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Characterization of Melon necrotic spot virus Isolated from Muskmelon

  • Park, Gug-Seoun;Kim, Jae-Hyun;Kim, Jeong-Soo
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제19권2호
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    • pp.123-127
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    • 2003
  • A severe disease of muskmelon (Cucumis melo cv. Alsnight) grown on rockwool in a plastic house was characterized by leaf and stem necrosis followed by death of the plants. In 2001, an isolate of Melon necrotic spot virus-MN (MNSV-MN) of the genus Camovirus was identified as the causal agent of the disease on the basis of biological reactions and nucleotide sequence analyses of coat protein (CP) gene. MNSV-MN induced necrotic local lesions on mechanically inoculated leaves and systemic necrotic spots on the upper leaves of melon cvs. Alsnight, Rui III, Party, Imperial, and Seolhang. However, the inoculated leaves of watermelon and cucumber showed only necrotic lesions. DsRNAs extracted from the melon infected with MNSV-MN were separated into three components. Molecular sizes of the dsRNAs were estimated at approximately 4.5, 1.8, and 1.6 kbp. The amplified cDNA products of CP gene for MNSV-MN by RT-PCR showed approximately 1.2 kbp. The amplified DNA was digested to three fragments by MspI treatment. The cDNA of the genomic RNA of MNSV-MN was cloned and the region deduced to encode the CP was sequenced. The CP coding region, located near 3' end of the genome, consisted of 1,170 nucleotides and had the potential to encode a 390 amino acid protein. The nucleotide and amino acid sequences of MNSV-MN CP gene were 84.0-94.6% and 90.8-94.9% identical with other MNSV isolates found in the GeneBank database, respectively. This is the first report on the occurrence of MNSV in Korea.

EP2AGX FPGA를 이용한 광대역 고주파신호의 주파수 측정장치 설계 (Design of Wideband RF Frequency Measurement System with EP2AGX FPGA)

  • 임중수
    • 한국융합학회논문지
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    • 제8권7호
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    • pp.1-6
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    • 2017
  • 본 논문은 광대역 고주파신호의 주파수를 정확하게 측정하기 위해서 아나로그 디지털변환기(ADC), EP2AGX FPGA와 STM32 프로세서를 이용한 주파수 측정 장치 설계에 대해서 기술하였다. 본 논문에서 사용한 ADC 소자는 샘플링 주파수가 250 MSPS이고 처리주파수 대역폭은 100 MHz 수준으로서 샘플링 주파수가 높아서 일반 컴퓨터나 프로세서에서 직접처리가 힘들어 Altra EP2AGX65 FPGA를 사용하여 주파수 측정 알고리즘을 구현하였다. 측정된 주파수는 실시간으로 방향 탐지 제어기로 보내지며 위상신호와 융합하여 고주파 신호의 입사방위각을 계산한다. 설계한 주파수 측정 장치는 주파수 측정 오차가 0.2 Mhz 수준으로 Anaren DFD-x 보다 오차가 30% 이상 감소하여 전파감시 및 방향 탐지 장치 설계에 크게 기여하리라 판단된다.

Elliptic curve기반 센서네트워크 보안을 위한 곱셈 최적화 기법 (Multiplication optimization technique for Elliptic Curve based sensor network security)

  • 서화정;김호원
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제14권8호
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    • pp.1836-1842
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    • 2010
  • 센서네트워크는 유비쿼터스 환경을 실현할 수 있는 기술로서, 최근 무인 경비 시스템이나 에너지 관리, 환경 모니터링, 홈 자동화, 헬스케어와 같은 다양한 분야에 적용 가능하다. 하지만 센서네트워크의 무선 통신 특성은 도청과 전송 메시지에 대한 위변조, 서비스 거부 공격에 취약하다. 현재 센서네트워크 상에는 안전한 통신을 위해 ECC(elliptic curve cryptography)를 통한 PKC(public key cryptography)암호화 기법이 사용된다. 해당 기법은 RSA에 비해 작은 키길이를 통해 동일한 암호화 강도를 제공하기 때문에 제한된 성능을 가진 센서상의 적용에 적합하다. 하지만 ECC에 요구되어지는 높은 부하 때문에 센서상의 구현을 위해서는 성능개선이 필요하다. 본 논문에서는 센서 상에서의 ECC를 가속화하기 위해 ECC연산의 핵심연산인 곱셈에 대한 최적화 기법을 제안한다.

UWB 시스템을 위한 1.8V 8-bit 500MSPS 저 전력 CMOS D/A 변환기의 설계 (Design of an 1.8V 8-bit 500MSPS Low-Power CMOS D/A Converter for UWB System)

  • 이준홍;황상훈;송민규
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제43권12호
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    • pp.15-22
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    • 2006
  • 본 논문에서는 UWB(Ultra Wide Band)통신시스템을 위한 1.8V 8-bit 500MSPS의 D/A 변환기를 제안한다. 전체적인 D/A 변환기의 구조는 높은 선형성과 낮은 글리치 특성을 갖는 상위 6-MSB(Most Significant Bit) 전류원 매트릭스(Current Cell Matrix)와 하위 2-LSB(Least Significant Bit) 전류원 매트릭스로 구성된 2단 매트릭스 구조로 설계하였다. 또한 동일한 지연시간을 갖는 Thermometer Decoder와 고속 동작에서 전력을 최소화하기 위한 저 전력 스위칭 디코더(Current Switching Decoder Cell)를 제안함으로서 D/A 변환기의 고속 동작에서 성능을 향상시켰다 설계된 DAC는 1.8V의 공급전압을 가지는 TSMC $0.18{\mu}m$ 1-poly 6-metal N-well CMOS 공정으로 제작되었으며, 제작된 D/A 변환기의 측정결과, 매우 우수한 동적성능을 확인하였다. 500MHz 샘플링 클럭 주파수와 50MHz의 출력신호에서 SFDR은 약 49dB, INL과 DNL은 각각 0.9LSB, 0.3LSB 이하로 나타났으며, 이 때의 전력소비는 약 20mW로 기존의 8-bit D/A변환기에 비해 매우 낮음을 확인 할 수 있었다 D/A 변환기의 유효 칩 면적은 $0.63mm^2(900um{\times}700um)$이다.

위암에서 P16 및 hMLH1 유전자의 메틸화 (Methylation of P16 and hMLH1 in Gastric Carcinoma)

  • 성기영;전경화;송교영;김진조;진형민;김욱;박조현;박승만;임근우;박우배;김승남;전해명
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제5권4호
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    • pp.228-237
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    • 2005
  • 목적: 위암조직에서 P16과 hMLH1 유전자의 메틸화상태를 검사하여 위암의 발생과정에서의 작용과 유전자의 발현에 미치는 영향과 Helicobacter paylori균 감염여부 및 임상병리학적인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 위암 신선 동결 절편조직 100예를 대상으로 유전자의 단백질 발현상태는 면역조직화학 염색을 시행하여 확인하였고. 메틸화 상태는 methylation-specific PCR(MSP)과 염기서열분석을 시행하였다. 결과: P16유전자의 메틸화는 19예(19%)에서 관찰되었고 이 중 18예(94.7%)에서 P16유전자의 단백질 발현 소실이 있어, P16 유전자의 단백질 발현 소실이 P16유전자의 메틸화와 연관이 있음을 알 수 있었다(kappa 계수=0.317, P=.0011). hMLH1 유전자의 메틸화는 27예(27%)에서 관찰되었고, 이 중 24예(8.8%)에서 hMLH1 단백의 소실이 hMLH1유전자의 메틸화와 연관이 있음을 보여주었다(kappa계수=0.675, p<0.0001). hMLH1 유전자의 메틸화는 나이, 암종의 크기, Lauren 분류와 연관성이 있었다. P16 유전자와 hMLH1 유전자 메틸화 모두 Helicobacter paylori균 감염여부와는 연관성이 없었다. 결론: 위암에서 P16 및 hMLH1 유전자의 불활성화에는 DNA 메틸화가 작용을 함을 알 수 있었고, hMLH1유전자의 메틸화는 나이, 암종의 크기, Lauren 분류와 연관이 있음을 알 수 있었다.

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삽교호의 세균 다양성과 계통분류학적 분석 (Bacterial Diversity and its Phylogenetic Analysis in Lake Sapgyo)

  • 김명;전은형;안태영
    • 미생물학회지
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    • 제39권4호
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    • pp.272-276
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    • 2003
  • 본 연구에서는 삽교호의 요인 분석과 주변 지류의 영향과 계절에 따른 세균 군집구조의 변화를 분자생태학적 접근 방법을 통해 조사하였다. 시료 채취는 5월과 8월 삽교호 방조제 앞 표층수에서 실시하였으며, 분자생태학적 접근을 위해 시료로부터 DNA를 직접 추출하고, 16S rDNA를 증폭한 후 pGEM-T easy vector에 삽입하여 클로닝을 수행하였다. 획득한 클론 라이브러리를 이용하여 RFLP (restriction fragment length polymorphism)를 분석하였으며, OTUs (operating taxonomy units)로 그룹화하였다. 측정된 종다양성 지수가 8월에 더 높게 나타났으며, 5월의 153개중 34개의 클론과 8월의 131개중 38개의 클론들을 염기서열 분석하였다. 그 결과 Proteobacteria, Cytophaga, Gram positive bacteria와 Verrucomicrobia가 5월과 8월에 공통적으로 분포하는 것으로 나타났으며, 특히 Planctomyces, 시안세균과 엽록체가 조류 대발생이 일어난 8월에 분포하는 것으로 조사되었다. 전반적인 조사결과 삽교호는 전형적인 하구지역의 특성을 나타내었으며 주변 하천으로부터 유입되는 종속영양물질의 영향을 받는 것으로 생각된다.

LCN2 Promoter Methylation Status as Novel Predictive Marker for Microvessel Density and Aggressive Tumor Phenotype in Breast Cancer Patients

  • Meka, Phanni bhushann;Jarjapu, Sarika;Nanchari, Santhoshi Rani;Vishwakarma, Sandeep Kumar;Edathara, Prajitha Mohandas;Gorre, Manjula;Cingeetham, Anuradha;Vuree, Sugunakar;Annamaneni, Sandhya;Dunna, Nageswara Rao;Mukta, Srinivasulu;Triveni, B;Satti, Vishnupriya
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권12호
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    • pp.4965-4969
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    • 2015
  • LCN2 (Lipocalin 2) is a 25 KD secreted acute phase protein, reported to be a novel regulator of angiogenesis in breast cancer. Up regulation of LCN2 had been observed in multiple cancers including breast cancer, pancreatic cancer and ovarian cancer. However, the role of LCN2 promoter methylation in the formation of microvessels is poorly understood. The aim of this study was to analyze the association of LCN 2 promoter methylation with microvessel formation and tumor cell proliferation in breast cancer patients. The LCN2 promoter methylation status was studied in 64 breast cancer tumors by methylation specific PCR (MSP). Evaluation of microvessel density (MVD) and Ki67 cell proliferation index was achieved by immunohistochemical staining using CD34 and MIB-1 antibodies, respectively. LCN2 promoter unmethylation status was observed in 43 (67.2%) of breast cancer patients whereas LCN2 methylation status was seen in 21 (32.8%). Further, LCN2 promoter unmethylation status was associated with aggressive tumor phenotype and elevated mean MVD in breast cancer patients.

알코올의존 환자의 도파민 수송체(DAT1)G2319A의 유전자 다형성 연합연구 (Association Study of Dopamine Transporter(DAT1) G2319A Genetic Polymorphism in Alcohol Dependence)

  • 양병환;이미경;최주연;김길숙;오동열;김형태;채영규
    • 생물정신의학
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    • 제8권2호
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    • pp.239-245
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    • 2001
  • Objective : Dopamine transporter is member of family of Na/Cl dependent neurotransmitter transporter, 12 transmembrane domain, that has high substrate specificity, affinity. It is related with dopamine reuptake in presynaptic vesicle. DAT has a VNTR in its 3'-untranslated region(UTR). 3'-UTR VNTR polymorphism is related with modification of dopamine transmission. The association between with VNTR polymorphism and neuropsychiatric disorders such as alcohol dependence, and low activity ALDH has been studied, but their relationship is unclear. We study about association of 3'-UTR VNTR of DAT gene and G2319A and alcohol dependence. Method : Group of Korean subjects were studied with alcohol dependence(n=49 male) compared to mentally healthy controls(n=53 male). The peripheral blood sample was acquired, and Polymerase Chain Reaction(PCR) amplification, MspI procedure was done. Result : There was a significant difference between alcohol dependence group and normal control(genotype frequency p<0.05, allele frequency p<0.05) Allele A frequency and genotype(GG, GA) frequency was a significant difference between alcohol dependence group and normal control(p<0.05). Conclusion : Our study showed that genetic polymorphism of DAT1 G2319A had relation with alcohol dependence.

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Estimation of the Cumulative Power of Discrimination in Haimen Chicken Populations with Ten Microsatellite Markers

  • Olowofeso, O.;Wang, J.Y.;Shen, J.C.;Chen, K.W.;Sheng, H.W.;Zhang, P.;Wu, R.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권8호
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    • pp.1066-1070
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    • 2005
  • To estimate the cumulative power of discrimination (CPD) existing within Haimen chicken populations in China, we isolated a total of 252 genomic DNAs from four chicken populations (Rugao, Jiangchun, Wan-Nan and Cshiqishi) through a saturated salt procedure. All the genomic DNAs were used in a polymerase chain reaction (PCR) with ten microsatellite markers. Amplified PCR-products with the selected markers were separated on a 12% polyacrylamide gel with pBR322DNA/MspI used as internal standard marker. Genetic diversity indices including mean allele number among loci, unbiased heterozygosity ($h_i$) within locus, effective number of alleles ($N_e$) and polymorphism information content (PIC) as well as the unbiased average heterozygosity (H) among loci in the populations were calculated using the generated allele frequencies by each marker. The mean allele number for all loci ranged between 4.00${\pm}$0.33 (Rugao) to 4.90${\pm}$0.48 (Cshiqishi) and across populations for all loci was 4.60${\pm}$0.20, while (H) ranged from 0.65${\pm}$0.03 (Rugao) to 0.69${\pm}$0.03 (Jiangchun) among loci and across populations, (H) was 0.67${\pm}$0.01. The generated unbiased average heterozygosity among loci in each population was integrated to the global formula of CPD and the result demonstrated that the CPD within the four Haimen chicken populations was 98.75%.

고해상도 저전력 SAR ADC의 면적 최적화를 위한 타이밍 레지스터 구조 설계 (Design of Timing Register Structure for Area Optimization of High Resolution and Low Power SAR ADC)

  • 민경직;김주성;조후현;부영건;허정;이강윤
    • 대한전자공학회논문지SD
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    • 제47권8호
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    • pp.47-55
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    • 2010
  • 본 논문에서는 고해상도 저전력 SAR 타입 ADC(아날로그 디지털 변환기)의 면적을 획기적으로 줄이기 위해서 역 다중화기 (Demultiplexer)와 카운터 (Counter)를 이용하는 타이밍 레지스터 (Timing register) 구조를 제안하였다. 전통적으로 사용되는 쉬프트 레지스터에 기반을 둔 타이밍 레지스터 구조는 해상도가 증가될수록 면적이 급격하게 증가하고, 또한 잡음의 원인이 되는 디지털 소비 전력도 증가되는 반면, 제안하는 구조는 해상도 증가에 따른 에러 보정 회로의 면적과 소비 전력 증가를 줄일 수 있다. 0.18 um CMOS 공정을 이용하여 제작하였으며, 제안한 타이밍 레지스터 구조를 이용하여, 기존 구조 대비 5.4배의 면적 감소와 디지털 전력 최소화의 효과를 얻을 수 있었다. 설계한 12 비트 SAR ADC는 11 비트의 유효 비트 (ENOB), 2 mW (기준전압 생성 블록 포함)의 소비전력과 1 MSPS의 변환 속도를 보였으며, 레이아웃 면적은 $1mm{\times}1mm$ 이었다.