• 한국자원식물학회지
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• 제19권2호
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• pp.336-339
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• 2006

홍화 수집종의 RAPD 분석을 통한 유전적 다양성 및 유연관계를 밝히고 품종군을 분류하여 품종육성의 기초자료로 활용코자 시험한 결과는 아래와 같다. RAPD 분석에 적용한 37개의 Primer 중 25개의 적정 primer를 선발하였고, 증폭원 PCR산물은 $0.1{\sim}4.0kb$에서 재현성있는 band를 보였으며 각 primer에 의해 증폭된 band의 수는 $1{\sim}9$개로 다양하였고 평균 4.8개였다. PCR 반응에 사용된 25개의 primer에서 120개의 band가 관찰되었으며 다형성을 보이는 band될 수는 23개(19.2%)였다. RAPD-PCR에 의해 얻어진 dendrogram에서 유연계수 0.042를 기준으로 합을 했을 때 6개 군으로 분류되었고 II군과 III군은 각각 12종(38%)씩 속하였다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제38권1호
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• pp.7-12
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• 1996

누에 RAPD-PCR 최적조건에 대해 실험한 결과, 중합효소 연쇄반응(PCR)의 최적조건은 반응액 25$\mu$l에 대해 주형 DNA 30ng, dNTP mixture 200$\mu$M, primer 300mM, Taq DNA Polymerase 1.0unit 및 Mg2+ 1.5mM로 판단되었으며, 또 상기의 실험조건을 기본으로 하여 annealing 온도를 탐색한 결과 35$^{\circ}C$-42$^{\circ}C$에서 DNA의 증폭이 안정적임이 밝혀졌다. 또한 동일한 품종내에서 개체간 및 암수간의 DNA 다형성은 인정되지 않았고, 품종간 DNA 다형성은 OPM 04 primer를 사용한 결과 5개의 RAPD 마커로 인정 되었다. 양친간 다형성이 인정된 primer를 사용하여 F2 33개체에 대해 DNA를 증폭시킨 결과 800 bp band가 3 :1 로 분리되었으므로 누에 품종간 유전적 유연관계 및 유전자 지도작성의 가능성을 제시했다.

• 한국어류학회지
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• 제21권2호
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• pp.129-133
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• 2009

본 연구는 RAPD PCR 분석을 통하여 한국의 서한아 수계(한강, 금강)와 남한아 수계(섬진강, 낙동강)에 서식하는 쉬리 집단들 간의 유전변이를 비교하였다. 4집단들 간의 유전적 변이를 분석한 결과, 사용한 12개의 random primer들 모두에서 서한아 수계 집단과 남한아 수계의 집단들을 구분하여 주는 특이적 PCR 단편들을 확인할 수 있었다. 유전적 유사도 분석에서 한강, 금강의 서한아 수계 집단들과 섬진강, 낙동강의 남한아 수계 집단들의 유전적 유사도는 0.49~0.53로 낮게 나타났고 유전적 거리는 0.63~0.71로 높게 나타났다. 유전적 거리에 기초한 UPGMA dendrogram 분석에서도 서한아 수계와 남한아 수계의 집단들이 명확하게 구분되었다. 따라서 서한아와 남한아 수계의 쉬리 집단은 유전적 구조에 있어 큰 차이가 있으며, 남한아 수계의 쉬리는 서한아 수계 쉬리와 진화적으로 뚜렷하게 구분되는 집단으로 판단된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제41권3호
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• pp.149-155
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• 2018

Salmonella Enteritidis (S. Enteritidis) are found in animals, humans, and environment. In addition, S. Enteritidis draws attention to the public health concerns due to carriage of antibiotic resistance traits. For these reasons, the prevalence and antibiotic resistance patterns of S. Enteritidis are significant issues with regard to public health. To address this issues, a total of 24 strains of S. Enteritidis from 164 samples collected from several slaughterhouses in Gyeong-Nam province in order for antibiotic resistance profiles. Subsequently, we characterized the genotyping by random amplification polymorphic DNA (RAPD)-PCR. As a result, very high level of resistance to protein synthesis inhibition antibiotics and most isolates were susceptible to others. Six random primers were used for RAPD-PCR to reveal genotypes of S. Enteritidis isolates. One of the primer, P1245, generated 147 distinct RAPD-PCR fragments ranging from 400~3000 bp. The number of RAPD-PCR products ranged from 4 to 8 for this primer. The RAPD-PCR fragments could be placed these strains into 3 subgroups and 2 classes by UPGMA cluster analysis. Interestingly, several S. Enteritidis that isolated from different slaughterhouses showed same genotype. These results showed only limited genetic variation among the isolates, those were grouped into a few different patterns of antibiotic resistance.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권3호
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• pp.274-276
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• 2011

Distinction of Bacillus cereus from other closely related bacilli is challenging and new efficient methods are continually demanded. From our previous work on RAPD profiles of bacilli, we found a possibility that B. cereus strains could be distinguished from other bacilli. In this work, RAPD-PCR profiles of B. cereus strains were obtained using a 10-mer (S30) as a primer, and a B. cereus specific 0.91-kb band was produced from all tested strains. The RAPD-PCR procedure also successfully detected B. cereus from spiked cheonggukjang when B. cereus cells were present at more than $10^2$/g sample.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.32-37
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• 2004

ITS2 부위를 시퀀싱하여 Pseudo-nitzschia delcatissima, P. multiseries, P. pungens, P. subfraudulenta 상호간의 유전자 다양도를 조사함과 아울러 RAPD-PCR pattern을 이용하여 유사도를 구하였다. 유전자 거리를 근거로 했을 때 P. delicatissima 종은 P. multiseries와 P. pungens와는 유전적 거리가 상당히 요원하였고, 심지어 P. subfraudenlta와도 거리를 보였다. 유사도의 경 P. multiseries와 P. pungens는 0.31로 보인 반면에, P delicatissima는 다른 세종과 0.81를 나타내었다. 따라서 P. delicatissima 종은 P. multiseries, P. pungens, P. subfraudulenta와는 유전적으로 밀접하지 않는 관계로 보였다. ITS2부위는 Pseudo-nitzschia 동정에 사용될 수 있는 유용한 도구로 보이며 형태적으로 구분할 수 없는 P. multiseries와 P. pungens을 구분할 수 있다. 또한 RAPD-PCR 방법도 단시간에 Pseudo-nitzchia을 분리시키는데 사용될 것으로 보인다.

• 한국어병학회지
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• 제34권1호
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• pp.31-38
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• 2021

본 연구는 1996년부터 2010년 사이에 우리나라 양식넙치와 뱀장어에서 분리하여 Edwardsiella tarda로 동정하였던 18 균주에 대하여 생화학적 특성과 RAPD profile을 비교해봄으로써 이전 양식생물의 질병에 관여되었던 Edwardsiella속 세균의 다양성을 알아보고자 하였다. 생화학적 특성으로 볼 때 이들은 citrate 분해, H₂S 그리고 indole 생산 결과에 차이를 보여 4가지 패턴으로 구분되었으나 모두 E. tarda로 동정되었고 숙주에 따른 분리균의 특성으로 구분되지는 않았다. E. tarda 특이 primer인 EDtT로 PCR을 실시한 결과 18 분리균에서는 모두 약 270 bp의 동일한 band가 검출되었으나 비교 균주로 사용된 E. tarda와 E. ictaluri의 type strain에서는 특이 밴드가 검출되지 않았다. 또한 Ready-To-Go-RAPD kit의 primer 5번과 6번으로 실시한 RAPD PCR 결과, 넙치 분리균, 뱀장어 분리균, 그리고 E. tarda와 E. ictaluri type strain에서 band profile이 뚜렷한 차이를 보여 origin에 따른 특징으로 정리될 수 있었으며 병원체 모니터링을 위한 tool의 하나로 개발될 가능성을 보였다.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.651-657
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• 2003

형태적으로 매우 유사한 적조생물 C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum을 RAPD 방법을 이용하여 유전적 유연관계를 조사했다. 12개의 primer 중 4종류만 선택되었고 증폭된 밴드수는 59개이며 그 크기는 0.2에서 3.0 kb까지였다. C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum의 다형화된 밴드수는 16개, 8개, 16개로 각각 나타났다. 반면에, 17개의 밴드만 동일하였다. C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum의 종 특이적인 밴드수는 26개, 34개, 26개로 각각 보였다. C. polykrikoides와 G. impudicum/G. catenatum의 유전적 유사성은 0.83이며, G. impudicum과 G. catenatum은 0.78로 나타났다. 이러한 결과로 볼 때 형태적으로는 유사하게 보이지만, RAPD 분석에 의하면 C. polykrikoides, G. impudicum, G. catenatum은 현저하게 상이한 적조생물이다. 앞으로 RAPD 기법을 이용하면 이러한 와편모조류의 유전적 변이를 탐색하는데 유용할 것으로 보인다.

• 식물조직배양학회지
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• 제26권4호
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• pp.235-240
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• 1999

무릇 (S. scilloides Complex)에서 게놈 유형이 다른 AA, BB 및 AABB 게놈 식물의 조직배양을 통하여 유도된 재분화체를 대상으로 RAPD기법을 이용한 유전적 분석을 통해 게놈의 안정성과 게놈 유형에 따른 차이를 분석한 결과, 적용한 20가지의 primer중 Al, A2및 A3에서 게놈 유형에 따른 다형현상을 관찰할 수 있었다. RAPD분석 결과 AA게놈에서 39.2%로 다형성이 세 가지 유형 중 가장 낮게 나타났으며, BB 게놈에서는 72.3%로 가장 높은 다형성을 보였고, AABB 게놈에서는 45.7%의 다형성이 관찰되었다. AA유형에서 관찰된 총 110개의 밴드 중 특이 밴드가 A3에서 하나 나타나 0.9%의 변이율을 보였으며, BB 게놈의 경우 총 116개의 밴드 중 특이 밴드는 A3에서 5개 나타나 4.3%의 변이율을 보여 주었고, AABB유형에서는 총 103개의 밴드 중 특이 밴드가 Al에서 2개, A2에서 1개, A3에서 2개로 총 5개가 나타나 4.9%의 변이율을 나타내었다. RAPD 분석은 게놈 유형이 다른 무릇 체세포클론의 유전적인 안정성 분석에 유용하게 이용될 수 있다.

• Food Science and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.1171-1177
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• 2008

This study was undertaken to classify Enterobacter sakazakii isolates from 13 powdered infant formula products, 25 powdered weaning diet products, and 33 weaning diet ingredients on polymerse chain reaction (PCR) methods. The numbers of the isolates from 1 powdered infant formula product, 7 powdered weaning diet products, and 6 weaning diet ingredients were 1, 14, and 8, respectively. The contaminated ingredients were 1 rice powder, 2 millet powders, 2 vegetable powders, and 1 fruit and vegetable premix. PCR with the primer of repetitive extragenic palindromic element (REP-PCR) and random amplification of polymorphic DNA(RAPD) were effective in discriminating among the isolates, but tRNA-PCR and PCR with the primer of l6S-23S internal transcribed spacer (ITS-PCR) were not. Some of E. sakazakii isolates from vegetable powders, fruit and vegetable premix, and millets powders were classified into the clonal groups based on the DNA patterns in the REP-PCR and RAPD analysis. A close genetic relationship among the isolates from some of the powdered weaning diet products and the rice powder was also detected in the cluster analysis based on the DNA patterns in RAPD.