• 한국어병학회지
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• 제37권1호
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• pp.147-153
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• 2024

The World Organization for Animal Health (WOAH) recommends two protocols (ITS and COI) for conventional PCR of G. salaris diagnosis. However, ITS PCR protocol may yield false-positive results, leading to unnecessary countermeasures. It's difficult to distinguish between G. salaris and false-positive by similar amplicon size of PCR, since the amplicon size of ITS PCR in G. salaris and false-positive was 1,300 and 1,187 bp, respectively. The nucleotide sequences of ITS false-positive in rainbow trout is 99.7% identical to previously reported host genome sequences of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and 95.3 to 89.1% identical to those of other salmonid fish species. To reduce false-positive PCR band, PCR was performed by the different annealing temperature, but PCR bands were still detected. In RFLP analysis by HaeIII, the PCR product of G. salaris was digested into four bands of 512, 399, 234 and 154 bp, while the false-positive was digested into seven bands of 297, 263, 242, 144, 93, 80 and 68 bp. In the RFLP patterns digested by HindIII, G. salaris showed two bands of 659 and 640 bp, while false-positive had one fragment of 1,187 bp without any digestion. Therefore, the RFLP method of ITS PCR with HaeIII and HindIII can be used for differentiation between G. salaris and false-positive. These results might provide important information on the improvement of PCR diagnostic method of G. salaris.

• Applied Biological Chemistry
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• 제48권4호
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• pp.335-338
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• 2005

국내에서 개발된 GM 쌀인 밀양 204호, 익산 483호의 정성 PCR 분석법의 개발을 위해 쌀의 내재 유전자로써 SAMDC1(S-adenosylmethionine decarboxylase)에 특이적인 primer (OsSAMDC1-5'/3')쌍을 제작하여 쌀을 포함한 20개 작물에 대해 PCR을 수행하여 쌀에 특이적으로 증폭되는 것을 확인하였다. 또한, 밀양 204호에 삽입된 GUS 유전자와 NOS terminator 연결 부위를 증폭시켜 172 bp의 PCR 산물을 얻을 수 있는 primer(Os204-5'/OsNOS-3')와 익산 483호에 삽입된 bar 유전자와 NOS terminator 연결 부위를 증폭시켜 161 bp의 PCR 산물을 얻을 수 있는 primer(Os483-5'/OsNOS-3')을 이용하여 국내 개발된 GM 쌀인 밀양 204호, 익산 483호의 PCR 정성 분석법을 확립하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제23권2호
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• pp.45-50
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• 2007

Genetic diversity among selected isolates of Macrophomina phaseolina, a causal agent of charcoal rot (stalk rot) disease in sorghum was studied using PCR-RAPD markers. A set of ten isolates, from ten different rabi sorghum genotypes representing two traditional sorghum growing situations viz., Dharwad- a transitional high rainfall region and Bijapur- a semi-arid low rainfall region in South India. From a set of 40 random primers tested, amplicon profiles of 15 were reproducible. A total of 149 amplicon levels, with an average of 9.9 bands per primer, were available for analysis, of which 148 were polymorphic (99.3%). It was possible to discriminate all the isolates with any of the 15 primers employed. UPGMA clustering of data indicated that the isolates shared varied levels of genetic similarity within a range of 0.14 to 0.72 similarity coefficient index and it was suggestive that grouping of isolates was not related to sampling location in anyway. A high level of genetic heterogeneity of 0.28 was recorded among the isolates.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권6호
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• pp.561-566
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• 2020

참돔은 등쪽에 푸른 반점이 흩어져 있고, 홍민어는 꼬리 쪽에 검은 점이 있어 원물 형태는 쉽게 구분할 수 있다. 그러나 횟감이나 필렛으로 이용 시 참돔과 홍민어를 구분하기 어려워, 참돔의 종 특이 primer를 개발 및 검증하고 모니터링을 통해 참돔의 위변조 사례를 조사하고자 하였다. 시료에서 gDNA를 추출하여 PCR을 진행하였으며 참돔 primer의 product size는 468 bp, 홍민어 primer의 product size는 181 bp으로 설계하였다. Multiplex PCR 결과 참돔과 홍민어에 대한 종 특이적 증폭이 확인되었다. 또한, 참돔과 홍민어 PCR 민감도 실험 결과 참돔 primer는 1 ng, 홍민어 primer는 0.1 ng 까지 밴드가 확인되었다. 모니터링 결과 참돔으로 구매한 시료 19건 모두 참돔으로 판정되었다. 따라서 본 연구에서 제작된 참돔과 홍민어 종에 대한 종 특이적 primer는 횟감 등 수산물에도 적용할 수 있어 현재 유통 및 판매되고 있는 참돔 및 홍민어 판별에 적합성을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권2호
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• pp.335-341
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• 2007

For the development of qualitative and quantitative PCR methods of genetically modified (GM) pepper developed in Korea, a capsanthin-capsorubin synthase (CCS) gene was used as the endogenous reference gene. The primer pair ccs-F/R amplifying the pepper endogenous gene gave rise to an amplicon of 102 bp. No amplified product was observed when DNA samples from 16 different plants were used as templates. The construct-specific primer pairs amplifying the junction region of the bar gene and Ti7 introduced in GM pepper gave rise to an amplicon of 182 bp. Quantitative PCR assay was performed using a TaqMan probe and a standard plasmid as a reference molecule, which contained both an endogenous and event-specific sequence. For the validation of this method, the test samples containing 0.1, 1, 3, 5, and 10% GM pepper were quantified.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권1호
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• pp.99-108
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• 2023

대기 입자상물질(particulate matter, PM) 시료의 곰팡이 메타게놈 분석을 위해 DNA 추출 및 유전자 증폭 시 여러 문제가 발생한다. 본 연구에서는 PM 시료로부터 DNA를 추출하는 방법과 polymerase chain reaction (PCR)을 위한 프라이머 및 온도 조건의 최적화를 위하여 다양한 조건으로 실험하였다. 여러 조건에서 DNA 추출 여부를 비교 평가한 결과, bufffer와 proteinase K를 이용하여 20분 동안 화학적 세포 용해 처리와 bead beating 처리를 한 후 상용 DNA 추출 kit를 사용하면 DNA를 효율적으로 추출할 수 있었다. PCR 조건을 최적화하기 위해 ITS2 유전자 영역을 증폭할 수 있는 10개 조합의 프라이머를 이용하여 PCR을 수행한 결과, ITS3tagmix3/ITS4 조합의 프라이머로 annealing 온도 58℃로 하였을 때 증폭된 PCR 산물의 농도가 상대적으로 높았다. 이 조건에서도 PCR 산물의 농도가 낮은 경우에는 1차 PCR 산물을 주형 DNA로 사용하여 nested PCR을 수행하면 만족스러운 농도로 ITS2 유전자를 증폭할 수 있었다. 본 연구에서 도출한 조건으로 서울 대기 PM2.5를 포집한 필터 시료 15종을 대상으로 DNA 추출과 PCR을 수행한 결과 성공적으로 ITS2 유전자 증폭이 가능하였다. 본 연구에서 최적화한 방법은 대기 PM 시료의 곰팡이 메타게놈을 분석하고 해석하는 연구에 활용 가능하다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권11호
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• pp.1782-1786
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• 2015

A new improved PCR method has been developed for the rapid, reliable, and sensitive detection of Venturia nashicola, a destructive pathogen of scab disease in Japanese pear. The translation elongation factor-1 alpha gene-derived PCR primers specifically amplified a 257-bp-sized DNA band of the target gene from the genomic DNA of V. nashicola. No amplicon was produced from the genomic DNA of other Venturia spp. and reference fungal species tested. With the high detection limit of 10 fg DNA content, our real-time method could be used for the quarantine inspection and field monitoring of V. nashicola.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제52권1호
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• pp.1-7
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• 2009

후대교배종 CM 벼의 정성 PCR 검정방법을 개발하기 위하여, 벼의 내재유전자로써 OsCs-J(rice cytochrome c gene)을 선발하여 OsCytC-5'/3'의 primer쌍을 제작하고, 벼를 포함한 서로 다른 8개 작물에 대하여 PCR을 수행한 결과 벼에 특이적으로 증폭되는 111 bp의 반응 산물을 확인하였다. 국내 개발된 LS28$\times$CryIAc1 GM 벼의 검정 분석으로 정성 PCR 반응을 수행하였다. 정성 PCR을 위하여 GM 벼에 도입된 T-DNA 및 게놈상의 도입유전자 삽입부위의 인접서열을 바탕으로 구조 및 계통 특이적인 검정 primer 쌍을 제작하였다. ActCk-5'/3' primer 쌍을 이용하여 LS28의 T-DNA 내의 actin 프로모터와 OsCK1 유전자 사이를 증폭시켜 306 bp의 PCR 반응 산물을 얻을 수 있었으며, 또한 계통특이 primer 쌍인 CryIAc1 GM 벼유래의 CrLB-5'/3' 및 LS28 GM 벼 유래의 CKRB-5'/3'를 이용한 PCR 반응으로 각각 142 bp와 91 bp의 도입유전자의 인접서열 부위의 특이적인 증폭 산물을 확인할 수 있었다. 계통 특이적 검정을 위한 이들 개발 primer 쌍들은 event 계통과 대조적으로 non-GM 벼와 다양한 작물에 대하여 어떠한 특이적인 PCR 증폭 산물을 형성하지 않았다. 따라서 본 연구에서 계통특이 primer를 이용하여 후대교배종 GM 벼 계통, L528$\times$CryIAc1을 특이적으로 검출할 수 있음을 확인하였고, 제시된 방법이 GM 벼의 실용화를 위한 위해성평가의 검정방법 자료로 제공될 수 있음을 확인하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제34권5호
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• pp.717-723
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• 2014

A rapid and specific PCR assay for the simultaneous detection of Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, Bacillus cereus, Salmonella spp., and Staphylococcus aureus in foods was developed to reduce the detection time and to increase sensitivity. Multiplex PCR developed in this study produced only actA, fliC, hbl, invA, ileS amplicons, but did not produce any non-specific amplicon. The primer sets successfully amplified the target genes in the multiplex PCR without any non-specific or additional bands on the other strains. The multiplex PCR assays also amplified some target genes from five pathogens, and multiplex amplification was obtained from as little as 1 pg of DNA. According to the results from the sensitivity evaluation, the multiplex PCR developed in this study detected 10 cells/mL of the pathogens inoculated in milk samples, respectively. The results suggested that multiplex PCR was an effective assay demonstrating high specificity for the simultaneous detection of five target pathogens in food system.

• Molecules and Cells
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• 제21권3호
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• pp.411-417
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• 2006

We have developed a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) marker that can distinguish male-fertile (N) and male-sterile (S) cytoplasm in onions. The PCR-RFLP marker was located in a chloroplast psbA gene amplicon. Digesting the amplicons from different cytoplasm-containing varieties with the restriction enzyme MspI revealed that N-cytoplasm plants have a functional MspI site (CCGG), whereas the S-cytoplasm plants has a substitution in that site (CTGG), and thus no MspI target. The results obtained using this PCR-RFLP marker to distinguish between cytoplasmic male sterile factors in 35 onion varieties corresponded with those using a CMS-specific sequence-characterized amplified region (SCAR) marker. Moreover, the PCR-RFLP marker can identify N- ot S-cytoplasms in DNA sample mixtures in which they are in up to a 10-fold minority, indicating that use of the marker has high diagnostic precision. We also demonstrated the usefulness of the SNP detected in the psbA gene for high-throughput discrimination of CMS factors using Real-time PCR and a TaqMan probe assay.