• 제목/요약/키워드: 계통발생 및 염기서열분석

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2016-2017년 국내 핵과류에서의 자두곰보병 발생 및 방제 (Occurrence and eradication of Plum pox virus on Ornamentals in Korea, 2016-2017)

  • 김미경;김기수;곽해련;김정은;서장균;홍성준;이경재;김주희;최민경;김병련;김지광;한인영;이현주;원헌섭;강효중;한종우;고숙주;김효정;김승한;이중환;최홍수
    • 식물병연구
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    • 제25권1호
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    • pp.8-15
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    • 2019
  • 전 세계적으로 자두곰보바이러스는 핵과류에 발생하는 중요한 바이러스이다. 2015년 국내 복숭아에서 자두곰보바이러스 감염이 확인된 이후 국내 핵과류 과원에 대한 자두곰보바이러스 발생 조사가 시작되었다. 2016-2017년 국내 핵과류 1,985과원의 30,333주 나무에서 시료를 채집하여 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 검정 결과, 10과원의 21주 나무에서 자두곰보바이러스가 확인되었고, 박멸조치에 따라 감염 주에 대한 폐기 등 방제가 실시되었다. 2016년 자두곰보바이러스에 감염된 복숭아 나무 7주의 total RNA에서 PCR 산물 약 547 bp을 얻은 후 direct sequencing 하여 염기서열을 결정하였다. BLAST 검색 결과 Genbank에 등록된 자두곰보바이러스 D 계통 분리 주들(LC331298, LT600782)과 99% 높은 염기서열 상동성을 보였으며, 국내 복숭아 나무 7개 분리 주 간에 98-100% 염기서열 상동성을 보였다. Phylogenetic tree 분석 결과 한국, 일본, 미국, 캐나다에서 보고된 D 계통과 높은 유연관계를 가지는 것을 확인 할 수 있었다. 이 보고는 2016-2017년 국내 핵과류 과원의 자두곰보바이러스 발생 현황에 대한 첫 보고이며, 이를 바탕으로 발생 주 제거 등 국내 금지급 자두곰보병의 예방 및 방제 대책 수립을 위한 기초자료로 활용하고자 하였다.

Molecular epidemiological analysis of viscerotropic velogenic Newcastle disease viruses

  • Lee, Youn-Jeong
    • 한국가금학회:학술대회논문집
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    • 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
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    • pp.44-52
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    • 2005
  • 내장친화성 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 분자역학적 분석 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 유전자 염기서열과 아미노산 염기서열을 분석한 후 미국, 유럽, 일본, 대만과 중국 등지에서 보고된 뉴캣슬병 바이러스의 유전자와 비교분석을 실시하였다. 1949, 1982-1984, 1988-1997, 1995-2002년도에 분리된 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주 들은 각각 유전자형 III, V, VI, VII형에 속하는 것으로 나타났다. 이와 같은 결과는 다섯번의 한국 뉴캣슬병 유행기에 분리된 바이러스의 유전자형이 시대순으로 차례대로 III, V, VI, VII형으로 교체되어 왔음을 의미한다. 계통발생학적 분석 결과, 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주중 V유전자형에 속하는 바이러스는 1970년대의 유럽 유행주와 관련성이 있는 반면, 1988년 이후 분리된 VI과 VII 유전자형의 바이러스는 일본, 대만, 중국과 같은 극동아시아의 뉴캣슬병 발생과 관련성이 높은 것으로 나타났다. 따라서 최근에는 극동아시아 유래의 VI과 VII유전자형이 한국분리주의 주류를 이루고 있으며, 이는 극동아시아 국가들간의 축산물과 사람의 교역 및 교류의 증가 때문인 것으로 보인다.

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Puccinia sp.에 의한 이팝나무 잎녹병 발생 및 중간기주 보고 (First Report of Rust Disease on Fringe Tree by Puccinia sp. and Its Alternative Host)

  • 유난희;박애란;윤혁준;손연경;이병희;김진철
    • 식물병연구
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    • 제26권3호
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    • pp.179-182
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    • 2020
  • 2018년 7월 전라남도 강진군의 가로수 전체 이팝나무에 심각한 녹병증상이 발견되어 잎을 채집하였다. 채집한 이팝나무 잎 앞면에서 황색 및 갈색의 병반과 잎 뒷면에서 황색의 녹포자기가 관찰되었고, 현미경아래에서 41.2 ㎛ 크기의 구형 녹포자와 28.84 ㎛ 크기의 구형 하포자가 확인되었다. 이팝나무 녹병균의 부분 small subunit rRNA, internal transcribed spacer (ITS) 1, 5.8S rRNA, ITS2, 부분 large subunit rRNA 염기서열을 이용하여 계통학적 유연관계를 분석한 결과, 대나무 녹병균으로 보고 되어져 있는 Puccinia kusanoi와 가까운 근연관계를 가지고 있었다. 또한 2019년 5월 무위사로 이팝나무 주변에 식재된 대나무에서도 녹병 병징이 관찰되었고, 잎 뒷면에서 동포자퇴와 동포자를 확인하였으며, 대나무에서 채집한 동포자의 염기서열 분석 결과, 이팝나무 녹병균과 100% 일치하였다. 본 논문은 대나무 녹병균으로 알려진 P. kusanoi와 근연관계가 가까운 새로운 종 Puccinia sp. JCK-KCFR1 strain (MT729824)가 국내에서 이팝나무와 대나무를 기주교대하며 녹병을 발생시키는 것을 처음으로 보고한다.

상이한 지역별 노지 고추재배지의 총채벌레 연중 발생 및 토마토반점위조바이러스 발병 (Thrips and TSWV Occurrence in Geographically Different Open Fields Cultivating Hot Peppers)

  • 엡디사에티차;권지윤;진가현;김용균
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제63권1호
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    • pp.43-51
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    • 2024
  • 노지에서 재배되는 고추(Capsicum annuum)에 총채벌레가 발생하여 심각한 경제적 피해를 주고 있다. 본 연구는 고추 주산지인 안동을 중심으로 상이한 세 지역의 재배지에서 고추 정식에서 수확 시기까지 총채벌레의 연중 발생을 보고한다. 총채벌레의 최대 발생기는 6월과 9월을 중심으로 나타났다. 이 가운데 두 주요 총채벌레는 꽃노랑총채벌레(Frankliniella occidentalis)와 대만총채벌레(F. intonsa)였으며, 전체 총채벌레 발생의 87% 이상을 차지하였다. 기타 총채벌레는 이상의 두 우점종의 발생 패턴과는 상이하였다. 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus: TSWV)가 이들 우점종 개체들에서 검출되었으며, 바이러스 보독율은 대만총체벌레에서 높았다. 이들 지역에서 재배되는 고추가 TSWV에 내병성 품종들이지만, 일부 고추 개체들에서는 이 바이러스 감염에 따른 전형적인 병징을 보였다. 이에 보독충에서 TSWV를 분리하여 이 바이러스 S RNA 게놈에 존재하는 비구조단백질 일종을 암호화하는 NSs 유전자의 염기서열을 분석하였다. 기존에 알려진 저항성붕괴(resistance breaking: RB) 계통의 서열에 비해 안동에서 발생한 보독충에서 분리된 TSWV의 서열과는 상이하여, 이 지역에서는 RB 돌연변이체가 존재하지 않는 것으로 판명되었다.

Corynespora cassiicola에 의한 로즈마리 점무늬병 (Occurrence of Target Spot on Rosemary Caused by Corynespora cassiicola in Korea)

  • 이왕휴;한상준;최인영
    • 식물병연구
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    • 제19권1호
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    • pp.55-59
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    • 2013
  • 이 연구는 국내에 보고되지 않은 로즈마리 점무늬병이 남원과 전주의 재배 온실에서 발생하여 구명하고자 실험하였다. 이 병은 주로 고온 다습한 시기인 장마끝 무렵에 발생이 많았다. 로즈마리의 잎과 줄기에 검은점무늬(직경 3-5 mm) 및 시들음 증상이 나타났다. 병든 조직을 습실 처리하면 분생자경과 분생포자가 형성되었다. 로즈마리 점무늬병균의 분생포자는 체인상의 가늘고 긴 원통형으로, 길이는 $55-275{\times}7-14{\mu}m$이었다. 분생포자는 분생자경 위에 형성되었고, 분생포자의 위격벽의 수는 8-10개이었다. 또한 생장적온은 감자한천 배지와 암흑조건에서 $30^{\circ}C$이었다. 포트 식물에 병원성 검정결과 분리한 병원균은 접종 3일 후에 잎과 줄기에서 자연 병징과 같은 점무늬 및 시들음 증상이 재현되었고, 병든 부위에서 동일한 균이 재 분리되었다. 따라서 병원성이 있음이 확인되었다. rDNA ITS 영역의 염기서열 분석결과 로즈마리에 점무늬병을 일으키는 병원균은 Corynespora cassiicola로 GenBank accession number JQ595296, JQ595297, FJ852715, AY238606와 염기서열이 100% 일치하였고, C. cassiicola와 같은 계통군에 속하였다. 따라서, 로즈마리 잎 및 가지 점무늬병균은 C. cassiicola로 보고하고자 한다.

Sclerotium rolfsii에 의한 곰취 흰비단병 (Stem Rot on Ligularia fischeri Caused by Sclerotium rolfsii in Korea)

  • 문윤기;김세원;최준근;권순배;심홍식;주호종;최인영
    • 식물병연구
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    • 제21권1호
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    • pp.36-39
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    • 2015
  • 2012년과 2013년 6월 하순 강원도 횡성과 평창의 곰취(Ligularia fischeri) 재배포장에서 포기가 서서히 시들어 말라 죽는 이상 증상이 발생하였다. 발병정도는 30-80%로 병든 식물체를 조사한 결과, 줄기가 수침상으로 물러지고 썩으면서 흰색의 곰팡이와 갈색의 작고 둥근 균핵이 관찰되었다. 병원균을 순수 분리하여 병원균의 균학적 특징을 조사한 결과, 감자한천배지에서 균총은 흰색으로 잘 자라며 갈색의 작고 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1-3 mm이며, 균사의 폭은 $4-10{\mu}m$였다. 균사생육과 균핵 형성 적온은 $25-30^{\circ}C$이었으며, 균사특유의 clamp connection이 관찰되었다. 또한, 병원균의 염기서열 분석결과 695 bp로 Sclerotium rolfsii와 같은 계통군으로 확인되었으며, 99% 이상의 상동성을 보였다. 이와 같이 곰취에 발생한 병징, 병원균의 균학적 특징 및 염기서열 분석 등을 종합한 결과 S. rolfsii Saccardo로 동정되어 곰취 흰비단병으로 명명하고자 한다.

우리나라 미꾸리속(genus Misgurnus) 알비노 개체의 미토콘드리아 및 핵 유전자 염기서열 분석에 의한 유전적 동정 (Genetic Species Identification by Sequencing Analysis of Nuclear and Mitochondrial Genes for Albino Misgurnus Species from Korea)

  • 송하윤;문신주;김근식;방인철
    • 한국어류학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.139-145
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    • 2017
  • 최근 우리나라에서 자연발생적인 미꾸리속 알비노 개체들이 낮은 빈도로 출현하고 있으나, 색소 결핍으로 인해 형태적종 동정이 어렵다. 따라서 본 연구에서는 핵 유전자인 recombination activating gene 1 (rag1) 영역 및 미토콘드리아 유전자 cytochrome b (cytb) 영역을 이용한 분자계통학적 분석을 이용해 미꾸리속 알비노 개체의 분자동정을 수행하였다. 그 결과 rag1과 cytb의 분자계통도에서 미꾸라지, 미꾸리, 그리고 M. mohoity로 3개의 clade가 확인되었다. 확보된 M. mohoity의 염기서열을 유전자은행의 BLAST를 이용해 유사성을 검색한 결과 M. mohoity와 가장 유사하였다. 분자계통도를 기준으로 25마리의 알비노 미꾸리속 개체의 종 동정을 수행한 결과 빨간 눈 타입은 미꾸리 16마리, 미꾸라지 1마리로 판별되었고, 나머지 3개체는 미꾸라지♀${\times}$미꾸리♂ 잡종 1마리와 M. mohoity ♀${\times}$미꾸리♂ 잡종이 2마리 판별되었다. 또한 검은 눈타입 5마리는 미꾸리 1마리와 미꾸라지 3마리 및 M. mohoity 1마리로 판별되었다. 따라서 본 연구에 이용한 분자마커를 활용함으로써 미꾸리속 어류의 정확한 종 또는 잡종을 동정하기 위한 유용한 방법으로 이용될 수 있을 것이다.

미꾸라지(Misgurnus mizolepis) Apolipoprotein A-I cDNA의 구조, 분자계통 및 발현 특징 분석 (Characterization of Mud Loach (Misgurnus mizolepis) Apolipoprotein A-I: cDNA Cloning, Molecular Phylogeny and Expression Analysis)

  • 이윤호;노재구;김근용;조영선;남윤권;김동수
    • 한국양식학회지
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    • 제20권1호
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    • pp.65-72
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    • 2007
  • 우리나라 주요 담수어종인 미꾸라지(Misgurnus mizolepis)로 부터 apolipoprotein A-I (apoA-I) cDNA를 분리하고 그 구조, 분자 계통 및 발현 특징을 분석하였다. 미꾸라지 apoA-I cDNA는 254개의 아미노산을 암호화하고 있는 762 bp의 ORF를 포함하고 있었으며 아울러 24 bp의 5'UTR 및 293 bp의 3'UTR(종결 코돈 및 poly A tail 제외)를 갖고 있었다. 미꾸라지 apoA-I은 여타 척추동물 apoA-I과의 다중배열 시 염기서열에서는 많은 차이를 나타내었지만 단백질의 구조적 특징은 높은 상동성을 보였고, 또한 척추동물의 apoA-I들과의 분자계통을 분석한 결과, 종래 알려진 분류학적 위치와 비교적 잘 일치하였다. 미꾸라지 apoA-I mRNA는 RT-PCR 분석을 통해 간 및 뇌 조직에서 분석한 다른 조직보다 유의적으로 높게 발현하는 것으로 나타났고, 특히 간에서 가장 높은 발현을 보였다. 수정시부터 부화 후 14일까지 초기 발생 및 치어에서의 apoA-I mRNA 발현을 조사한 결과 수정 8시간째부터 급격한 발현의 증가가 시작되어 이후 지속적으로 높은 발현 수준을 유지하였다.

약용작물 범부채에 발생한 Tomato Spotted Wilt Virus 국내 첫 보고 (First Report of Tomato Spotted Wilt Virus on Iris domestica in South Korea)

  • 정봉남;윤주연;조인숙
    • 식물병연구
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    • 제27권1호
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    • pp.32-37
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    • 2021
  • 2020년 전라북도 완주 소재 약용작물 전시포장에서 재배중인 범부채(Iris domestica) 140개체 가운데 3개체의 잎에서 괴사증상이 발견되었다. Reverse transcription polymerase chain reaction 검정결과 증상을 나타내는 3개체가 tomato spotted wilt virus (TSWV)에 감염된 것으로 확인되었다. 증상주로부터 분리한 TSWV 분리주 'Blackberry lily-kr1'의 전체 염기서열을 결정하였으며, 유전자 은행에 있는 다른 분리주들과 L, M, S 분절유전체 부위의 염기서열 상동성을 비교하였다. 'Blackberry lily-kr1' 분리주는 L 분절 유전체는 우리나라에서 보고한 'JJ' 분리주(MF159046) 또는 'HJ' (LC273305) 분리주와 상동성이 높았으며, M과 S 분절 유전체는 'JJ' 분리주(MF159058과 KY021439)와 가장 상동성이 높았다. MEGA X 프로그램의 maximum likelihood 방법을 이용하여 'Blackberry lily-kr1'의 다른 TSWV 분리주들과의 계통학적 연관성에 관한 분석을 한 결과 L, M, S 분절유전체 모두 고추에서 분리한 'JJ' 분리주 및 환삼덩굴(Humulus japonicas)에서 분리한 'HJ' 분리주와 높은 연관성을 보였다. 건전한 I. domestica 식물에 'Blackberry lily-kr1'을 감염시킨 Nicoatiana rustica 식물 즙액을 접종한 결과 50일 후에 잎에 괴사 또는 이중 고리형태의 괴사 증상이 형성되었다. 이는 노지에서 재배하는 범부채에서 관찰된 괴사증상이 TSWV 감염에 의한 것임을 시사하는 결과이다. 이 연구는 우리나라에서 범부채에서 TSWV 발생에 관한 최초의 보고이다.

국내에서 발생하는 복숭아 바이러스병 (Occurrence of Stone Fruit Viruses on Peach Trees (Prunus persica L. Batsch) in Korea)

  • 조인숙;조점덕;최승국;최국선
    • 식물병연구
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    • 제18권4호
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    • pp.391-395
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    • 2012
  • 국내에서 재배되는 복숭아에 발생하는 바이러스병을 조사하기 위하여 경북 영천 등 복숭아 주산단지 6개 지역에서 전체 시료 515점을 채집하여 5종(ACLSV, ApMV, PDV, PNRSV, PPV) 바이러스의 감염여부를 RT-PCR 방법을 이용하여 바이러스 검정을 실시하였다. RT-PCR 검정 결과 전체 시료 515점 중 335점의 시료에서 ACLSV와 PNRSV가 검출되어 검정한 시료의 65.0%가 바이러스에 감염된 것을 확인하였다. ACLSV가 검출된 복숭아나무는 잎에 모자이크 증상이 관찰되었으며 PNRSV가 검출된 복숭아나무는 별다른 이상증상이 관찰되지 않았다. 검출된 바이러스의 유전자 염기서열 분석으로 ACLSV 4개와 PNRSV 3개의 분리주들을 확인하였으며 ACLSV 분리주들 간에는 95% 이상, PNRSV는 88% 이상의 아미노산 서열 상동성을 나타냈다. 기존에 보고된 ACLSV 및 PNRSV 분리주들과의 아미노산 서열 비교에서는 ACLSV 분리주들의 경우 70-99%, PNRSV 분리주들의 경우 88-99%의 상동성을 보였다. 이들 바이러스 분리주들의 계통학적 분석에서 ACLSV 분리주들은 A, B 그룹 중 A그룹에, PNRSV 분리주들은 I (PV32), II (PV96), III (PE5) 그룹에 각각 하나씩 속하는 것으로 나타났다.