Lee, So Eui;Gupta, Ravi;Jayaramaiah, Ramesha H.;Lee, Seo Hyun;Wang, Yiming;Park, Sang-Ryeol;Kim, Sun Tae
The Plant Pathology Journal
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v.33
no.5
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pp.458-466
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2017
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), the causative agent of bacterial blight, is a major threat to rice productivity. Here, we performed RNA-Seq based transcriptomic analysis of Xoo transcripts isolated under in planta growth (on both susceptible and resistant hosts) and in vitro culture conditions. Our in planta extraction method resulted in successful enrichment of Xoo cells and provided RNA samples of high quality. A total of 4,619 differentially expressed genes were identified between in planta and in vitro growth conditions. The majority of the differentially expressed genes identified under in planta growth conditions were related to the nutrient transport, protease activity, stress tolerance, and pathogenicity. Among them, over 1,300 differentially expressed genes were determined to be secretory, including 184 putative type III effectors that may be involved in Xoo pathogenicity. Expression pattern of some of these identified genes were further validated by semi-quantitative RT-PCR. Taken together, these results provide a transcriptome overview of Xoo under in planta and in vitro growth conditions with a focus on its pathogenic processes, deepening our understanding of the behavior and pathogenicity of Xoo.
Fusarium culmorum is one of the most important causal agents of root rot of wheat. In this study, 10 F. culmorum isolates were collected from farms located in five agro-ecological regions of Morocco. These were used to challenge 20 durum wheat genotypes via artificial inoculation of plant roots under controlled conditions. The isolate virulence was determined by three traits (roots browning index, stem browning index, and severity of root rot). An alpha-lattice design with three replicates was used, and the resulting ANOVA revealed a significant (P < 0.01) effect of isolate (I), genotype (G), and G × I interaction. A total of four response types were observed (R, MR, MS, and S) revealing that different genes in both the pathogen and the host were activated in 53% of interactions. Most genotypes were susceptible to eight or more isolates, while the Moroccan cultivar Marouan was reported resistant to three isolates and moderately resistant to three others. Similarly, the Australian breeding line SSD1479-117 was reported resistant to two isolates and moderately resistant to four others. The ICARDA elites Icaverve, Berghisyr, Berghisyr2, Amina, and Icaverve2 were identified as moderately resistant. Principal component analysis based on the genotypes responses defined two major clusters and two sub-clusters for the 10 F. culmorum isolates. Isolate Fc9 collected in Khemis Zemamra was the most virulent while isolate Fc3 collected in Haj-Kaddour was the least virulent. This work provides initial results for the discovery of differential reactions between the durum lines and isolates and the identification of novel sources of resistance.
Cylindrocarpon destructans/Ilyonectria radicicola is thought to cause both rusty symptom and root-rot disease of American and Korean ginseng. Root-rot disease poses a more serious threat to ginseng roots than rusty symptoms, which we argue result from the plant defense response to pathogen attack. Therefore, strains causing rotten root are characterized as more aggressive than strains causing rusty symptoms. In this review, we state 1- the molecular evidence indicating that the root-rot causing strains are genetically distinct considering them as a separate species of Ilyonectria, namely I. mors-panacis and 2- the physiological and biochemical differences between the weakly and highly aggressive species as well as those between rusty and rotten ginseng plants. Eventually, we postulated that rusty symptom occurs on ginseng roots due to incompatible interactions with the weakly aggressive species of Ilyonectria, by the established iron-phenolic compound complexes while root-rot is developed by I. morspanacis infection due to the production of high quantities of hydrolytic and oxidative fungal enzymes which destroy the plant defensive barriers, in parallel with the pathogen growth stimulation by utilizing the available iron. Furthermore, we highlight future areas for study that will help elucidate the complete mechanism of root-rot disease development.
Rice blast disease, caused by Magnaporthe oryzae, results in an extensive loss of rice productivity. Previously, we identified a novel M. oryzae secreted protein, termed MSP1 which causes cell death and pathogen-associated molecular pattern (PAMP)-triggered immune (PTI) responses in rice. Here, we report the transcriptome profile of MSP1-induced response in rice, which led to the identification of 21,619 genes, among which 4,386 showed significant changes (P < 0.05 and fold change > 2 or < 1/2) in response to exogenous MSP1 treatment. Functional annotation of differentially regulated genes showed that the suppressed genes were deeply associated with photosynthesis, secondary metabolism, lipid synthesis, and protein synthesis, while the induced genes were involved in lipid degradation, protein degradation, and signaling. Moreover, expression of genes encoding receptor-like kinases, MAPKs, WRKYs, hormone signaling proteins and pathogenesis-related (PR) proteins were also induced by MSP1. Mapping these differentially expressed genes onto various pathways revealed critical information about the MSP1-triggered responses, providing new insights into the molecular mechanism and components of MSP1-triggered PTI responses in rice.
Gyaneshwar, P.;Reddy, Pallavolu M.;Ladha, Jagdish K.
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.10
no.5
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pp.694-699
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2000
Serratia marcescens IRBG500 and Herbaspirillum seropedicae Z67 grow endophytically in rice. The ability of these bacteria to colonize rice grown under increased nutrient availability was assessed in variety IR72 using strains marked with transposon-based gusA. The endophytic colonization was monitored via bacterial enumeration and histochemical visualization of GUS expression of bacteria in plant tissues. Rhizoplane and endophytic colonization by both bacteria was significantly inhibited in the rice plants grown in the presence of 10 mM $NH_4Cl$. In contrast, the addition of 10 mM $KNO_3$ showed no adverse effect on colonization. Increasing the concentration of $Ca^{2+}$ to 5 mM significantly reduced endophytic colonization by both bacterial strains, whereas the addition of 0.5 mM $Fe^{2+}$ substantially lowered the colonization of roots by S. marcescens IRBG500 but showed no effect on colonization by H. seropedicae Z67. Taken together, these finding suggest that, like in legume-rhizobial symbiosis as well as plant-pathogen interactions, nutrient status, particularly $NH_4^+$ and $Ca^{2+}$ concentrations in the surrounding medium, plays an important role in the regulation of endophytic infection and colonization processes in rice.
Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. niveum (Fon) is the most serious soil-borne disease in the world and has become the main limiting factor of watermelon production. Reliable and quick detection and quantification of Fon are essential in the early stages of infection for control of watermelon Fusarium wilt. Traditional detection and identification tests are laborious and cannot efficiently quantify Fon isolates. In this work, a real-time polymerase chain reaction (PCR) assay has been described to accurately identify and quantify Fon in watermelon plants and soil. The FONRT-18 specific primer set which was designed based on identified specific sequence amplified a specific 172 bp band from Fon and no amplification from the other formae speciales of Fusarium oxysporum tested. The detection limits with primers were 1.26 pg/µl genomic DNA of Fon, 0.2 pg/ng total plant DNA in inoculated plant, and 50 conidia/g soil. The PCR assay could also evaluate the relationships between the disease index and Fon DNA quantity in watermelon plants and soil. The assay was further used to estimate the Fon content in soil after disinfection with CaCN2. The real-time PCR method is rapid, accurate and reliable for monitoring and quantification analysis of Fon in watermelon plants and soil. It can be applied to the study of disease diagnosis, plant-pathogen interactions, and effective management.
To establish an infection, fungal pathogens must recognize diverse signals from host surfaces. The rice blast fungus, Magnaporthe oryzae, is one of the best models studying host-pathogen interactions. This fungus recognizes physical or chemical signals from the host surfaces and initiates the development of an infection structure called appressorium. Here, we found that protein MoAfo1(appressorium formation, MGG_10422) was involved in sensing signal molecules such as cutin monomers and long chain primary alcohols required for appressorium formation. The knockout mutant (ΔMoafo1) formed a few abnormal appressoria on the onion and rice sheath surfaces. However, it produced normal appressoria on the surface of rice leaves. MoAfo1 localized to the membranes of the cytoplasm and vacuole-like organelles in conidia and appressoria. Additionally, the ΔMoafo1 mutant showed defects in appressorium morphology, appressorium penetration, invasive growth, and pathogenicity. These multiple defects might be partially due to failure to respond properly to oxidative stress. These findings broaden our understanding of the fungal mechanisms at play in the recognition of the host surface during rice blast infection.
Li Zhang;Dong Li;Min Lu;Zechi Wu;Chaotian Liu;Yingying Shi;Mengyu Zhang;Zhangjie Nan;Weixiang Wang
The Plant Pathology Journal
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v.39
no.4
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pp.361-373
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2023
In plant-pathogen interactions, Magnaporthe oryzae causes blast disease on more than 50 species of 14 monocot plants, including important crops such as rice, millet, and most 15 recently wheat. M. oryzae is a model fungus for studying plant-microbe interaction, and the main source for fungal pathogenesis in the field. Here we report that MoJMJD6 is required for conidium germination and appressorium formation in M. oryzae. We obtained MoJMJD6 mutants (ΔMojmjd6) using a target gene replacement strategy. The MoJMD6 deletion mutants were delayed for conidium germination, glycogen, and lipid droplets utilization and consequently had decreased virulence. In the ΔMojmjd6 null mutants, global histone methyltransferase modifications (H3K4me3, H3K9me3, H3K27me3, and H3K36me2/3) of the genome were unaffected. Taken together, our results indicated that MoJMJD6 function as a nuclear protein which plays an important role in conidium germination and appressorium formation in the M. oryzae. Our work provides insights into MoJMJD6-mediated regulation in the early stage of pathogenesis in plant fungi.
Chitin deacetylase (CDA; EC 3.5.1.41) catalyzes the hydrolysis of N-acetamide bonds of chitin, converting it to chitosan. Chitosan has several applications in areas such as biomedicine, food ingredients, cosmetics, pharmaceuticals, and agriculture. In this paper, occurrence, assay and purification protocols, enzymatic characteristics, substrate specificity, and mode of action of microbial CDAs have been described. Several lines of evidence have substantiated the biological roles involved in cell wall formation and plant-pathogen interactions for fungal CDAs. The gene structure of CDAs has been compared with other family 4 carbohydrate esterases which deacetylate a wide variety of acetylated poly/oligo-saccharides. The use of CDAs for the conversion of chitin to chitosan, in contrast to the presently used chemical procedure, offers the possibility of a controlled, non-degradable process, resulting in the production of well-defined chitosan oligomers and polymers. Insect pathogen that can secrete high levels of chitin-metabolizing enzymes including CDA can be a possible alternative for new pest management tools.
Saprolegniasis is one of the most devastating oomycete diseases in freshwater fish which is caused by species in the genus Saprolegnia including Saprolegnia parasitica. In this study, we isolated the strain of S. parasitica from diseased rainbow trout in Korea. Morphological and molecular based identification confirmed that isolated oomycete belongs to the member of S. parasitica, supported by its typical features including cotton-like mycelium, zoospores and phylogenetic analysis with internal transcribed spacer region. Pathogenicity of isolated S. parasitica was developed in embryo, juvenile, and adult zebrafish as a disease model. Host-pathogen interaction in adult zebrafish was investigated at transcriptional level. Upon infection with S. parasitica, pathogen/antigen recognition and signaling (TLR2, TLR4b, TLR5b, NOD1, and major histocompatibility complex class I), pro/anti-inflammatory cytokines (interleukin $[IL]-1{\beta}$, tumor necrosis factor ${\alpha}$, IL-6, IL-8, interferon ${\gamma}$, IL-12, and IL-10), matrix metalloproteinase (MMP9 and MMP13), cell surface molecules ($CD8^+$ and $CD4^+$) and antioxidant enzymes (superoxide dismutase, catalase) related genes were differentially modulated at 3- and 12-hr post infection. As an anti-Saprolegnia agent, plant based lawsone was applied to investigate on the susceptibility of S. parasitica showing the minimum inhibitory concentration and percentage inhibition of radial growth as $200{\mu}g/mL$ and 31.8%, respectively. Moreover, natural lawsone changed the membrane permeability of S. parasitica mycelium and caused irreversible damage and disintegration to the cellular membranes of S. parasitica. Transcriptional responses of the genes of S. parasitica mycelium exposed to lawsone were altered, indicating that lawsone could be a potential anti-S. parasitica agent for controlling S. parasitica infection.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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