• 한국식품과학회지
• /
• 제33권5호
• /
• pp.521-524
• /
• 2001

본 연구는 유전자재조합 기술에 의해 개발된 glyphosate에 내성을 가지고 있는 콩(GTS)의 모니터링을 위하여 PCR을 이용한 검출 방법에 대한 실험을 수행하였다. Glyphosate에 내성이 있는 콩에 삽입된 유전자와 표준대조 유전자인 lectin과 ferritin 유전자를 근거로 제작된 primer와 CTAB 방법으로 추출된 콩의 DNA를 template로 이용하여 PCR을 수행하였다. GTS의 검출을 위한 제작된 primer들은 GTS와 특이적으로 반응하여 증폭된 PCR 산물을 생성하였으나, non-GTS와는 PCR 산물을 생성하지 못했다. 증폭된 염기서열 분석을 통하여 GTS에 특이적인 것을확인하였으며, 약 0.05%가 포함되어 있는 GTS까지 검출이 가능함을 보였다.

• 미생물학회지
• /
• 제41권1호
• /
• pp.60-66
• /
• 2005

국내산 한우, 흑염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 둥을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리된 MRSA 균주를 포함하여 총 116주의 S. aureus 균주를 확보하여 이들 균주들의 유전학적 다양성을 분석하고자 시도하였다. 이를 위하여 쉽고, 편리하며 많이 활용되고 있는 PCR을 이용하여, 개별 분석기법에 따른 유전학적 특성을 파악하는 것은 물론 활용한 기법들 중에서 유전자수준에서 가장 효율적이며 뛰어난 감별능력을 지닌 기법을 선발하고자 하는데 궁극적인 목적을 두었다. 이를 위해서 통계학적 인 수치에 따라 객관적인 분석방법으로서 Simpson's index of diversity (SID)를 산출하여 성적상호간을 비교 및 평가하였다. 공시한 총 99 주에 대한 4M primer를 이용한 RAPD 성적에 근거하여 산출한 SID 값은 0.915의 양호한 간이 산출되었다. 같은 방법으로 충 98 주에 대한 RA primer를 이용한 RAPD성적을 토대로 산출한 SID 값은 0.874로 확인되었다. 한편 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10종의 유전형(genotype)으로 구분되었고, EM-type 는 14주가 포함되어 가장 대표적 인 유전형으로 분류되었으며, 이 그룹에는 사람유래의 6주가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 확인되었다. 또한 DNA profile에 근거한 덴드로그람을 작성하고 SID간을 산출하였던 바, SDI 0.929의 신뢰도 높은 성적을 산출하였다. 반면에 공시한 총 108주의 S. aureus균주에 대한 종합적인 REP-PCR 성적에서 모두20종의 유전형으로 세분되었고 RB-type은 17주로 가장 많은 균주가 포함되었다. 작성된 덴드로그람 성적에서 산출한 SID 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 유전자 분석기법들 중에서는 가장 높은 0.930으로 확인되었다. 결론적으로 RAPD 기법 중에서는 4M primer를 활용한RAPD가 보다 효율적임을 확인할 수 있었고, REP-PCR과 ERIC-PCR의 양자의 성적은 거의 비슷하여 적용했던 PCR분석기법 중에서는 이들 분석기법이 가장 우수한 감별능력을 확보한 분석법으로 최종 선발할 수 있었다.

• 한국균학회지
• /
• 제36권2호
• /
• pp.138-143
• /
• 2008

토마토 잿빛곰팡이병균(B. cinerea)은 비닐하우스에서 재배할 때 토마토의 꽃과 줄기의 감염을 통해 매우 심각한 피해를 입힌다. 이 연구에서 토마토에 발병하는 잿빛 곰팡이병균의 검출 및 종 동정을 위해 새로운 종 특이적 primer set가 개발되었다. 종 특이적 primer(BTF1/BTR1)는 B. cinerea와 유전적으로 매우 유사한 진균들의 pyruvate carboxylase(pyc) 유전자 내부의 변이영역으로부터 설계되었다. 10개의 다른 기주식물에서 분리된 13균주의 모든 B. cinerea에서 112 bp 크기의 PCR 산물들이 만들어졌다. 그러나 6종의 다른 Botrytis 속균, 4종의 Botryotinia 속균, 5종의 Sclerotinia 속균 및 그 이외 16속의 다른 식물병원균들에 대해서는 PCR 반응이 나타나지 않았다. 종 특이적 primer의 반응민감도 한계는 대략 2 pg이었다. 자연상태에서 B. cinerea에 감염된 토마토 식물체와 인공적으로 접종된 식물체로부터 종 특이적 primer를 활용한 병원균의 PCR 검출이 이루어졌다. 이 연구결과로 미루어 새롭게 개발된 primer는 높은 반응민감도와 종 특이성을 나타내 추후 토마토 잿빛곰팡이병의 빠른 진단 및 병원균의 정확한 동정에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
• /
• 제28권9호
• /
• pp.1062-1067
• /
• 2018

국제 무역 및 전세계 수산물 소비의 증가로 인해 다양한 수산물이 국내로 수입되어 유통되고 있다. 최근 수입 수산물의 종명 및 원산지 표시사항을 허위로 기재하는 경우가 급증하여 식품안전성에 심각한 문제가 야기되고 있다. 불법적으로 유통되는 수산물의 안전관리를 위해 DNA 기반 기술을 이용한 종 판별법 마련이 시급하다. 본 연구에서는 전세계적으로 중요한 대형선망어업 어종 중 하나인 전갱이속 어류의 종을 판별하기 위해 duplex-PCR을 사용한 검출 방법을 개발하였다. 국내에 유통되는 T. japonicus과 T. novaezelandiae의 시료를 확보하여 COI 영역의 염기서열 분석을 통하여 종간 특이성을 나타내는 단일염기다형성 유전자를 탐색하였으며, PCR 증폭 산물의 크기를 고려하여 2개의 종 특이적인 정방향 primer를 설계하였다. Duplex-PCR 분석 결과, T. japonicus (103 bp), T. novaezelandiae (214 bp)와 같은 단일 밴드를 전기영동상에서 확인 할 수 있었으며 상호간의 비 특이적 밴드는 형성되지 않았다. 또한 duplex-PCR 방법을 통한 T. japonicus과 T. novaezelandiae에서 최저 $0.01ng/{\mu}l$까지 검출됨을 확인 할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 개발된 duplex-PCR 분석법을 이용한 전갱이속 어류의 종 판별법은 정확도와 민감도가 우수하여 수산물의 수출입 및 시중에 불법적으로 유통 가능성이 있는 제품을 신속하고 과학적으로 판별할 수 있어 수산물안전관리에 활용도가 매우 클 것으로 기대된다.

• Mycobiology
• /
• 제30권4호
• /
• pp.202-207
• /
• 2002

This study was carried out to develop specific primers for PCR detection of Phellinus linteus. Diverse genomes of 15 Phellinus spp. including five Phellinus linteus isolates were fingerprinted by Primer Universal rice primer(URP)1F. The URP-PCR pattern differentiated P. linteus isolates from other phellinus spp. A polymorphic band(2.8 kb), which is unique for P. linteus isolates, was isolated and sequenced. Twenty four-oligonucleotide primer pairs were designed based on information of DNA sequence. The primer set(PLSPF2/PLSPR1) amplified single band(2.2 kb) of expected size with genomic DNA from seven Phellinus linteus, but not with that of other Phellinus species tested. The primers could be used identically in both DNA samples from mycelium and fruit bodies. This specific primers could offer a useful tool for detecting and identifying P. linteus rapidly.

• 한국어병학회지
• /
• 제23권2호
• /
• pp.145-153
• /
• 2010

내용은 2009년 하반기, 우리나라 남해안(고흥, 나로도)과 서해안(선재도, 파도리)의 네 지점에서 시료채취 한 바지락에서의 Perkinsus olseni 감염에 대한 모니터링 결과로, 이전에 국제수역사무국(OIE)의 manual에서 지정하던 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set으로 사용한 PCR 분석 결과와 2009년에 새로이 지정하는 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set을 사용한 분석 결과를 비교하고, 결과를 통한 P. olseni의 검출율을 조사하였다. 특히 2009년에 새로이 지정된 PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 사용한 결과는 신속한 검출여부 분석에 적합한 것으로 생각되었다. P. olseni의 검출경향은 파도리에서 가장 낮았으며, 고흥에서 가장 높았다. 파도리의 7월, 8월 그리고 12월의 결과를 제외하고는 전 지점에서 7월에서 12월까지 지속적으로 높은 검출율을 나타내었다. PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 이용한 PCR 산물의 염기서열을 분석한 결과, 선재도의 결과에서 두 군데의 염기차이를 나타내는 것 이외에는 모두 같은 것으로 확인되었다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제27권4호
• /
• pp.367-371
• /
• 2011

Multiplex PCR assays were developed for the simultaneous detection of ten important Korean quarantine phytoplasmas. The species-specific primers were designed based on ribosomal protein, putative preprotein translocase Y, immunodominant protein, elongation factor TU, chaperonin protein and the 16S rRNA genes of 'Candidatus (Ca.) Phytoplasma' species. Three main primer sets were prepared from ten designed primer pairs to limit nonspecific amplification as much as possible. The multiplex PCR assay using the three primer sets successfully amplified the correct conserved genes for each 'Ca. Phytoplasma' species. In addition, ten important 'Ca. Phytoplasma' species could be easily determined by recognizing band patterns specific for each phytoplasma species from three primer sets. Moreover, a high sensitivity of multiplex PCR for each primer set was observed for samples containing a low DNA concentration (10 ng/${\mu}l$). This study provides the useful multiplex PCR assay as a convenient method to detect the presence of ten important quarantine phytoplasmas in Korea.

• 한국어병학회지
• /
• 제22권1호
• /
• pp.85-90
• /
• 2009

본 연구에 사용한 Nseri-F와 Nseri-R primer는 N. seriolae의 16S-23S rRNA 부위에 위치한 영역으로 여러 종의 Nocardia spp.와 비교할 때 PCR 검출 특이성이 매우 높을 것으로 예상되었다. 실제로 이 primer를 이용하여 동물 (N. asteroides 와 N. farcinica), 어류 (N. asteroides, N. salmoniciada 및 N. seriolae) 뿐만 아니라 무척추동물 (N. crassostreae) 등에 감염되는 원인체들에 대하여 실험한 결과 N. seriolae의 특이적 검출이 가능 하였다.

• 식물병연구
• /
• 제23권2호
• /
• pp.193-201
• /
• 2017

국내의 토마토에서 발생하는 주요 바이러스는 Tomato chlorosis virus (ToCV), Tomato spotted wilt virus (TSWV), Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mottle virus (PepMoV), Tomato mosaic virus (ToMV)이다. 이들 바이러스를 진단하기 위해 프라이머 세트와 반응액을 포함하는 역전사중합반응(RT-PCR)법의 조건을 조사하였다. 공시한 바이러스에 특이적인 염기서열로부터 모두 46개 프라이머 세트를 설계하고, 이를 이용해 주형을 넣지 않은 RT-PCR에서 비특이 반응을 조사하였다. 이들 가운데 16개 조합을 건전한 토마토 RNA에 적용한 결과 프라이머 세트와 RT-PCR 반응액 간의 친화성이 비특이 반응 감소에 영향을 주었다. cDNA 합성과 관련된 인자와 RT-PCR 반응액 사이의 조합을 근거로 ToCV 진단을 위한 두 종류의 반응액을 선발하였다. ToCV 진단 시 수립된 조건을 나머지 바이러스 진단에 적용했을 때, 특이성이 높은 프라이머 세트 C029 (ToCV), C072 (TSWV), C070 (CMV), C048 (PepMoV), C065 (ToMV)를 선발할 수 있었다. 이들 프라이머 세트는 공시한 바이러스를 특이적으로 진단하는 데 유용할 것으로 판단된다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제21권1호
• /
• pp.55-58
• /
• 2005

In order to diagnose and differentiate jujube witches' broom (JWB) phytoplasma rapidly, oligonucleotide primer pair, 16Sr(V) F/R, for polymerase chain reactions (PCRs) was designed on the basis of 16S rRNA sequences of JWB phytoplasma. The PCR employing phytoplasma universal primer pair P1/P7 consistently amplified DNA in all tested phytoplasma isolates. But no phytoplasma DNA was detected from healthy jujube seedlings. The nested PCR, the primer pair 16S(V) F/R, about 460 bp fragment, amplified DNA in all tested JWB and related phytoplasmas including ligustrum witches' broom phytoplasma of the 16S rRNA group V, but no DNA amplification was detected from other phytoplasma strains such as groups 16SrI (Aster yellows) and 16SrXII (Stolbur group) in which mulberry dwarf phytoplasma and chrysanthemum witches' broom phytoplasma belong to, respectively. The same results were obtained from both Korean and Chinese isolates of JWB phytoplasma. Nested-PCR using phytoplasma universal primer pair P1/P7 and 16SrV group-specific primer pair 16S(V) F/R could detect group V phytoplasmas rapidly and easily, in particular JWB phytoplasma.