• Molecules and Cells
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• 제39권2호
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• pp.141-148
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• 2016

Oriental melon (Cucumis melo L. var. makuwa) is one of six subspecies of melon and is cultivated widely in East Asia, including China, Japan, and Korea. Although oriental melon is economically valuable in Asia and is genetically distinct from other subspecies, few reports of genome-scale research on oriental melon have been published. We generated 30.5 and 36.8 Gb of raw RNA sequence data from the female and male flowers, leaves, roots, and fruit of two oriental melon varieties, Korean landrace (KM) and Breeding line of NongWoo Bio Co. (NW), respectively. From the raw reads, 64,998 transcripts from KM and 100,234 transcripts from NW were de novo assembled. The assembled transcripts were used to identify molecular markers (e.g., single-nucleotide polymorphisms and simple sequence repeats), detect tissue-specific expressed genes, and construct a genetic linkage map. In total, 234 single-nucleotide polymorphisms and 25 simple sequence repeats were screened from 7,871 and 8,052 candidates, respectively, between the KM and NW varieties and used for construction of a genetic map with 94 F2 population specimens. The genetic linkage map consisted of 12 linkage groups, and 248 markers were assigned. These transcriptome and molecular marker data provide information useful for molecular breeding of oriental melon and further comparative studies of the Cucurbitaceae family.

• 한국지리정보학회지
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• 제14권1호
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• pp.107-117
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• 2011

본 연구는 지오웹 플랫폼에서 지리정보 매쉬업(mashup)에 의한 웹기반 주제도 표현 가능성을 검토하고자 하였다. 웹2.0 시대에 있어서, 구글은 지리정보에 대해 효과적인 매쉬업 기능을 제공하기 때문에 지오웹을 이끌고 있다. 지리정보 매쉬업은 인터넷에서 다양한 자료를 조합하여 새로운 지리공간을 창조할 수 있기 때문에 지도 활용에 새로운 지평을 열고 있다. 지리정보 매쉬업은 자료 이용방법에 따라, 플랫폼에서 자체 자료(위성영상)와 외부자료의 연계, 플랫폼 자체자료와 사용자 참여형 콘텐츠연계 방식으로 나누어 진다. 본 연구는 플랫폼 자료와 외부자료 연계방식에 의한 구글 위성영상 기반 heat map, 도형표현도, 단계구분도를 제작하였다. 연구결과, 구글매쉬업 주제도는 위상영상과 중첩되어 표현되기 때문에 지도 해석에 대한 유연성을 제공할 수 있을 것으로 기대된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권5호
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• pp.266-270
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• 2002

Inbred lines of Chinese cabbage KU-101 (resistant line against Plasmodiophora brassicae race race 6) and CS-113 (susceptible line) were crossed and their progeny lines F$_1$, BC$_1$F$_1$, F$_2$, and F$_3$ were produced for the construction of the genetic linkage map of R brassicae race 6-resistant Brassica campestris ssp. pekinensis genome. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was applied to compare between parents and their f$_2$ progenies with a total of 192 probes and 5 restriction enzymes. The constructed RFLP map covered 1,104 cM with a mean distance between genetic marker of 8.0 cM, and produced 10 linkage groups having 121 genetic loci. The loci of P. brassicae race 6 (CR6)-resistant Brassica genome were determined by interval mapping of quan-titative trait loci (QTL), which resulted from bioassay using the same race of the fungi in P3 population. Resistant loci were estimated in numbers 1 (Gl) and 3 (G3) linkage groups. In the regression test, Gl had a value of4.8 logarithm of odd (LOD) score, while C3 had values of 4.2-7.2. Given these results, the location of the CR6-resistant loci within the Brassica genome map can now be addressed.

• 생명과학회지
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• 제19권9호
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• pp.1239-1244
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• 2009

본 연구는 제주도에서 자생하는 새우난초 3개체, 금새우난초 3개체 그리고 변이종 14개체를 포함하여 총 20개체를 화색에 따라 분류하고 유전자지도를 작성하여 QTL분석을 하였다. 화색은 새우난초가 어두운 자색으로 CIE Lab값이 $40{\sim}50$ 정도였으며, 금새우난초는 황색으로 $110{\sim}130$ 정도였고, 변이종 개체들은 새우난초와 유사하거나 다소 높았다. PCR 결과 얻은 polymorphism이 인정되는 154개 marker에 대한 분리비 적합도 검정에서 51개 marker에서 5% 수준의 유의성이 인정되었으며, 유의성이 인정된 51개 marker 중에서 새우난초 type은 37개, 금새우난초 type은 14개 였다. Polymorphism이 인정된 154개 marker에 대하여 MAPL program을 이용하여 이들 marker 상호간의 연관관계를 분석한 결과는 16개의 연관군과 1개의 독립군으로 구분되었으며, 이들 연관군에 대한 분자연관지도는 전체 group의 크기가 220.4 cM (centi Morgan)이고, marker간의 평균거리는 3.3 cM이었다. 양적 형질에 대한 분자연관지도상의 QTL 분석 결과, LOD 3.0 이상인 화색과 설판색의 QTL은 각각 3개와 1개였다. 이상에서 얻어진 자료는 새우난초 속의 화색 연구에 도움이 될 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권3호
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• pp.151-159
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• 2002

작물의 신품종 육성 과정에 있어서 선발은 육종의 성패를 좌우하는 중요한 과정이다. 하지만 개체가 나타내는 표현형은 유전적 요인과 환경적 요인이 동시에 작용하여 나타나기 때문에 유전적인 효과만 구분하여 선발하는 것은 매우 어렵다. 최근에 분자생물학 분야의 연구가 급속도로 발전함에 따라 분자 수준의 표지 인자를 유용 유전자의 간접선발 지표로 활용하여 선발 효율을 높일 수 있게 되었다. 작물의 유전자 지도 및 분자 표지인자는 작물 육종에 매우 유용하게 활용될 수 있다. 따라서 본 연구에서는 무에서 양친인 '835'와 'B$_2$'에서 유래한 여교잡 집단 82개체를 이용하여 RAPD 유전자군 지도를 작성하고 관련 마커를 탐색하여 육종에 이용하고자 연구를 수행하였다. Primer 375종류를 이용하여 양친, 835와 B$_2$ 사이의 다형화 밴드 128개를 찾았다. BC$_1$F$_1$집단 조사를 통해 MAPMAK ER/EXP를 이용하여 연관군 지도를 작성하였다. 분리 분석된 RAPD 표지인자 128개 중 126개는 멘델의 이론 분리비 1:1에 적합하였으며. 2개는 동형접합체 (모본형) 쪽으로 편중되어 분리되었다. LOD 3.0 수준에서 128개의 표지인자가 9개의 연관군으로 나뉘어졌고 전체거리는 1,688.3 cM이었으며, 표지인자 간 평균거리는 13.8 cM으로 Lefebvre 등 (1996)이 발표한 자료를 참고하여 무 genome 전체의 유전적 거리를 계산한 결과 무의 유전자지도는 무 genome전체의 68.7%~80.1%를 포함하는 것으로 추정할 수 있었다. RAPD 마커에서 문제시되는 재현성 문제를 검정하기 위해 이를 STS 마커로 변환하고자 OPE10 primer에 의해 증폭된 특정 밴드를 클로닝하고 염기서열을 분석한 다음 얻어진 염기서열을 기본으로 하여 primer를 제작하여 PCR 하였다. 그 결과 10mer인 OPE10을 이용하여 분석했을 때와 동일하였으며 목적 밴드 외 다른 밴드는 생성되지 않아 앞으로 분자 마커로서 충분히 이용될 수 있음을 보여주었다.

• 한국육종학회지
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• 제40권2호
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• pp.97-100
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• 2008

Lectin protein and Kunitz trypsin inhibitor (KTI) protein of mature soybean seed are a main antinutritional factor in soybean seed. The Le gene controls a lectin protein and Ti gene controls the KTI protein in soybean. Ti locus has been located on linkage group 9 in the classical linkage map of soybean. Position of Le locus on linkage map was not identified. Genetic relationship between Ti locus and Le locus could be useful in soybean breeding program for the genetic elimination of these factors. The objective of this study was to determine the independent inheritance or linkage between Ti locus and Le locus in soybean seed. Two $F_2$ populations were developed from three parents (Gaechuck#1, T102, and PI548415). The $F_1$ seeds from Gaechuck#1 (titiLeLe) ${\times}$ T102 (TiTilele) and Gaechuck#1 (titiLeLe) ${\times}$ PI548415 (TiTilele) were obtained. The lectin and KTI protein were analysed from $F_2$ seeds harvested from the $F_1$ plants to find independent assortment or linkage between Ti locus and Le locus. The segregation ratios of 3 : 1 for Le locus (129 Le_ : 44 lele) and Ti locus (132 Ti_ : 41 titi) and were observed. The segregation ratios of 9 : 3 : 3 : 1 (95 Le_Li_ : 34 Le_titi: 37 leleTi_ : 7 leletiti) between Le gene and Ti gene in $F_2$ seeds were observed. This data showed that Ti gene was inherited independently with the Le gene in soybean. These results will be helpful in breeding program for selecting the line with lacking both KTI and lectin protein in soybean.

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 1995년도 제9회 식물생명공학 심포지움 식물육종과 분자생물학의 만남 The 9th Plant Biotechnology Symposium -Breeding and Molecular Biology-
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• pp.57-86
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• 1995

Molecular mapping of plant genomes has progressed rapidly since Bostein et al.(1980) introduced the idea of constructing linkage maps of human genome based on restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers. In recent years, the development of protein and DNA markers has stimulated interest for the new approaches to plant improvement. While classical maps based on morphological mutant markers have provided important insights into the plant genetics and cytology, the molecular maps based on molecular markers have a number of inherent advatages over classical genetic maps for the applications in genetic studies and/or breeding schemes. Isozymes and DNA markers are numerous, discrete, non-deleterious, codominant, and almost entirely free of environmental and epistatic interactions. For these reasons, they are widely used in constructing detailed linkage maps in a number of plant species. Plant breeders improve crops by selecting plants with desirable phenotypes. However a plant's phenotyes is often under genetic control, positioning at different "quantitative trait loci" (QTLs) together with environmental effects. Molecular maps provide a possible way to determine the effect of the individual gene that combines to produce a quantitative trait because the segregation of a large number of markers can be followed in a single genetic cross. Using market-assisted selection, plants that contain several favorable genes for the trait and do not contain unfavourable segments can be obtained during early breeding processes. Providing molecular maps are available, valuable data relevant to the taxonomic relationships and chromosome evolution can be accumulated by comparative mapping and also the structural relationships between linkage map and physical map can be identified by cDNA sequencing. After constructing high density maps, it will be possible to clone genes, whose products are unknown, such as semidwarf and disease resistance genes. However, much attention has to be paid to level-up the basic knowledge of genetics, physiology, biochemistry, plant pathology, entomology, microbiology, and so on. It must also be kept in mind that scientists in various fields will have to make another take off by intensive cooperation together for early integration and utilization of these newly emerging high-techs in practical breeding. breeding.

• Molecules and Cells
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• 제25권2호
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• pp.196-204
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• 2008

Despite increasing awareness of the importance of WRKY genes in plant defense signaling, the locations of these genes in the Capsicum genome have not been established. To develop WRKY-based markers, primer sequences were deduced from the conserved sequences of the DNA binding motif within the WRKY domains of tomato and pepper genes. These primers were derived from upstream and downstream parts of the conserved sequences of the three WRKY groups. Six primer combinations of each WRKY group were tested for polymorphisms between the mapping parents, C. annuum 'CM334' and C. annuum 'Chilsung-cho'. DNA fragments amplified by primer pairs deduced from WRKY Group II genes revealed high levels of polymorphism. Using 32 primer pairs to amplify upstream and downstream parts of the WRKY domain of WRKY group II genes, 60 polymorphic bands were detected. Polymorphisms were not detected with primer pairs from downstream parts of WRKY group II genes. Half of these primers were subjected to $F_2$ genotyping to construct a linkage map. Thirty of 41 markers were located evenly spaced on 20 of the 28 linkage groups, without clustering. This linkage map also consisted of 199 AFLP and 26 SSR markers. This WRKY-based marker system is a rapid and simple method for generating sequence-specific markers for plant gene families.

• 한국산림과학회지
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• 제112권1호
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• pp.40-56
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• 2023

사시나무속 수종은 생장이 빠르고 우수한 탄소흡수 능력을 보여주며, 환경정화 효과가 큰 수종으로 이상기후 및 환경오염 문제에 대응하는 기후적응성 품종개발 및 육종집단 조성에 적합하다. 따라서 유전연관지도 작성 및 양적형질 유전자좌 탐색을 통하여 포플러 육종을 신속하게 진행할 수 있을 것이다. 본 연구에서는 차세대 염기서열 분석기술 방법인 genotyping-by-sequencing 기법을 이용해 인공교배 차대에 대한 고밀도 유전연관 지도를 작성하였다. 또한 사시나무의 수고와 근원경 생장 그리고 해충피해에 대한 회복력 형질을 조사하여 유전연관지도에 위치한 양적형질 유전자좌를 탐색하였다. 서울대학교 학술림에 조성된 사시나무 4년생 육종집단(오대19 × 봉현4 인공교배 차대집단)에서 수고 및 근원경 생장을 조사하였으며, 식엽성 해충인 꼬마버들재주나방 유충의 피해를 받은 후 이에 대해 회복 능력을 조사하였다. 잎 시료의 DNA 추출 후 5개 microsatellite 마커를 이용하여 유전자형을 확인하였으며 친자로 확인된 개체만을 연구재료로 사용하였다. 친자 확인이 완료된 시료의 DNA는 제한효소를 이용해 절단하였으며, 이렇게 얻은 DNA 조각들은 GBS 라이브러리로 제작하여 염기서열을 분석하였다. 분석된 결과는 Populus trichocarpa를 참조유전체로 하여 정렬하였다. 정렬된 SNP 마커는 총 58,040개였으며, 그 가운데 17,755개의 SNP 마커를 유전연관지도 작성에 사용하였다. 유전연관지도는 19개의 연관군으로 나누어졌으며, 전체 길이는 2,129.54 cM으로 나타났다. 조사된 세 가지 형질에 대한 양적형질 유전자좌 분석을 실시한 결과, 수고와 근원경 생장과 연관된 양적형질 유전자좌는 찾을 수 없었으나 전장유전체연관연구(GWAS)를 통하여 4번 연관군(염색체)에 해충피해 회복력과 관련이 있을 것으로 추정되는 유전자를 확인하였다.

• 한국작물학회지
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• 제54권sup1호
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• pp.12-13
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• 2009