• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.84-86
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• 2018

이 연구에서는 5 kGy 의 감마선에 조사된 토양으로부터 분리된 Deinococcus puniceus $DY1^T$의 완전한 게놈서열을 분석하였다. 이 균주는 UVC 와 감마선에 대한 저항성을 보였으며, PacBio RS II platform 을 통해 시퀀싱을 진행하였다. 해당유전체의 분석결과 G + C 함량이 62.5%인 2,971,983 bp 크기의 원형 염색체를 확인하였으며, 해당 염색체는 2,617 개의 코딩 서열과 2,762 개의 유전자 그리고 88 개의 위유전자를 포함하고 있다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.309-312
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• 2019

본 연구에서는 폐수처리장의 바이오필터로부터 Comamonas sp. NLF-7-7 균주를 분리하고 유전체서열을 PacBio RS II와 Illumina HiSeqXten 플랫폼을 사용하여 분석하였다. 염색체의 크기는 3,333,437 bp로 G + C 구성 비율은 68.04%, 총 유전자수는 3,197개, rRNA는 9개 및 tRNA는 49개로 구성되었다. 본 유전체는 오염물질분해와 플록형성에 관여하는 황산화 경로 유전자(SoxY, SoxZ, SoxA 및 SoxB)와 플록형성 경로 유전자(EpsG, EpsE, EpsF, EpsG, EpsL 및 glycosyltransferase)를 포함하고 있다. 이러한 Comamonas sp. NLF-7-7 균주는 폐수를 정화하는데 활용될 수 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권1호
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• pp.207-212
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• 2016

PacBio's long-read sequencing technologies can be successfully used for a complete bacterial genome assembly using recently developed non-hybrid assemblers in the absence of second-generation, high-quality short reads. However, standardized procedures that take into account multiple pre-existing second-generation sequencing platforms are scarce. In addition to Illumina HiSeq and Ion Torrent PGM-based genome sequencing results derived from previous studies, we generated further sequencing data, including from the PacBio RS II platform, and applied various bioinformatics tools to obtain complete genome assemblies for five bacterial strains. Our approach revealed that the hierarchical genome assembly process (HGAP) non-hybrid assembler resulted in nearly complete assemblies at a moderate coverage of ~75x, but that different versions produced non-compatible results requiring post processing. The other two platforms further improved the PacBio assembly through scaffolding and a final error correction.

• 미생물학회지
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• 제53권1호
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• pp.58-60
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• 2017

Halioglobus sp. RR3-57는 해수순환여과양식시스템의 생물여과조에서 순수분리되었으며, PacBio RS II 서열분석법을 이용하여 전체 유전체 서열이 해독되었다. 그 결과 길이 4,847,776 bp, G+C함량 57.5%인 염색체와 155,799 bp, 53.2%인 플라스미드로 구성된 유전체 서열을 획득하였다. 유전체 분석결과 탈질작용에 관련된 18개의 유전자와 불완전한 프로파지(prophage)로 추정되는 유전자서열이 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제54권3호
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• pp.305-307
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• 2018

이 연구에서는 PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 동해에서 분리된 해양 미생물 Pseudoalteromonas donghaensis $HJ51^T$의 전체 유전체 서열화를 수행하였다. 그 결과, 크기 3,646,857 bp, G + C 함량 41.8%인 염색체와 함께 크기 842,855 bp, G + C 함량 41.3% 및 크기 244,204 bp, G + C 함량 40.4%인 두 개의 플라스미드로 구성된 3개의 유전체 서열을 획득하였다. 이 유전체는 4,083개의 단백질 암호화 유전자와 127개의 RNA 유전자를 포함하고 있다. 다양한 생체 고분자 분해효소의 유전자원과 대장균과 유사한 세포외 단백질 분비 숙주로서의 개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제55권2호
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• pp.174-176
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• 2019

Flavobacteriaceae 과에 속하는 신균주인 RR4-38(= KCTC 52651 = DSM 108068)가 한국의 해수 순환여과양식시스템의 생물여과조에서 분리되었다. 41.9%의 G+C 함유량을 가진 3,182,272 bp의 길이의 하나의 완전한 유전체 컨티그가 PacBio RS II를 이용하여 얻어졌다. 이 유전체는 2,829개의 단백질 암호화 유전자와 6개의 rRNA 유전자, 38개 tRNA 유전자, 4개의 ncRNA 유전자, 9개의 유사유전자를 포함하고 있다. 이 결과는 해수 순환여과양식시스템에서 미생물의 활성을 이해하는데 통찰력을 줄 것이다.

• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.227-229
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• 2017

이 연구에서는 우포늪의 깨끗한 물에서 분리된 Spirosoma rigui KCTC $12531^T$의 완전한 게놈 서열을 분석하였다. 이 게놈은 G + C 함량이 54.4%인 5,828,404 bp으로 구성되어 있고 4,774개의 유전자와 4,647개의 단백질 코딩 유전자, 9개의 rRNA 유전자 그리고 43개의 tRNA 유전자 및 73개의 위유전자(pseudogene)를 포함하고 있다.

• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.230-232
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• 2017

이 연구에서는 자동차의 에어컨의 바이오필름환경에서 분리 된 Spirosoma aerolatum KACC $17939^T$의 완전한 게놈 서열을 분석하였다. 이 게놈은 G + C 함량이 48.3%인 7,959,595 bp으로 구성되어 있고 6,471개의 유전자와 6,471개의 단백질 코딩 유전자, 9개의 rRNA 유전자 그리고 43개의 tRNA 유전자 및 115개의 위유전자(pseudogene)를 포함하고 있다.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.69-70
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• 2018

Erwinia pyrifoliae는 그람 음성 세균으로 사과와 배에 가지검은마름병을 일으킨다. E. pyrifoliae EpK1/15 균주가 병징을 보이는 경기도 포천지역의 사과나무 가지에서 2014년도에 분리되었다. 본 논문에서는 PacBio RS II 플랫폼을 이용하여 E. pyrifoliae EpK1/15 균주의 전체 유전체를 분석하여 보고한다. 본 균주는 G + C 비율이 53.4%이며, 4,027,225 bp로 구성된 염색체와 G + C 비율이 50.3%이며, 48,456 bp로 구성된 plasmid를 지니고 있다. 이들 염색체와 plasmid DNA에서 3,798개의 단백질 코딩 유전자, 22개의 rRNA, 77개의 tRNA, 13개의 non-coding RNA 및 231개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제38권3호
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• pp.142-145
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• 2020

Enterococcus faecalis CAUM157, isolated from raw cow's milk, is a Gram-positive, facultatively anaerobic, and non-spore-forming bacterium capable of inhabiting a wide range of environmental niches. E. faecalis CAUM157 was observed to produce a two-peptide bacteriocin that had a wide range of activity against several pathogens, including Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, and periodontitis-causing bacteria. The whole genome of E. faecalis CAUM157 was sequenced using the PacBio RS II platform, revealing a genome size of 2,972,812 bp with a G+C ratio of 37.44%, assembled into two contigs. Annotation analysis revealed 2,830 coding sequences, 12 rRNAs, and 61 tRNAs. Further, in silico analysis of the genome identified a single bacteriocin gene cluster.