The goal of this study was to identify relationships between the composition of sulfate reducing bacterial assemblages and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) patterns in rice paddy and dry farming soils. Samples of organic farming soils, conventional farming soils, and dry field farming soils were collected in August and November. Analyses of the soil chemical composition revealed similar total nitrogen, total carbon and total inorganic phosphorus levels; however, the moisture content and total carbon were higher than in the other soils in both August and November, respectively. Sulfate reducing bacteria utilizing lactic acid were more widely distributed than those that used acetic acid, and the number of sulfate reducing bacteria in organic farming soil was most abundant. Phylogenetic analysis based on 181 clones revealed that most showed low similarity with cultured sulfate reducing bacteria, but more than 90% similarity with an uncultured sulfate reducing bacteria isolated from the environment. T-RFLP analysis revealed that fragments of 91, 357, 395, and 474 bp were most common, and the community structure of sulfate reducing bacteria changed seasonally.
Kim, Joong-Jae;Kim, Hee-Na;Masui, Ryoji;Kuramitsu, Seiki;Seo, Jin-Ho;Kim, Kwang;Sung, Moon-Hee
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.18
no.4
/
pp.611-615
/
2008
Novel groups of uncultivable anaerobic thermophiles were isolated from compost by enrichment cultivation in medium with a cell-free extract of Geobacillus toebii. The cell-free extract of G. toebii provided the medium with growth-supporting factors (GSF) needed to cultivate the previously uncultured microorganisms. Twenty-nine GSF-requiring candidates were successfully cultivated, and 16 isolated novel bacterial strains were classified into three different groups of uncultivable bacteria. The similarity among these 16 isolates and a phylogenetic analysis using 16S rRNA gene sequences revealed that these GSF-requiring strains represented novel groups within the family Clostridiaceae.
Bacterial diversity based on the denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of PCR-amplified 16S rRNA gene sequences was determined for soil samples from two abandoned mine sites and the corresponding enrichment cultures using soil sample as key inoculum. Sequencing analysis of DGGE bands obtained from both the soil samples matched mostly with sequences of uncultured and newly described organisms, or organisms recently associated with the acid mine drainage environment. However, the enrichment of soil samples in ferrous sulfate and elemental sulfur media yielded sequences that were consistent with well-known iron- and sulfur-oxidizing acidophilic bacteria. Analysis of enrichment cultures of soil samples from Dalsung mine revealed abundant ${\gamma}$-$Proteobacteria$, whereas that of Gubong mine sample displayed acidophilic groups of ${\gamma}$-$Proteobacteria$, ${\alpha}$-$Proteobacteria$, $Actinobacteria$ and $Firmicutes$. Chemical elemental analysis of the mine samples indicated that the Dalsung site contained more iron and sulfate along with other toxic components as compared with those of the Gubong site. Biogeochemistry was believed to be the primary control on the acidophilic bacterial group in the enrichment samples.
Marine sediments are a microbial biosphere with an unknown physiology, and the sediments harbor numerous distinct phylogenetic lineages of Bacteria and Archaea that are at present uncultured. In this study, the structure of the archaeal and bacterial communities was investigated in the surface and subsurface sediments of Jeju Island using a next-generation sequencing method. The microbial communities in the surface sediments were distinct from those in the subsurface sediments; the relative abundance of sequences for Thaumarchaeota, Actinobacteria, Bacteroides, Alphaproteobacteria, and Gammaproteobacteria were higher in the surface than subsurface sediments, whereas the sequences for Euryarchaeota, Acidobacteria, Firmicutes, and Deltaproteobacteria were relatively more abundant in the subsurface than surface sediments. This study presents detailed characterization of the spatial distribution of benthic microbial communities of Jeju Island and provides fundamental information on the potential interactions mediated by microorganisms with the different biogeochemical cycles in coastal sediments.
We determined the optimal culture conditions for obtaining the maximum number of intestinal bacteria from the olive flounder Paralichthys olivaceus, and studied bacterial diversity using both culture-dependent and culture-independent methods. Using six culture conditions, mean bacterial numbers were greater than $10^6$ per gram of gut mucus, regardless of the medium. However, the bacterial diversity, based on colony morphology, appeared much higher on Marine agar (MA) and Zobell 2216 agar than on other media. We found eight and 17 cultured bacterial phylotypes with 99% minimum similarity in gut mucus grown on MA and tryptic soy agar, respectively. Furthermore, we used genomic DNA extracted from gut mucus to generate 78 random clones, which were grouped into 25 phylotypes. Of these, six were affiliated with Firmicutes, Actinobacteria, and Verrucomicrobia, and were not found using our culture-dependent methods. Consequently, we believe that Marine agar and Zobell 2216 agar are optimal media for culturing diverse intestinal microbes; we also discovered several novel sequences not previously recognized as part of the gut microbiota of olive flounder.
Pyrosequencing of 16S rDNA tags was used to obtain the bacterial diversity and community structure in the uncultured seawaters as well as in the cultured seawaters, which were collected from the 7 ports (Cheonbu, Hyunpo, Taeha, Namyang, Sadong, Dodong, and Jeodong) and 1 seashore (Guam) around the Ulleng island, Korea. Alphaproteobacteria were the most abundant group in the clean seawaters such as seawaters of Taeha and Sadong ports. Gammaproteobacteria proportion increased depending upon the wastewater amounts mixed with the seawaters such as seawaters of Namyang, Dodong, and Jeodong ports. The genuses of Alteromonas (from samples of Cheonbu, Taeha, Guam, Namyang, Sadong), Shewanella (from sample of Jeodong), and Vibrio (from samples of Hyunpo and Dodong) were dominant group in each of the cultured seawaters incubated in marine broth (Difoco). The results suggest that the incoming wastewaters to the port seawaters contribute to the dynamic change of the marine bacterial community around the Ulleng island.
Proceedings of the Microbiological Society of Korea Conference
/
2005.05a
/
pp.28-32
/
2005
Epifluorescence microscopy and direct viable counting methods have shown that only 0.01-0.1% of all the microbial cells from marine environments form colonies on standard agar plates. To culture novel marine microorganisms, high throughput culturing (HTC) techniques were developed to isolate cells in very low nutrient media. This approaches was designed to address microbial metabolic precesses that occur at natural substrate concentrations and cell densities, which are typically about three orders of magnitude less than in common laboratory media. Approximately 5000 cultures of pelagic marine bacteria were examined over the course of 3 years. Up to 14% of cells from coastal seawater were cultured using this method, a number that is 1400 to 140-fold higher than obtained by traditional microbiological culturing techniques. Among the cultured organisms are many unique phylogenetic lineages that have been named as new phyla (7), orders (2, 5, 12), families (3), and genera (1, 4, 6). Over 90% of the cells recovered by this method do not replicate in standard agar plating, the most common method of microbial cell cultivation.
The bacterial diversity of the continental shelf sediment in the Yellow Sea was investigated by the cloning and sequencing of PCR-amplified 16S rRNA genes. The majority of the cloned sequences were distinct phylotypes that were novel at the species level. The richness estimator indicated that the sediment sample might harbor up to 32 phylum-level taxa. A large number of low-abundance, phylum-level taxa accounted for most of the observed phylogenetic diversity at our study site, suggesting that these low-abundance taxa might play crucial roles in the shelf sediment ecosystem.
Histamine can be produced at early spoilage stage through decarboxylation of histidine in red-flesh fish by Proteus morganii, Hafnia alvei or Klebsiella pneumoniae. Allergic food poisoning is resulted from the histamine produced when the freshness of Mackerel degrades. Conversely it has been reported that there are bacteria which decompose histamine at the later stage. We isolated histamine decomposers from salted mackerel and studied the characteristics to help establish hygienic measure to prevent outbreak of salted mackerel food poisoning. All the samples were purchased through local supermarket. Histamine decomposers were isolated using restriction medium using histamine 10 species were selected. Identification of these isolates were carried out by the comparison of 16S rDNA partial sequence; as a result, we identified Pseudomonas putida strain RA2 and Halomonas marina, Uncultured Arctic sea ice bacterium clone ARKXV1/2-136, Halomonas venusta, Psychrobacter sp. HS5323, Pseudomonas putida KT2440, Rhodococcus erythropolis, Klebsiella terrigena (Raoultella terrigena), Alteromonadaceae bacterium T1, Shewanella massilia with homology of $100\%,{\;}100\%,{\;}99\%,{\;}99\%,{\;}99\%,{\;}99\%,{\;}100\%,{\;}95\%,{\;}99\%,{\;}and{\;}100\%$respectively. Turbidometry determination method and enzymic method were employed to determine the ability of histamine decomposition. Among those species Shewanella massilia showed the highest in ability of histamine decomposition. From these results we confirmed various histamine decomposer were present in salted mackerel product in the market.
Culture-dependent RFLP and culture-independent DGGE were employed to investigate the bacterial community associated with the marine sponge Asteropus simplex collected from Jeju Island. A total of 120 bacterial strains associated with the sponge were cultivated using modified Zobell and MA media. PCR amplicons of the 16S rDNA from the bacterial strains were digested with the restriction enzymes HaeIII and MspI, and then assigned into different groups according to their restriction patterns. The 16S rDNA sequences derived from RFLP patterns showed more than 94% similarities compared with known bacterial species, and the isolates belonged to five phyla, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes, of which Gammaproteobacteria was dominant. DGGE fingerprinting of 16S rDNAs amplified from the sponge-derived total gDNA showed 12 DGGE bands, and their sequences showed more than 90% similarities compared with available sequences. The sequences derived from DGGE bands revealed high similarity with the uncultured bacterial clones. DGGE revealed that bacterial community consisted of seven phyla, including Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteira, Chloroflexi, and Nitrospira. Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria were commonly found in bacteria associated with A. simplex by both RFLP and DGGE methods, however, overall bacterial community in the sponge differed depending on the analysis methods. Sponge showed more various bacterial community structures in culture-independent method than in culture-dependent method.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.