대기업과 중소기업의 갈등이 심화되고 있고 낙수효과 또한 제대로 작동하지 않고 있으며 사업조정제도의 실효성에 대한 논란이 이어지고 있는 가운데 중소기업의 사업영역을 보호하고 중소 대기업간 양극화를 해소하며 더불어 골목상권도 보호하기 위한 방안으로 도입된 것이 중소기업 적합업종 지정제도이다. 중소기업 적합업종의 추진현황은 제조업분야로 중소기업 적합업종 품목 중 234개 품목을 신청 접수 받아 실태조사 및 분석하여 조정협의체의 품목을 선정하였다. 서비스업분야에서의 적합업종 지정은 사회적 갈등이 있는 업종부터 지정할 계획인데, 중소기업 및 소상공인의 생업과 관련된 3개 대분류 서비스업종을 대상으로 우선 지정하고 추후 순차적으로 확대할 예정이다. 하지만 중소기업 적합업종 품목으로 선정될 경우에는 중소기업의 성장 동기가 저해될 우려가 있으며, 중소기업 적합업종 품목 지정은 소비자 후생 감소가 나타날 수 있다. 또한 사전적 규제로 작용할 소지가 높을 뿐만 아니라 경쟁을 제도적으로 제한함으로써 부작용이 나타날 우려가 있으며 FTA 체제의 주요 규정에 대한 위배 가능성도 있다. 뿐만아니라 대기업에 대한 역차별 요인이 충분히 반영되지 않고 있다는 점도 문제점으로 지적된다. 특히 중소기업 적합업종제도가 대기업의 주력분야와 관계없는 서비스업에 대한 진출 확대로 인해 중소기업 및 소상공인과의 갈등을 초래하고 있는 실정이므로 중소기업이나 중소상인의 보호를 위해서는 프랜차이즈시스템을 통해서 지역 중소기업을 발전시키고 마스터 프랜차이즈나 지역 프랜차이즈 시스템과 같은 선진 계약 방식을 도입하는 것이 필요하다. 하지만 이러한 방식은 기업들의 경쟁력과 운영방식을 한층 더 진일보 시켜 중소 프랜차이즈기업의 경쟁력 강화에 기여하는 효과도 있지만 부정적 측면이 더 많다고 볼 수 있다. 첫째, 지식경제부가 밝히고 있듯이, 프랜차이즈산업은 자영업자의 창업 성공률을 높여주고, 기존 자영업자를 조직화하여 규모의 경제를 통한 경쟁력 강화에 기여할 뿐만 아니라 다양한 서비스를 소비자에게 제공함으로써 내수시장을 확대하고, 일자리 창출에 기여하는 등 자영업자 경쟁력 제고와 서비스 산업 활성화를 위한 '유용한 수단'임을 강조하고 정부 서민안정 대책으로 밝힌바 있다. 이러한 관점에서 본다면, 프랜차이즈는 적합업종 제도의 취지에 부합하는 것이며 이에 반하는 것이 아님을 알 수 있다. 둘째, 적합업종으로 지정될 경우 국제적 경쟁력을 갖고 있는 국내 프랜차이즈 대기업들의 위축과 사기저하로 인하여 해외진출과 R&D, 식품안전에 대한 투자 감소와 더불어 국내 진출한 해외 기업들의 사업 확장에 부정적 영향을 끼칠 수 있다. 또한 국내 진출한 다국적 해외 프랜차이즈기업들과의 경쟁력을 확보하는 것이 무엇보다도 시급한 국내 프랜차이즈산업 현실에서 국제적 경쟁력 확보의 어려움뿐만 아니라 국내에 진출한 해외 프랜차이즈기업들과의 역차별이 발생할 수도 있다. 셋째, 중소기업 적합업종 품목 지정은 지금까지 제품을 사용해 왔던 소비자들의 선택의 기회를 제한함과 동시에 소비자의 후생을 감소시키는 부정적인 효과를 초래한다. 또한 중소기업 간의 역차별 문제를 발생시켜 소수 중소기업이 시장을 독점함으로써 소비자 선택의 폭이 줄어들 가능성이 있으므로 제품의 효용을 판단하는 역할은 국가가 아닌 소비자의 몫으로 남겨두어야 한다. 마지막으로는 프랜차이즈와 관련하여 이미 가맹사업법과 그리고 공정거래위원회의 모범거래기준 등의 시행으로 공정거래는 확보하고 있으므로 앞으로도 부족한 부분은 이들을 보완하여 진행하는 것이 바람직하다고 본다. 중소기업 적합업종 지정으로 이중삼중으로 규제하는 것은 오히려 프랜차이즈 분야에 과도한 제한이 될 것이다. 이제 국내 프랜차이즈산업에서도 한국의 문화를 전파하는 세계적 프랜차이즈기업이 성장할 수 있는 환경조성과 정부의 적극적인 지원이 필요하다. 따라서 프랜차이즈 기업의 성장 과정이나 배경을 고려하지 않고 현재 대기업이라는 이유만으로 이들에게 불이익을 주는 일은 없어야 한다. 프랜차이즈기업의 성장억제로 인하여 결국 가맹점의 매출감소는 물론이고 심지어는 폐업하는 가맹점의 숫자를 증가시키는 또 다른 문제를 발생시킬 수 있다는 것이다. 따라서 중소기업 적합업종제도가 대기업의 발목을 잡는 것이 아니라 소상공인과 중소기업의 경쟁력 제고와 동반성장을 목표로 하고 있는 만큼 대기업과 소상공인 및 중소기업이 상생과 협력을 바탕으로 거래관계를 지속하는 프랜차이즈 기업들이 포함되지 않도록 하는 것이 타당할 것이다.