• The Plant Pathology Journal
• /
• 제16권6호
• /
• pp.297-305
• /
• 2000

Weeds are widely grown in the field and are infected by many viruses. A survey was conducted to identify viruses infecting weeds in Korea. Virus-infected weed samples including Rorippa indica (L.) Hiern, R. islandica (Oed.) Bord, Crepidiastrum denticulatum (Houtt.) Pak & Kawanno, Achyranthes japonica (Miq.) Nakai, and Chrysanthemum boreale (Makino) Makino were collected in Kyonggi Province. These weeds were grown in the greenhouse and were isolated on 10 test plants. Several virus isolates were isolated fron infected tissues and were further studied by host range assay, serological test, electron microscopy (EM), reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and sequencing. Each isolated virus strain was mechanically transmitted to weeds and various hosts including Nicotiana spp., Brassica spp., Vigna unguiculata, Capsicum annuum, and Cucumis sativus and showed systemic mosaic, vein clearing, necrosis, mottle, malformation, chlorosis, and/or death of host plants in some cases. Each virus was then purified using infected leaves and observed by EM. From these results three viruses were isolated and identified as Turnip mosaic virus (TuMV), Broad bean wilt virus (BBWV), and Cucumber mosaic virus (CMV). RT-PCR using virus-specific oligonucleotide primers and the cloning were conducted to determine the nucleotide sequences of coat proteins of the three viruses their amino acid sequence were deduced. The amino acid sequence homologies were about 92.7 to 99.7%, 96.2 to 97.7%, and 93.9 to 98.6% to other reported TuMV, BBWV, and CMV strains, respectively. These results suggest that many weeds may serve as primary inoculum source of diseases caused by TuMV, BBWV, CMV and that the management of these viral diseases can be achieved through weed control.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제33권1호
• /
• pp.83-95
• /
• 2023

These days, bacterial detection methods have some limitations in sensitivity, specificity, and multiple detection. To overcome these, novel detection and identification method is necessary to be developed. Recently, NGS panel method has been suggested to screen, detect, and even identify specific foodborne pathogens in one reaction. In this study, new NGS panel primer sets were developed to target 13 specific virulence factor genes from five types of pathogenic Escherichia coli, Listeria monocytogenes, and Salmonella enterica serovar Typhimurium, respectively. Evaluation of the primer sets using singleplex PCR, crosscheck PCR and multiplex PCR revealed high specificity and selectivity without interference of primers or genomic DNAs. Subsequent NGS panel analysis with six artificially contaminated food samples using those primer sets showed that all target genes were multi-detected in one reaction at 10⁸-10⁵ CFU of target strains. However, a few false-positive results were shown at 10⁶-10⁵ CFU. To validate this NGS panel analysis, three sets of qPCR analyses were independently performed with the same contaminated food samples, showing the similar specificity and selectivity for detection and identification. While this NGS panel still has some issues for detection and identification of specific foodborne pathogens, it has much more advantages, especially multiple detection and identification in one reaction, and it could be improved by further optimized NGS panel primer sets and even by application of a new real-time NGS sequencing technology. Therefore, this study suggests the efficiency and usability of NGS panel for rapid determination of origin strain in various foodborne outbreaks in one reaction.

• 한국균학회지
• /
• 제41권1호
• /
• pp.14-20
• /
• 2013

URP-PCR 분석에서 유사품종으로 분류된 품종들을 이용하여 AFLP 방법과 체세포불화합성(VCG)으로 품종간 다형성을 조사하였다. AFLP로 분석 한 결과 원형 유사품종군에서는 ASI 2595와 2183이 차이를 보였으며, 수한 유사품종군에서는 ASI 2829만이 차이를 보이고 다른 균주간에는 차이를 볼 수 없었다. 그 차이는 8개의 primer 조합 중 P + AG/M + AAG와 P + GT/M + ATG primer 조합에서만 나타났다. 31개 느타리 품종에 대한 AFLP분석은 80~1000bp에서 총 330개 밴드를 나타내었다. UPGMA 유연관계 분석에서는 유사도 0.96에서 4개의 분리된 집단으로 구분되었으며 각 집단은 유사품종들로 구성되었다. 균주간 화합성 검정을 하여 버섯 품종 판별을 시도한 결과 대치배양에 의한 이질핵화는 품종간 차이가 있는 것으로 나타났으나. 유사품종간에는 대치선이 나타나지 않았다. 유사품종들의 대부분이 구별성이 인정되지 않는 것으로 나타나 품종육성에 이용된 교배모본의 계보가 아주 가깝거나 혹은 동일한 품종이 복제되어 다른 이름으로 유통되는 것으로 추정할 수 있었다.

• 미생물학회지
• /
• 제41권1호
• /
• pp.87-92
• /
• 2005

방선균 Streptomyces griseus에서 상업적 목적으로 생산되는 protease인 protease는 serine protease, alkaline protease, aminopeptidase및 carboxypeptidase로 구성되어 있는 복합체로서 의 약용 소염제로 널리 사용되어지고 있다. 본 연구에서는 기존에 개발되어 있는 방선균용 integration vector인 pSET152로부터 목적산물의 대량발현을 위해 방선균용 promoter ermE가 cloning된 새로운 integration vector인 pHJ101을 개발하였고, pretense의 생산량 증대에 사용하였다. 새로 개발된 integration vector에 S. griseus protease A를 코드하고 있는 유전자, sprA와 S. griseus pretense B유전자, sprB를 각각 cloning하여 plasmid pHJ201과 pHJ202를 구축하였다. 이들 plasmid들을 S. griseus IFO 13350에 형질전환하여 발현용plasmid가 chromosome에 integration된 재조합 균주 S. gliseus HA와 S. griseus HB를 얻었다. 이들 재조합균주로부터 전체 protease의 생산량을 확인한 결과, 모균주보다 각각 S. griseus HA는 약 5.3 배, S. griseus HB는 약 5 배 정도 생산량이 증대되었다. 이들 결과로부터 특정유전자의 고발현용 integration vector의 제작이 확인되었으며, 전체 protease의 생산량 증대의 가능성이 시사되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제31권1호
• /
• pp.52-58
• /
• 2021

키위에 세균성 궤양병을 일으키는 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적 특성과 생산하는 독소에 따라 5개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나누어진다. 그중 최근 전 세계적으로 유행하고 있는 biovar 3는 2011년부터 국내에서 분리되고 있다. RAPD 분석을 바탕으로 국내에서 분리된 biovar 3 균주는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 나누어진 바 있다. 본 연구에서는 차등되는 RAPD 밴드의 염기서열로부터 6개 subgroup 각각에 특이적인 SCAR primers를 개발하였다. 각 subgroup에 특이적인 이들 primers를 사용하여 2011-2017에 국내에서 분리한 biovar 3 균주들의 subgroup 분포를 조사하였다. 조사된 54개 균주 중 35개(64.8%)가 subgroup V에, 9개(16.7%) 균주가 subgroup IV, 4개(7.4%)가 subgroup VI, 3개(5.6%) 균주가 subgroup VII, 2개(3.7%)가 subgroup VIII, 그리고 1개(1.9%) 균주가 subgroup I에 속하였다. Subgroups IV, V 및 VI에 속하는 균주들은 각각 중국, 뉴질랜드, 칠레 균주와 연관이 있었다. 이 연구에 따르면 우리나라의 biovar 3 균주들은 유전적으로 다양하며 꽃가루를 통해 외국으로부터 유입된 것으로 추정된다.

• 식물병연구
• /
• 제17권1호
• /
• pp.66-74
• /
• 2011

2005년 울릉도에 자생하고 있는 산마늘에 대하여 바이러스병을 조사하기 위하여 성인봉 부근에서 61점의 시료를 채집하였다. 채집한 시료를 동정하기 위해 전자현미경 검경과 종 특이적 프라이머(GCLV, LYSV, SLV, OYDV) 및 속 특이적 프라이머(Allexivirus)를 이용하여 RT-PCR을 각각 수행하였다. 전자현미경 검경을 실시한 결과 61점의 시료중 4점의 시료에서 600~900 nm의 긴 사상형 입자가 관찰되었으며, RT-PCR 진단결과 SLV가 4점, 이 중 하나는 Allexivirus가 복합감염되었다. 바이러스에 감염된 산마늘은 외관상으로 병징을 나타내지 않았다. RT-PCR 분석결과 SLV와 Allexivirus로 동정된 울릉도 산마늘 바이러스의 외피단백질 유전자 염기서열을 비교 분석하였다. 분석결과, SLV로 분류된 울릉도 산마늘 바이러스 개체간은 약 99%의 상동성을 가지고 있었으며, 이전에 보고된 다양한 SLV와 GLV의 strain과의 염기 서열의 비교에서는 75.7~83.7%의 상동성을 보였으며 아미노산 서열의 비교는 89.2~97.0%의 높은 상동성을 나타냈다. 또한 산마늘에서 검출된 GarV-A는 이전에 마늘에서 보고된 GarV-A와 99.2% 외피단백질 유전자 염기서열 상동성을 보였으며, 아미노산 서열은 98% 상동성을 보였다. 그러나 다른 Allexiviruses(GarV-C, GarV-E, GarV-X, GMbMV and Shal X)와 아미노산 서열을 비교한 결과 60.6%~81.5%의 상대적으로 낮은 상동성을 보였다. 이러한 자료들을 바탕으로 산마늘에서 분리한 SLV와 GarV-A를 각각 SLV-Ulleungdo와 GarV-A-Ulleungdo로 명명하였다. 본 논문은 산마늘에서 발생하는 바이러스에 대한 첫 번째 보고이다.

• 생명과학회지
• /
• 제19권3호
• /
• pp.378-383
• /
• 2009

본 연구는 Agrobacterium을 이용한 효율적인 호접란 형질 전환 시스템의 확립을 위해 실시하였고, 호접란 PLB의 대량증식을 위한 배지 조성은 하이포넥스 기본 배지에 활성탄 1g/l, 티아민 0.1 mg/l 및 sucrose 30 g/l을 배지에 첨가한 경우 PLB가 안정적으로 증식되었다. 계대 배양시 PLB 절단 방법이 PLB의 생존과 증식에 큰 영향을 미치며, PLB 위쪽으로 부터 1/3 부위를 절단하여 계대 배양한 경우 90% 이상의 가장 높은 증식률을 나타났다. Agrobacterium 접종 시 균이 묻어 있는 침으로 PLB를 찔러 상처를 내는 dipping 방법을 이용하여 형질전환 효율을 높일 수 있었다. Agrobacterium 배양액의 흡광도 값이 0.8일 때 형질전환 효율이 가장 높았고, 형질전환된 PLB의 선발은 1 mg/l 정도의 저농도 hygromycin을 함유한 배지에 계대배양 하는 것이 효율적이었다. 호접란 형질전환체를 먼저 GUS assay를 통하여 선발하였고, 선발된 개체로부터 genomic DNA를 추출하여 GUS 특이적 primer와 probe로 PCR과 Southern blot 분석을 수행하고 유전자의 도입여부를 조사한 결과 GUS 염색된 형질전환체에서 정상적으로 GUS 유전자가 도입된 것을 확인할 수 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제23권5호
• /
• pp.703-709
• /
• 2013

본 연구에서는 ESBL을 생성하는 Escherichia coli의 Extended-spectrum ${\beta}$-lactamase (ESBL) 유전자와 퀴놀론 내성결정부위(qnr)의 유전자형과 항생제 내성 양상을 규명하고자 하였다. 임상검체에서 분리 된 E. coli 274개 균주를 대상으로 double-disk synergy test 검사를 실시하여 42개의 ESBL 생성 균주를 분리하였다. 검체별로는 소변에서 28균주가 분리되었으며, 객담에서 6균주, 농에서 3균주, 상처에서 2균주, 혈액에서 2균주 그리고 조직에서 1균주가 분리되었다. 이 균주들을 대상으로 ESBL 유전자와 퀴놀론 내성 유전자를 PCR을 이용하여 검색하였다. 35개의 균주가 1개 혹은 2개의 ESBL 유전자를 보유하고 있었다. ESBL 유전자의 분포는 CTX-M-1이 가장 많았으며, CTX-M-9과 TEM 유전자 순이었다. SHV, CTX-M-2와 CTX-M-8는 검출되지 않았다. qnr 유전자는 10개 균주에서 검출되었으며 유전형별로는 qnrB4, qnrB1, qnrS 1 순이었다. 2가지 이상의 ESBL 유전자를 동시에 보유한 균주와 ESBL과 qnr 유전자를 동시에 보유한 균주가 검출되었다. ESBL 유전자 보유균주는 cefotaxmie (80.0%), levofloxacin (82.9%)과 ampicillin (100%)에 고도내성을 보였다. qnr 유전자 보유 균주의 cefotaxmie, levofloxacin과 ampicillin에 대한 내성율은 각각 70%, 70%, 100%였다. ESBL 유전자들간의 그리고 qnr 유전자와의 동시 보유가 항생제 내성에 미치는 상승효과는 없었다. qnr 유전자 보유와 퀴놀론에 대한 내성 사이의 상관관계도 없었다.

• 미생물학회지
• /
• 제36권3호
• /
• pp.216-220
• /
• 2000

부산시 동아대학병원으로 내원한 83명의 환자 가건물로부터 methcillin 내성 Stphylococcus aureus(MRSA) 88 균주를 분리하고 응고 효소의 유형별 분석과 다약제 내성의 상호 관계를 연구하였다. 농(64.7%), 객담(26.2%), 기타 혈액, 장액 및 뇨로부터 균주가 분리되었고 mec A 유전자에 특이적인 primer 5'-AAAATCGATGGTAAAGGTT-GGC-3'와 5'-AGTTCTGCAGTACCGGATTTGC3'를 사용하여 PCR을 한결과 86균주에서 mec 유전자가 확인되었다. 응고효소형은 제 III형이 50%m IV형이 12.5%, III형이 6.8%, I, VII, VIII형이 4.5%로 제 II형이 가장 많았으며 제 V형은 전혀 분리되지 않았다. 응고효소형의 병동별 분포는 일반외과에서 제 II형이, 이비인후과 외래에서는 제 IV형이 우점종으로 분리되었다. 항균제 감수성 시험결과, vancomycin과 teicoplanin에서 전균주가 감수성을 나타내었었고 penionillin, cephalothin, erythromycin, gentamycin, imipenem, clindamycin, ciprofloxacin과 oxacillin등 8가지의 항균제에 대하여 동시내성을 나타낸 균주가 71주 (81%)였다. 항균제 내성과 응고효소형과의 상관관계는 없었다.

• 식물병연구
• /
• 제25권1호
• /
• pp.16-21
• /
• 2019

잿빛곰팡이병은 Botrytis cinerea가 원인균으로 알려져 있으며 장미 재배와 유통 시에 문제가 되고 있다. 그러나 병원균 균주와 장미 품종에 따른 발병정도의 차이를 연구한 결과가 없어 이를 구명하고자 하였다. 장미 재배 지역에서 분리한 균주를 수집하고 병원 균주별 장미 품종별 발병정도를 확인한 결과는 다음과 같다. 서울시립대에서 11종, 국립원예특작과학원에서 3종, 경기도농업기술원 장미재배온실에서 2종을 분리하였으며, 분리한 균주를 ribosomal DNA의 ITS region에 특이적인 primer를 사용하여 동정하였고, sequencing을 통해 염기서열을 비교한 결과 큰 차이가 없음을 확인하였다. 잿빛곰팡이 균주별 발병정도의 차이를 확인하기 위해 장미 품종인 샤만트 품종에 대하여 Botrytis cinerea 균주별 발병정도의 차이를 0-5의 단계로 나누어 조사하고, Kruskal-Wallis ANOVA를 통해 분석한 결과, 균주에 따라 병원성이 유의적으로 차이를 나타냈다. WNG6_5의 경우 0.24 로 병원성이 가장 낮았으며, WNG6_3의 경우 3.20로 병원성이 가장 높아, 균주별 병원성의 차이는 거의 3.0 정도의 차이를 보였다. 장미 9품종에 대한 발병정도의 차이를 확인하기 위해 균주 WNG6_5, Hwa_1, WNG6_3을 선발하여 분석한 결과 러브레터 품종이 3가지 균주에 대해 저항성을 보였으며, 아이스베어 품종이 감수성을 나타내었다. 본 연구를 통해 장미 품종 및 병원균의 종류에 따라 발병정도의 유의적인 차이와 교호작용의 효과가 존재함을 확인할 수 있었다.