• 생명과학회지
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• 제16권1호
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• pp.71-75
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• 2006

We analyzed the phylogenic relationships of 23 partial 18S rDNA sequences of 22 species (1 species has 2 strains) belonging to Sarcorptiforms include 4 new sequences, using several tools. Although geographic distributions are quite far from, sequence similarity of two strains of Dermatophygoides pteronyssinus isolated from Japan and New Zealand were very high. This result suggests that mite migration by animals including human occurred in the two continents. We investigated the Endeostigmata taxonomic relationship between the Prostigmata and Oribatida subgroups using small fragments (340-400 bp) of their 185 rDNA sequences. But Endeostigmata was not grouped with Oribatida or Prostigmata. In conclusion, it is first reported phylogenic relationship for classified mites included in Sarcoptiformes using 185 rDNA sequence analysis and its system is a very powerful tool for classification of mites.

• 생명과학회지
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• 제22권3호
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• pp.285-292
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• 2012

조팝나무속(genus Spiraea) 식물은 다년생 목본으로 주로 아시아와 유럽에 분포하고 있다. 한국의 14종을 포함한 전 세계 38분류군에 대해 핵 내 리보솜 전사 서열(ITS)로 이 속의 유전적 관계를 평가하였다. 이 분자생물학적 자료로 분류군의 분지군은 잘 분리되었다. 47 계통(38 분류군: 14개 한국 분류군, 33개 세계 분류군, 9개 중복 분류군). 전체 689 bp 중에서452자리는 절약-정보적이었고, 527자리는 변이를 나타내었으나 절약-비정보적이었고, 159자리는 분류군 전체에서 변이가 전혀 없었다. 비록 계통도에서 잘 분리되었지만 형태적 특성과 지리적 분포와는 일치하지 않았다. 분리되는 자리수는 430이었으며 핵산 다양도(${\pi}$)는 0.281이였다. 중립가설 하에서 Tajima 검증 통계값(D) 은 0.5보다 큰 2.325였다. 따라서 자연 도태가 유전적 변이를 증가시키는 방향으로 작용하고 있었다.

• 약학회지
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• 제54권1호
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• pp.49-54
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• 2010

SLC6A19 which reported as a neurotransmitter was composed of seven minisatellites. In previous our study, the minisatellites variants of SLC6A19-MS7 showed the susceptibility for hypertension. When this minisatellte sequences were analyzed using the bioinformatic tool, USF1 (upstream transcription factor 1) was found in this region as a putative transcription factor binding site. USF1 is binding with E-boxes which has a consensus sequence of CACGTG. USF1 is a ubiquitously expressed transcription factor and involved in the transcriptional control of many genes including the molecular pathogenesis of cardiovascular disease. Thus, we investigated that the putative functional relationship between the minisatellites variants and susceptibility for myocardial infarction. A case-control study was performed that compared genomic DNA from 400 controls and 225 cases with myocardial infarction. There were no significant differences observed in the overall allelic distribution of minisatellites between controls and cases, which indicates that this polymorphism is not responsible for myocardial infarction susceptibility. Hence, we analyzed the five different minisatellites alleles from this study and characterized 14 different repeats units (Unit1~Unit14). Then, we evaluated the DNA composition, phylogenic tree, and pairwise distances of its repeats. The variability of each repeats differed from 2.33% to 16%. The phylogenic trees for the four SLC6A19-MS7 minisatellites exhibited very different shapes in their braches and distances, and present most common 8 repeats allele was the longest 14 repeats allele. Therefore, this result may help to understand for the evolutional level of the length of minisatellites.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권2호
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• pp.215-219
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• 2012

The strain KCTC 11629BP, isolated from spontaneously fermented pine needle extract (FPE), showed fibrinolysis activity. The isolated strain was analyzed in physiological and biochemical experiments. Based on 16S rDNA sequencing and phylogenic tree analysis, the strain was identified to be a part of the genus Acetobacter, with Acetobacter senegalensis and Acetobacter tropicalis as the closest phylogenetic neighbors. Based on genotypic and phenotypic results, it was proposed that bacterial strain KCTC 11629BP represents a species of the genus Acetobacter. The strain was thusly named Acetobacter sp. FP1. In conclusion, Acetobacter sp. FP1 isolated from FPE possesses fibrinolytic activity.

• 환경생물
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• 제36권4호
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• pp.463-470
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• 2018

본 연구는 국내 염습지 해안 복원의 주요 식물인 갈대와 내건성 대표 식물인 억새의 지역별 유전자형 분석을 통해 지역별 복원종자 적용에 대한 타당성을 검증고자 하는 연구로서, SNP를 활용한 근연관계 분석 결과 억새는 홍성군 집단이 다른 지역과 상이한 유전적 변이를 보인 반면, 갈대는 모든 지역에서 동시다발적인 변이양상이 나타낸다. 이를 통하여 억새의 경우 우리나라 전역에 발생하는 건조지에서 억새시료를 사용할 때는 지역별로 수집한 종자를 활용하는 것이 합리적이나 부득이하게 다른 지역의 식물 자원을 사용한다고 해도 유전적인 교란이 크게 발생하지 않을것으로 보인다. 갈대의 경우 전 지역에서 유전적 변이가 다양하며 억새에 비하여 유전적 변이가 상대적으로 많이 나타나고 있기 때문에 염류 피해지의 복원에 활용할 수 있는 자원인 갈대의 경우 종자를 지역별로 수집하기 위한 다양한 인프라를 구축하여 향후 복원 사업에 대비하여야 한다.

• 생명과학회지
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• 제25권3호
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• pp.257-262
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• 2015

한국에서 채집한 잔디속(genus Zoysia) 식물 종의 유전적 변이를 단순 서열 반복(Inter-Simple Sequence Repeat Markers, ISSR) 마커 시스템으로 조사하였다. 8개의 ISSR 시발체를 이용한 중합효소 사슬 증폭반응에서 86개의 분절의 증폭물을 얻었으며 이 중 76(87.1%)개 분절이 다형성을 나타내었다. ISSR 마커 시스템에서 다형성 정보 지수(PIC)는 0.848이었다. 다형성 대립유전자좌위의 퍼센트(P_p)는 41.2%에서 44.7%까지 나타내었다. 네이(Nei)의 유전자 다양성(H)은 0.149에서 0.186까지 이며 평균은 0.170이었다. 샤논(Shannon)의 정보 지수(I)의 평균값은 0.250이었다. 대립유전자좌위에 근거하여 전체 변이에서 종 간 차이를 나타내는 변이의 몫(G_ST)은 0.601였다. 이는 전체변이의 약 60.1%는 종 간에 있음을 의미한다. 따라서 변이의 약 39.9%는 종 내에 있었다. G_ST에 근거한 유전자 흐름(이동)은 잔디속 간에는 대단히 낮았다(N_m = 0.332). 계통도는 3개의 뚜렷한 분지군으로 분리되었다. 왕잔디(Zoysia macrostachya)와 금잔디(Z. tenuifolia) 분지군, 갯잔디(Z. sinica) 단독 분지군, 잔디(Z .japonica) 단독 분지군이었다. 결론적으로 잔디속 식물에 대한 ISSR 분석은 유전적 변이를 탐지하는데 유용하며, 종을 구분하는 유전자형의 대한 식별력을 주었다.

• 생명과학회지
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• 제20권7호
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• pp.983-990
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• 2010

조팝나무속 식물은 주로 아시아에 많이 분포하는 목본으로 생태 및 약용으로 중요하다. 이 속내 16종, 29집단에 대해 RAPD (random amplified polymorphic DNA) 마커로 이들 집단에 대한 유전적 변이와 집단구조를 조사 하였다. 이들 집단은 작고 격리되어 있어 낮은 유전적 다형성을 나타내었다. 전체 유전적 다양도는 종 수준에서 0.117이였다. 국지적 분포를 보이는 종(S. chartacea)은 광범위하게 분포하는 종에 비해 유전자 좌위당 대립유전자의 수는 적었고(평균 1.240:1.297), 다형성을 나타내는 유전자 좌위 %(24.0:29.7), 낮은 다형성(0.092 vs. 0.121)을 나타내었다. 종내 다양성의 비율($H_{POP}/H_{SP}$)은 전체 변이중 87.8%가 종간에 있었고 전체 변이의 12.2%는 종내에 있었다. 계통도에서 세 그룹으로 나타났다. 한 분지군은 조팝나무, 가는잎조팝나무, 인가목조팝나무, 긴조팝나무, 공조팝나무이었다. 또한 분지군은 산조팝나무, 아구장나무, 떡잎조팝나무, 당조팝나무였다. 나머지 분지군은 7종을 포함하고 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권7호
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• pp.921-926
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• 2012

In order to protect the genetic resource of native horse breeds, the genetic diversity of mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop of three native horse breeds in western China were investigated. Forty-three 600 bp mtDNA D-loop sequences were analyzed by PCR and sequencing techniques, 33 unique haplotypes with 70 polymorphic sites were detected in these horses, which account for 11.67% of 600 bp sequence analyzed, showing the abundant genetic diversity of the three native horse breeds in western China. The Neighbour-Joining (NJ) phylogenetic tree based on 247 bp of 43 D-loop sequences demonstrated the presence of seven major lineages (A to G), indicating that the three native horse breeds in western China originated from multiple maternal origins. Consistent with the front, the NJ phylogenetic tree based on 600 bp of mtDNA D-loop sequences of 43 Chinese western native horses and 81 sequences of six horse breeds from GenBank indicated that the three horse breeds had distributed into the seven major lineages (A to G). The structure of the phylogenic tree is often blurred because the variation in a short segment of the mitochondrial genome is often accompanied by high levels of recurrent mutations. Consequently, longer D-loop sequences are helpful in achieving a higher level of molecular resolution in horses.

• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.939-946
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• 2011

미토콘드리아 산화효소(COI) 유전자의 서열을 이용하여 한국 내 육지플라나리아의 분류와 계통관계를 규명하였다. 유전자은행에서 Bipaliidae과의 종에 관한 기 발표된 서열을 계통분석을 위해 포함시켰다. 육지 플라나리아의 서열 배당은 387 bp에서 444 bp로 나타났으며 이런 차이는 염기 삽입에 기인하였다. COI 분석에 근거한 계통학적 분지도는 형태적 형질에 의한 결과와 일치하지 않았다. Bipalium nobile가 나머지 분류군(Bipalium adventitium, Bipalium venosum, Bipalium kewense, Bipalium multilineatum)을 포함하는 관계로 나타났다. 내부 가지의 분지군은 강하게 지지되었다(>91%). The phylogenic tree on COI 분석에 의한 계통도는 잘 분리되었다. 이들은 단계원을 형성하였다. 미토콘드리아 산화효소 유전자는 한국 내 육지 플라나리아 분류군을 동정하는데 유력한 도구가 될 수 있다.

• Molecules and Cells
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• 제22권1호
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• pp.89-96
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• 2006

"Determinate" and "indeterminate" inflorescences in plants are controlled by a single recessive gene, for example, SELF-PRUNING (SP) in Solanum lycopersicum, TERMINAL FLOWER1 in Arabidopsis, CENTRORADIALIS in Antirrhinum, and CENTRORADIALIS-like gene in tobacco. Pepper (Capsicum annuum L.) is an indeterminate species in which shoots grow indefinitely. In this study, we cloned and characterized the pepper SP-like gene (CaSP). RT-PCR revealed that the CaSP transcript accumulates to higher levels in floral buds than in other organs. Comparison of genomic DNA and cDNA sequences from indeterminate and determinate pepper plants revealed the insertion of a single base in the first exon of CaSP in the determinate pepper plants. CaSP is annotated in linkage group 8 (chromosome 6) of the SNU2 pepper genetic map and showed similar synteny to SP in tomato. Transgenic tobacco plants overexpressing CaSP displayed late-flowering phenotypes similar to the phenotypes caused by overexpression of CaSP orthologs in other plants. Collectively, these results suggest that pepper CaSP is an ortholog of SP in tomato.