• 농업생명과학연구
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• 제45권6호
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• pp.1-7
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• 2011

This work was performed to confirm the molecular discrimination through the nrITS1 sequences among 3 taxa of Scirpus L. sensu lato (s.l.) species. S. planiculmis represented only 2 base sequence variations with S. maritimus in spite that they showed different morphological features. The nucleotide sequences of the ITS1 region from S. planiculmis were shown to have 99.1% homology with S. maritimus and 60.4% homology with S. triqueter. Although the morphology of S. planiculmis is similar with S. triqueter, molecular basis of the size and sequences on ITS1 region were shown to have distinctive differences. For divergency investigation on same sites and metapopulation, sequencing was conducted on ITS1 region with partial 5.8S and 18S regions. All plants of each species collected at the same site had identical band size pattern and sequences. Intraspecific molecular divergency was not identified in spite that these species live in different wetland sites. The ITS1 sequences described here provided a powerful genetic tool for phylogenetic studies which was difficult by morphological identification as high rate of morphological plasticity.

• 식물분류학회지
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• 제37권2호
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• pp.131-141
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• 2007

한국과 중국에 분포하는 호랑가시나무의 개체군 및 개체간의 유전적 차이점을 파악하기 위해 10개체군 65개체를 대상으로 nuclear ribosomal DNA 중 ITS 지역의 염기서열을 분석하였다. 그 결과 호랑가시나무의 ITS1의 길이는 253 - 259 bp, 5.8S는 159 bp, ITS2는 231bp로 관찰되었다. 또한 65개체의 호랑가시나무로부터 총 8개의 서로 다른 ITS 유형[single Nucleotide Polymorphism (SNP) haplotype]이 발견되었으며 유형 간에는 1bp에서 6bp까지 차이를 보였다. ITS 지역의 SNP는 총 9개 위치에서 나타났다. 지역별로 보면 남제주군 대정읍에서 채집된 4개의 개체들은 모두 다른 유형으로 관찰되었으며, 전라남도 나주시와 전라남도 무안군에서 채집된 개체들은 모두 같은 유형으로 나타나 ITS 지역의 다양성은 제주도 개체군이 육지 개체군보다 높게 나타났다. 이와 같이 호랑가시나무 개체 및 개체군에 대한 ITS 염기서열 분석 결과 다양한 ITS 유형이 나타났으며 이는 호랑가시나무의 유전적 다양성 연구에 유용한 정보를 제공할 뿐만 아니라 파괴되어 가고 있는 호랑가시나무 서식지 보전의 기초적 자료가 될 것으로 사료된다.

• 원예과학기술지
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• 제35권3호
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• pp.344-360
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• 2017

Zoysia 속 잔디는 학교운동장 및 공원, 골프장, 스포츠경기장과 같이 다양한 장소에 식재되고 있는 중요한 잔디이다. 해안가에서 자생하는 Zoysia 속 들잔디와 갯잔디는 외부 형태적 특성이 유사하여 외부 형태적 분류 뿐 만 아니라 분자생물학적 분류도 필요하다. 본 연구에서는 nrDNA-ITS(Internal Transcribed Spacer)의 DNA 바코드 분석을 통해서 자생하는 들잔디와 갯잔디의 분자생물학적 신속한 분류체계를 확립하고자 하였다. 이를 위해 난지형 잔디인 Zoysia 속 들잔디(Z. japonica) 및 갯잔디(Z. sinica)와 한지형 대표 잔디인 크리핑 벤트그라스(A. stolonifera) 및 켄터키 블루그라스(P. pratensis)의 nrDNA-ITS 염기서열을 확보하였다. 확보된 들잔디및 갯잔디, 크리핑 벤트그라스, 켄터키 블루그라스의 ITS 염기서열 전체 구간은 각 686bp와 687bp, 683bp, 681bp으로 확인되었으며, nrDNA-ITS 내부 염기서열구간 분석 결과, ITS1의 크기는 248-249bp, ITS2는 270̵-274bp, 5.8S rDNA는 163-164bp의 차이로, 각 4종의 잔디가 ITS 염기서열을 이용하여 식별되었다. 특히, 들잔디와 갯잔디 nrDNA-ITS 염기서열은 19 염기(2.8%) 차이를 나타냈으며, ITS1과 ITS2의 G + C 함량은 55.4-63.3% 임을 확인하였다. 이러한 들잔디와 갯잔디의 ITS 염기서열 차이를 바탕으로 CAPS 마커로 전환하여 대조구 및 수집된 자생 Zoysia 속 잔디 영양체 62개체를 분석한 결과, 외부형태학적 분류법으로 들잔디 개체, 갯잔디 개체로 동정되었지만, ITSCAPS 마커를 이용한 분자생물학적 분류법으로 들잔디 36개체와 갯잔디 22개체 뿐만 아니라 들잔디와 갯잔디간의 자연교배종 4개체도 식별하였다. 이상의 결과에서 들잔디와 갯잔디는 ITS 염기서열 및 ITS 기반 CAPS를 통하여 식별할 수 있을 것으로 판단된다.

• 천문학회지
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• 제54권1호
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• pp.1-8
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• 2021

We report X-ray timing and spectral properties of the pulsar PSR J0205+6449 measured using NuSTAR and Chandra observatories. We measure the pulsar's rotation frequency ν = 15.20102357(9) s-1 and its derivative $\dot{\nu}=-4.5(1){\times}10^{-11}\;s^{-2}$ during the observation period, and model the 2-30 keV on-pulse spectrum of the pulsar with a power law having a photon index Γpsr = 1.07 ± 0.16 and a 2-30 keV flux F2-30 keV = 7.3±0.6 × 10-13 erg cm-2 s-1. The Chandra 0.5-10 keV data are analyzed for an investigation of the pulsar's thermal emission properties. We use thermal and non-thermal emission models to fit the Chandra spectra and infer the surface temperature T∞ and luminosity Lth of the neutron star to be T∞ = 0.5 - 0.8 MK and Lth = 1 - 5 × 1032 erg s-1. This agrees with previous results which indicated that PSR J0205+6449 has a low surface temperature and luminosity for its age of 800-5600 yrs.

• 생명과학회지
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• 제25권2호
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• pp.243-248
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• 2015

국내에 자생 중인 도깨비엉겅퀴(Cirsium shantarense), 물엉겅퀴(Cirsium nipponicum), 정영엉겅퀴(Cirsium chanroenicum) 각 1개체 및 엉겅퀴(Cirsium japonicum) 8개체를 전국의 여러 지점에서 채집하였다. 채집된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열 및 Genbank에 등록되어 있는 다른 Cirsium 속 식물들의 염기서열을 분자유전학적으로 비교하여 유연관계를 분석하였다. 그 결과 고려엉겅퀴, 정영엉겅퀴, 물엉겅퀴, 큰엉겅퀴 및 엉겅퀴 종의 식물들은 모두 뚜렷이 독립된 그룹을 형성하고 있는 것을 알 수 있었다. 그러나 도깨비엉겅퀴는 비록 두화가 아래를 향하고 있지만 두화가 위를 향하는 엉겅퀴들과 ITS 염기서열은 유사하였다. 또한 정영엉겅퀴와 고려엉겅퀴는 형태학적으로는 구분이 거의 불가능하지만 ITS 염기서열에 기초한 분자유전학적 분석으로는 뚜렷이 다른 그룹임을 확인하였다. 채취된 엉겅퀴 및 도깨비엉겅퀴의 silymarin 생산 여부를 분석해 본 결과, silymarin이 공통적으로 존재하는 것으로 나타났다. 따라서 silymarin 생합성 능력은 Cirsium 속 식물들에서 공통적인 특징임을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제17권12호
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• pp.1610-1615
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• 2007

마가목 속(genus Sorbus)은 목본류로 아시아와 유럽에 분포되어 있다. 마가목 속 식물은 한국과 중국에서 약용으로 쓰인다. 한국내 마가목 속 식물에 대해 ITS에 의한 계통관계를 조사하였다 마가목 속 전체 종에서 5.8S exon은 165 핵산서열이었다. ITS1은 유럽마가목(S. aucuparia)에서 218 핵산서열인 반면 한국 내 마가목 종은 219 핵산서열이었다. ITS2 핵산서 열은 다양하였는데 S. sambucifolia var. pseudogricilisto에서 는 240 핵산서 열로 가장 적은 반면 S. aucuparia에서는 245 핵산서열이었다. ITS 전체 서열은 625개로 35개는 절약법에 정보적이었다. ITS 서 열로 한국내 분류군과 유럽종간 구분이 잘 되었다. RNA 2차 구조 추정 분석에서 도메인 I과 II는 마가목 속에 잘 보전되어 있는 반면 도메인 III에서는 많은 차이를 나타내었다. ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제8권1호
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• pp.32-39
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• 1998

진딧물이 하나의 ribosomal RNA 유전자(rDNA)단위는 총 길이가 13,061bp이며 총 G/C비율은 59%이다. 그것을 구성하고 있는 각 영역의 길이와 G/C비율은 다음과 같다. 5’ETS는 G/C비율이 69%이고 843bp이다 . 18S rRNA 는 2,469bp이며 G/C비율은 59%이다. ITS I길이는 229bp이며 70%의 G/C비율이다. 5.8S rRNA는 160bp이며 63%의 G/C비율이다. ITS II는 325bp이며 70%dml G/C비율이다. 28S rRNA는 4, 147bp이고 60%의 G/C비율이다. IGS는 4,888bp로 55%의 G/C비율이다.

• Mycobiology
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• 제38권1호
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• pp.17-25
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• 2010

The common split-gilled mushroom, Schizophyllum commune is found throughout the world on woody plants. This study was initiated to evaluate conditions for favorable vegetative growth and to determine molecular phylogenetic relationship in twelve different strains of S. commune. A suitable temperature for mycelial growth was obtained at $30^{\circ}C$. This mushroom grew well in acidic conditions and pH 5 was the most favorable. Hamada, glucose peptone, Hennerberg, potato dextrose agar and yeast malt extract were favorable media for growing mycelia, while Lilly and glucose tryptone were unfavorable. Dextrin was the best and lactose was the less effective carbon source. The most suitable nitrogen sources were calcium nitrate, glycine, and potassium nitrate, whereas ammonium phosphate and histidine were the least effective for the mycelial growth of S. commune. The genetic diversity of each strain was investigated in order to identify them. The internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA were amplified using PCR. The size of the ITS1 and ITS2 regions of rDNA from the different strains varied from 129 to 143 bp and 241 to 243 bp, respectively. The sequence of ITS1 was more variable than that of ITS2, while the 5.8S sequences were identical. A phylogenetic tree of the ITS region sequences indicated that the selected strains were classified into three clusters. The reciprocal homologies of the ITS region sequences ranged from 99 to 100%. The strains were also analyzed by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) with 20 arbitrary primers. Twelve primers efficiently amplified the genomic DNA. The number of amplified bands varied depending on the primers used or the strains tested. The average number of polymorphic bands observed per primer was 4.5. The size of polymorphic fragments was obtained in the range of 0.2 to 2.3 kb. These results indicate that the RAPD technique is well suited for detecting the genetic diversity in the S. commune strains tested.

• Molecules and Cells
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• 제25권4호
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• pp.510-522
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• 2008

To construct the molecular systematics of the genus Megoura (Hemiptera: Aphididae), DNA based-identification was performed using four mitochondrial and three nuclear DNA regions: partial cytochrome c oxidase I (COI), partial tRNA-leucine + cytochrome c oxidase II (tRNA/COII), cytochrome b (CytB), partial 12S rRNA + tRNA-valine + 16S rRNA (12S/16S), elongation factor-1 alpha ($EF1{\alpha}$), and the internal transcribed spacers 1 and 2 (ITS1, ITS2). Pairwise sequence divergences between taxa were compared, and phylogenetic analyses were performed based on each DNA region separately, and the combined datasets. COI, CytB, $EF1{\alpha}$, ITS1, and ITS2 were relatively effective in determining species and resolving their relationships. By contrast, the sequences of tRNA/COII and 12S/16S were not able to separate the closely related species. CytB and $EF1{\alpha}$ gave better resolution with higher average sequence divergences (4.7% for CytB, 5.2% for $EF1{\alpha}$). The sequence divergence of COI (3.0%) was moderate, and those of the two ITS regions (1.8% for ITS1, 2.0% for ITS2) were very low. Phylogenetic trees were constructed by minimum evolution, maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian phylogenetic analyses. The results indicated that the phylogenetic relationships between Megoura species were associated with their host preferences. Megoura brevipilosa and M. lespedezae living on Lespedeza were closely related, and M. nigra, monophagous on Vicia venosa, was rather different from M. crassicauda, M. litoralis, and M. viciae, which are oligophagous on Lathyrus and Vicia. The three populations of M. crassicauda formed a clade separated from M. litoralis and M. viciae. Nevertheless M. litoralis and M. viciae, which are morphologically similar, were not separated due to negligible sequence divergence. We discuss the phylogenetic relationships of the Megoura, and the usefulness of the seven DNA regions for determining the species level phylogeny of aphids.

• 천문학회보
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• 제37권1호
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• pp.72.2-72.2
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• 2012

We present the results of HI 21 cm line observations to explore the nature of the high-velocity (HV) HI gas at - 173${\circ}$, which appears as faint, wing-like, Hi emission that extends to velocities beyond those allowed by Galactic rotation in the low-resolution surveys. We designate this feature as Forbidden Velocity Wing (FVW) 172.8+1.5. Our high-resolution Arecibo HI observations show that FVW 172.8+1.5 is composed of knots, filaments, and ring-like structures distributed over an area of a few degrees in extent. These HV HI emission features are well correlated with the HII complex G173+1.5, which is composed of five Sharpless HII regions distributed along a radio continuum loop of size 4.4${\times}$3.4, or -138 pc ${\times}$ 107 pc, at a distance of 1.8 kpc. G173+1.5 is one of the largest star-forming regions in the outer Galaxy. The HV HI gas and the radio continuum loop seem to trace an expanding shell. Its derived HI parameters including large expansion velocity (55 km/s) imply the SNR interpretation. Hot xray emission is detected within the HII complex, which also supports its SNR origin. The FVW172.8+1.5 is most likely the products of a supernova explosion(s) within the HII complex, possibly in a cluster that triggered the formation of these HII regions.