• 한국어류학회지
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• 제33권2호
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• pp.45-56
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• 2021

납자루 Tanakia lanceolata와 한강납줄개 Rhodeus pseudosericeus 간의 속간잡종으로 추정되는 수컷 1개체를 서해안 독립 하천인 보령 대천천에서 채집하였다. 해당 속간잡종 개체의 명확한 기원을 판별하기 위하여 형태학적 및 분자계통학적 분석을 수행하였다. 형태학적 분석 결과, 속간잡종 개체의 등지느러미 앞쪽 상단과 뒷지느러미 가장자리의 색상, 등과 배 쪽 색상 등은 납자루의 형태적 특징을 따랐으며, 미병부 중앙에 파란색 체측종대가 존재하는 점, 측선이 불완전한 점, 입수염이 없는 점 등은 한강납줄개의 형태적 특징을 따랐다. 또한, 미토콘드리아 DNA의 cytb 유전자 분석 결과, 속간잡종 개체는 납자루와 99.82~100%의 염기서열 유사도를 나타내어, 모계 종은 납자루로 판단되었다. 핵 DNA의 rag1 유전자 분석 결과, 속간잡종 개체는 납자루와 한강납줄개 간의 단일염기다형성 부위(38 bp)를 모두 반영하는 double peaks 양상을 나타내어, 부계 종은 한강납 줄개로 판단되었다. 따라서 본 연구에서 분석한 납자루아과 자연 잡종 추정 개체는 암컷 납자루와 수컷 한강납줄개 간의 속간잡종으로 판명되었다.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.318-327
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• 2007

본 연구는 여수연안해역에서 채 집 한 보름달 둥근 물해파리를 대상으로 ITS 부위와 미토콘드리아 유전자 염기서열을 이용하여 계통유연관계를 보왔다. ITS 부위를 증폭시키 기 위하여 F5와 R5 primer, 미토콘드리아 COI 유전자 증폭을 위하여 LCO1490과 HCO2198 primer를 사용했다. 증폭은 ITS에서 267 bp, COI에서 643 bp로 나타났다. 한국산 물해파리와 미국 캘리포니아에서 채집한 Aurelia sp.가 유전적 거리가 가장 짧은 0.023을 보인 반면에, 한국산과 미국산, 스웨덴산 물해파리는 동일한 종이지만 유전적 거리가 0.393에서 0.395로 매우 먼 것으로 나타났다. COI유전자의 경우 한국산과 영국산, 터어키산, 스웨덴산, 미국산 물해파리의 유전적 거리 범위는 0.201에서 0.205로 나타났다. 그러나 한국산과 미국산의 bootstrap은 100% 자매군으로 보였다. COI 유전자에 대한 한국산과 미국산 2차 RNA folding 구조를 볼 때 동일한 에너지 하에서도 상이한 2차 folding을 보였다. 따라서 ITS1과 COI 유전자는 보름달 둥근 물해파리 개체군의 생물지리학적 분포 조사를 위하여 유용한 도구로 활용될 것으로 추측된다.

• 한국어병학회지
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• 제18권3호
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• pp.205-214
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• 2005

최근 2년간 동해안 지역 넙치 양식장의 양식 넙치에 피해를 일으키는 P. damselae 균을 분리하였으며, 분리된 P. damselae의 16s rRNA 염기 서열은 P. damselae subsp. damselae ATCC 33539와 99%의 상동성을 나타내었다. 분리 균주는 Pedersen et al.(1997)의 biotype과 비교한 결과, biotype No 8과 동일하게 나타났으며, P. damselae subsp. damselae ATCC 33539의 LPS와 동일한 단백질 패턴을 나타내었다. 넙치의 병어로부터 P. damselae와 Vibrio 속 세균의 감염 상태를 조사한 결과, P. damselae가 가장 높은 감염율을 나타내었고, 그 다음으로 V. anguillarum, V. splendidus, V. harveyi와 V. ordalii순으로 감염율이 나타났다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제29권2호
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• pp.144-151
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• 2013

Two marine hypotrichous ciliates, Anteholosticha petzi and Ponturostyla enigmatica, were collected from the Yellow Sea and the Korea Strait, respectively, and described using live observation and protargol-impregnated specimens. Furthermore, the nuclear small subunit ribosomal RNA gene of each was sequenced and compared to previously annotated sequences retrieved from the GenBank. Anteholosticha petzi is characterized by 3 frontal cirri (FC), 2 frontoterminal cirri (FTC), 8-12 transverse cirri (TC), 1 buccal cirrus (BC), 9-12 midventral pairs (MP), 3 bipolar dorsal kineties (DK), and 3 types of colorless cortical granules. Ponturostyla enigmatica is characterized by 8 FC, 5 ventral cirri (VC), 5-7 TC, 6-7 marginal rows (MR) on each side, 4 complete and 2-3 partial DK, and greenish cortical granules. This is the first identification and description of these 2 species, A. petzi and P. enigmatica, in South Korea.

• 생명과학회지
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• 제18권6호
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• pp.759-763
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• 2008

2007년 전라남도 여수시 남면 안도리에서 발견된 국내 미기록종 해오말은 지리적으로 열대부터 아열대까지 넓게 분포하는 식물로서 열매를 만든다. 잎의 모양은 계란형에 가깝고, 입꼭지는 견고하고 잎을 지지하고 있다. 뿌리는 불규칙적으로 뻗어있고, 뿌리 사이로 꽃이 형성되어 있다. 잎맥은 잎의 가장자리와 공간을 유지하고 있다. ITS1과 ITS2 부위은 한국산과 일본산 해오말은 100% 동일한 염기서열을 나타내고 있으나, 5.8S에서 한국산 해오말은 202 bp에서 206 bp까지 4개의 염기가 삽입된 것이 보였다. ITS 부위에 대한 한국산 해오말은 일본산과 동일한 유전적 clade을 나타내었으나, 필리핀, 호주, 베트남, 말레이시아산 해오말과는 유전적 분리를 보였다. 따라서 한국산 해오말은 일본에서 gene flow로 된 것으로 추정되며, 아열대성인 해오말이 우리나라 연안에 나타난 것은 기후변동에 의한 수온상승과도 밀접한 관계가 있는 것으로 보인다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2005년도 생물공학의 동향(XVII)
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• pp.340-342
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• 2005

한천분해 세균은 제주 연안의 해수로부터 분리되어졌다. 균주는 Gram 음성 간균이며, 절대 호기성 세균이다. 균주는 agarase를 생성하여 한천을 분해하는 것으로 관찰되었다. 균주의 생화학적 특성과 16S rRNA 유전자 염기서열 분석한 결과 Agarivorans속으로 동정 되었다. 그래서 Agarivorans sp. JA1이라 명명하였다. agarase의 최적 생산을 위한 agar농도는 0.5%이며, pH, 온도와 NaCl 농도는 각각 pH 7, $25^{\circ}C$ $^{\sim}$ $30^{\circ}C$와 2%였다. 유기태과 무기태는 각각 yeast extract와 $NaNO_3$를 첨가 할 경우 agarase 생성이 가장 좋은 것으로 사료되었다. Agarase의 최적 생산 활성 측정은 DNS법(3,5-dinitrosalicyclic acid procedure)을 이용하여 환원당 값을 산출하였고, 50000(U/L)이상 나왔다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제32권1호
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• pp.1-8
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• 2016

Vermamoeba vermiformis is a very important free-living amoeba for human health in association with Legionnaires' disease and keratitis. This interesting amoeba was firstly isolated from a freshwater of Dokdo (island), which was historically used for drinking water. Trophozoites and cyst forms of V. vermiformis strain MG1 are very similar to previous reported species. Trophozoites of V. vermiformis strain MG1 showed cylindrical shape with prominent anterior hyaline region. The average ratio of length and width was about 6.5. Typically, cysts of the strain MG1 showed a spherical or slightly ovoidal shape with smooth wall, and lacked cyst pores. Some cysts had crenulate-walled ectocyst, which was separated from endocyst wall. Further, 18S rRNA gene sequence of V. vermiformis strain MG1 showed very high similarity to other V. vermiformis species (99.4%-99.9% identity). Molecular phylogenetic analysis based on 18S rRNA gene sequences clearly confirmed that the isolate was one strain of V. vermiformis with maximum bootstrap value (maximum likelihood: 100%) and Bayesian posterior probability of 1. Thus, the freshwater of Dokdo in Korea could harbor potentially pathogenic amoeba that may cause diseases in humans.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제16권2호
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• pp.125-129
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• 2013

Vibrio ichthyoenteri is a facultatively anaerobic gram-negative bacterium with straight or slightly curved rod morphology. The bacterium is an etiological agent of bacterial enteritis of Olive flounder Paralichthys olivaceus. Only a handful of studies, using a limited number of isolates, have investigated the phenotypic and genetic characteristics of V. ichthyoenteri. We isolated 40 V. ichthyoenteri strains, identified based on the 16S rRNA gene sequence, from the diseased flounder larvae and investigated the API 20E and ZYM profiles. The isolates exhibited highly divergent phenotypic characteristics regardless of sampling time point and location, and fish age. Essential enzymes produced by V. ichthyoenteri seemed to be alkaline phosphatase, leucine arylamidase, and N-acetyl-${\beta}$-glucosaminidase. This study reveals a much greater enzymatic and biochemical phenotype diversity than has been evident to date. These results suggest that a given population of V. ichthyoenteri could be heterogeneous in terms of its phenotypic characteristics.

• Journal of Species Research
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• 제12권2호
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• pp.158-164
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• 2023

In March 2021, marine sediment from East Sea samples were suspended in a 2% NaCl solution, and serial dilution was performed in fresh marine and Reasoner's 2A agar. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and showed at least 98.7% sequence similarity with previously reported bacterial species. Finally, seven bacterial strains which were validly published but not reported in Korea, were obtained. These isolates were allocated to the orders Bacillales and Flavobacteriales. The three Flavobacteriales strains are classified into the family Flavobacteriaceae. The other four Bacillales belong to the families Bacillaceae and Paenibacillaceae. The seven unrecorded bacterial strains in this study are classified into seven different genera, which are assigned to Mesobacillus, Paenibacillus, Gramella, Gillisia, Arenibacter, Fictibacillus, and Brevibacillus. During the investigation, the possibility of excavation of various unrecorded species in domestic marine sediment was confirmed. Gram-staining, cell morphology, physiological and basic biochemical characteristics, and phylogenetic analysis were performed in this study and provided in the description of each strain.

• Journal of Species Research
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• 제12권spc2호
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• pp.23-32
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• 2023

During screening for indigenous prokaryotic species in Republic of Korea in 2021, a total of 21 bacterial strains assigned to the phylum Bacteroidota were isolated from a variety of environmental habitats including pine cone, seaweed, soil, sea sediment, brackish water and moss. Based on the 16S rRNA gene sequence similarity value of more than 98.7% and formation of a robust phylogenetic clade with the type strain of the closest bacterial species, it was found that the 21 strains belong to independent and recognized bacterial species. There has been no official report that the identified 21 species have been isolated in Republic of Korea up to date. Therefore, 16 species in six genera of two families in the order Flavobacteriales, two species in two genera of two families in the order Cytophagales, one species in one genus of one family in the order Chitinophagales and two species in one genus of one family in the order Sphingobacteriales are proposed as unrecorded species of the phylum Bacteroidota isolated in Republic of Korea. Their Gram reaction, colony and cell morphology, basic phenotypic characteristics, isolation source, taxonomic status, strain ID and other information are described in the species descriptions.