• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제45권3호
• /
• pp.243-249
• /
• 2017

An agar-degrading bacterium, designated as the GNUM08123 strain, was isolated from samples of red algae collected from the Yongil Bay near East Sea, Korea. The isolated GNUM08123 strain was gram-negative, aerobic, motile, and beige-pigmented, with $C_{16:0}$ (25.9%) and summed feature 3 (comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2-OH$, 34.4%) as its major cellular fatty acids. A similarity search based on the 16S rRNA gene sequence revealed that it belonged to class Gammaproteobacteria and shared 97.7% similarity with the type strain Vibrio chagasii $R-3712^T$. The DNA G+C content of strain $GNUM08123^T$ was 46.9 mol%. The major isoprenoid quinone was ubiquinone-8. The results of DNA-DNA relatedness and 16S rRNA sequence similarity analyses, in addition to its phenotypic and chemotaxonomic characteristics, suggest that strain GNUM08123 is a novel species within genus Vibrio, designated as Vibrio sp. GNUM08123. Agarase production by strain GNUM08123 was induced by agar and sucrose, but was repressed probably owing to carbon catabolite repression by glucose and maltose.

• 한국균학회지
• /
• 제44권1호
• /
• pp.61-63
• /
• 2016

2015년 9월 경상남도농업기술원 시험연구 포장에서 재배 중인 동부에 흰비단병 증상이 발생하였다. 병징은 동부의 줄기 지제부위가 수침상으로 물러지고 부패되어 서서히 시들면서 포기 전체가 말라 죽었다. 줄기의 병반부와 토양표면에 흰색의 곰팡이가 발생하며 갈색의 둥글고 작은 균핵이 많이 형성되었다. 감자한천배지에서 균총은 흰색으로 잘 자라며 배양기간이 경과함에 따라 갈색의 둥글고 작은 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1~3 mm이며 균사의 폭은 $4{\sim}9{\mu}m$였다. 균사생육과 균핵형성 적온은 $30^{\circ}C$이었다. 담자균 균사특유의 clamp connection이 관찰되었다. 동부에서 발생한 병징과 병원균의 균학적 특징, internal transcribed spacer rDNA 염기서열을 비교 분석한 결과를 토대로, 이 병을 Sclerotium rolfsii에 의한 동부 흰비단병으로 명명하고자 제안한다.

• 한국균학회지
• /
• 제46권1호
• /
• pp.1-8
• /
• 2018

국내에 보고되지 않은 3종의 균류가 담수환경으로 부터 분리되었다. NNIBRFG108은 강원도 삼척의 담수침전식물체에서 분리되었고, NNIBRFG1139와 NNIBRFG1480은 경북 김천과 제주지역의 토양으로부터 분리되었다. 형태적 특징 및 internal transcribed spacers (ITS), 18S rDNA, 28S rDNA 및 ${\beta}$-tubulin 유전자를 이용한 분자계통학적 분류를 통해 동정한 결과, NNIBRFG108, NNIBRFG1139, NNIBRFG1480 균주는 각각 Didymella segeticola, D. ellipsoidea 및 D. aeria으로 확인되었다. 이는 국내에서는 발견되지 않은 미기록종으로 본 보고가 국내 최초이다.

• 식물병연구
• /
• 제25권1호
• /
• pp.33-37
• /
• 2019

2016년부터 2018년까지 제주도내 농가포장에서 재배되고 있는 콜라비에 뿌리혹병 지속적으로 발생(최고발병률 27.2%)했다. 초기 감염은 뿌리털 부분이 정상주 뿌리털에 비해 비대했으며, 병이 진전되면서 뿌리 중심부에 혹이 형성되고, 잎이 시들고 끝이 누렇게 변했다. P. brassicae 휴면포자 현탁액을 이용한 병원성 검정결과 접종 50일 후에 병원성을 나타냈다. 병원균은 콜라비 세포조직 안에 빈 곳 없이 무수히 많은 휴면포자를 형성하며, 휴면포자는 단세포로 무색, 원형 또는 타원형, 크기는 직경 $3-5{\mu}m$이다. 콜라비 뿌리혹병원균의 ITS rDNA 염기서열 분석, 계통수 작성 결과 P. brassicae로 동정했다. 따라서 균학적 특징, 병원성 검정, ITS rDNA 염기서열 비교분석 등의 결과를 바탕으로 이 병은 우리나라에서 지금까지 보고되지 않은 'Plasmodiophora brassicae에 의한 콜라비 뿌리혹병'으로 명명하고자 한다.

• BMB Reports
• /
• 제52권4호
• /
• pp.227-238
• /
• 2019

GROWTH-REGULATING FACTORs (GRFs) are sequence-specific DNA-binding transcription factors that regulate various aspects of plant growth and development. GRF proteins interact with a transcription cofactor, GRF-INTERACTING FACTOR (GIF), to form a functional transcriptional complex. For its activities, the GRF-GIF duo requires the SWITCH2/SUCROSE NONFERMENTING2 chromatin remodeling complex. One of the most conspicuous roles of the duo is conferring the meristematic potential on the proliferative and formative cells during organogenesis. GRF expression is post-transcriptionally down-regulated by microRNA396 (miR396), thus constructing the GRF-GIF-miR396 module and fine-tuning the duo's action. Since the last comprehensive review articles were published over three years ago, many studies have added further insight into its action and elucidated new biological roles. The current review highlights recent advances in our understanding of how the GRF-GIF-miR396 module regulates plant growth and development. In addition, I revise the previous view on the evolutionary origin of the GRF gene family.

• 식물분류학회지
• /
• 제53권1호
• /
• pp.32-37
• /
• 2023

Spiraea prunifolia f. simpliciflora Nakai is a perennial shrub widely used for horticultural and medicinal purposes. We simultaneously obtained the complete plastid genome (plastome) and nuclear ribosomal gene transcription units, 45S nuclear ribosomal DNA (nrDNA) and 5S nrDNA of S. prunifolia f. simpliciflora, using Illumina short-read data. The plastome is 155,984 bp in length with a canonical quadripartite structure consisting of 84,417 bp of a large single-copy region, 18,887 bp of a short single-copy region, and 26,340 bp of two inverted repeat regions. Overall, a total of 113 genes (79 protein-coding genes, 30 tRNAs, and four rRNAs) were annotated in the plastome. The 45S nrDNA transcription unit is 5,848 bp in length: 1,809 bp, 161 bp, and 3,397 bp for 18S, 5.8S, and 26S, respectively, and 261 bp and 220 bp for internal transcribed spacer (ITS) 1 and ITS 2 regions, respectively. The 5S nrDNA unit is 512 bp, including 121 bp of 5S rRNA and 391 bp of intergenic spacer regions. Phylogenetic analyses showed that the genus Spiraea was monophyletic and sister to the clade of Sibiraea angustata, Petrophytum caespitosum and Kelseya uniflora. Within the genus Spiraea, the sections Calospira and Spiraea were monophyletic, but the sect. Glomerati was nested within the sect. Chamaedryon. In the sect. Glomerati, S. prunifolia f. simpliciflora formed a subclade with S. media, and the subclade was sister to S. thunbergii and S. mongolica. The close relationship between S. prunifolia f. simpliciflora and S. media was also supported by the nrDNA phylogeny, indicating that the plastome and nrDNA sequences assembled in this study belong to the genus Spiraea. The newly reported complete plastome and nrDNA transcription unit sequences of S. prunifolia f. simpliciflora provide useful information for further phylogenetic and evolutionary studies of the genus Spiraea, as well as the family Rosaceae.

• Animal cells and systems
• /
• 제4권4호
• /
• pp.319-324
• /
• 2000

Species boundaries among the Alcyonacean soft coral, the genus Dendronephthya, are often obscured by inter- and intraspecific morphological variations. In the present study, we attempted to infer the genetic relationships of eight dendronephthians based on their molecular characters, the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA, and then compared this result together with the random amplified polymorphic DNA (RAPD) data from our previous investigation. Dendronephthya. putteri and D. suensoni formed a divaricate form - VI grade specific clade, whereas D. castanea, D. gigantea, D. aurea and D. spinifera, formed a umbellate and glomerate form - IV and III grade specific clade. Therefore, we confirmed that the main characters the growth form and the anthocodial grade and formula, are important in identification of the species in dendronephthians despite some problems. Also, the relationships of the growth form are clarified as the glomerate form is much closer to the umbellate form than to the divaricate form based on two sets of independent molecular data. However, we cannot determine the molecular markers which limit the species boundaries among this genus with ITS sequences.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제31권4호
• /
• pp.421-428
• /
• 2003

길항미생물을 이용한 항곰팡이성 퇴비의 개발을 목적으로 공시 식물로써 Spinacia oleracea L과 식물 병원균 Rhizoctonia solani Kuhn O-28을 모델로 사용하여 수행 되었다. 다양한 음식쓰레기를 일년동안 숙성시킨 퇴비로부터 80 균주를 분리하였고, 그 중 No.15-2 균주가 R. solani Kuhn O-28에 대해 가장 높은 항곰팡이 활성을 보였다. 16S rDNA sequencing과 primer pair PCR에 의해 표현형과 분류학적으로 거의 독성이 없는 것으로 밝혀진 Burkholderia cepacia genomoval V로 분류되었다. 이 B. cepacia No. 15-2가 퇴비화 중에 우점하였으며 그 균수는 15일 동안 거의 $10^{13}$ cfu/g을 유지하였다. S. oleracea L을 배양 했을 경우 R. solani Kuhn O-28에 의한 발병율은 B. cepacia No.15-2를 첨가함으로써 40% 감소하였다. 결론적으로 B. cepacia No.15-2는 다양한 식물의 곰팡이 유래의 병을 방제하는 데 이용 가능할 것으로 사료된다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
• /
• 제7권2호
• /
• pp.127-131
• /
• 2003

Protein disulfide isomerase (PDI) found in the endoplasmic reticulum (ER) catalyzes disulfide bond exchange and assists in protein folding of newly synthesized proteins. PDI also functions as a molecular chaperone and has been found to be associated with proteins in the ER. In addition, PDI functions as a subunit of two more complex enzyme systems: the prolyl-4-hydroxylase and the triacylglycerol transfer proteins. A cDNA that encodes protein disulfide isomerase was previously isolated from Bombyx mori (bPDI), in which open reading frame of 494 amino acids contained two PDI-typical thioredoxin active site of WCGHCK and an ER retention signal of the KDEL motif at its C-terminal, and we report its functional characterization here. This putative bPDI cDNA is expressed in insect Sf9 cells as a recombinant proteins using baculovirus expression vector system. The bPDI recombinant proteins are successfully recognized by antirat PDI antibody, and shown to be biologically active in vitro by mediating the oxidative refolding of reduced and scrambled RNase. This suggests that bPDI may play an important role in protein folding mechanism of insects.

• 한국버섯학회지
• /
• 제10권3호
• /
• pp.143-149
• /
• 2012

수집한 83개의 뽕나무버섯속 균주의 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 분석한 결과 수집한 균주목록과 종이 다르게 동정된 균주가 52%였으며. 같은 종으로 분류한 균주들 간에도 균사 및 균사체의 배양 특성에 많은 차이를 보였다. 수집 균주간의 유전적인 유연관계 분석 결과 A. tabescens, A. mellea, A. novae-zelandia, A. gallica, A. ostoyae 등으로 분류되었고, A. gallica, A, cepistipes, A, gemina는 매우 가까운 유연관계를 보여 ITS 유전자 수준에서 종을 동정하기는 어려웠다. ASI10104 등 12균주는 A. gallica, A, cepistipes, A, gemina와 매우 가까운 유연관계를 보였으며, ASI10017과 ASI10114는 A. sinapina, ASI10045는 A. borealis, ASI10002와 ASI10025는 A. ostoyae와 같은 그룹으로 분류되었다. 따라서 뽕나무버섯속 균주에 대한 보다 정확한 동정을 위해서는 보다 많은 종류의 유전적인 분석이 필요할 것으로 판단된다.