• Journal of Gastric Cancer
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• 제6권1호
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• pp.25-30
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• 2006

목적: EphB2 수용체는 티로신 키나제 수용체 군에 속하면서 Wnt 신호 전달계의 대상 유전자로 세포의 성장 및 이동을 조절함으로써 종양의 발생과 진행을 억제한다. 연구자들은 한국인 위암에서 EphB2 단백의 발현 변화가 위암의 발생 및 진행에 관여하는지와 위암의 병리 지표들과의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 83예의 파라핀 포매된 위암조직에서 암세포들을 각각 3군데에서 펀치하여 새로운 파라핀 블록으로 옳겨 위암의 고집적 tissue microarray를 제작하였다. Tissue microarray 절편에서 EphB2 단백에 대한 항체로 면역조직화 학염색을 실시한 후 그 발현 양상을 병리 지표들인 조직학적 분류, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막 파종과의 연관성을 조사하였다. 결과: EphB2 단백은 정상 위 점막 상피세포의 세포막과 세포질에서 발현되고 있었고 조사된 83예의 위암 중 30예 (36.1%)에서 발현이 소실되었다. 흥미롭게도 EphB2 단백의 발현 소실은 위암의 림프절 전이와 통계적으로 연관성이 있었으나 조직학적 분류, 침습 정도 및 복막 파종과는 연관성이 없었다. 결론: 이러한 소견들은 EphB2 수용체 단백의 발현 소실이 위암의 발생 및 진행에 있어 중요한 과정 중의 하나임을 의미한다.

• 생명과학회지
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• 제21권9호
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• pp.1219-1225
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• 2011

파이토케미칼은 식물유래의 비 영양 성분으로서 항염증, 항산화, 및 화학적 암 예방 등의 생리활성을 가지고 있는 물질이다. 본 연구에서, 우리는 다섯 가지의 다른 파이토케미칼(resveratrol, genistein, epicatechin gallate, diallyl disulfide, caffeic acid phenethyl ester)이 대장암 세포주의 성장과 유전자 발현에 미치는 영향을 연구하였다. 세포 생존율 연구결과, 처리한 ECG를 제외한 모든 파이토케미칼에 의해 농도의존적으로 세포생존율이 감소함을 확인하였다. 또한, oligo DNA microarray 실험을 통해 다섯 종류의 파이토케미칼에 의해 공통적으로 증가 되는 유전자 6개와 공통적으로 발현이 감소되는 유전자 7개를 선별하였다. 공통적으로 발현이 증가되는 유전자를 선택하여 RT-PCR 방법을 통해 발현을 증명하였다. 또한, 파이토케미칼에 의한 NAG-1 단백질의 발현 증가도 확인하였다. 이러한 연구결과는 파이토케미칼에 의해 중재되어 지는 화학적 암 예방법의 일반적인 분자 기전을 이해하는데 도움을 줄 것으로 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권12호
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• pp.6239-6244
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• 2012

Background: The basal cell carcinoma (BCC) is the most common non-melanoma skin cancer (NMSK). BCC might develop because of the faulty cell cycle arrest. $p15^{INK4b}$ is a tumor suppressor gene, involved in cell cycle arrest and inactivated in most human cancers. The role of $p15^{INK4b}$ protein expression in the genesis of BCC is as yet unknown. In a previous study we showed the absence of $p15^{INK4b}$ expression in the majority of tissue microarray cores of cutaneous squamous cell carcinoma (SCCs), another type of non-melanoma skin cancer, indicating that $p15^{INK4b}$ could possibly be involved in the pathogenesis of cutaneous SCC. The aim of this study was to investigate $p15^{INK4b}$ protein expression in BCCs. Materials and Method: Protein expression of $p15^{INK4b}$ in 35 cases of BCC tissue arrays and 19 cases of normal human skin tissue was studied using an immunohistochemical approach. Results: The expression of $p15^{INK4b}$ was not significantly different in the BCC cases as compared with normal human skin (p=0.356; p>0.05). In addition, there were no significant relationship between clinicopathologic variables of patients (age and sex) and $p15^{INK4b}$ protein expression. Conclusions: Our finding may indicate that $p15^{INK4b}$ protein expression does not play a role in the genesis of BCC.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제24권1호
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• pp.24-40
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• 2007

배경 : 골관절염은 단순 노화로 인한 질병이 아니라 연골대사의 이상으로 인한 기계적 그리고 생화학적 불안정성이 나타나는 질환이다. Transforming growth factor-${\beta}$와 같이 연골세포의 기능을 향상시키는 촉진인자가 있는 반면 Interleukin(IL)-1이나 Tumor necrosis factor-${\alpha}$는 염증반응을 증가시킨다. 이중 IL-1은 골관절염의 병인에서 가장 중요한 염증 유발 인자로 알려져 있으며 이에 대한 자료도 축적되고 있다. 이 논문의 목적은 IL-$1{\beta}$에 대한 human chondrosarcoma cell (SW1353)의 유전자 발현 양상을 파악하여 골관절염 병인의 이해를 증대시키는데 있다. 재료 및 방법 : Chondrosarcoma cell line (SW 1353)은 연골세포의 IL-$1{\beta}$를 통한 세포노화에 대한 유전자 조절을 실험실에서 연구하는데 유용한 것으로 알려져 있다. 골관절염에서 IL-1에 의한 전체적인 유전자 발현의 변화를 연구하고 분석하기 위해 SW1353을 각각 1시간, 6시간, 24시간동안 IL-1에 노출시킨후 각각 총 RNA를 정제하였다. 유전자 발현의 변화는 17k human cDNA microarray로 분석하였고 semiquantitative RT-PCR로 확인하였다. 결과 : Metallothioneins, matrix metalloproteinases, extracellular proteins, antioxidant protein, cytoskeletal proteins, cell cycle regulatory proteins, 세포성장과 세포 자멸사에 대한 단백질, signal protein, transcriptional factor를 포함한 1,200개 유전자에서 2배 이상의 변화가 관찰되었다. 이러한 변화는 초기 관절염에서 보이는 병리생리학적 변화와 상관관계가 있는 것으로 생각된다. 결론 : cDNA microarray 분석으로 유전자 발현의 의미있는 변화를 관찰하였으며 골관절염 발병기전에서 분자생물학적 변화에 대한 인식과 치료 목표를 정립하는데 대한 새로운 자료로서 가치가 있을 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.39-47
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• 2015

방선균이 생산하는 이차대사산물은 자기조절인자(${\gamma}$-butyrolactone autoregulator)라고 불리는 저분자의 신호전달물질과 이에 특이적으로 결합하는 autoregulator receptor protein의 상호작용에 의해 조절되는 것으로 알려져 있다. 그러므로 non-host에 autoregulator receptor 혹은 pleiotropic regulator의 발현은 이차대사산물 혹은 새로운 대사화합물의 효율적인 생산을 유도할 것으로 기대된다. 희소방선균 Saccharopolyspora erythreae으로부터 receptor (seaR) 유전자의 기능을 연구하기 위해 다른 속의 균주인 Streptomyces coelicolor A3(2)로 seaR 유전자를 삽입하여 형질전환하였다. S. coelicolor A3(2)의 형질전환은 oriT, attP, $ermEp^*$과 seaR gene 단편을 가지고 있는 ${\Phi}C31$ 유래의 integration vector인 pEV615 (6.6 kb)를 이용하여 Escherichia coli ET12567/pUZ8002를 DNA 공여체로 이용한 접합전달법을 사용하여 확립하였다. seaR 유전자의 삽입 유무는 PCR방법으로 확인하였고, seaR 유전자의 전사 발현은 RT-PCR방법으로 확인하였다. S. coelicolor A3(2)의 경우 표현형 microarray 실험을 통하여 seaR 유전자의 발현에 따른 표현형의 변화를 확인하였다. 특히, 표현형 microarray 실험에 나타난 tetracycline 항생제 기질에 대하여 wild type이 transformant에 비해 빠르게 성장하는 것은 항균제 감수성 검사와 일치하였다. 이는 tetracycline 생합성 유전자 및 내성 유전자의 발현 억제에 따른 변화라고 예상할 수 있으며 이를 위하여 tetracycline 생합성 관련 유전자 및 내성 유전자의 발현 패턴 분석등과 같은 분자 수준에서의 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제5권3호
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• pp.200-205
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• 2005

목적: Zinc finger를 가진 KLF4는 위장관 상피세포의 항상성 유지에 중요한 역할을 하는 종양억제유전자이다. 연구자들은 KLF4 단백의 발현 변화가 위암의 발생에 관여하는지를 파악하고 위암의 병리 지표들과 연관성이 있는지를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 84예의 파라핀 포매된 위암조직에서 암세포들을 각각 3군데에서 펀치하여 새로운 파라핀 블록으로 옮겨 위암의 tissue microarray를 제작하였다. Tissue microarray 절편에서 KLF4 단백에 대한 항체로 면역화학염색을 실시한 후 발현 양상을 병리 지표들인 조직학적 소견, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막파종 등과의 연관성을 조사하였다. 결과: KLF4 단백은 위점막의 표면과 소와 상피세포의 세포질과 핵에서 주로 발현되고 있었고 조사된 위암 84예 중 43예(51.2%)에서 발현이 현저히 저하되어 있거나 소실되어 있었다. 이러한 KLF4 단백의 발현 소실은 조직학적 소견, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막파종과는 통계적으로 연관성이 없었다. 결론: 이러한 연구 결과는 KLF4 단백의 발현 소실이 위장관 상피세포의 비정상적인 성장과 분화를 유도하고 위암의 발생 초기에 관여한다는 것을 의미한다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제3권2호
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• pp.88-92
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• 2003

Purpose: Mounting evidence suggests that alterations of Akt/protein kinase B (PKB) play an important role in tumorigenesis. Phosphorylated Akt regulates many of the key effector molecules involved in apoptosis, angiogenesis, and cell-cycle progression during tumorigenesis. The expression of phosphorylated Akt has been described in some human malignancies, but not in primary human gastric cancer. The purpose of this study was to explore the expression status of phosphorylated Akt protein in gastric carcinomas. Materials and Methods: In the current study, we analyzed the expression of phosphorylated Akt protein in 60 advanced gastric adenocarcinomas by using immunohistochemistry and a tissue microarray approach. Results: Immunopositivity (defined as $\geq\30\%$) was observed for the phosphorylated Akt in 42 ($70\%$) of the 60 cancers. Normal gastric mucosal cells showed no or weak expression of phosphorylated Akt protein. Conclusion: Taken together, these results indicate that Akt is frequently activated in gastric adenocarcinoma cells and suggest that phosphorylayed Akt may play a role in the development of human gastric adenocarcinomas.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2003년도 제2차 연례학술대회 발표논문집
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• pp.164-169
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• 2003

In this paper, we propose the integrated Bayesian network framework to reconstruct genetic regulatory networks from genome expression data. The proposed model overcomes the dimensionality problem of multivariate analysis by building coherent sub-networks from confined gene clusters and combining these networks via intermediary points. Gene Shaving algorithm is used to cluster genes that share a common function or co-regulation. Retrieved clusters incorporate prior biological knowledge such as Gene Ontology, pathway, and protein protein interaction information for extracting other related genes. With these extended gene list, system builds genetic sub-networks using Bayesian network with MDL score and Sparse Candidate algorithm. Identifying functional modules of genes is done by not only microarray data itself but also well-proved biological knowledge. This integrated approach can improve there liability of a network in that false relations due to the lack of data can be reduced. Another advantage is the decreased computational complexity by constrained gene sets. To evaluate the proposed system, S. Cerevisiae cell cycle data [1] is applied. The result analysis presents new hypotheses about novel genetic interactions as well as typical relationships known by previous researches [2].

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권1호
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• pp.130-137
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• 2007

A disease resistance related gene, MbR7, was identified in the wild apple species, Malus baccata. The MbR7 gene has a single open reading frame (ORF) of 3,288 nucleotides potentially encoding a 1,095-amino acid protein. Its deduced amino acid sequence resembles the N protein of tobacco and the NL27 gene of potato and has several motifs characteristic of a TIR-NBS-LRR R gene subclass. Ectopic expression of MbR7 in Arabidopsis enhanced the resistance against a virulent pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Microarray analysis confirmed the induction of defense-related gene expression in 35S::MbR7 heterologous Arabidopsis plants, indicating that the MbR7 gene likely activates a downstream resistance pathway without interaction with pathogens. Our results suggest that MbR7 can be a potential target gene in developing a new disease-resistant apple variety.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제51권2호
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• pp.50-56
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• 2008

As one way to approach to cold defense mechanism in plants, we previously identified the gene for protein-tyrosine phosphatase (CaTPP1) from hot pepper (Capsicum annuum) using cDNA microarray analysis coupled with Northern blot analysis. We showed that the CaTPP1 gene was strongly induced by cold, drought, salt and ABA stresses. The CaTPP1 gene was engineered under control of CaMV 35S promoter for constitutive expression in transgenic tobacco plants by Agrobacterium-mediated transformation. The resulting CaTPP1 transgenic tobacco plants showed significantly increased cold stress resistance. It also appeared that some of the transgenic tobacco plants showed increased drought tolerance. The CaTPP1 transgenic plants showed no visible phenotypic alteration compared to wild type plants. These results showed the involvement of protein tyrosine phosphatase in tolerance of abiotic stresses including cold and drought stress.