• 생명과학회지
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• 제20권8호
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• pp.1166-1172
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• 2010

Kinesin-I은 4분자의 단백질로 구성되어 있으며, N-말단의 motor 영역과 C-말단영역을 가지는 장쇄(KHC, 또한 KIF5s로도 통용) 2분자와 KIF5s (KIF5A, KIF5B와 KIF5C)의 줄기영역과 결합하는 단쇄(KLC) 2분자로 구성되어 있다. KIF5A의 결합 단백질을 동정하기 위하여 효모 two-hybrid system을 사용하여 특이적으로 결합하는 heterotrimeric G 단백질의 ${\beta}$ 단위체 단백질($G{\beta}$)을 분리하였다. $G{\beta}$은 KIF5A의 808에서 935아미노산 부위와 결합하며, 다른 KIF5들과도 결합함을 효모 two-hybrid assay로 확인하였다. 또한 $G{\beta}$의 WD40 반복 서열은 KIF5A와의 결합에 필수영역임을 확인하였으며, 이러한 단백질간의 결합은 Glutathione S-transferase (GST) pull-down assay를 통하여 확인하였다. 생쥐의 뇌 파쇄액에 KIF5들의 항체로 면역침강을 행하여 heterotrimeric G 단백질을 확인한 결과, KIF5들은 heterotrimeric G 단백질과 특이적으로 같이 침강하였다. 이러한 결과들은 kinesin-I는 heterotrimeric G 단백질이 포함된 소포를 미세소관을 따라 이동시킴을 시사한다.

• Journal of Microbiology
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• 제44권5호
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• pp.577-580
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• 2006

GST pull-down assays were used to characterize the SARS-CoV membrane (M) and nucleocapsid (N) interaction, and it was found that the amino acids 211-254 of N protein were essential for this interaction. When tetrad glutamines (Q) were replaced with glutamic acids (E) at positions of 240-243 of the N protein, the interaction was disrupted.

• 대한의생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.231-240
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• 2003

Deciphering the molecular interactions of proteins forming Z-lines is pivotal for understanding the regulation of myofibril assembly, sarcomeric organization, and mechanical properties of striated muscle. The purpose of this study is to searched for potential novel ligands of the Z-line portion of nebulin. In this study interacting proteins with intra-Z-line region of nebulin were screened using a yeast two-hybrid approach. The interaction was conformed by GST pull-down assay. We identified 269 residues within villin/gelsolin homology domain of supervillin that intreacts with the serine rich region of nebulin. The specific interactions of nebulin and supervillin were confirmed in vitro by GST pull-down experiments. Our data suggest that supervillin attaches directly to the Z-line through its interaction with the serine rich domain of nebulin in skeletal muscles. This interaction may link myofibrillar Z-discs to the membrane-associated complexes, costameres.

• Animal cells and systems
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• 제13권3호
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• pp.283-288
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• 2009

The ubiquitous plasma membrane $Na^+/H^+$ exchanger 1 (NHE1) is rapidly activated in response to various extracellular stimuli and maintains normal cytoplasmic pH. Yeast two-hybrid screening was used in order to identify proteins interacting with NHE1 using its cytoplasmic domain as a bait from HeLa cDNA library. One of the interacting cDNA clones was human Lactate dehydrogenase B (LDHB). In vitro translated LDHB was pulled down together with GST-NHE1.cd protein in the GST pull down assay, confirming the interaction in vitro. LDHB antibody immunoprecipitated endogenous LDHB together with NHE1 from H9c2 cells, validating cellular interaction between NHE1 and LDHB. Subsequent analysis revealed that the overexpression of LDHB increased intracellular PH, implying opening of the NHE1 transporter. Moreover, overexpression of LDHB activated caspase 3 and induced cell death, consistent with the expected phenotype of hyper-activation of NHE1. Collectively, our data indicate that LDHB modulates NHE1 activity via physical interaction.

• BMB Reports
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• 제38권4호
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• pp.381-385
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• 2005

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is an emerging infectious disease associated with a novel coronavirus (CoV) that was identified and molecularly characterized in 2003. Previous studies on various coronaviruses indicate that protein-protein interactions amongst various coronavirus proteins are critical for viral assembly and morphogenesis. It is necessary to elucidate the molecular mechanism of SARS-CoV replication and rationalize the anti-SARS therapeutic intervention. In this study, we employed an in vitro GST pull-down assay to investigate the interaction between the membrane (M) and the nucleocapsid (N) proteins. Our results show that the interaction between the M and N proteins does take place in vitro. Moreover, we provide an evidence that 12 amino acids domain (194-205) in the M protein is responsible for binding to N protein. Our work will help shed light on the molecular mechanism of the virus assembly and provide valuable information pertaining to rationalization of future anti-viral strategies.

• 생명과학회지
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• 제21권4호
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• pp.613-615
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• 2011

ERp29는 endoplasmic reticulum (ER) lumen에 존재하는 단백질로 protein disulfide isomerase (PDI) family에 속한다. 비록 관련 연구 결과는 조금 있지만 정확한 생물학적인 기능은 아직 분명하지 않지만, 분비단백질과정과 단백질 folding에 관여하는 것으로 알려 지고 있다. ERp29의 기능 연구를 위하여 yeast two-hybrid screening/GST pull-down assay방법을 사용하여 ERp29-결합단백질인 ADP-ribosylation factor 5 (ARF5)를 동정하였다. 이들의 결합은 정상적인 세포생리상태에서는 결합하지만 ER stress 상태에서는 떨어졌다. 이 결과는 ERp29의 기능 연구를 위하여 하나의 실마리를 제공할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제23권11호
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• pp.1311-1316
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• 2013

hnRNP L은 pre-mRNA에 결합하는 단백질들 중에서 핵심이 되는 단백질이다. hnRNP L은 양이 아주 많은 핵 단백질로서 핵과 세포질을 왕복하는 특성을 지니고 있다. 이 단백질은 염색질 변형(chromatin modification), pre-mRNA 스플라이싱, 인트론이 없는 유전자들에서 유래한 mRNA들의 세포질로의 반출(export), IRES-매개성 번역, mRNA의 안정성 조절, 정자형성과정 등, 세포 내의 여러 가지 과정에 관여하고 있는 것으로 알려져 있다. 이 논문에서는 hnRNP L과 결합하는 세포 내 단백질을 찾아내기 위하여 사람의 간세포 cDNA library를 사용하여 이스트 two-hybrid 탐색 실험을 수행하였다. 그 결과 사람의 간세포에서 IGFBP-4가 hnRNP L과 상호결합하는 새로운 파트너라는 것을 발견하였다. 본 연구를 통하여 hnRNP L이 이스트 two-hybrid 시스템에서 IGFBP-4와 특이적으로 상호 결합한다는 것을 처음으로 발견하였다. 본 연구에서는 또한 이스트 two-hybrid 시스템에서 hnRNP L이 IGFBP-4와 상호결합한다는 점을 in vitro pull-down 실험을 통하여 재확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제21권8호
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• pp.1076-1082
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• 2011

미세소관(microtubule) 위를 이동하는 키네신은 분비소포를 이동시키는 운동단백질이다. KIF5s (KIF5A, KIF5B and KIF5C)는 세포막으로 싸인 각종 세포 내 소기관과 결합하여 미세소관을 따라 목적지까지 이동시킨다는 결과는 알려져 있지만, 어떻게 상대의 cargo를 인식하는지는 밝혀지지 않았다. 본 연구는 KIF5B의 결합 단백질을 동정하기 위하여 효모 two-hybrid system을 사용하여 KIF5B와 특이적으로 결합하는 Myo9b을 확인하였다. Myo9b는 액틴위를 이동하는 운동단백질로 다른 KIF5s들과도 결합함을 효모 two-hybrid assay로 확인하였다. 또한 Myo9s의 GTPase 활성화 단백질(GAP) 영역은 KIF5B와 결합하는데 필수영역임을 확인하였고, 이러한 단백질간의 결합은 Glutathione S-transferase (GST) pull-down assay를 통하여서도 확인하였다. 생쥐의 뇌 파쇄액에 KIF5B들의 항체로 면역침강을 행하여 Myo9s 단백질을 확인한 결과, KIF5s는 Myo9s 단백질과 특이적으로 함께 침강하였다. 이러한 결과들은 kinesin-I는 액틴 결합 운동단백질과 직접 결합함을 보여준다.

• 생명과학회지
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• 제18권7호
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• pp.940-946
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• 2008

신경전달물질을 수송하는 신경전달물질 수송체는 연접전막에서 신경전달물질의 농도를 조절한다. 신경세포에 발현하는 GATs들은 연접에서 억제성 신경전달물질인 GABA의 재흡수에 관여한다. GAT2/BGT1가 어떻게 연접전막에 안정적으로 존재하는지, 어떤 결합단백질과 결합하여 조절을 받는지는 알려져 있지 않다. 본 연구에서 효모 two-hybrid system을 사용하여 GAT2의 C-말단과 특이적으로 결합하는 mammalian Lin-7 (MALS)-2을 분리하였다. GAT2의 C-말단에 존재하는 "T-X-L"아미노산 배열이 MALS-2와의 결합에 필수적으로 관여하였다. 또한 이 단백질간의 결합을 pull-down assay로 확인한 결과 MALS는 glutathione S-transferase (GST)와는 결합하지 않으나 GST-GAT2와는 결합하였다. 또한 생쥐의 뇌 균질액에서 GAT2는 MALS와 함께 침강함을 면역침강으로 확인하였다. 이러한 결과들은 MALS가 GAT2와 결합하여 GAT2를 연접전막에서 안정화시키는 역할을 함을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제22권12호
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• pp.1608-1613
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• 2012

KIF5/Kinesin-I는 경쇄(light chain)를 통하여 결합함으로써 다양한 운반체들을 미세소관을 따라 운반한다. Kinesin light chains (KLCs)은 tetratricopeptide repeat (TPR) 영역을 매개로 운반체와 결합한다. 현재까지 KLCs와 결합하는 많은 운반체들이 확인되었으나 KLCs가 어떻게 특정운반체를 인식하여 결합하는지는 아직 확실히 밝혀지지 않았다. 본 연구에서 KLC1의 TPR 영역과 결합하는 단백질을 분리하기 위하여 효모 two-hybrid system을 이용하여 탐색한 결과 amyloid precursor protein (APP)과 결합하는 것으로 보고된 protein interacting with APP tail 1 (PAT1)을 분리하였다. KLC1은 PAT1의 C-말단 부위와 결합하며, PAT1은 KLC1의 TPR 영역을 포함한 부위와 결합함을 효모 two-hybrid assay로 확인하였다. 또한 PAT1는 KLC2와도 결합하였지만 kinesin heavy chains (KHCs)인 KIF5A, KIF5B, KIF5C와는 결합하지 않았다. 단백질간 결합은 glutathione S-transferase (GST) pull-down assay와 공동면역침강으로도 확인하였다. 생쥐의 뇌 파쇄액을 PAT1 항체와 APP 항체로 면역침강을 행한 결과 KLC와 KHCs가 같이 침강하였다. 이러한 결과들은 PAT1이 Kinesin-I와 APP 포함 소포간의 상호작용을 매개한다는 것을 시사한다.