Background: Korean ginseng (Panax ginseng) is a well-known medicinal plant of Oriental medicine that is still in practice today. Until now, a total of 11 Korean ginseng cultivars with unique features to Korean ginseng have been developed based on the pure-line-selection method. Among them, a new cultivar namely G-1 with different agricultural traits related to yield and content of ginsenosides, was developed in 2012. Methods: The aim of this study was to distinguish the new ginseng cultivar G-1 by identifying the unique single-nucleotide polymorphism (SNP) at its 45S ribosomal DNA and Panax quinquefolius region than other Korean ginseng cultivars using multiplex amplification-refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR). Results: A SNP at position of 45S ribosomal DNA region between G-1, P. quinquefolius, and the other Korean ginseng cultivars was identified. By designing modified allele-specific primers based on this site, we could specifically identified G-1 and P. quinquefolius via multiplex PCR. The unique primer for the SNP yielded an amplicon of size 449 bp in G-1 cultivar and P. quinquefolius. This study presents an effective method for the genetic identification of the G-1 cultivar and P. quinquefolius. Conclusion: The results from our study shows that this SNP-based approach to identify the G-1 cultivar will be a good way to distinguish accurately the G-1 cultivar and P. quinquefolius from other Korean ginseng cultivars using a SNP at 45S ribosomal DNA region.
The purpose of this study was to identify the variant of Platanus occidentalis, whose bark looks white, also can be classified as P. occidentalis and to examine its genetic difference from the general P. occidentalis. For the variant identification of P. occidentalis, SNP and ISSR analysis were used in this study. Thirteen samples of P. occidentalis white variant were collected in Cheongju and 24 samples of normal P. occidentalis obtained in Cheongju, Pyongtaek, Ansan, Suwon, Osan and Jincheon area. ITS 1 and ITS 2 sequences of white variants were identical with those of P. occidentalis. We could not find any sequence difference between normal and white P. occidentalis. So we concluded that the white variant belongs to normal P. occidentalis even their bark is white and peeled easily. By ISSR test, 98 amplicons were acquired using 10 primers. P. occidentalis and white P. occidentalis showed different band patterns from the UBC #834. According to the result of Nei (1979)'s genetic distance analysis, the members of white P. occidentalis were grouped more tightly than the members of normal P. occidentalis. The UPGMA dendrogram shows that the variant and P. occidentalis divided widely into two groups. These results show that the phenotype of P. occidentalis white variant is caused by genetic factors rather than by environmental factors.
Lim, Dajeong;Gondro, Cedric;Park, Hye Sun;Cho, Yong Min;Chai, Han Ha;Seong, Hwan Hoo;Yang, Bo Suk;Hong, Seong Koo;Chang, Won Kyung;Lee, Seung Hwan
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.26
no.5
/
pp.603-608
/
2013
Hanwoo have been subjected over the last seventy years to intensive artificial selection with the aim of improving meat production traits such as marbling and carcass weight. In this study, we performed a signature of selection analysis to identify recent positive selected regions driven by a long-term artificial selection process called a breeding program using whole genome SNP data. In order to investigate homozygous regions across the genome, we estimated iES (integrated Extended Haplotype Homozygosity SNP) for the each SNPs. As a result, we identified two highly homozygous regions that seem to be strong and/or recent positive selection. Five genes (DPH5, OLFM3, S1PR1, LRRN1 and CRBN) were included in this region. To go further in the interpretation of the observed signatures of selection, we subsequently concentrated on the annotation of differentiated genes defined according to the iES value of SNPs localized close or within them. We also described the detection of the adaptive evolution at the molecular level for the genes of interest. As a result, this analysis also led to the identification of OLFM3 as having a strong signal of selection in bovine lineage. The results of this study indicate that artificial selection which might have targeted most of these genes was mainly oriented towards improvement of meat production.
Sun Hee Lee;Bo Reum Park;Hyung Il Kim;Sooyeul Cho;Kyung-Hun Son
Journal of Food Hygiene and Safety
/
v.39
no.3
/
pp.209-220
/
2024
Cavier is graded as Beluga, Osetra, and Sevruga based on the species of sturgeon (Acipenser sinensis). In this study, we developed an analytical method for determining the grade of black caviar using DNA barcodes and KASP markers. To identify the sturgeon species, ten black caviar samples were collected, and a reference DNA barcode library was developed using five genes (namely, 16S ribosomal RNA, cytochrome b, cytochrome c oxidase subunit I, cytochrome c oxidase subunit II, and NADH dehydrogenase subunit 5 genes). To develop the KASP markers, we selected 11 markers that could distinguish between the five grades of black caviar. As a result, specific markers for each of the targeted caviars were clustered into FAM-positive sections. DNA barcoding and the KASP assay revealed that one Beluga, six Osetra, and three Sevruga were identified among the ten caviar samples. Moreover, we found that the sturgeon species were mislabeled in two products. Here, we aimed to develop a KASP assay based on SNP that allows rapid and easy identification of caviar grade. These methods are expected to contribute to preventing the distribution of illegal products.
The identification and utilization of potential candidate genes with significant effects on economically important traits have become increasingly important in poultry breeding programs. The ovocalyxin-32 (OCX-32) gene is located chromosome 9 in chicken, plays an important role in eggshell formation. This study was performed to assess the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) of OCX-32 gene and egg production traits in the Korean native chicken. Four Korean native chicken population (n = 181; including 46 females of Ogol, 46 females of white, 43 females of gray and 46 females of black) were used to analyze two SNPs (c.494A>C and c.267T>G) in the OCX-32 gene by PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length Polymorphism). We measured egg production traits of age at first egg, first egg weight, egg production ratio and egg weight. The SNP c.494A>C was significantly associated with egg production ratio in Korean Ogol chickens (p<0.001) and egg weight in Korean white chickens (p<0.05). SNP c.267T>C was significantly associated with egg weight in Korean Ogol chickens (p<0.05). But there was no significant association in Korean gray and black chickens. Results suggest the possibility of using molecular markers in OCX-32 gene as a tool for performance and egg production traits in Korean native chicken breeding program.
Leptin, the hormone product of the obese gene, is secreted predominately from white adipose tissue and regulates feed intake, energy metabolism and body composition. It has been considered a candidate gene for performance, carcass and meat quality traits in beef cattle. The objective of this study was to identify SNPs in the promoter region of the leptin gene and to evaluate the possible association of the SNP genotypes with carcass and meat quality traits in Korean cattle. We identified a total of 25 SNPs in the promoter region (1,208-3,049 bp upstream from the transcription start site) of the leptin gene, eleven (g.1508C>G, g.1540G>A, g.1545G>A, g.1551C>T, g.1746T>G, g.1798ins(G), g.1932del(T), g.1933del(T), g.1934del(T), g.1993C>T and g.2033C>T) of which have not been reported previously. Their sequences were deposited in GenBank database with accession number DQ202319. Genotyping of the SNPs located at positions g.2418C>G and g.2423G>A within the promoter region was performed by direct sequencing and PCR-SSCP method to investigate the effects of SNP genotypes on carcass and meat quality traits in Korean cattle. The SNP and SSCP genotypes from the two mutations of the leptin promoter were shown to be associated with the BF trait. The average BF value of animals with heterozygous SNP genotype was significantly greater than that of animals with the homozygous SNP genotypes for the g.2418C>G and g.2423G>A SNPs (p<0.05). Analysis of the combined genotype effect in both SNPs showed that animals with the AC SSCP genotype had higher BF value than animals with BB or AA SSCP genotypes (p<0.05). These results suggest that SNP of the leptin promoter region may be useful markers for selection of economic traits in Korean cattle.
When 14 microsatellite (MS) markers were applied in the identifying test for 480 Hanwoo, the discriminating power was estimated as $3.43{\times}10^{-27}$ based on the assumption of a random mating group (PI). This rate is 1,000 times higher than that of 60 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. On the other hand, the power of the 60 SNP markers was estimated as $4.69{\times}10^{-20}$ and $8.02{\times}10^{-12}$ on the assumption of a half-sib mating group ($PI_{half-sibs}$) and a full-sib mating group ($PI_{sibs}$), respectively. These powers were 10 times and 10,000 times higher than those of the 14 MS markers. The results indicated that the total number of alleles (MS vs SNP = 146 vs 120) acted as a key factor for the discriminating power in a random mating population, and the total number of markers (MS vs SNP = 14 vs 60) was a dominant influence on the power in half-sib and full-sib populations. In the Hanwoo population, in which it was assumed that the entire population is the enormous half-sib group formed by the absolute genetic contribution of a few nuclear bulls, there will be only a 10 times difference in the discriminating power between the 14 MS markers and the 60 SNP makers. However, the probability of not excluding a candidate parent pair from the parentage of an arbitrary offspring, given that only the genotype of the offspring ($PNE_{pp}$) was 1,000 times higher as shown by the 14 MS markers than that by the 60 SNP markers. The strong points of SNP makers are the stability of the variation (low mutation rate) and automation of high-throughput genotyping. In order to apply these merits for the practical and constant Hanwoo identity test, research and development are required to set a cost-effective platform and produce a homemade apparatus for SNP genotyping.
Moyamoya disease (MMD) is a chronic, progressive, cerebrovascular occlusive disorder that displays various clinical features and results in cerebral infarct or hemorrhagic stroke. Specific genes associated with the disease have not yet been identified, making identification of at-risk patients difficult before clinical manifestation. Familial MMD is not uncommon, with as many as 15% of MMD patients having a family history of the disease, suggesting a genetic etiology. Studies of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in MMD have mostly focused on mechanical stress on vessels, endothelium, and the relationship to atherosclerosis. In this review, we discuss SNPs studies targeting the genetic etiology of MMD. Genetic analyses in familial MMD and genome-wide association studies represent promising strategies for elucidating the pathophysiology of this condition. This review also discusses future research directions, not only to offer new insights into the origin of MMD, but also to enhance our understanding of the genetic aspects of MMD. There have been several SNP studies of MMD. Current SNP studies suggest a genetic contribution to MMD, but further reliable and replicable data are needed. A large cohort or family-based design would be important. Modern SNP studies of MMD depend on novel genetic, experimental, and database methods that will hopefully hasten the arrival of a consensus conclusion.
The common DNA extraction methods are indispensable for genotyping by molecular marker analysis. However, genotyping a large number of plants is painstaking. A modified 'NaOH-Tris' method used in this study reduces the extraction time while keeping the cost low and avoiding the use of hazardous chemicals. The endpoint analysis by realtime PCR tends to be fast and effective for the development of SNP markers linked to the 'Chunpoong' cultivar of Panax ginseng. The 'Chunpoong' marker was developed by a major latex-like protein gene sequence. From our results, we suggest that this method is successful in distinguishing 'Chunpoong' from a large number of ginseng cultivars.
Pyogo (Shiitake, Lentinula edodes) is one of the most important edible mushrooms because of its outstanding nutritive and medicinal value. In the registration and protection procedure for newly developed mushroom cultivars, the application of molecular markers that can supplement the morphological characteristic-based distinction has been strongly requested. Sanjo 701 and Chamaram, newly developed at the Federation Forest Mushroom Research Center of Korea, have been characterized as innovative cultivars suitable for customer demands because of their high yields and cultivation rates. However, no technical tools can protect the rights to these important cultivars. In this study, using comparative genomic information from 23 commercially available pyogo cultivars, we identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) that accurately differentiated Sanjo701 and Chamaram from the other cultivars. We also developed high-resolution melting analysis (HRM)-based SNP markers that discriminate among the tested 23 pyogo cultivars. The developed SNP markers can be utilized for rapid, accurate identification of pyogo cultivars with low genetic diversity and to prevent cultivar contamination caused by illegally distributed inocula. In addition, these markers can serve as a crucial scientific basis for securing the right to conserve new cultivars in international markets.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.