• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제13권8호
• /
• pp.1040-1043
• /
• 2000

The genomic mapping of Red Jungle Fowl (Gallus gallus), local Village Chicken, and broiler was carried out by random amplified polymorphism DNA (RAPD) technique. Two different sets of arbitrary primers were used (Operon OPA01-20 and Genemed GM01-50). All the genomes of the three species of chickens were amplified with OPA01-20 primers. The genomes of the Red Jungle Fowl and local Village Chicken were further amplified with GM01-50 primers. Analysis of the results based on band sharing (BS) and the molecular size of individually amplified DNA fragments showed that Red Jungle Fowl and local Village Chicken shared the species similarity of 66% with Operon primers 01-20, 64% between local Village Chicken and broiler, and 63% when DNA bands between Red Jungle Fowl and broiler were compared. With GM01-50, the BS between Red Jungle Fowl and local village chicken increased to 72%. The results showed that the local village chicken is more closely related to Red Jungle Fowl than to broiler in the genetic distance. On the other hand, broiler is 1% closer in genetic distance to local village chicken than to Red Jungle Fowl. The results also indicated that primers like OPA-7, 8 and 9 can be used as species specific DNA markers for these three species of chickens.

• 한국해양학회지:바다
• /
• 제12권2호
• /
• pp.102-111
• /
• 2007

RAPD analyses using 60 OPERON primers and 13 URPs were performed in order to assess the genetic variation and frequency of polymorphisms in Korean salmonids. RAPDS were very reproducible and most useful at the sub-species level. In RAPD analysis, 138 polymorphic bands were detected between Oncorhynchus masou subspecies and 99 bands were generated in two types of rainbow trout. Estimated genetic distances between O. masou subspecies were 0.28794, and between wild rainbow trout and an albino mutant was 0.22786. Each species of salmonid was well characterized using URP 4R, the obtained bands could be useful as a species specific RAPD markers.

• BMB Reports
• /
• 제43권7호
• /
• pp.474-479
• /
• 2010

Three assay methods for quantification of the two galactose-operon mRNAs that only differ by 5 bases in their 5'-end are presented. The 5' ends of each mRNA were extended by ligating the 3'-end of the abundant 5S rRNA. This ligation extends the 5' ends of the two gal mRNAs long enough to be distinguished by the specific PCR primers in the following quantification reactions. Quantification of the corresponding cDNAs was performed either by primer extension assay or real-time qPCR. To circumvent the problem of the RNA ligation reaction (i.e. very low ligation efficiency), we devised a new method that employs real-time qPCR directly for the quantification of the gal transcripts which differ by 5 bases in their 5'-ends.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제14권12호
• /
• pp.1655-1658
• /
• 2001

Bovine genome samples were collected from meat of three different beef breeds (Hanwoo, Holstein and imported beef breed) that are commercially merchandized in Korean beef market. Operon B (OPB)-kits were used as random primers (3, 7, 10, 11, 12, 14) in random amplified polymorphic DNA (RAPD) method on whole genome. Each primer provided characteristic bands that were highly polymorphic. Each single primer could provide relatively efficient polymorphic band patterns among breeds. However, use of two or more primers in combination is recommended to improve resolution of experiments with higher molecular weight bands of DNA. In our experiments, OPB-11 resolved well between beef cattle breeds and Holstein. And OPB-7, 12 and 14 could be combined with OPB-11 to identify Hanwoo beef from the other two kinds of beef.

• 대한약학회:학술대회논문집
• /
• 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
• /
• pp.85.1-85.1
• /
• 2003

Previously, we found the operon random primer (OP-5A) that is characteristic the genus Panax by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. However, OP-5A primer is limited to apply on the differentiation of only crude herbal plants. To construct more sensitive and unique primers on the genus Panax, ginseng-specific DNA profile (350 bp) that was amplified by OP-5A primer were inserted in a plasmid vector in the TA cloning method and sequenced. We designed the PCR primers (Forward: 5＂-AGGGGTCTTGCTAT AGCGGAAC-3＂, Reverse: 5＂-AGTCTTAATTTCATATTTTCGTATG-3＂) and identified the unique ginseng band (350 bp) in commercial granule products including ginseng extracts as well as crude ginseng plants by nascent PCR.(omitted)

• 한국육종학회지
• /
• 제42권5호
• /
• pp.495-501
• /
• 2010

복숭아의 기원은 중국으로 알려져 있으며, 저장기간이 짧아 소비자들의 선호도가 낮았다. 이런 이유로 육종가들은 저장성을 높이는 것과 향과 맛을 좋게 하는데 육종 목표를 설정했으며, 국립원예특작과학원 육종가들은 이 목표에 따라 새로운 품종('천홍', '수홍', '하홍', '유명', '백미조생', '천향', '진미', '수미', '미스홍', '유미')을 육성하였다. 국립원예특작과학원 과수과에서는 육성 품종의 보호와 특허권을 확보하기 위해 분자생물학적 마커의 개발이 필요하여, 235 세트의 Operon 프라이머를 이용하여 품종 특이적인 DNA 절편 134개를 확보했고, 염기서열 분석을 통해 SCAR 마커를 개발하였다. 개발된 마커 14 세트를 이용하여 육성 품종과 육성 품종의 모본 부본이 포함된 30품종에 대해 구분이 가능하였다. 이 결과를 토대로 국립원예특작과학원 과수과에서 육성한 품종에 대한 분자생물학적 근거로 특허권을 확보하고, 묘목시장에서 품종에 대한 정확한 근거를 제시할 것으로 기대된다.

• Applied Biological Chemistry
• /
• 제41권1호
• /
• pp.42-46
• /
• 1998

본 연구는 polymerase chain reaction (PCR)와 Southern hybridization을 이용하여 서로 붙어있는 나무가 한 나무인지 두 나무인지 규명하였다. 공시된 수종은 구지뽕나무와 무궁화이다. 구지뽕나무는 경상북도 성주군 금수면 봉두리 안새출 금수식당 앞에 있는 나무로 두 사람이 서로 안고 있는 형상인데, 한 나무의 두 가지인지 가까이 자란 두 나무가 붙었는지를 구별하기 어려운 나무였다. 다섯 종류의 PCR primer $(17{\sim}24-mers)$ 중 355 primer의 경우 한가지의 잎 DNA에서만 PCR 산물이 검출되어 이것을 방사선표지한 후 genomic Southern hybridization을 행하였던 바 이 probe와 결합하는 DNA 단편이 동일한 위치에서 검출되었으나 정도는 다르게 나타났다. 아울러 OPERON 10-mer kits A에 있는 20종류의 primer를 이용하여 PCR을 행한 결과 OPA01 primer (CAGGCCCTTC)에 의한 PCR 생성물은 동일한 위치의 band 뿐만 아니라 추가로 4개가 한가지의 잎 DNA에서 더 나타났다. 따라서 구지뽕나무는 두 나무가 연결되어 한 나무를 이루는 것으로 짐작된다. 또한 무궁화는 경상남도 합천군 청덕면 두곡리 청덕초등학교 내에 있는데 수령 50년 이상으로 멀리서 보면 한 나무의 형상을 하고 있으나, 가까이 다가가서 줄기의 아래부분을 보면 세 줄기가 붙어있는 형상을 하고 있다. 따라서 이 무궁화 역시 한 나무의 세 가지인지 세나무가 가까이 자라 붙었는지 PCR과 Southern hybridization 방법을 이용하여 규명하려 하였다. Southern hybridization 결과에 의하면 구지뽕나무의 분석에 사용한 probe와 결합하는 DNA 단편은 검출되지 많았으며, 35S primer에 의한 PCR 생성물은 동일하였으나 OPA04와 OPA13 primer의 경우 약간의 상이성을 보였다. 이러한 결과에 따라 무궁화는 한 나무의 세 가지인 듯하나 추가적인 연구가 필요하다고 판단된다.

• 한국약용작물학회지
• /
• 제13권3호
• /
• pp.109-113
• /
• 2005

생약의 수요 증가와 더불어 면적이 확대되고 있는 강활은 남장활과 북강활로 나누어 재배되고 있으며 최근에는 생산성이 다소 높은 북강활 재배면적이 점차 증가하고 있어 품종 육성과 재배기술 체계 확립이 시급한 실정이다. 강활의 품종육성의 기초 자료를 마련하고자 RAPD를 이용하여 8계통의 지방수집종간 유연관계를 분석하고 생육특성을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 수집된 지방재래종 강활 8종에 대한 RAPD분석을 실시한 결과 primer 당 평균 6.9개의 PCR밴드가 얻어졌으며 Polymorphism 비율이 평균 49.1%를 나타내어 객관적인 다형현상분석이 가능하였다. 2. 유사도 0.71를 기준으로 8개의 강활 지방수집종을 구분한 결과 3개의 group으로 분리되었는데 group I은 유사도 0.71이하에서 남강활의 영양, 정선 영월 지방수집종이 었고, group ll는 남강활 춘양 수집종이며, group Ill은 모두 북강활 수집종 으로 0.94 이상 논은 유사도를 보였는데 정선, 상운, 태백, 춘양 수집종이었다. 3. 강활의 생육특성은 남강활이 북강활에 비해 개화기가 $18{\sim}26$일 늦고 추대율이 높으며 엽병은 길고 작은 것으로 나타났다.

• 원예과학기술지
• /
• 제17권2호
• /
• pp.144-147
• /
• 1999

백합과 화훼작물의 품종구분을 위하여 RAPD 방법이 사용되어졌다. Operon사에서 구입한 10개의 10-mer random primer를 이용한 RAPD 실험결과 모두 107개의 밴드가 관찰되었고, 관찰된 밴드는 300bp 에서 2kb의 범위에 속했으며, 같은 계통 내에서는 동일한 밴드양상을 나타내었다. 그러나 Casa Blanca와 Adelina는 동일계통 내 다른 품종들과 다른 밴드 양상을 보였다. L. longiflorum내의 품종들은 서로 다른 밴드 양상을 나타내었다. Random primers, OPA-02, 03, 04, 14, 16 그리고 17로 형성된 DNA 밴드들은 Lilium의 서로 다른 cultivar와 hybrid를 구분하는 marker로도 이용이 가능하리라 생각된다.

• 화훼연구
• /
• 제18권3호
• /
• pp.201-206
• /
• 2010

심비디움속 유전자원 48품종에 대하여 RAPD와 URP를 이용하여 유전적 유연관계를 분석하였다. RAPD분석에는 10mer에 해당하는 random primer (Operon사) 80개를, URP는 20 mer에 해당하는 12종의 상용 primer를 이용하였다. 48 품종의 심비디움에는 34종의 동양 심비디움, 7종의 동서양란 교잡종, 7종의 서양 심비디움이 포함되어 있다. 선별된 41개의 random primer와 6개의 URP primer로부터 각각 407, 56개의 다형성 밴드를 획득하여 총 463개의 마커를 이용하였다. 이들 마커의 크기 범위는 0.4 kb 에서 1.5 kb 에 해당하였다. 유전적 유사도를 바탕으로 UPGMA clustering 프로그램을 이용하여 dendrogram을 작성하였는데 유전자원 48품종은 유사도 0.638 수준에서 총 4그룹으로 구분되었다.