• 제목/요약/키워드: genebank

검색결과 51건 처리시간 0.03초

국내산 대두(Glycine max. Merr)자원의 플라보노이드 대사체 동정 및 열처리 효과 (Effect of Thermal Treatments on Flavonoid Contents in Domestic Soybeans)

  • 신재형;김헌웅;이민기;장가희;이성현;장환희;황유진;박금룡;송범헌;김정봉
    • 한국환경농학회지
    • /
    • 제34권2호
    • /
    • pp.105-110
    • /
    • 2015
  • BACKGROUND: Soy isoflavones, structurally similar to endogenous estrogens, may affect human body through both hormonally mediated and non-hormonally related mechanisms. Heat processing could change chemical compositions. The effects of different thermal processes, boiling and HTHP(high temperature and high pressure) on the composition of isoflavone compounds and total amount of domestic soybeans were investigated in this study. METHOD AND RESULTS: Three different kinds of soybean samples were collected from RDA-Genebank. The samples were extracted using methanol, distilled water, and formic acid based solvent. Also the same solvents were used for mobile phase in UPLC/ToF/MS. All of the isoflavone compounds were analyzed based on the aglycone type of external standard for quantification. The standard calibration curve presented linearity with the correlation coefficient R2 > 0.98, analysed from 1 to 50 ppm concentration. The total isoflavone contents does not change by treatment within the same breed. While "boiling" and "HTHP" processes tend to increase the contents of aglycone and ${beta}$-glucosides, "fresh" soybeans retained the high concentration of malonylglucosides. CONCLUSION: These results have to be considered while developing an effective functional food, from the health while point of view using soybeans.

High Resolution Melting Analysis을 이용한 고추 유전자원의 Cucumber mosaic virus 저항성 평가 (Evaluation of Resistance in Pepper Germplasm to Cucumber mosaic virus by High Resolution Melting Analysis)

  • 노나영;허온숙;고호철;김상규;이주희;곽재균;권진경;강병철
    • 식물병연구
    • /
    • 제18권4호
    • /
    • pp.290-297
    • /
    • 2012
  • 농업유전자원센터에 보존하고 있는 고추 유전자원 1,941점을 240H02sp6 SNP 마커를 이용하여 Cucumber mosaic virus 저항성 정도를 평가하였다. 1941점의 고추 유전자원에서 89점이 저항성, 162점이 이형접합성, 1270점이 이병성으로 분석되었다. 고추 종별로는 C. annuum은 총 839자원 중 38점이 저항성으로 나타났으며, C. baccatum은 277점 중 23%에 해당하는 자원만 분석이 되었고 분석된 자원 중 20점이 저항성을 나타났다. C. chinense는 21점이 저항성, C. frutescens는 8점이 저항성을 보였다. C. pubescens는 K157779 자원만 이병성을 나타내었으며, Capsicum sp. 자원들 중에는 저항성 자원이 없었다. 야생근연종인 C. chacoense는 15점이 분석되어 1점이 저항성, 4점이 이형접합성, 6점이 이병성을 보였고, C. galapagoense, C. tovarii는 각 한 점씩 분석되었고 모두 이병성으로 나타났다.

RDA method(Subtraction PCR) 기법을 이용한 닭의 Salmonella pullorum과 S gallinarum의 specific DNA fragment 분리 연구 (Specific DNA fragment analysis of Salmonella pullorum and S gallinarum by subtraction PCR)

  • 박재명;이종진;최해연;조우영;이경현;송재찬
    • 한국동물위생학회지
    • /
    • 제28권1호
    • /
    • pp.1-21
    • /
    • 2005
  • Pullorum disease and Fowl typhoid are kind of poultry specific disease for poultry. The peculiar character of these poultry specific diseases is that it can be infected by transmitting vertically and horizontally, also it is hard to be discovered by clinical sign, and pathology or immunology. So, to develop the PCR method which distinguishes these two genetically similar diseases of separated the specific DNA fragment from each strain and use it for differential diagnosis by subtraction PCR method. Standard strain of S gallinarum and S pullorum, and field isolation strain were verified by biochemistry, It confirmed existence of plasmid by using the PFGE. Then, Isolated DNA from it and used it as materials for the experiment. After cutting genomic DNA of two strains by using Sau 3Al, It ligated primer to tester DNA for PCR amplification and separated specific DNA fragment bacteria with method of subtraction PCR. And, It confirmed that it is a piece of unique DNA in every bacteria using base sequence of separated DNA fragment. 1. The six specific DNA fragment were separated from the DNA of S gallinarum and S pullorum by the subtraction PCR method. 2. In the result of comparison after setting base sequence of each fragment, each separated base sequence of DNA fragment they did not correspond to each other 3. As the result of each DNA fragment is derived from the each strain of DNA, and there was no homology of genomic DNA level in mutual. 4. The fragment originated in plasmid and includes S pullorum did not separate. 5. In the result of searching base sequence in Genebank, it partially shows homology in Salmonella enterica, S typhimurium, S dublin, Escherichia coli, Shigella flexneri, Yersinia pestis, Klebsiella pneumoniae. 6. Primer design by S gallinarum DNA 2, 3 fragment used PCR, They are positive reaction in only S gallinarum at 276, 367 bp position.

인삼 토양 미생물 Cellulosimicrobium sp. Gsoil 235의 배지조성에 따른 Ginsenoside $Rb_1$ 전환 (Conversion of Ginsenoside $Rb_1$ by Ginseng Soil Bacterium Cellulosimicrobium sp. Gsoil 235 According to Various Culture Broths)

  • 나주련;김유진;김세화;김호빈;심주선;김세영;양덕춘
    • 한국미생물·생명공학회지
    • /
    • 제37권1호
    • /
    • pp.55-61
    • /
    • 2009
  • 인삼 근권에 존재하는 토양 미생물중 esculin agar법을 이용하여 $\beta$-glucosidase를 생산하는 균주를 분리하고, 다시 ginsenoside $Rb_1$을 선택적으로 분해하는 균주 Gsoil 235를 선발 및 동정하였다. 16S rRNA 염기서열을 sequencing한 후, genebank에서 가장 가까운 type strain을 결정하여 유연 관계를 분석한 결과 Cellulosimicrobium 속의 funkei ATCC BAA-$886^T$(AY501364)와 99.7% 일치하는 균주임을 확인하였다. TSB, LB, NB등 3종류의 배지에서 균의 생장은 접종 후 12-24 시간에서 가장 잘 자라며, TSB>LB>NB의 순으로 잘 자라는 것을 알 수 있었다. ginsenoside $Rb_1$과 8, 24, 48시간 동안 반응시킨 후 TLC로 분석한 결과 NB>LB>TSB순으로 $Rb_1$ 분해 활성이 뛰어나 배지의 생장과 대조적인 결과를 얻었다. 반응시간이 증가할수록 Rd를 포함한 minor ginsenoside의 생성이 증가하였으며, 특히 다른 배지에 비해 균주 생장속도가 상대적으로 낮은 NB는 48시간 후 $Rb_1$을 거의 분해하여 강한 효소 활성을 확인할 수 있었다.

복합기능성 Bacillus sp. GH1-13 균주의 특징 (Characterization of Multifunctional Bacillus sp. GH1-13)

  • 김상윤;상미경;원항연;전영아;류재환;송재경
    • 농약과학회지
    • /
    • 제20권3호
    • /
    • pp.189-196
    • /
    • 2016
  • 바실러스는 토양 및 반추동물의 소화기관과 같은 다양한 곳에서 분리되고 있으며, 작물의 생육 촉진과 병방제를 위한 미생물 재제로서 널리 사용되고 있다. 바실러스 GH1-13 균주는 전남 완도의 간척지 논에서 분리되었으며, 16S rRNA 유전자와 gyrB 유전자를 이용하여 계통유전학적으로 분석한 결과 Bacillus velezensis인 것으로 동정되었다. GH1-13 균주의 특성을 분석한 결과 생육촉진에 관련된 IAA를 생성할 뿐 아니라 벼 뿌리의 생육을 촉진하는 것을 확인하였다. 또한 벼의 주요 병원균의 생육을 억제할 뿐 아니라 작물의 병원균인 다양한 곰팡이의 생육을 저해하였다. 더불어 식물병원 진균 및 세균의 생육 억제와 밀접하게 관련된 것으로 판단되는 bacillomycin, bacilycin, fengycin, iturin, surfactin을 생성하는 생합성유전자를 보유한 것으로 확인되었다. 본 연구는 GH1-13균주가 작물의 생육촉진과 병 방제를 동시에 해결할 수 있는 강력한 복합기능성 미생물제로의 가능성이 있음을 보여주었다.

Investigation on sink/source related traits and their relation of watermelon germplasm to promote use

  • Hwang, Hyun-Chul;Yi, Jung-Yoon;Rhee, Ju-Hee;Hur, On-Sook;Ro, Na-Young;Sung, Jung-Sook;Lee, Ho-Sun;Lee, Jae-Eun;Lee, Sok-Young
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
    • /
    • pp.75-75
    • /
    • 2018
  • Watermelons, Citrullus species(Cucurbitaceae), are native to Africa and have been cultivated since ancient times. T he fruit flesh of wild watermelon is watery, but typically hard-textured, pale-colored and bland or bitter. The familiar sweet dessert watermelons, C. lanatus, featuring non-bitter, tender, well colored flesh, have a narrow genetic base, suggesting that they are originated from a series of selection events in a single ancestral population. In this study, considered as sweet dissert watermelon, genetic resources, C. lanatus, comprising of traditional cultivars and local accessions were collected from 18 different countries in four continents. A total of 60 accessions were characterized morphologically according to RDA genebank descriptors combined with Japan and China, list for 11 qualitative characteristics, leaf length, leaf width, petiole length, petiole diameter-source, stalk end length, stalk diameter, fruit length, fruit diameter, rind thickness, flesh sugar content($^{\circ}brix$), fruit weight-sink, and 6 sink related characters, leaf margin incision-source, fruit shape, fruit skin ground color, fruit skin stain color, fruit skin stain pattern and flesh color-sink, were also investigated. Even though the relatedness between some morphological traits and fruit weight or fruit sweetness showed no significance, the accessions investigated have a great deal of variation for most of the morphological traits. Additionally, the accessions which showed good performance in flesh color and fruit shape (IT271048) and high sugar content of flesh (IT274119, IT290118) above 14brix, were investigated in this experiment. The accessions, which have the information on specific traits including the selected accessions could be introduced, distributed and investigated for further use.

  • PDF

콩 근권의 핵심 세균 군집 (Bacterial core community in soybean rhizosphere)

  • 이영미;안재형;최유미;원항연;윤정훈;송재경
    • 미생물학회지
    • /
    • 제51권4호
    • /
    • pp.347-354
    • /
    • 2015
  • 콩은 우리나라와 극동아시아가 원산지로 알려져 있으나 국산 콩의 근권 세균 군집에 대한 연구는 미흡하다. 따라서 본 연구에서는 국산 재배콩을 대상으로 차세대 염기서열 분석 방법인 파이로시퀀싱 방법을 사용하여 콩 근권 세균 군집 구조를 해석하고 생육단계별 군집의 변화 및 콩 근권의 핵심 세균 군집을 구명하고자 하였다. 세균 군집 분석 결과, 근권 세균의 군집은 근권과 비근권간에 뚜렷한 차이를 보였으며, 총 21개의 문으로 구성되었다. Proteobacteria가 가장 우점(36.6-42.5%)하였고, Acidobacteria (8.6-9.4%), Bacteroidetes (6.1-10.9%), Actinobacteria (6.4-9.8%), Firmicutes (5.7-6.3%) 등의 순으로 상대풍부도가 감소하였다. 모든 생육단계에 걸쳐 콩 근권의 핵심 세균 군집에는 Proteobacteria에 속한 OTU들이 가장 많이 분포하였으며, 이들 중 Bradyrhizobium에 속한 OTU의 상대 풍부도가 가장 높았다. 본 연구결과는 콩 근권의 핵심 세균 군집은 주로 생육 촉진 기능과 유기물 순환에 관련된 OTU로 구성되어 있다는 것을 보여주었다.

Detection of Human Taurine Transporter and Production of Monoclonal Antibody

  • An, Hye-Suk;Han, Hee-Chang;Lee, Sun-Min;Park, Taesun;Park, Kun-Koo;Kim, Ha-Won
    • 한국응용약물학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국응용약물학회 2001년도 추계학술대회 및 정기총회
    • /
    • pp.102-102
    • /
    • 2001
  • Taurine (2-ethaneaminosulfonic acid) is one of the major intracellular ${\beta}$ -amino acids in mammals and is required for a number of biological processes including membrane stabilization, osmoregulation, antioxidation, detoxification, modulation of calcium flux and neurornodulation. The taurine transporter (TAUT) which contains 12 hydrophobic membrane-spanning domains has been cloned from dog kidney, rat brain, mouse brain, human thyroid, placenta and retina. In this study, The TAUT cDNA from the human intestinal epithelial cell, HT-29 was cloned and sequenced. Reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed to amplify partial cDNA encoding human intestinal TAUT. The coding region of the PCR product was 732 bp long. The primers were designed to encode highly conserved amino acid sequences near the transmembrane domains III (IPYFIFLF) and Ⅵ (KYKYNSYR) both in human and mouse. The TAUT cDNA amplified was ligated into the pGEX 4T-1 expression vector. The resulting sequence of human intestinal TAUT cDNA (Accession number of NCBI Genebank is AF346763) was identical to the sequences of the TAUTs previously determined in the human placenta and retina except 3 base pairs from that of the reported human thyroid. TAUT specific antibodies were generated to use them as biological tools in the studies of the biological role of TAUT. Peptides of 149-162 amino acid residue (14 amino acids) of the TAUT were synthesized. The synthetic peptide used in this study was LFQSFQKELPWAHC. This region was chosen not only to avoid putative glycosylation sites but also to exclude regions of known homology with GABA transporters in the extracellular hydrophilic domains. The synthetic peptide, TAUT-1 was conjugated with carrier protein, kehole lympet hemocyanin (KLH) to use as an antigen. When used for immunization on a rabbit to produce polyclonal antiserum, the conjugates elicited high -titered specific anti-TAUT-1 antibodies, which reacted well with the ovalbumin (OVA) conjugated peptides in ELISA. The KLH-conjugated peptide was also used as immunizing antigen in BALB/c mice to produce TAUT specific monoclonal antibodies. From the culture supernatant of the hybridoma, the specificity of anti-TAUT-1 monoclonal antibodies was confirmed by ELISA. Further applications of more tools in TAUT expression analysis will be performed such as western blotting and flow cytometry.

  • PDF

해바라기 수집종의 작물학적 특성 (Agronomic Characteristics of Sunflower (Helianthus annuus L.) Collections)

  • 김인재;남상영;이윤호;김성진;최성열;노창우;이정관;송인규;김홍식
    • 한국자원식물학회지
    • /
    • 제23권1호
    • /
    • pp.1-6
    • /
    • 2010
  • 농촌진흥청 국립농업유전자원센터로부터 국내외에서 수집된 해바라기 328종을 분양받아 바이오디젤 가능 작물로서 특성을 조사한 바 그 결과는 다음과 같다. 해바라기 수집종의 출아소요일수는 7~12일이었으며, 개화 소요일수는 55~86일로 폭넓게 분포하였다. 수집종 해바라기의 경장은 평균이 259 cm로 그 분포는 131~345 cm의 변이를 보였고, 성숙일수는 평균 35일이었다. 주당 두화수(頭花數)는 1개~23개로 큰 변이를 보였으며, 두화의 크기는 평균 17.6 cm 로 14.7~21.3 cm가 72.8%로 가장 높게 분포하였다. 두화당 종자수는 평균 1,430개 정도, 종실중은 평균 91.4 g로 28~379 g로 넓은 분포를 보였다. 종실길이는 평균 11.7 mm, 범위는 9.0~21.5 mm 이었으며, 종실 폭은 평균 6.4 mm, $1\;{\ell}$ 무게는 평균 322.5 g이었으며, 천립중은 평균 63.3 g, 주당 종실중은 평균 204 g이었다. 생육 및 종실 특성 중에서 두화 당 종자수의 변이가 가장 컸고, 다음으로 주당종실 중의 변이가 컸다. 수집종들의 형질 간 상관분석 결과, 경장이 클수록 종실폭은 커지고 개화일수도 길어졌으나, 성숙일수와 생육일수는 짧았다.

돼지의 UCP3 유전자의 단일염기서열 변이와 경제형질과의 연관성 분석 (Association of a Single Nucleotide Polymorphism with Economic Traits in Porcine Uncoupling Protein 3 Gene)

  • 오재돈;이건우;정일정;전광주;이학교;공홍식
    • 생명과학회지
    • /
    • 제21권1호
    • /
    • pp.155-158
    • /
    • 2011
  • Uncoupling protein (UCP) 3 유전자는 갈색지방세포의 미토콘드리아 내막에 존재하며 탈공역 산소(uncoupling oxygen)를 통해 ATP를 생산하는 것으로 알려져 있다. 이는 세포 내의 과다 에너지를 열로 발산시키는 기능을 하고 있다. 본 연구는 돼지의 UCP 3 유전자 내 missense mutation의 유전자형을 조사하고 경제형질과의 연관성을 분석하기 위하여 실시하였다. 돼지의 UCP3 유전자의 염기서열 분석을 통해 1405 bp 지역에서(accession number: AY739704) G염기가 A염기로 치환되는 변이를 확인하였다. 확인된 변이지역은 G가 A로 치환됨으로 인해 150번째 아미노산 서열이 glycine (GGG)에서 arginine (AGG)으로 바뀌는 missense mutation임을 확인하였다. 각 유전자형의 빈도는 0.164(GG), 0.587(GR) 그리고 0.249(RR)로 확인되었으며, 각 대립유전자의 빈도는 0.458(G)과 0.542(R)로 확인되었다. 돼지 UCP3의 G150R 유전자형과 경제형질 간의 연관성을 분석한 결과 등지방두께에 있어 유의적인 연관성이 검출되고 일당증체량과 90 kg 도달일령에서는 유의적인 값이 검출되지 않았다.