Liquid chromatography mass spectrometry is widely employed in proteomics studies. One of such instruments is the Liquid Chromatography (LC)-Matrix-assisted laser desorption ionisation (MALDI)-Time of flight (TOF) or LC-MALDI-TOF/TOF. In this study, this instrument was used to identify the membrane proteins of a protozoan parasite namely Entamoeba histolytica. It causes amoebiasis in human. The E. histolytica trophozoites were cultured prior to the membrane protein extraction using the conventional method, $ProteoPrep^{(R)}$ and $ProteoExtract^{(R)}$ kits. Then, the membrane protein extracts were trypticdigested and analysed by LC-MALDI-TOF/TOF. Approximately, 194 proteins were identified and 27.8% (54) were predicted as membrane proteins having 1 to 15 transmembrane regions and signal peptides by combining all three extraction methods. Also, this study has discovered 3 unique proteins as compared to our previous study which merit further investigation.
본 연구에서는 Xilinx의 Zynq SoC (system on chip)를 이용하여 초음파 신호의 TOF (Time of Flight)를 측정한다. TOF는 특정 거리를 이동하는 데 소요되는 RF (radio frequency) 기준 신호와 초음파 신호의 시간차이로 부터 계산되고, 공기중 초음파의 속도를 곱하여 초음파 이동거리를 알아낸다. 이를 위해 Zynq의 내장 ADC, FIR (finite impulse response) 필터, Kalman 필터로부터 초음파 펄스를 생성하고, RF 인터페이스로부터 RF 기준펄스를 생성한다. Kalman 필터와 RF 인터페이스는 baremetal 멀티프로세싱에 의해 Zynq의 듀얼 프로세서 코어에 c-코드로 프로그래밍하고 나머지 구성 요소들은 Zynq의 FPGA 내에 설계하여, HW/SW co-design을 구현한다. 이를 통해 HW design에 비해 Zynq 자원의 가용률을 낮추고, 설계 시간을 대폭 줄일 수 있었다. 설계 툴로 Vivado IDE (integrated design environment)를 이용하여, 전체 신호처리 시스템을 계층적 블록 다이어그램의 형태로 설계하였다.
저에너지(수 eV) 양전자 빔을 이용하여 도체나 반도체의 표면/계면의 물리화학적 특성 분석에 독특한 유용성이 보고 되고 있다. 기존의 표면 분석법에 비해 표면의 선택도가 향상되어 반도체 소자의 박막 두께가 얇아지는 최신기술에 적합한 분석법으로 주목을 받고 있다. 물질표면에 조사된 저에너지 양전자는 표면 근처의 image potential에 포획이 되어 표면에 있는 전자들과 쌍소멸하며 Auger 전자를 방출한다. 표면으로부터 방출된 Auger 전자의 에너지를 측정함으로 원자의 화학적 구별이 가능하므로 검출기의 에너지 분해도가 중요하다. 기존의 ExB 형태의 에너지 측정기는 분해도가 $6{\sim}10\;eV$ 정도이고 특정한 에너지 영역만을 일정시간 스캔하여 스펙트럼을 측정하므로 측정시간이 길어진다는 단점이 있다. 반면에 Time-Of-Flight(TOF) 시스템은 방출되는 전자들의 에너지를 동시에 검출하므로 측정시간이 단축되어 측정 효율이 향상된다. 에너지 분해도를 높이기 위해서는 측정하고자 하는 전자의 진행거리를 길게 할수록 좋으나, 공간적 제약을 고려한 reflected TOF 시스템과 retarding tube을 이용한 linear TOF 시스템의 에너지 분해도를 이론적으로 시뮬레이션하였다.
A poly(ethylene oxide)-b-poly(L-lactide) diblock copolymer (PEO-b-PLLA) is characterized by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and a block length distribution map is constructed. Although the MALDI- TOF mass spectrum of PEO-b-PLLA is very complicated, most of the polymer species were identified by isolating the overlapped isotope patterns and by fitting the overlapped peaks to the Schulz-Zimm distribution function. Reconstructed MALDI-TOF MS spectrum was nearly identical to the measured spectrum and this method shows its potential to be developed as an easy and fast analysis method of low molecular weight block copolymers.
A total of 41 Salmonella (S.) strains were isolated from pigs suffered with severe watery diarrhea and were tried to identify by both matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and polymerase chain reaction (PCR) analysis. Fibrinous exudate and ulceration in the large intestine were prevalent in gross observation, and variable degrees of enteritis were observed in the histology of large intestines. Subsequent polymerase chain reaction (PCR) analyses demonstrated that 41 strains were identified as S. Typhimurium (39 strains), though 2 stains were failed to identify. Further identification was performed using both direct smear and protein extraction method by MALDI-TOF MS analyses. In terms of extraction methods, 100% (41/41) of isolates were identified to species level of S. spp. Whereas only 43.9% (18/41) were identified to species level using the direct method. These results thus suggest that rapid and accurate diagnosis of porcine salmonellosis can be guaranteed by MALDI-TOF MS combined with protein extraction method.
Kim, Eiseul;Kim, Hyun-Joong;Yang, Seung-Min;Kim, Chang-Gyeom;Choo, Dong-Won;Kim, Hae-Yeong
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제29권4호
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pp.548-557
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2019
Staphylococcus species have a ubiquitous habitat in a wide range of foods, thus the ability to identify staphylococci at the species level is critical in the food industry. In this study, we performed rapid identification of Staphylococcus species using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). MALDI-TOF MS was evaluated for the identification of Staphylococcus reference strains (n = 19) and isolates (n = 96) from various foods with consideration for the impact of sample preparation methods and incubation period. Additionally, the spectra of isolated Staphylococcus strains were analyzed using principal component analysis (PCA) and a main spectra profile (MSP)-based dendrogram. MALDI-TOF MS accurately identified Staphylococcus reference strains and isolated strains: the highest performance was by the EX method (83.3~89.5% accuracy) at species level identification (EDT, 70.3~78.9% accuracy; DT, less than 46.3~63.2% accuracy) of 24-h cultured colonies. Identification results at the genus level were 100% accurate at EDT, EX sample preparation and 24-h incubation time. On the other hand, the DT method showed relatively low identification accuracy in all extraction methods and incubation times. The analyzed spectra and MSP-based dendrogram showed that the isolated Staphylococcus strains were characterized at the species level. The performance analysis of MALDI-TOF MS shows the method has the potential ability to discriminate between Staphylococcus species from foods in Korea. This study provides valuable information that MALDI-TOF MS can be applied to monitor microbial populations and pathogenic bacteria in the food industry thereby contributing to food safety.
천연 탄탈의 중성자포획에 의한 공명에너지를 측정하기 위하여 교토대학의 원자로연구소의 46-MeV 전자선형가속기의 광핵반응에서 발생하는 중성자를 이용하였다. 중성자포획에서 발생되는 즉발감마선을 BGO($Bi_4Ge_3O_{12}$)섬광검출장치로 측정하였다. 검출장치는 탄탈 시료에서 발생되는 즉발감마선을 기하학적으로 모두 측정하도록 만들어져 있으며 측정되어진 전기적 신호를 탄탈의 중성자 공명에너지 동정하는 스펙트럼구성에 사용하였다. 연구에서 사용되어진 중성자의 에너지는 1 ~ 200 eV 영역에 대하여 각각의 공명에너지를 분석하였다. 중성자에너지 측정은 중성자 비행시간법(TOF: Time-of-Flight)을 통하여 측정하였다. 광핵반응을 통한 중성자발생에서는 고에너지영역에서 강한 제동복사선이 발생하므로 수 keV영역 이하 영역의 중성자에너지에 대해서만 중성자공명을 측정하였다. 얻어진 Ta에 대한 중성자 포획 공명에너지 측정결과는 이전의 실험에 의한 측정 결과들 및 ENDF/B-VI와 Mughabghab의 평가된 값들과 비교 및 검토를 하였다. 측정되어진 공명들은 4.28 eV에서 거대 공명들을 측정하였고 그 이상의 에너지 영역의 다른 공명들도 이론에 의해서 계산되어진 값들과 비교하였다. 144.3 eV를 제외한 공명들은 평가값들과 거의 일치하는 경향을 보였다.
TOF(Time-Of-Flight) 센서에 의해 획득된 정보로부터 3차원 깊이 영상(depth image)을 추출하기 위한 위상 연산기 하드웨어를 구현한다. 설계된 위상 연산기는 DCORDIC(Differential COordinate Rotation DIgital Computer) 알고리듬의 벡터링 모드를 이용하여 아크탄젠트 연산을 수행하며, 처리량과 속도를 늘리기 위해 잉여 이진 수체계와 파이프라인 구조를 적용하였다. 고정 소수점 MATLAB 시뮬레이션을 통해 검증하고 최적 데이터 비트 수 및 반복 횟수를 결정하였으며, MATLAB/Simulink와 FPGA 연동을 통해 하드웨어 동작을 검증하였다. TSMC $0.18-{\mu}m$ CMOS 공정으로 테스트 칩을 제작하였으며, 테스트 결과 정상 동작함을 확인하였다. 약 82,000 게이트로 구현되었고, 400MHz@1.8V로 동작하여 400 MS/s의 연산 성능을 갖는 것으로 평가되었다.
Plasma Source Ion Implantation (PSII) technique was used for the hydrophilization or hydrophobization of polymer surfaces. Polymers were modified with different plasma gases such as oxygen, nitrogen, argon, and tetrafluoromethane, and for varying lengths of treatment time. Plasma ion treatment of oxygen, nitrogen, argon and their mixtures increased significantly the hydrophilic properties of polymer surfaces. More hydrophobic surfaces of polymers were formed after the treatment with tetrafluoromethane. A study of plasma source ion implanted polymers was performed using contact angle measurements and Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry (TOF-SIMS). The TOF-SIMS spectra and depth profile were used to obtain the information about the treated surfaces of polymers. The permanence of this technique could be evaluated with respect to ageing time. The surfaces treated with PSII gave better stability than other surface modification methods.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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