• 제목/요약/키워드: Crystal and molecular structure

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Molecular Cloning and Characterization of the Yew Gene Encoding Squalene Synthase from Taxus cuspidata

  • Huang, Zhuoshi;Jiang, Keji;Pi, Yan;Hou, Rong;Liao, Zhihua;Cao, Ying;Han, Xu;Wang, Qian;Sun, Xiaofen;Tang, Kexuan
    • BMB Reports
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    • 제40권5호
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    • pp.625-635
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    • 2007
  • The enzyme squalene synthase (EC 2.5.1.21) catalyzes a reductive dimerization of two farnesyl diphosphate (FPP) molecules into squalene, a key precursor for the sterol and triterpene biosynthesis. A full-length cDNA encoding squalene synthase (designated as TcSqS) was isolated from Taxus cuspidata, a kind of important medicinal plants producing potent anti-cancer drug, taxol. The full-length cDNA of TcSqS was 1765 bp and contained a 1230 bp open reading frame (ORF) encoding a polypeptide of 409 amino acids. Bioinformatic analysis revealed that the deduced TcSqS protein had high similarity with other plant squalene synthases and a predicted crystal structure similar to other class I isoprenoid biosynthetic enzymes. Southern blot analysis revealed that there was one copy of TcSqS gene in the genome of T. cuspidata. Semi-quantitative RT-PCR analysis and northern blotting analysis showed that TcSqS expressed constitutively in all tested tissues, with the highest expression in roots. The promoter region of TcSqS was also isolated by genomic walking and analysis showed that several cis-acting elements were present in the promoter region. The results of treatment experiments by different signaling components including methyl-jasmonate, salicylic acid and gibberellin revealed that the TcSqS expression level of treated cells had a prominent diversity to that of control, which was consistent with the prediction results of TcSqS promoter region in the PlantCARE database.

A topological metal at the surface of an ultrathin BiSb alloy film

  • Hirahara, T.;Sakamoto, Y.;Saisyu, Y.;Miyazaki, H.;Kimura, S.;Okuda, T.;Matsuda, I.;Murakami, S.;Hasegawa, S.
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2009년도 제38회 동계학술대회 초록집
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    • pp.14-15
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    • 2010
  • Recently there has been growing interest in topological insulators or the quantum spin Hall (QSH) phase, which are insulating materials with bulk band gaps but have metallic edge states that are formed topologically and robust against any non-magnetic impurity [1]. In a three-dimensional material, the two-dimensional surface states correspond to the edge states (topological metal) and their intriguing nature in terms of electronic and spin structures have been experimentally observed in bulk Bi1-xSbx single crystals [2,3,4]. However, if we want to know the transport properties of these topological metals, high purity samples as well as very low temperature will be needed because of the contribution from bulk states or impurity effects. In a recent report, it was also shown that an intriguing coupling between the surface and bulk states will occur [5]. A simple solution to this bothersome problem is to prepare a topological metal on an ultrathin film, in which the surface-to-bulk ratio is drastically increased. Therefore in the present study, we have investigated if there is a method to make an ultrathin Bi1-xSbx film on a semiconductor substrate. From reflection high-energy electron diffraction observation, it was found that single crystal Bi1-xSbx films (0${\sim}30\;{\AA}A$ can be prepared on Si(111)-$7{\times}7$. The transport properties of such films were characterized by in situ monolithic micro four-point probes [6]. The temperature dependence of the resistivity for the x=0.1 samples was insulating when the film thickness was $240\;{\AA}A$. However, it became metallic as the thickness was reduced down to $30\;{\AA}A$, indicating surface-state dominant electrical conduction. Figure 1 shows the Fermi surface of $40\;{\AA}A$ thick Bi0.92Sb0.08 (a) and Bi0.84Sb0.16 (b) films mapped by angle-resolved photoemission spectroscopy. The basic features of the electronic structure of these surface states were shown to be the same as those found on bulk surfaces, meaning that topological metals can be prepared at the surface of an ultrathin film. The details will be given in the presentation.

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$p16^{INK4A}$ 단백질 활성부위(Asp 84-Leu 104)의 용액상 구조 (Solution Structure of 21-Residue Peptide (Asp 84-Leu 104), Functional Site derived from $p16^{INK4A}$)

  • 이호진;안인애;노성구;최영상;윤창노;이강봉
    • 분석과학
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    • 제13권4호
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    • pp.494-503
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    • 2000
  • 암 억제제인 $p16^{INK4A}$ 단백질의 활성부위 84-104번까지의 21개 아미노산으로 이루어진 펩타이드를 합성하여, 이것의 용액상 구조를 CD, $^1H$ NMR 분광법 그리고, 분자 모델링 방법으로 분석하였다. CDK4 그리고 CDK6와 함께 안정된 complex를 형성하는 p16의 활성 펩타이드(84-104 아미노산)는 in vitro에서 pRb를 인산화하는 CDK4/6의 능력을 차단하고, p16단백질의 기능에서 보여주듯이 G1/S상의 세포 Cycle을 차단한다. NOE를 포함하는 $^3J_{NH{\alpha}}$ 스핀결합 상수, $C_{\alpha}H$ 화학적 이동, 아마이드 화학적 이동의 평균 변화 폭 그리고 온도 계수 등은 p16 펩타이드의 이차구조가 helix-turn-helix의 구조를 구성하는 p16단백질과 유사한 2차 구조를 가지고 있음을 보여주었다. NOE에 근거한 거리 및 이면각을 이용한 3.D 기하구조는 p18이나 p19의 대응하는 부위에 대한 결정구조에서 보여준 바와 같이 아미노산 $Gly^{89}-Leu^{91}$(${\varphi}_{i+1}=-79.8^{\circ}$, ${\varphi}_{i+1}=60.2^{\circ}$)사이에는 ${\gamma}$-회전구조를 형성함을 보여주었다. 이렇게 비교적 단단한 구조를 형성하고 있는 ${\gamma}$-회전구조부위는 p16펩타이드 구조를 안정시키며, CDK를 인식하는 부위로 작용할 수 있다. 이러한 ${\gamma}$-회전구조는 항암제 선도물질을 개발하는데 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

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화장품에서 유화기술의 발전 및 전망 (Development and Prospect of Emulsion Technology in Cosmetics)

  • 경기열;이천구
    • 대한화장품학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.209-217
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    • 2006
  • 유화란 서로 섞이지 않는 액체들간의 분산계이다. 화장품에 사용되는 원료에는 서로 잘 섞이지 않는 물질들이 많기 때문에 이들을 한 제제 내에 잘 혼합할 수 있는 유화기술이 매우 유용하게 이용되고 있다. 유화제제의 안정화 및 물성 변화를 위하여 유화제의 발달과 함께 여러 가지 다양한 형태의 유화기술이 개발되었다. 1950년대에 Griffin이 제안한 HLB법을 시작으로 PIT법, 겔(gel) 유화법, D상 유화법 등이 있으며, 최근에는 피부 친화성 또는 인체에 대한 안전성을 높이기 위한 수단으로 천연 유래의 유화제 및 고분자계 유화제의 사용이 늘고 있다. 이 외에도 제품의 외관 차별화 및 유효성분의 전달 효율을 높이기 위한 수단으로 나노 유화, 다중 유화, 액정 유화, 피커링 유화 등이 개발 적용되고 있으며, 리포좀이나 큐보좀 같은 나노 구조체 입자들의 응용에 관한 연구도 활발하게 진행되고 있다. 리포좀은 생체막의 주요 구성성분인 양친매성 인지질의 이중층으로 구성된 계이고, 큐보좀 역시 생체 유래 성분인 모노올레인 같은 물질로 만들어지는 나노 입자의 일종으로 그 분자 구조적 특성으로 인해 수용액 내에서 입방상 구조의 이연속적 수상 채널을 갖는다. 이러한 나노 입자에 효능물질을 봉입시켜 제제화 함으로서 생체 친화적이면서 물질의 전달 효율을 높일 수 있다. 여기서는 화장품용 유화물 및 나노 입자들의 제조 방법, 응용 등에 대하여 간략히 소개하였다.

p-Phenylenediamine Dihydroperchlorate의 결정 및 분자구조 (The Crystal and Molecular Structure of p-Phenylenediamine Dihydroperchlorate)

  • 안중태
    • 대한화학회지
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    • 제21권5호
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    • pp.320-329
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    • 1977
  • p-Phenylenediamine dihydroperchlorate의 세포상수는 $a=4.79{\pm}0.02,\;b=9.03{\pm}0.02,\;c=7.12{\pm}0.03{\AA},\;{\alpha}=109.4{\pm}0.2,\;{\beta}=79.6{\pm}0.2,\;r=104.6{\pm}0.2^{\circ},\;Z=1$이며 공간군은 $P\={1}$이다. 구조는 Patterson 및 Fourier법으로 해석하였으며 block diagonal 최소자승법으로 정밀화하였따. 등경사 Weissenberg 사진들에서 얻은 387개의 관측된 반사에 대하여 R값은 0.13이었다. 이 물질의 결정구조에서 수소결합은 아미노기와 과염소산 이온 사이에서 이루어져 있으며 2가지 형이 있다. 첫째것은, 한개의 삼지형 N${\cdot}{\cdot}{\cdot}$O 수소결합이고, 둘째것은, 보통형의 2개의 N${\cdot}{\cdot}{\cdot}$O 수소 결합이다. 한개의 p-phenylenediamine 그룹은 실험오차 내에서 평면이며 12개의 과염소산이온에 결합되어 있다. 그중 10개의 과염소산이온은 수소결합으로 연결되어 있으며 2개는 van der Waals 힘들로 접촉되어 있다. 한개의 과염소산이온은 6개의 p-phenylenediamine과 4개의 과염소산이온에 의하여 둘러싸여 있따. 6개의 p-phenylenediamine 그룹 중 5개는 수소결합이 되어있고 나머지는 van der Waals 힘으로 접촉되어 있다.

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6-에틸-5,6-디히드로우라실의 결정 및 분자구조 (The Crystal and Molecular Structure of 6-Ethyl-5,6-Dihydrouracil)

  • 안중태
    • 대한화학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.161-166
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    • 1996
  • 6-ethyl-5,-6-dihydrouracil($C_6H_10N_2O_2$)은 단사정계인 공간군 $P2_{1c}$으로 a=10.302(2), b=10.419(3), $c=7.095(1)\AA$, $\beta=106.6(0)^{\circ}$, Z=4, $V=729.7(3)\AA^3$, $D_c=1.29g/cm^3,\;{\lambda}(MoK\alpha)=0.71073\AA$, $\mu=0.010$cm^{-1}$, F(000)=304이며, F>4.0 $\sigma(F)$인 1070개의 관측된 회절점에 대한 R값은 0.054였다. 직접법에 의하여 구조를 풀었으며, 전행열-최소자승법에 의하여 정밀화하였고, C-H 결합길이는 $0.96\AA$에 고정하였다. Hydrouracil 고리는 불규칙한 puckered 각을 가진 envelope conformation으로 되어 있고, 고리에 붙어 있는 에틸기는 axial 방향으로 향하고 있으며, 단위격자속에는 100평면에 거의 평행인 2차원의 결합망을 이룬, 두 개의 분자간 수소결합, N(1)-H---O(7)(1+x, 0.5-y, -0.5+z)와 N(3)-H---O(7)(1+x, 0.5-y, 0.5+z)가 있으며, 이웃 분자와의 최단거리는 C(4)---O(8)(-x, -y, 1-z)의 $3.187\AA$이다.

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1차원 구조를 갖는 Thiophoshates, $Al_2NiP_2S_6$ (A=Rb, Cs)의 합성, 구조 및 자기적 성질 (Synthesis, Sytructure, and Magnetic Properties of One-Dimensional Thiophoshates, $Al_2NiP_2S_6$ (A=Rb, Cs))

  • 동용관;이건수;윤호섭;허남회
    • 대한화학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.242-246
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    • 2001
  • 사성분계 thiophosphates, $A_2NiP_2S_6>(A=Rb$, Cs)를 halide fluxes 법으로 합성하였으며 단결정 X-ray 회절방법으로 결정 구조를 해석하였다. 이 화합물들을 $C_{2h}^5-P2_1/n$ 의 공간군을 가지며, $Rb_2NiP_2S_6$의 경우 a=5.960(2), b=12.323(4), $c=7.491(3)\AA$, $\beta=97.05(3)^{\circ}$, $V=546.0(3)\AA^3$이고$Cs_2NiP_2S_6$의 경우 a=5.957(4),b=12.696(7), $c=7.679(4)\AA$, $\beta=93.60(5)^{\circ}$, $V=579.7(5)\AA^3$인 격자상수를 갖는다. 이 두화합물은 동일한 결정 구조를 갖는다. 이들의 구조는 결정학적인 a축을 따라 성장한 1차원적인 무한사슬 $_{\infty}^1[NiP_2S_6^{2-}]$로 구성되어 있으며 이 사슬들은 알칼리 금속과의 정전기적 인력을 통하여 안정화 되어있다. Ni원자는 6개의 S원자에 의해 팔면체 배위를 하고 있고, Ni$S_6$팔면체는 $[P_2S_6^{4-}]$ 음이온 3개의 $\mu-S$ 원자들에 의해 연결되어 무한 1차원적인 사슬을 형성한다. $Cs_2NiP_2S_6$에 대한 자화율 측정결과 Neel temperature($T_N$)에 상응하는 8K 이하에서 superexchange를 통한 반자기성 magnetic coupling을 발견하였다. $T_N$이상의 온도에서는 Curie-Weiss법칙을 따른다. 자기 모멘트, C(Curie), 그리고 $\theta$(Weiss Constant)는 각각 2.77 B.M., 0.9593K, 그리고 -19.02K 이다. 측정 결과로부터 얻은 유효 자기 모멘트는 spin-only $Ni^{2+}d^8$(2.83 B.M.)계의 결과와 일치한다.

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석유계 잔사유 기반 음극재 제조 및 그 전기화학적 특성 (Fabrication and the Electrochemical Characteristics of Petroleum Residue-Based Anode Materials)

  • 김대섭;임채훈;김석진;이영석
    • 공업화학
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    • 제33권5호
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    • pp.496-501
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    • 2022
  • 본 연구에서는 석유 정제 부산물인 석유계 잔사유를 이용하여 리튬이차전지용 음극재를 제조하였다. 석유계 잔사유 중 열분해 연료유(pyrolysis fuel oil, PFO), 유동접촉분해 데칸트 오일(fluidized catalyst cracking-decant oil, FCC-DO), 감압잔사유(vacuum residue, VR)를 탄소 전구체로 사용하였다. MALDI-TOF, 원소분석(EA)을 통하여 석유계 잔사유의 물리화학적 특징을 확인하였고, 잔사유로부터 제조된 음극재는 XRD, Raman 등의 분석을 통해 그 구조적 특징을 평가하였다. VR은 PFO 및 FCC-DO에 비하여 광범위한 분자량 분포와 많은 양의 불순물을 함유하는 것을 확인할 수 있었고, PFO와 FCC-DO는 거의 유사한 물리화학적 특징을 나타내었다. XRD 분석결과로부터 탄화된 PFO와 FCC-DO는 유사한 d002값을 나타내었다. 그러나 Lc 및 La값에서는 FCC-DO가 PFO보다 더 발달된 층상구조를 갖는 것으로 확인되었다. 또한, 전기화학적 특성 평가에서는 FCC-DO가 가장 우수한 사이클 특성을 나타내었다. 이러한 석유계 잔사유의 물리화학적, 전기화학적 결과로 미루어 보아 FCC-DO가 PFO와 VR보다 더 우수한 리튬이차전지용 탄소 전구체인 것으로 사료된다.

열 이력이 나일론66의 물성에 미치는 영향 (Effect of Thermal History on the Physical Properties of Nylon66)

  • 이봄이;조찬우;심창업;임수정;김연철
    • 공업화학
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    • 제25권1호
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    • pp.90-95
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    • 2014
  • 이축압출기(twin screw extruder)를 이용하여 나일론66 압출시료를 압출횟수에 따라 제조하였다. 압출횟수에 따른 화학구조, 열적 특성, 용융지수, 결정구조, 인장특성, 충격특성 및 유변학적 특성을 FT-IR, $^1H$-NMR 용융지수 측정기, DSC, TGA, XRD, 만능시험기, Izod 시험기, 그리고 유변물성측정기를 이용하여 분석하였다. FT-IR과 $^1H$-NMR을 이용하여 확인한 결과 압출시편에서의 화학구조 변화는 확인되지 않았다. 압출횟수에 따라 분자량이 감소하는 것을 용융지수를 이용하여 확인하였으며, 열 이력이 용융온도와 분해온도에는 큰 영향을 주지 않는 것을 DSC와 TGA를 이용하여 확인하였다. 압출시편의 기계적 특성 평가결과 인장강도, 충격강도 및 탄성률은 유사한 값을 보이나, 신율의 경우 큰 폭으로 감소하였다. 유변학적 특성 측정결과 낮은 주파수에서의 복합점도 값이 압출 횟수에 따라 감소하였다. 압출시편의 G'-G" 곡선의 기울기나 형태가 변하지 않는 것으로부터 압출시편에 가교와 같은 구조변화가 크게 나타나지 않음을 알 수 있었다.

Contribution of a Low-Barrier Hydrogen Bond to Catalysis Is Not Significant in Ketosteroid Isomerase

  • Jang, Do Soo;Choi, Gildon;Cha, Hyung Jin;Shin, Sejeong;Hong, Bee Hak;Lee, Hyeong Ju;Lee, Hee Cheon;Choi, Kwan Yong
    • Molecules and Cells
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    • 제38권5호
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    • pp.409-415
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    • 2015
  • Low-barrier hydrogen bonds (LBHBs) have been proposed to have important influences on the enormous reaction rate increases achieved by many enzymes. ${\Delta}^5$-3-ketosteroi isomerase (KSI) catalyzes the allylic isomerization of ${\Delta}^5$-3-ketosteroid to its conjugated ${\Delta}^4$-isomers at a rate that approache the diffusion limit. Tyr14, a catalytic residue of KSI, has been hypothesized to form an LBHB with the oxyanion of a dienolate steroid intermediate generated during the catalysis. The unusual chemical shift of a proton at 16.8 ppm in the nuclear magnetic resonance spectrum has been attributed to an LBHB between Tyr14 $O{\eta}$ and C3-O of equilenin an intermediate analogue, in the active site of D38N KSI. This shift in the spectrum was not observed in Y30F/Y55F/D38N and Y30F/Y55F/Y115F/D38N mutant KSIs when each mutant was complexed with equilenin, suggesting that Tyr14 could not form LBHB with the intermediate analogue in these mutant KSIs. The crystal structure of Y30F/Y55F/Y115F/D38N-equilenin complex revealed that the distance between Tyr14 $O{\eta}$ and C3-O of the bound steroi was within a direct hydrogen bond. The conversion of LBHB to an ordinary hydrogen bond in the mutant KSI reduced the binding affinity for the steroid inhibitors by a factor of 8.1-11. In addition, the absence of LBHB reduced the catalytic activity by only a factor of 1.7-2. These results suggest that the amount of stabilization energy of the reaction intermediate provided by LBHB is small compared with that provided by an ordinary hydrogen bond in KSI.