steindachneri)은 동일한 클러스터로 분류되어 유연관계가 가장 높은 것으로 나타났다. 본 연구의 결과는 한국 동해 중부해역에 서식하는 볼락류의 진화양상을 이해하거나, Sebastidae 어류의 유전적 진화연구에 유용한 정보로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

한국산 뱀장어목 Ophichthidae과 어류 7속 14종의 동종이명, 분포, 출현기록, 종 검색표 등을 정리한 종 목록표를 제시하였다. 또한, Ophichthidae과 어류의 국명이 파충류의 Hydridae과와 유사하여 Ophichthidae과 어류의 국명을 "바다뱀과 어류"에서 "바다뱀장어과 어류"로 개칭하고, 이 과에 속하는 종들의 국명 변경도 함께 제안한다.

본 연구는 난과 자치어의 형태 및 생활사가 밝혀지지 않은 Squalidus japonicus coreanus의 초기생활사에 대하여 연구하였다. S. japonicus coreanus의 친어는 충청남도 공주시의 지천에서 확보하였다. 성숙한 암컷 친어에 HCG (human chorionic gonadotropin)를 10 IU/g의 농도로 주사하여 성숙란을 얻었으며, 습식법으로 인공 수정하였다. 수정란은 불투명한 흰색 원형의 침성점착란으로 난경은 1.12±0.03 mm (1.10~1.16 mm, n=30)였다. 수정란은 수온 23±1℃에서 수정 49시간 후 부화가 완료되었으며, 난황자어의 전장은 3.7±0.1 mm (3.4~3.8 mm, n=16)로 흑색소포가 관찰되지 않았다. 부화 5일 후 자어의 전장은 5.3±0.2 mm (5.0~5.5 mm, n=16)로 난황의 흡수가 완료되고 윤충류 섭식을 시작하여 전기자어기로 이행하였다. 부화 19일째의 자어의 전장 6.0±0.3 mm (5.4~6.5 mm, n=16)로 척삭말단이 굴곡이 시작되고 꼬리지느러미의 기조가 형성되어 중기자어기로 이행하였다. 부화 29일 후 자어의 전장은 9.6±0.5 mm (8.3~10.5 mm, n=16)로 척색말단의 굴곡이 완료되어 후기자어기로 이행하였다. 부화 44일 후 전장 15.5±1.0 mm (13.5~17.0 mm, n=16)로 모든 지느러미의 기조가 정수에 도달하여 치어기로 이행하였다.

섬진강에서 채집한 황어 Tribolodon hakonensis의 난 발생과 초기생활사를 연구하였다. 건식법으로 수정한 수정란은 평균 2.89 mm (2.79~2.96)이고, 난황이 황색이며, 약한 점착성을 가지는 구형의 침성란이었다. 부화 50%를 기준으로 수온 20℃에서 63시간에 부화가 완성되었으며, 자어의 크기는 6.92 mm (6.09~7.60)이었다. 부화 8일 후 전장 13.75±0.67 mm (n=10)로 성장하고, 난황이 완전히 흡수되고 입과 항문이 열린 후기 자어기에 도달하였다. 부화 40일 후에는 전장 26.99±1.82 mm (n=10)로 성장하였고, 모든 지느러미는 분리되고, 기조수가 완성되어 치어기에 도달하였다. 부화 137일 후에는 72.63±10.7 mm (n=10)로 성장하였으며, 체형, 색 그리고 행동이 성어와 유사하였다. 황어속 어류들의 종 및 집단 간 알의 크기, 부화 직후 자어의 크기가 초기성장에 많은 영향을 주었고, 수온에 따른 수정란의 부화 시간과 자어의 성장속도에 차이가 나타났다.

한국 서해에 출현하는 용가자미 (Cleisthenes pinetorum)의 섭식습성에 대한 연구를 위해 2019년 1월부터 12월까지 자망어선에서 어획된 360개체(전장 21.7~48.1 cm) 위내용물을 분석하였다. 용가자미의 주 먹이생물은 거미불가사리류와 어류로 나타났고, 이외에도 새우류, 난바다곤쟁이류, 단각류, 게류 등을 소량 섭식하였다. 이러한 연구의 결과는 고리연안에서 보고된 용가자미의 섭이 습성 결과와 차이를 보였다(Huh and Baeck, 2003). 용가자미가 성장함에 따라 거미불가사리류의 비율이 감소하고 어류의 비율이 증가하였고, 용가자미 전장이 증가하면서 개체수와 습중량은 증가하는 경향을 보였다.

북천에 서식하는 종개 Barbatula toni의 서식지 특징 및 섭식생태를 밝히기 위해 2013년 1월부터 12월까지 강원도 고성군 간성읍의 북천에서 조사를 실시하였다. 종개는 최상류부터 최하류까지의 여울 또는 느린 여울의 돌과 자갈 바닥에 서식하였는데, 채집개체수는 중·하류부가 가장 많았다. 연령별로 서식지 선호도를 분석한 결과 당년생(0+)과 1년생(1+)~3년생이상(≥3+)은 구별되었는데, 당년생은 유속이 빠르고(37.6±26.79 cm/sec) 수심이 낮으며(13.3±9.47 cm) 자갈 바닥(하상크기 9.5±6.66 cm)에 주로 서식하였지만, 1년생~3년생 이상은 유속이 비교적 느리고(13.3±17.33 cm/sec) 수심은 비교적 깊으며(25.9±10.31 cm) 작은돌과 큰돌 바닥(하상크기 18.0±7.63 cm)에 주로 서식하여 차이를 보였다. 종개는 주로 5℃ 이상 되는 3월부터 12월까지 섭식을 하였고, 평균섭식량은 6월과 10월에 정점을 보였다. 소화관 내용물을 상대중요성지수(IRI)로 분석한 결과, 파리목(Diptera, 57.0%), 하루살이목(Ephemeroptera, 29.3%), 날도래목(Trichoptera, 13.5%) 등의 순으로 높게 나타났다. 당년생 치어는 크기가 작은 파리목과 날도래목을 주로 섭식하였으나 성장하면서 크기가 큰 하루살이목을 주로 섭식하여 먹이전환을 보였다. 이러한 종개의 먹이습성 및 성장에 따른 먹이변화는 자매종 대륙종개 B. nuda와 매우 유사하였다.

아산호와 충주호에서 2021년 6~9월 사이에 삼각망에서 채집된 어류의 종 조성과 강준치(Erythroculter erythropterus) 개체군의 전장 - 체중 상관관계를 조사하였다. 조사기간 동안 아산호에서는 6과 13종 4,977개체, 충주호에서는 8과 18종 2,436개체가 채집되었다. 아산호의 우점종은 생체량 및 개체수에서 모두 강준치로 각각 498,424 g (84.5%), 4,470 (89.8%)이었으며, 충주호의 우점종 또한 강준치로, 생체량 301,818 g (77.5%), 개체수 1,327 (54.5%)이었다. 우점종인 강준치의 전장분포도 분석을 통해 연령구조를 추정하였으며, 아산호에서는 만 1~2년생의 출현비율이 높아 개체군의 성장 가능성이 크고, 충주호에서는 만 2년생 이상의 고 연령군의 출현이 대부분을 차지하여 비교적 개체군의 성장이 억제될 것으로 사료된다. 강준치 개체군의 전장-체중 상관관계를 분석한 결과, 아산호와 충주호에서의 b 값은 각각 3.06, 3.04, 비만도(K) 기울기 값은 각각 0.000128, 0.000051로 모두 양의 생육상태를 보였다. 조사시기별 비만도 기울기 값은, 6월이 가장 높았고 산란으로 인해 7월에는 낮아졌으며 9월까지도 영양 상태를 회복되지 못하고 음의 기울기가 나타났다.

본 연구에서는 2020년 4월부터 2020년 10월까지 섬진강의 오수천으로 유입되는 율천의 주요 지점 9곳을 3회에 걸쳐 조사하여 어류상 및 군집구조를 분석하였다. 그 결과 율천 일대에서 5과 19종의 어류가 확인되었다. 한국 고유종은 7종(Rhodeus uyekii, Squalidus gracilis majimae, Microphysogobio yaluensis, Odontobutis interrupta, Cobitis tetralineata, Zacco koreanus, Squalidus chankaensis tsuchigae)이 조사되었다. 어류의 과별 종 구성을 살펴보면, 잉어과가 15종으로 가장 많았고, 나머지 어종은 망둑어과, 동사리과, 미꾸리과, 버들붕어과에서 각각 1종씩 나타났다. 우점종은 Z. platypus였으며, 아우점종은 Z. temminckii로 확인되었다. 군집지수는 우점도 0.499, 다양도 2.279, 균등도 0.774 및 종 풍부도 2.594로 나타났다. 지점 3에서 14종으로 전체 지점 중 가장 많은 종 수를 보였으며 본 지점은 우점도(0.480)가 낮고 다양도(2.173)와 종 풍부도(2.701)는 가장 높았다. 군집분석 결과, 하천의 구조에 따라 군집이 일치하는 경향을 보였으나 비교적 적은 수의 개체수를 확인한 St. 9은 상류구간과 유사한 결과로 확인되었다. St. 5는 많은 종 수와 개체수에 의해 별도의 cluster를 형성하고 있었다.