• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제51권4호
• /
• pp.559-561
• /
• 2023

Staphylococcus aureus is a ubiquitous pathogen associated with both human and animal diseases. In this study, we present the complete genome sequence of SA73-2, which was isolated from lettuce at an agricultural farm in South Korea. The assembled genome consists of a 2,750,304-bp circular chromosome and a 24,654-bp plasmid. This strain belongs to sequence type 188 (ST188), with spa type 189, and carries the β-lactamase gene (blaZ) on the plasmid.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제51권3호
• /
• pp.309-313
• /
• 2023

Here we report essential features of the draft genome of an AmpC-β-lactamase-producing bacterial isolate obtained from farm tomatoes in South Africa. The isolate designated strain Tom1 featured a genome of 4950426 bp with a G+C% of 59.83. It was identified as Serratia marcescens by ribosomal multilocus sequence typing (rMLST), digital DNA-DNA hybridization (dDDH), average nucleotide identity (ANI), and phylogenetic analysis using reference genomes. Its genome encoded an AmpC-β-lactamase (bla_SST-1), an efflux pump providing tetracycline resistance (tet(41)), and an aminoglycoside acetyltransferase (aac(6')-Ic). Additionally, genes encoding proteins involved in prodigiosin biosynthesis and associated with adherence, biofilm formation, virulence, and pathogenicity were detected.

• Journal of Ecology and Environment
• /
• 제29권6호
• /
• pp.585-591
• /
• 2006

본 연구는 온대 북부지역에 속하는 강원도 계방산의 천연 활엽수림에 위치한 장기생태연구(LTER) 조사지를 대상으로 3년 동안 연간 낙엽 낙지 유입량과 낙엽 분해율을 측정하였다. 낙엽낙지량은 채취 시기간에는 통계적으로 유의적인 차이가 있었던 반면, 연도간에는 통계적인 차이가 나타나지 않았다. 3년 간의 전체 연평균 낙엽 낙지량은 6,593 kg $ha^{-1}$ $yr^{-1}$ 이었으며, 그 중 잎이 차지하는 비율은 82.6% 이었다. 수종별 유입량은 본 조사지의 우점종인 신갈나무 잎이 가장 많은 양을 보였으며, 기타수종의 잎, 박달나무 잎, 음나무 잎, 당단풍나무 잎 등의 순이었다. 낙엽 분해율은 층층나무와 당단풍나무, 음나무, 그리고 박달나무 낙엽이 신갈나무 낙엽에 비해 분해 속도가 빨라 1,003일간의 조사 기간 동안 층층나무 낙엽 100%, 당단풍나무 낙엽 96.1 %, 음나무 낙엽 92.8%, 박달나무 낙엽 81.4%, 그리고 신갈나무 낙엽 66.2%가 분해되었다. 신갈나무 낙엽의 분해가 느리게 진행된 것은 다른 수종의 낙엽에 비해 신갈나무 낙엽 내 낮은 양분 함량 같은 기질의 차가 원인인 것으로 나타났다. 칼륨과 마그네슘을 제외한 양분(N, P, Ca) 함량은 분해 초기 함량에 비해 낙엽 분해 과정 동안 증가하였다. 또한 낙엽 분해과정 동안 양분(N, P, K Ca, Mg)의 방출량은 층층나무, 당단풍나무, 음나무 등의 낙엽이 신갈나무 낙엽에 비해 빠른 것으로 나타났다. 이와 같은 결과는 계방산 장기생태조사지 내 우점종의 낙엽 분해와 양분의 동태는 동일한 입지에 있어서도 수종간에 차이가 있음을 나타내는 것이다.시기는 약 6,500 yr BP이후인 것으로 추정된다.균 군집 구조는 $CO_2$ 농도보다는 납 오염 여부에 의해 더 민감하게 특성화됨을 의미한다.로 형태가 유사한 해발 500$\sim$600 m 구간에서 가장 광범위한 분포를 보였다. 특히 이 구간내 탐방로 상에서 멸종 위기 야생동물 II인 삵(Prionailurus bengalensis)의 배설물이 집중적으로 관찰되어 이에 대한 연구가 연계되어야 할 것으로 사료된다. 선전영화 제작을 위한 영화사를 별도로 설립했다. 1942년부터 1945년 사이에 는 조선총독부의 조종을 받는 한개 영화사만이 존재해 선전영화만을 제작했다.(25.0%), bla$_{SHV}$, bla$_{CTX-M}$ 두 가지 유전자를 가지고 있는 균주가 10주(27.8%)로 나타나 bla$_{CTX-M}$을 포함하는 복합유전자가 많이 증가함을 알 수 있었다. 또한 CTX-M형 ESBL을 생성하는 E. coli와 K. pneumoniae에 대한 cefutaxime의 MIC는 256 $\mu$g/m1 이상으로 ceftazidime의 16-256 $\mu$g/mL 이상보다 높은 분포를 보였다. 즉, CTX-M형 ESBL 유전자를 지닌 균주에 대한 cefotaxim의 MIC는 ceftazidime의 MIC에 비해서 상대적으로 높은 양상을 보였다. 이러한 결과는 국내의 대학병원 뿐 만 아니라 일반종합병원에서도 CTX-M형 ESBL 생성 E. coli와 K. pneumoniae가 존재하며 확산 중임을 시사한다. 앞으로 CTX-M형

• 미생물학회지
• /
• 제50권2호
• /
• pp.114-118
• /
• 2014

충청지역병원에서 ESBL생성 장내세균 122균주를 분리하여 Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 방법에 따라 cefotaxime과 cefotaxime/clavulanate를 이용한 combination disk test (CDT)에 의하여 항균제 감수성을 조사하고, 특이 유전자를 대상으로 multiplex PCR을 실시하여 유전형을 검출하였으며 enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR에 의해 분자 역학조사를 실시하였다. ESBL 생성 Escherichia coli 76균주와 Klebsiella pneumoniae 46균주를 CDT로 확인한 결과, ESBL 생성 E. coli의 경우 96.1%가 양성을 나타내었으며 K. pneumoniae의 경우 93.4%가 양성을 나타냈다. Multiplex PCR 결과, E. coli의 경우 CTX-M-2형이 60.5% 양성으로 나타났으며 K. pneumoniae의 경우 VEB-1형이 56.5%가 양성으로 나타났다. ERIC-PCR을 실시한 결과 E coli는 분리지역에 따라 5개의 cluster을 형성하였고 K. pneumoniae는 4개의 cluster을 형성하였다. ESBL생성 장내세균의 유전형은 임상에서 분리한 균주의 감별과 검출에 유용하였으며 ERIC-PCR의 결과는 분리지역에 따라 cluster을 형성하여 지역 간 감염 감시체계 확립에 도움이 될 것으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제48권4호
• /
• pp.327-334
• /
• 2016

최근 사람과 가축에 항균제의 과도한 사용으로 감염병을 일으키는 병원성 세균들의 항균제 내성이 증가하고 있다. 본 연구에서는 PCR과 염기서열분석법을 이용하여 충청지역 일개의 대학병원에 의뢰된 임상검체와 같은 지역에서 사육된 닭으로부터 분리된 P. mirabilis 균주를 대상으로 16S ribosomal RNA methyltransferase(RMTase) 유전자와 integron을 조사하였다. 또한 Repetitive extragenic palindromic sequence-based PCR (REP-PCR)을 이용하여 P. mirabilis 균주들의 역학적 연관성 조사하였다. 총 38균주의 P. mirabilis 중에서 임상검체로부터 분리된 7균주 (18.4%)만이 RMTases 유전자를 가지고 있었는데 이들은 모두 amikacin, tobramycin, 및 gentamicin에 내성을 나타냈다. 또한 대상균주 중 23균주(60.5%)가 class 1 integron을 가지고 있는 것으로 나타났으며 class 2 및 class 3 integron은 검출되지 않았다. 본 연구에서 확인된 integrons에는 aminoglycoside 내성유전자(aadA2, aadA5, aadA7, 및 aacCA5), ${\beta}$-lactmam 내성유전자($bla_{PSE}$), erythromycin 내성유전자(ereA), lincosamides 내성유전자(linF), 및 trimethoprim 내성유전자(dfrA12, dfrA17 및 dfrA32)등이 유전자 카세트로 포함되어 있었다. 본 연구결과 RMTase 유전자는 임상검체로부터 분리된 P. mirabilis 균주에만 확산되어 있었던 반면 class 1 integrons는 임상검체와 닭으로부터 분리된 P. mirabilis 균주에 광범위하게 확산되어 있음을 확인할 수 있었다. 게다가 닭으로부터 분리된 균주 중에는 동일한 REP-PCR 밴드패턴을 보인 균주들이 있었는데 이는 닭들 사이에서 P. mirabilis 균주가 수평확산 되었음을 의미한다. P. mirabilis 균주에서 항균제 내성유전자의 확산을 막기 위해서는 내성유전자 지속적인 모니터링과 감시가 필요할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
• /
• 제46권4호
• /
• pp.326-333
• /
• 2010

2003년부터 2009년까지 서울지역 소아에서 분리된 nontyphoid Salmonella 105주에 대해서 혈청형, 항생제 내성양상, integron의 특징과 PFGE를 수행하였다. 혈청형은 총 18종으로 S.Enteritidis가 가장 많이 분리되었고, 그 다음은 Montevide였다. 항균제 내성은 혈청형별로 차이가 있었으나 전체 살모넬라에 대해서 10종의 항균제에 대한 내성률은 ampicillin이 60%로 가장 높았으며, tetracycline 46.7%, streptomycin 35.2%, nalidixic acid 28.6% 순이었다. 다재내성 유형을 알아본 결과 nalidixic acid 단독 내성이 15.7%로 가장 많았고, ampicillinampicillin/sulbactam-tetracycline형이 14.5%, ampicillin-streptomycin-chloramphenicol-tetracycline형이 10.8%였다. Integron에 대한 연구 결과 integron 보유율은 19%로 20주에서 class 1 integron을 가지고 있었고 gene cassette는 20%만 확인이 되었다. 확인된 gene cassette는 aadA2, blaP1과 dfrA12-aadA2, dfr17-aadA5, aadA7이였다. 연도별 분리균의 유연관계를 확인 하고자 가장 분리율이 높은 S. Enteritidis 50주에 대해서 PFGE를 수행한 결과 3가지 Pulsotype으로 나눠어졌다. 3주를 제외한 모든 균주는 similarity 89.8%의 비교적 유연관계가 높은 균임을 확인할 수 있었다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제48권2호
• /
• pp.118-123
• /
• 2016

지난 반세기 동안 세균 감염증 치료 또는 성장촉진을 목적으로 가금류에게 광범위하게 항균제를 사용해 왔다. 그러나 항균제 내성의 증가는 사람에게 보편적으로 사용되는 항균제들에 대한 내성을 유도하여 치료를 위한 항균제 선택에 제약을 주어 치료에 어려움을 가중시키고 있다. 본 연구에서는 경상도 지역에서 사육된 닭으로부터 분리된 장내세균을 대상으로 ${\beta}-lactam$, quinolone, 및 aminoglycoside 계열 항균제에 대한 내성유전자의 빈도를 조사하였다. 그리고 항균제 감수성 검사를 시행하여 내성유전자와의 관련성을 알아보았다. 본 연구에서 총 43균주의 장내세균이 40마리의 닭의 맹장으로부터 분리되었으며 디스크확산법을 이용하여 항균제 감수성 검사를 시행하였다. 그리고 중합효소연쇄반응과 염기서열분석을 통해 플라스미드 매개 항균제 내성 유전자를 조사하였다. 총 43균주 중 2균주가 $bla_{CTX-M-14}$ 유전자를 포함하고 있었으며 qnrS 및 aac(6')-Ib-cr 유전자도 각각 2균주와 5균주에서 확인되었다. 총 43균주를 대상으로 항균제 감수성을 조사한 결과 cefepime, ceftazidime, 및 cefaclor를 제외한 모든 항균제에 대해 0.0%부터 23.3%까지의 낮은 감수성률을 보였다. 본 연구에서는 닭으로부터 분리된 대장균에 플라스미드 매개 항균제 내성유전자가 확산되어 있음을 확인하였다. 항균제 내성 유전자의 확산을 막기 위해서는 지속적인 항균제 내성유전자의 조사와 감시가 필요할 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제44권4호
• /
• pp.423-431
• /
• 2006

Among 53 Acinetobacter baumannii isolates collected in 2004, nine imipenem-resistant isolates were obtained from clinical specimens taken from patients hospitalized in Busan, Korea. Nine carbapenemase-producing isolates were further investigated in order to determine the mechanisms underlying resistance. These isolates were then analyzed via antibiotic susceptibility testing, microbiological tests of carbapenemase activity, pI determination, transconjugation test, enterobacterial repetitive consensus (ERIC)-PCR, and DNA sequencing. One outbreak involved seven cases of infection by A. baumannii producing OXA-23 ${\beta}-lactamase$, and was found to have been caused by a single ERIC-PCR clone. During the study period, the other outbreak involved two cases of infection by A. baumannii producing IMP-1 ${\beta}-lactamase$. The two clones, one from each of the outbreaks, were characterized via a modified cloverleaf synergy test and an EDTA-disk synergy test. The isoelectric focusing of the crude bacterial extracts detected nitrocefin-positive bands with pI values of 6.65 (OXA-23) and 9.0 (IMP-1). The PCR amplification and characterization of the amplicons via direct sequencing showed that the clonal isolates harbored $bla_{IMP-1}$ or $bla_{oxA-23}$ determinants. The two clones were characterized by a multidrug resistance phenotype that remained unaltered throughout the outbreak. This resistance encompassed penicillins, extended-spectrum cephalosporins, carbapenems, monobactams, and aminoglycosides. These results appear to show that the imipenem resistance observed among nine Korean A. baumannii isolates could be attributed to the spread of an IMP-lor OXA-23-producing clone. Our microbiological test of carbapenemase activity is a simple method for the screening of clinical isolates producing class D carbapenemase and/or class B $metallo-{\beta}-lactamase$, in order both to determine their clinical impact and to prevent further spread.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제50권2호
• /
• pp.100-109
• /
• 2018

다제내성(multidrug-resistant, MDR) Acinetobacter baumannii 균주의 출현 및 확산이 전 세계적으로 보고되어 왔는데, 이들 대부분은 생물막 형성능력을 가지고 있다. 생물막 형성은 소독 및 건조에 대해 세균이 저항할 수 있도록 해주는 중요한 병독성 인자이다. 본 연구에서는 생물막을 형성하는 A. baumannii 임상 분리주를 대상으로 항균제 내성 기전에 대한 유전적 기초를 조사하였다. 크리스탈 바이올렛 분석법을 통해 생물막 형성능력을 확인한 결과 46균주가 생물막을 형성하는 것으로 나타났다. 이어서 REP-PCR을 수행하여 서로 다른 클론에 속하는 16 균주를 선택한 후 이 균주들을 대상으로 항균제 내성 인자를 검출하였다. 본 연구에서 분리된 9개 non-MDR (0.96) 균주와 7개의 MDR (1.05) 균주의 평균 생물량은 서로 달랐지만, 이 차이는 유의하지 않았다. 대부분의 생물막 형성 MDR 균주는 다양한 항균제 내성인자 ($bla_{OXA-23}$, armA 및 gyrA 및 parC의 돌연변이)를 가지고 있는 것으로 나타났다. 그러나 대부분의 non-MDR 균주는 항균제 내성인자를 포함하지 않는 것으로 나타났다. 우리의 결과는 A. baumannii 균주의 생물막 형성능력이 항균제 감수성과 상관관계가 적음을 시사한다. 또한 MDR A. baumannii 임상 분리주의 출현은 대개 항균제 내성과 관련된 유전자의 돌연변이나 또는 다양한 항균제 내성인자의 획득에 의한 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
• /
• 제44권4호
• /
• pp.339-345
• /
• 2008

국내 대학병원에서 분리되어 imipenem 에 대한 최소억제농도가 $8{\mu}g/ml$ 이상인 51개의 포도당비발효 그람음성 간균들 중 metallo-${\beta}$-lactamase (MBL)을 생성하는 균주들을 분리하고, 그들 중에서 내성이 강한 Pseudomonas aeruginosa에 대한 항균제 병합요법의 효과를 알아보기 위하여 상승효과를 보이는 항균제 조합을 찾아보았다. 9개의 균주(Pseudomonas aeruginosa 2주 및 Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans 7주)가 MBL 양성을 나타냈으며, PCR 결과 9주 모두에서 $bla_{VIM-2}$ 유전자가 관찰되었다. 이들 중에서 P. aeruginosa DK569는 aztreonam (MIC; $8{\mu}g/ml$)을 제외하고 실험한 모든 ${\beta}$-lactam 항균제, aminoglycoside, ciprofloxacin에 내성을 보여 aztreonam 함유 배지를 이용하여 상승효과률 보이는 항균제를 찾고자 하였다. One disk synergy test 에서 선별된 항균제 조합을 이용하여 생존률 검사 실험을 한 결과, aztreonam (AZT)와 piperacillin-tazobactam (TZP)의 병합은 항균제 노출 6시간 후에 AZT 또는 TZP의 단독 항균제 노출시 보다 균수가 1/18.7로 감소하였다. 그리고 AZT와 amikacin (AN)의 병합에서도 항균제 노출 6 시간 후에 AZT 또는 AN의 단독항균제의 투여보다 균수가 1/17.1 로 감소하였다. 결국 위 두 조합은 의미있는 상승효과를 보이지 못하여 위 세 항균제를 조합하여 실험하였다. 위의 세 항균제를 병합하였을 때 항균제 노출 8시간 후에 AZT, TZP 및 AN의 단독 투여에 비하여 병합요법에 의해 균수가 1/183.3 로 감소하여 의미있는 상승효과를 보였다. 이 결과는 치료가 쉽지 앓은 MBL 생성균에 의한 감염에 대한 치료에 AZT, TZP 및 AN의 세 가지 항균제 병합요법이 유용할 것이라는 것을 의미한다.