금강 지류인 충북 진천군 백곡천의 어류군집 및 멸종위기종 미호종개의 서식양상을 밝히기 위하여 2012년 조사를 실시하였다. 상류 (St. 1~3)는 하천형이 계곡형인 Aa 또는 Aa-Bb형이고 하상은 주로 큰돌과 돌로 이루어져 있었으며 10~14종의 어류가 서식하고 있었고, 중류 (St. 4~5)는 중류형인 Bb형 또는 Bb-Bc형으로 하상은 돌과 큰돌, 자갈로 이루어져 있었으며 15~21종의 어류가 서식하고 있었다. St. 6은 백곡저수지로 하상은 대부분 펄이었고 9종이 서식하고 있었으며, St. 7은 백곡저수지 유출지점으로 하천형이 Aa-Bb형이고 하상은 주로 큰돌과 돌로 이루어져 있었으며 7종이 채집되었다. 하류(St. 8~9)는 중류형인 Bb형으로 하상은 주로 돌과 모래로 이루어져 있었으며 20~23종의 어류가 서식하고 있었다. 백곡천에 출현한 종수는 모두 10과 35종이었으며, 우점종은 피라미(34.7%)였고, 아우점종은 돌고기(9.4%)와 돌마자(9.0%)였으며, 그 다음으로 민물검정망둑(8.2%), 모래무지(5.9%), 붕어(4.6%), 참몰개(3.7%), 밀어(3.0%) 순으로 우세하게 출현하였다. 출현종 중 고유종은 10종 (28.6%)이었으며, 외래어종은 떡붕어와 배스 2종이었다. 천연기념물이며 멸종위기종인 미호종개는 St. 5의 유속이 느리고 수심 0.3~1.0 m이며 하상이 모래인 곳에 주로 서식하고 있었다. 이들의 생태적 특징을 조사한 결과 서식개체수는 $7,838{\pm}6,290$개체가, 연령은 당년생 전장 38~45 mm, 1년생 46~60 mm, 2년생 61~80 mm, 3년생 이상은 81~93 mm로 추정되었고, 비만도지수 (${\times}10^5$)는 암컷 0.36~0.39, 수컷 0.35~0.38이었으며, 기생충의 일종인 이생충(digenea)이 13.5%가 감염되어 있었다. 그 밖에 백곡천 미호종개의 건강성과 위협요인, 보전에 대해 논의하였다.