• 제목/요약/키워드: housekeeping genes

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Antifouling Activity towards Mussel by Small-Molecule Compounds from a Strain of Vibrio alginolyticus Bacterium Associated with Sea Anemone Haliplanella sp.

  • Wang, Xiang;Huang, Yanqiu;Sheng, Yanqing;Su, Pei;Qiu, Yan;Ke, Caihuan;Feng, Danqing
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제27권3호
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    • pp.460-470
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    • 2017
  • Mussels are major fouling organisms causing serious technical and economic problems. In this study, antifouling activity towards mussel was found in three compounds isolated from a marine bacterium associated with the sea anemone Haliplanella sp. This bacterial strain, called PE2, was identified as Vibrio alginolyticus using morphology, biochemical tests, and phylogenetic analysis based on sequences of 16S rRNA and four housekeeping genes (rpoD, gyrB, rctB, and toxR). Three small-molecule compounds (indole, 3-formylindole, and cyclo (Pro-Leu)) were purified from the ethyl acetate extract of V. alginolyticus PE2 using column chromatography techniques. They all significantly inhibited byssal thread production of the green mussel Perna viridis, with $EC_{50}$ values of $24.45{\mu}g/ml$ for indole, $50.07{\mu}g/ml$ for 3-formylindole, and $49.24{\mu}g/ml$ for cyclo (Pro-Leu). Previous research on the antifouling activity of metabolites from marine bacteria towards mussels is scarce. Indole, 3-formylindole and cyclo (Pro-Leu) also exhibited antifouling activity against settlement of the barnacle Balanus albicostatus ($EC_{50}$ values of 8.84, 0.43, and $11.35{\mu}g/ml$, respectively) and the marine bacterium Pseudomonas sp. ($EC_{50}$ values of 42.68, 69.68, and $39.05{\mu}g/ml$, respectively). These results suggested that the three compounds are potentially useful for environmentally friendly mussel control and/or the development of new antifouling additives that are effective against several biofoulers.

지리적 기원이 다른 Pseudomonas syringae pv. actinidiae 균주들의 표현형적 특성 (Phenotypic Characteristics of Pseudomonas syringae pv. actinidiae Strains from Different Geographic Origins)

  • 최은진;이영선;김경희;고영진;정재성
    • 미생물학회지
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    • 제50권3호
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    • pp.245-248
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    • 2014
  • Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 참다래 속(genus Actinidia) 식물에 궤양병을 일으키는 원인세균이다. 7개의 필수 유전자와 11개의 타입 III 효과기 유전자에 대한 다중염기서열 분석을 통해 전 세계 여러 곳에서 분리된 병원성 균주들은 세 그룹으로 나눌 수 있었고 각각 Psa1-Psa3 그룹으로 명명되었다. 본 연구에서는 3개의 Psa1, 3개의 Psa2 및 우리나라와 이탈리아에서 분리된 3개씩의 Psa3 균주 등 총 12 균주를 대상으로 그룹별 표현형을 비교하였다. 그 결과 모든 그룹의 균주가 $22^{\circ}C$ 이하에서 최대의 성장을 보였으며, Psa3 균주들은 $30^{\circ}C$ 이상의 온도에서 성장이 정지되었다. 또한 우리나라의 Psa3 균주의 지연기가 이탈리아 Psa3 균주 보다 긴 특징을 보였다. API 20NE 시험에서 Psa2 균주는 potassium gluconate, capric acid 및 trisodium citrate를 이용하지 못하는 점에서 Psa1과 Psa3 균주와 구별되었다. 다른 그룹과 달리 우리나라 Psa3 균주는 esculin을 가수분해할 수 있었다. API ZYM 시험에서는 Psa3에 속하는 균주들에서만 ${\beta}$-glucosidase 활성이 있는 것으로 나타났다. Psa 그룹에 따라 ampicillin, novobiocin 및 oleandomycin 등의 항생물질에 대한 민감성 양상이 서로 달랐다.

Effect of adrenalectomy on gene expression of adrenoceptor subtypes in the hypothalamic paraventricular nucleus

  • Kam, Kyung-Yoon;Shin, Seung Yub;Han, Seong Kyu;Li, Long Hua;Chong, Wonee;Baek, Dae Hyun;Lee, So Yeong;Ryu, Pan Dong
    • 대한수의학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.207-215
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    • 2004
  • It is well known that the hypothalamic-pituitary-adrenocortical (HPA) axis is under the negative feedback control of adrenal corticosteroids. Previous studies have suggested that glucocorticoids can regulate neuroendocrine cells in the paraventricular nucleus (PVN) by modulating catecholaminergic transmission, a major excitatory modulator of the HPA axis at the hypothalamic level. But, the effects of corticosteroids on the expression of adrenoceptor subtypes are not fully understood. In this work, we examined mRNA levels of six adrenoceptor subtypes (${\alpha}_{1A}$, ${\alpha}_{1B}$, ${\alpha}_{2A}$, ${\alpha}_{2B}$, ${\beta}_1$ and ${\beta}_2$) in the PVN of normal and adrenalectomized (ADX) rats. Total RNA ($2.5{\mu}g$) was extracted from PVN micropunches of brain slices ($500{\mu}m$) and analyzed by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). The levels of corticotropin-releasing hormone (CRH) mRNA were increased in the ADX rats relative to normal rats, indicating that the PVN had been liberated from the negative feedback of corticosteroids. Among the six adrenoceptor subtypes examined, mRNA levels for ${\alpha}_{1B}$- and ${\beta}_1$-adrenoceptors were increased, but the level for ${\beta}_2$-adrenoceptors was decreased in the ADX rats. The mRNA levels for the other three subtypes and for the general and neuronal specific housekeeping genes, glyceroaldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and N-enolase, respectively, were not changed in the ADX rats. In conclusion, the results indicate that adrenal steroids selectively regulate the gene expression of adrenoceptor subtypes in the PVN.

Multi-locus sequence typing을 이용한 한국에서 분리한 Candida glabrata 임상균주의 유전자 유형 분석 (Genetic Variations of Candida glabrata Clinical Isolates from Korea using Multi-locus Sequence Typing)

  • 강민지;이경은;진현우
    • 생명과학회지
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    • 제30권2호
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    • pp.122-128
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    • 2020
  • Candida albicans가 칸디다 혈증의 주요 원인 균으로 알려져 있지만, 최근에는 non-albicans Candida (NAC)에 의한 심각한 감염이 증가하고 있다. NAC 중에서 C. glabrata는 두 번째로 병원성을 나타내는 원인 균이지만 C. glabrata의 구조, 역학 등의 기본적인 연구는 거의 없는 실정이다. 따라서 본 연구에서는 다양한 유형의 임상 표본으로부터 분리된 총 102개의 C. glabrata균주로 multi-locus sequence typing (MLST)을 수행하였다. FKS, LEU2, NMT1, TRP1, UGP1 및 URA3을 포함한 6개의 하우스키핑 유전자를 증폭하여 염기서열을 분석하였다. 총 3,345개의 DNA 염기서열 중 49개의 가변 염기서열 부위가 발견되었으며, 그 결과 102개의 균주에서 총 12개의 상이한 서열 유형을 확인하였고, 알려지지 않은 서열 유형(USTs) 중 UST1이 가장 많이 나타났다. 이 연구의 결과는 국내 C. glabrata 항생제 처방에 도움이 될 것으로 사료되며, 한국에서 유행하는 C. glabrata에 대한 추가 연구를 위한 기본 역학자료로 사용될 것으로 기대한다.

Pseudomonas syringae pv. syringae에 의한 애호박 세균점무늬병 (Bacterial Spot Disease of Green Pumpkin by Pseudomonas syringae pv. syringae)

  • 박경수;김영탁;김혜성;이지혜;이혁인;차재순
    • 식물병연구
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    • 제22권3호
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    • pp.158-167
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    • 2016
  • 육묘장과 재배포장의 애호박에서 새롭게 발생한 병원균의 특성을 분석하여 동정하였다. 병징은 잎에 수침상의 병반과 강한 노란색의 둘레무리를 가진 점무늬, 꽃에서 갈색 병반, 열매에 노란색의 점무늬였다. 잎의 점무늬로부터 분리된 세균은 박과작물 8개의 식물체, 흑종호박, 애호박, 쥬키니호박, 풋호박, 참박, 참외, 멜론, 오이에 병원성이 있었지만 수박과 밤호박에서는 병을 일으키지 못했다. 분리세균은 다발모를 가진 막대형으로 그람음성이며 King's B 배지에서 형광성이었으며, LOPAT 1a 그룹에 속했다. 그들의 Biolog 기질이용성은 Biolog database의 P. syringae pv. syringae 이용성과 유사하였다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용한 계통수와 4개의 항존유전자(gapA, gltA, gyrB, rpoD)의 염기서열과 PAMDB에 있는 P. syringae균주들의 염기서열을 이용한 MLST는 애호박 분리균주들이 P. syringae pv. syringae 균주들과 동일한 그룹(clade)으로 그룹화되었고, MLST 계통수에서 애호박 분리균주들의 그룹(clade)은 genomospecies 1에 속하였다. 표현형적, 유전적 특성은 애호박 분리균이 P. syringae pv. syringae임을 제시하였다.

Pseudomonas capsici에 의한 아주까리 세균점무늬병의 국내 첫 보고 (First Report of Bacterial Spot Disease Caused by Pseudomonas capsici on Castor Bean in Korea)

  • 도희일;이승엽;이방울;함현희;이미현;이영기
    • 식물병연구
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    • 제29권4호
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    • pp.440-444
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    • 2023
  • 2021년 8월 부산광역시 강서구에서 아주까리의 잎과 줄기에 점무늬병의 발생이 확인되었다. 아주까리 분리균은 tryptic soy agar에서 점액성이 없고 연한 녹색을 띠는 둥근 콜로니를 형성하였다. 세균은 단극성으로 다수의 편모를 가진 막대 모양이었다. 세균을 건전한 아주까리 유묘에 접종했을 때, 동일한 점무늬 증상의 괴사 반응이 나타났다. 병징이 나타난 부위에서 세균을 재분리하여 동일균 여부를 확인하였다. 분리균은 감자 무름 반응과 D-fucose 대사반응이 양성이었으며, troleandomycin에서 생장할 수 있었다. 16S rRNA와 항존유전자(gyrB, rpoD) 염기서열의 상동성을 비교하였을때, Pseudomonas capsici와 유연관계가 가장 높았다. 결과적으로 아주까리에서 분리된 균은 배양적, 생화학적, 유전적 특성에 의해 P. capsici로 동정되었다. 본 연구는 국내 아주까리에서 P. capsici에 의한 점무늬병의 최초 보고이다.