• 원예과학기술지
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• 제31권3호
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• pp.337-343
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• 2013

본 연구의 목적은 SSR과 SRAP 마커 시스템을 이용하여 팔레놉시스 14품종 간 유전적 거리를 비교하고, SSR 마커를 이용하여 품종 간 구분을 하기 위한 것이다. 전체적으로 111개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP primer를 먼저 스크리닝하였다. 국립원예특작과학원에서 보존중인 국내 육성품종을 포함한 14품종의 팔레놉시스에서 12개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP 프라이머에서 높은 다형성을 보였다. 증폭된 DNA 단편들은 acrylamide gel에서 분리시킨 후 silver staining 방법으로 검출하였다. SSR 마커 55개와 SRAP 419개로, 총 474개의 마커를 획득하였으며 이를 유전적 다양성 분석에 사용하였다. 다형성 밴드들은 MVSP 3.1프로그램을 이용하여 유전적 유사도와 UPGMA clustering 분석을 위해 scoring 되었다. 14 팔레놉시스 품종은 SRAP과 SSR 분석을 통해 각각 0.683과 0.66의 유사도 지수에서 3그룹으로 분류되었다. 또한 SSR 20번과 22번만으로도 이들 육성 품종을 구분할 수 있었다. 이 결과는, SSR 분석은 팔레놉시스 품종간 구분에 효과적이고 SRAP은 염기서열의 정보가 없을 때 유전적 다양성 분석에 유용하다는 것을 보여준다. 이번 연구된 SSR과 SRAP 마커들은 팔레놉시스의 유전자형 판별, 유전자원 보존, 유전적 근연관계를 분석하는데 유용한 기술이 될 것이다.

• 한국육종학회지
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• 제43권5호
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• pp.399-404
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• 2011

Genetic diversity among 28 Cymbidium varieties was evaluated by using a sequence-related amplified polymorphism (SRAP) marker system. The SRAP marker which was based on the open reading frames (ORFs) regions was developed primarily for Brassica species, but has been applied to various crops. A total of 30 SRAP primer combinations were initially screened. Twenty-eight SRAP primer combinations showed high polymorphism among the 28 Cymbidium varieties, which were consisted of breeding varieties and their parents in National Institute of Horticultural & Herbal Science (NIHHS). The amplified DNA fragments were separated by denaturing acrylamide gels and detected silver staining method. One hundred ninety six polymorphic bands (7 per primer) were generated and ranged from 0.3 to 1.0 kb in size. Polymorphic fragments were scored for calculating simple matching coefficient of genetic similarity and cluster analysis with multi-variate statistical package (MVSP) 3.1. The mean genetic similarity coefficient value was 0.588. The results showed that the correlation between $F_1$ varieties and their parents was high. These studied SRAP markers will be useful tools for genotype identification, germplasm conservation, genetic relationships in Cymbidium.

• 한국약용작물학회지
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• 제18권3호
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• pp.180-185
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• 2010

We investigated genetic diversity among and within the populations of cultivated ginseng (Panax ginseng C. A. Meyer ) using SRAP profiles. A total of 24 ginseng plants were sampled from the three populations (two from China, one from Korea). Since all these populations are previously shown closely related to each other assister groups, we used Panax quinquefolium L. and wild ginseng as a reference species, which is not "within the sister group". All individuals from the three populations were screened with a total of 36 primer pairs with 26 primers generated from 328 SRAP bands of DNA gels. The mean gene diversity ($H_E$) was estimated to be 0.057 within populations (range 0.032-0.067), and 0.086 at the species level. The genetic differentiation (Gst=0.31) indicates that genetic variation apportioned 30% among populations and 70% within populations. Generally, the result of this study indicates that ginseng contains high molecular variation in its populations.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권3호
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• pp.303-311
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• 2017

본 연구는 참다래(Actinidia spp.) 유전자원의 유전적 다양성을 평가하기 위하여 재배품종 및 국내 외에서 수집한 참다래 61점을 대상으로 RAPD와 SRAP 분석을 수행하였다. RAPD 분석에서 40종의 선발 primer를 이용하여 230개의 다형성 밴드를 얻었으며, 평균 다형성 밴드 수는 5.75개였다. 32종의 primer 조합을 이용한 SRAP 분석에서 204개의 다형성 밴드를 획득하였고, 평균 다형성 밴드 수는 6.38 개였다. RAPD와 SRAP 분석에서 획득된 434개의 다형성 밴드를 이용하여 비가중 평균결합 방식으로 집괴분석한 결과 유전적 유사도 지수 0.680을 기준으로 3개의 그룹으로 분류되었다. 제1그룹에는 A. deliciosa와 A. chinensis에 속하는 품종과 A. deliciosa ${\times}$ A. arguta, A. chinensis ${\times}$ A. arguta, A. chinensis ${\times}$ A. deliciosa의 교잡종에 속하는 46점의 유전자원이 포함되었다. 제2그룹에는 A. arguta에 속하는 유전자원 7점과 A. arguta ${\times}$ A. deliciosa의 교잡종인 '스키니그린'이 포함되었다. 제3그룹에는 A. rufa, A. hemsleyana, A. macrosperma, A. polygama, A. eriantha 종에 속하는 유전자원 7점이 포함되었다. 참다래 유전자원 간 유전적 유사도 값은 0.479~0.991의 범위로 평균 유전적 유사도는 0.717이었다. 가장 높은 유사도 값(0.991)을 나타낸 유전자원은 NHK0038(A. deliciosa)과 NHK0040(A. deliciosa) 간이었고 가장 낮은 유사도 값(0.479)을 나타낸 유전자원은 '헤이워드'(A. deliciosa)와 K5-1-22(A. arguta) 간이었다.

• 생명과학회지
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• 제21권4호
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• pp.502-508
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• 2011

감귤 '성전온주'(C. unshiu Marc)와 '병감'(C. reticulate Blanco)을 교배하여 얻은 다배성종자에서 교잡실생을 생육초기에 효과적으로 식별할 수 있는 방법 얻고자 PCR 기법에 바탕을 둔 RAPD와 SRAP 방법을 수행하였다. UBC (9, 27, 229, 230, 254) 프라이머와 SRAP (F4/R27, F7/R14, F12/R10, F44/R62) 프라이머 조합들을 사용하여 55개의 교배종자에서 얻은 실생들을 조사한 결과 37개의 종자에서 교잡실생을 식별할 수 있었다. F7/R14프라이머 조합에서는 45.5% (25/55)의 교잡실생을 식별할 수 있었고, UBC27 프라이머에서는 50.9% (28/55)의 식별효율을 보였다. 성전온주와 병감의 교배종자에서 UBC27 프라이머와 F7/R14 프라이머조합을 동시에 적용하였을 때에는 33개(60%, 33/55)의 종자에서 교잡실생을 식별할 수 있었다. 따라서 RAPD와 SRAP를 이용하였을 때 다배성 종자에서 교잡실생을 생육초기에 효율적으로 식별할 수 있었다.

• 한국육종학회지
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• 제40권4호
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• pp.401-407
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• 2008

딸기 국내 육성 신품종을 정확히 판별할 수 있는 DNA표지를 개발하고자 실험을 수행하였다. 딸기 유전정보를 이용하여 품종 판별이 가능한 CAPS 표지 15종을 개발하였고, 그 중에서 6종은 품종 특이적인 표지였다. CAPS 표지 중에서 ANR-MspI, ANR-BamHI, ACO-HinfI, DFR-AseI, FGT-MspI의 최소 5종의 표지를 이용하여 '매향'과 '선홍'을 제외한 국내 육성 품종 판별이 가능하였다. 15종의 CAPS 표지를 보완하기 위해 SRAP 분석을 통해 품종 간 다형성을 나타내는 15종의 표지를 선발하였고, 그 중에서 me1/em5-460bp 표지를 이용하여 '매향'과 '선홍'의 구별이 가능하였다. 따라서 5종의 CAPS 표지와 1종의 SRAP 표지를 이용하여 19종의 국내 육종 품종과 일본 품종의 판별이 가능하였으며, 금후 이 연구결과는 딸기 국내 육성 품종 식별을 위해 효과적으로 이용될 수 있을 것으로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제21권12호
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• pp.1659-1665
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• 2011

감귤류 중 수술이 퇴화되어 웅성불임형질을 나타내는 '청견' 품종에 정상적인 수술의 형태를 가진 웅성가임인 '진귤' 품종을 교배하여 150개체의 $F_1$ 집단을 구축하여 수술이 퇴화되는 개체와 정상인 개체를 분리하였다. 분리된 F1 개체들을 사용하여 SRAP 기법과 집단 분리 분석법(BSA)을 조합하여 웅성 가임 연관 마커 개발에 활용하였다. $F_1$ 집단 내 150개체 중 66개체가 퇴화 수술을 갖고 있으며 웅성 가임성과 웅성 불임성의 분리비는 1:1이며 $x^2$ 값은 2.16(p=0.05)이었다. 197개의 SRAP 프라이머 조합들 중 웅성가임 특이밴드를 형성하는 3개의 SRAP 프라이머 조합(F4/R27, F39/R60, 및 F15/R37)을 선발하였으며, 이 중 F39/R60 프라이머에 특이적으로 증폭하는 DNA단편의 염기서열을 기본으로 하여 새롭게 작성한 양방향 프라이머 조합 중 웅성 가임 계통에서만 약 1.4 Kb의 특이밴드를 증폭하는 프라이머 조합, pMS 33U/pMS 1462L를 선발하여 SCAR 마커를 개발 하였다. 이러한 결과는 개발된 SCAR 마커로 무핵성 계통들의 육종 선발에 효율성을 높일 수 있을 것으로 기대된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제55권1호
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• pp.31-37
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• 2017

This study aimed to investigate the morphology and reconstruct the phylogenetic relationships of Centrocestus formosanus originating from 5 species of freshwater fish, i.e., Esomus metallicus, Puntius brevis, Anabas testudineus, Parambassis siamensis, and Carassius auratus, in Chiang Mai province, Thailand. Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and phylogeny based on internal transcribed spacer 2 (ITS2) and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) were performed. The results showed similar morphologies of adult C. formosanus from day 5 after infection in chicks. C. formosanus originated from 4 species of freshwater fish had the same number of circumoral spines on the oral sucker, except for those from C. auratus which revealed 34 circumoral spines. The phylogenetic tree obtained from SRAP profile and the combination of ITS2 and CO1 sequence showed similar results that were correlated with the number of circumoral spines in adult worms. Genetic variability of C. formosanus also occurred in different species of freshwater fish hosts. However, more details of adult worm morphologies and more sensitive genetic markers are needed to confirm the species validity of C. formosanus with 34 circumoral spines originating from C. auratus in the future.

• The Plant Pathology Journal
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• 제32권2호
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• pp.145-156
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• 2016

Fusarium graminearum Schwabe causes Fusarium head blight (FHB), a devastating disease that leads to extensive yield and quality loss of wheat and other cereal crops. Twelve isolates of F. graminearum were collected from naturally infected spikes of wheat from Assiut Egypt. These isolates were compared using SRAP. The results indicated distinct genetic groups exist within F. graminearum, and demonstrated that these groups have different biological properties, especially with respect to their pathogenicity on wheat. There were biologically significant differences between the groups; with group (B) isolates being more aggressive towards wheat than groups (A) and (C). Furthermore, Trichoderma harzianum (Rifai) and Bacillus subtilis (Ehrenberg) which isolated from wheat kernels were screened for antagonistic activity against F. graminearum. They significantly reduced the growth of F. graminearum colonies in culture. In order to gain insight into biological control effect in situ, highly antagonistic isolates of T. harzianum and B. subtilis were selected, based on their in vitro effectiveness, for greenhouse test. It was revealed that T. harzianum and B. subtilis significantly reduced FHB severity. The obtained results indicated that T. harzianum and B. subtilis are very effective biocontrol agents that offer potential benefit in FHB and should be harnessed for further biocontrol applications. The accurate analysis of genetic variation and studies of population structures have significant implications for understanding the genetic traits and disease control programs in wheat. This is the first known report of the distribution and genetic variation of F. graminearum on wheat spikes in Assiut Egypt.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2009년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.3-13
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• 2009

90 wild Agaricus strains from China, including 44 Agaricus bisporus strains identified preliminarily by isozyme electrophoresis, were studied by the techniques of SRAP and ISSR. 18 special SRAP bands and 12 special ISSR bands were analyzed, the strains were clustered and a demdrogram was obtained. The results showed that the strains were divided into 2 groups, wild A. bisporus group and the other Agaricus group. It is similar to the result of isozyme electrophoresis. 41 wild A. bisporus strains from Sichuan and Tibet were divided into 4 groups based on their growing places, suggesting the regionally difference of the strains to be quite obvious. Some white wild A. bisporus strains from Xinjiang and Tibet had special patterns, resulting in lower coefficient values with other wild A. bisporus strains. The biological characteristics of three wild A. bisporus strains were analyzed, and the results showed: 1. The wild strains grew slowly on PDA medium with weak appressed mycelia, and grew normally in kernel or fermented cottonseed shell substrate. 2. They grew faster than control strain As2796 under lower temperature of $16^{\circ}C$, and higher temperature of $32^{\circ}C$, with optimum growing temperature of $20-24^{\circ}C$, which was $4^{\circ}C$ lower than that of control strain. 3. In the cultivation with manure compost via twice fermentation, the mycelia grew normally in compost and quite slowly in casing soil, and the fruitbodies occurred less and late with easily opening and low production. 4. The fruitbody was off-white with flat and scaled cap, long stipe and dark gill. The bisporus basidia occupied 70-80% and trisporus basidia 20-30% of the total basidia. 5. Heterokaryotic monospore isolates could fruit in cultivation, and the homokaryotic isolates could cross with those derived from overseas wild A.bisporus strains. 6. The electrophoresis phenotype of isozymes such as esterase etc. belonged to high production type (H type). 7. The RAPD patterns made much difference from those of high production, good quality or hybrid strains, which indicated that the wild strains produce a new kind of RAPD type.