• Mycobiology
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• 제46권2호
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• pp.168-171
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• 2018

In 2016, a severe leaf spot disease was found on Iris ensata Thumb. in Nanjing, China. The symptom was elliptical, fusiform, or irregularly necrotic lesion surrounded by a yellow halo, from which a small-spored Alternaria species was isolated. The fungus was identified as Alternaria iridiaustralis based on morphological characteristics. The pathogenicity tests revealed that the fungus was the causal pathogen of the disease. Phylogenic analyses using sequences of ITS, gpd, endoPG, and RPB2 genes confirmed the morphological identification. This study is the first report of A. iridiaustralis causing leaf spots on I. ensata in China.

• 한국균학회지
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• 제45권3호
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• pp.224-228
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• 2017

The fungal strain, designated KNU16-008, was isolated from field soil in Chungcheongnam-do, Korea. The isolated fungi was characterized by morphological and phylogenetic analyses. Isolated fungus showed typical morphological characteristics of the genus Sporothrix. Based on its phylogenic analysis using internal transcribed spacer (ITS) of rDNA and ${\beta}$-tubulin gene sequences, the strain KNU16-008 was identified as Sporothrix stylites. This species has not been previously reported in Korea.

• Mycobiology
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• 제47권1호
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• pp.120-125
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• 2019

In 2017, small, elliptical, brownish purple spots on spears and ferns of asparagus were found in fields of Gangwon-do. The isolated fungal species was identified as an ascomycete Stemphylium vesicarium based on morphological characteristics and molecular phylogenic analyses including nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), and cytochrome b (cytb). A pathogenicity test revealed that S. vesicarium was the causal agent of purple spot disease on asparagus. The occurrence of purple spots caused by S. vesicarium on asparagus is the first report in Korea.

• ALGAE
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• 제36권4호
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• pp.333-340
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• 2021

Phylotranscriptomics is the study of phylogenetic relationships among taxa based on their DNA sequences derived from transcriptomes. Because of the relatively low cost of transcriptome sequencing compared with genome sequencing and the fact that phylotranscriptomics is almost as reliable as phylogenomics, the phylotranscriptomic analysis has recently emerged as the preferred method for studying evolutionary biology. However, it is challenging to perform transcriptomic and phylogenetic analyses together without programming expertise. This study presents a protocol for phylotranscriptomic analysis to aid marine biologists unfamiliar with UNIX command-line interface and bioinformatics tools. Here, we used transcriptomes to reconstruct a molecular phylogeny of dinoflagellate protists, a diverse and globally abundant group of marine plankton organisms whose large and complex genomic sequences have impeded conventional phylogenic analysis based on genomic data. We hope that our proposed protocol may serve as practical and helpful information for the training and education of novice phycologists.

• The Plant Pathology Journal
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• 제34권5호
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• pp.435-444
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• 2018

Receptor-like proteins (RLPs) are involved in plant development and disease resistance. Only some of the RLPs in tomato (Solanum lycopersicum L.) have been functionally characterized though 176 genes encoding RLPs, which have been identified in the tomato genome. To further understand the role of RLPs in tomato, we performed genome-guided classification and transcriptome analysis of these genes. Phylogenic comparisons revealed that the tomato RLP members could be divided into eight subgroups and that the genes evolved independently compared to similar genes in Arabidopsis. Based on location and physical clustering analyses, we conclude that tomato RLPs likely expanded primarily through tandem duplication events. According to tissue specific RNA-seq data, 71 RLPs were expressed in at least one of the following tissues: root, leaf, bud, flower, or fruit. Several genes had expression patterns that were tissue specific. In addition, tomato RLP expression profiles after infection with different pathogens showed distinguish gene regulations according to disease induction and resistance response as well as infection by bacteria and virus. Notably, Some RLPs were highly and/or unique expressed in susceptible tomato to pathogen, suggesting that the RLP could be involved in disease response, possibly as a host-susceptibility factor. Our study could provide an important clues for further investigations into the function of tomato RLPs involved in developmental and response to pathogens.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제48권4호
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• pp.303-307
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• 2010

Stellantchasmus falcatus is a minute intestinal fluke in the family Heterophyidae. Metacercariae, the infective stage, were reported in a marine fish, mullet Liza subviridis, and a fresh water fish, Dermopgenus pusillus, in Thailand. Adults were found in chicks, rats, cats, and humans. Morphological studies were done for comparing Stellantchasmus sp. worms found in 2 different fish hosts; their shapes and organ arrangements were very similar except for the prepharynx length. Therefore, the present study aimed to compare their DNA fingerprints using the HAT-RAPD method for both types of Stellantchasmus and several other related species. Ten arbitrarily selected primers (OPA-04, OPA-09, OPN-02, OPN-03, OPN-09, OPN-12, OPP-11, OPR-15, OPX-13, and OPAD-01) were used. It was found that OPA-09, OPN-03, and OPAD-01 were able to generate S. falcatus specific fragments in mullets which consisted of 200, 760, and 280 bp, respectively. In addition, the results of morphologic, DNA fingerprinting, and phylogenetic analyses strongly suggest that the fresh water and marine specimens of Stellantchamus may be different species.

• 생명과학회지
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• 제21권10호
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• pp.1452-1459
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• 2011

귤나무속은 운향과(Rutaceae)에 속한다. 동남아시아, 미얀마, 중국 운남에서 기원된 것으로 알려져 있다. 이 속의 분류관계는 복잡한데 클론번식과 야생식물과 교잡이 빈번하다. 식물에서 속간 속내 계통관계 추론을 위해 널리 이용되고 있는 엽록체 trnL-trnF 부위가 있다. 이 귤나무속과 두 근연한 탱자나무속과 금감속에 속하는 7종간 계통 관계를 평가하였다. 많은 삽입이 발견되었고 속내 종간 변이는 결실/삽입에 의한 것으로 밝혀졌다. 이 속의 레몬과 당귤나무은 네 계통도(MP, ML, ME, and NJ)에서 모두 같은 분지군을 형성하여 가장 근연관계에 있었고 광귤나무(향귤나무)과 자매군을 형성하였다. 유자나무는 이들과 많은 서열 차이를 나타내었다. 외부 분지군은 낮은 지지도를 나타내었다.

• 생명과학회지
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• 제21권9호
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• pp.1281-1287
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• 2011

왕대속은 벼과 또는 화본과에 속하는 다년생 목본성 초본이며 아시아의 인도와 중국에 많은 종이 주로 분포한다. 식물에서 속간 속내 계통관계 추론을 위해 널리 이용되고 있는 ITS 부위가 있다. 이 속에 속하는 우리나라 자생 식물 왕대 속내 네 식물종 간 계통 관계를 평가하기 위해 핵 게놈의 ITS 부위로 평가하였다. DNA 서열 배당은 많은 갭(gaps)을 가지고 있었다. 이 속 내 서열 변이는 일부 삽입과 결실이 발견되었고 속내 종간 변이는 자연도태에 의한 것으로 밝혀졌다. 이 속의 오죽과 분죽은 세 계통도(MP, ML, and NJ)에서 모두 같은 분지군을 형성하여 가장 근연관계에 있었다. 기존의 형태학적 특성과 단순 반복 서열(ISSR)의 결과와 유사한 계통 관계를 나타내어 왕대속에서 ITS의 서열이 이들 분류군에 매우 유익한 정보를 제공하고 있음을 시사하였다.

• 생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.311-316
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• 2009

갈조류 모자반과 Pelvetia속은 다세포 조류로 많은 해조류를 포함하고 있으며 북반구 태평양과 대서양에 분포되어 있다. Pelvetia속에 속하는 우리나라의 동종 및 근연한 같은 속내 종에 대해 유전자은행을 통해 밝혀진 ITS에 의한 서열을 이용하여 계통관계를 조사하였다. 한국의 P. babingtonii은 북미의 P. babingtonii AF102957과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. 한국의 P. siliquosa은 역시 북미의 P. siliquosa AF102958과 유사한 핵산서열로 계통도 분석에서 같은 분지군을 형성하였다. Pelvetia 속 내 여러 종간은 결실이나 삽입에 의한 indel이 많은 반면 같은 종내 계통은 치환에 의한 차이가 현저하였다. 이 속은 NJ분석에서 크게 두 분지군으로 나뉘는데 한 그룹은 P. canaliculata와 P. limitata이며 나머지 그룹은 P. siliquosa, P. compressa, P. babingtonii을 포함하고 있었다. ITS 서열로 한국 내 분류군과 북미 간 분류군이 잘 구분되었다. MP 분석에서도 높은 지지도로 잘 구분되었다. 따라서 ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제43권4호
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• pp.307-313
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• 2015

현미는 도정한 백미보다 이로운 영양분을 더 많이 함유하고 있다. 본 연구에서는 현미를 이용하여 만든 현미 발효 슬러리의 이화학적 특성과 항균활성에 대해 시험하였으며, 현미발효슬러리의 항균활성은 paper disc-agar diffusion 방법을 이용하여 6가지 병원성 균주(Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Listeria monocytogenes, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella typhimurium and Yersinia enterocolitica)와 2가지 발효균주(Gluconacetobacter intermedius and Lodderomyces elongisporus)에 대해 항균성을 조사하였다. 특히, Staphylococcus aureus, E. coli, Listeria monocytogenes, P. aeruginosa, Salmonella typhimurium, Y. enterocolitica 그리고 Lodderomyces elongisporus에 대해서는 시판 항생제인 카베니실린과 테트라사이클린보다 더 높은 항균활성을 보였다. 항산화활성은 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) 라디칼 소거능을 이용하여 측정하였을 때, 대표되는 항산화제인 아스코르빅 산과 비슷한 활성을 나타내었다. 현미발효슬러리의 발효중에 나타나는 균주를 동정하기 위해 TSB 고체배지와 YPD 고체배지에 현미발효슬러리를 도포하였을 때, 분리된 콜로니를 16S rDNA sequence 분석을 통하여, 네가지 균주를 분리하였으며, phylogenic tree 분석법을 이용하여 조사하였을 때, 각각 G. intermedius, Lactobacillus casei, Lactobacillus plantarum 그리고 Acetobacter peroxydans와 유사하였다.