• 생명과학회지
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• 제28권12호
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• pp.1477-1488
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• 2018

본 연구는 제주 연안에서 채집한 오분자기(Sulculus diversicolor supertexta)를 구성하는 미생물 군집의 다양성을 알아보기 위하여 근육, 장, 생식소 각 부위별로 조사하였다. 배지로 1차 순수 분리한 결과 근육은 MA, 장 1% BHIA, 생식소 1% TSA에서 각각 최대 군락 계수가 나타났다. 16S rRNA sequence로 표준 균주와 비교 유사도 분석 결과 총 190개의 순수 colony가 분리되었다. NBLAST program 분석 결과 크게 5문 25과 39속 71종으로 나타났다. 표준 균주와 상동성은 91-100%를 나타냈다. 오분자기 내 미생물 군집은 크게 Probacteria (Gamma-proteobacteria, Alpha-proteobacteria) 48%, Actinobacteria 32.5%, Firmicutes 16.9%, Bacteroide 1.3%, Deinococcus-thermus 1.3%로 나타났다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Moraxellaceae과 Psychrobacter cibarius가 우점하였다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Alteromonadaceae, Enterobacteriaceae, Pasturellaceae, Moraxellaceae, Rhodobacteraceae, Geminicoccaceae, Dietziaceae, Intrasporangiaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Micromonosporaceae, Streptomycetaceae, Aerococcaceae, Bacillaceae, Paenibacillaceae, Planococcaceae, Staphylcoccaceae가 공통적으로 분리되었으며, 장에서 Flavobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Yesiniaceae, Vibrionaceae, Hahellaceae, Pseudomonadaceae가 추가 분리되었다. 분리 균주로부터 인체 유해 질병 세균에 대한 항균활성 모니터링 결과 Sterptomyces albus (96%)가 4균주 모두 항균활성을 보였고 Agrococcus baldri (99%), Psychrobacter nivimaris (99%)가 E. coli, E. aerogens에 대한 항균활성을 나타냈다. 그 외 상동성이 낮은 일부 균주가 분리되어 신균주 실험을 비롯한 항균활성물질 정제 등 추가 실험이 필요한 것으로 사료된다. 본 실험은 오분자기 미생물 군집의 다양성과 유전학적 자원을 확보하는데 의의를 두며, 응용 미생물의 개발 가능성에 있어 기초 자료를 제공하고자 하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제49권3호
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• pp.329-336
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• 2021

Cellulophga sp. J9-3은 셀룰로스 분해능력을 갖으며, Flavobacteriaceae 과에 속하는 그람-음성 호기성 해양 세균이다. 또한, J9-3 균주는 고체 및 액체 배지에서 한천을 가수 분해 할 수 있으며, 배지에 첨가한 아가로스(agarose)에 의해 아가레이즈(agarase)의 생산이 현저하게 유도되는 특성을 보였다. Cellulophga sp. J9-3의 세포 배양액으로부터, 황산암모늄 침전 및 3 단계의 컬럼 크로마토그래피를 연속적으로 수행하여, 한 개의 agarase 단백질, AgaJ93을 순수하게 정제하였다. 정제된 AgaJ93은 아가로스에 대한 분해 활성이 가장 강하였으며, starch에 대해서도 아가로스 대비 약 22% 정도의 분해 활성을 나타냈다. AgaJ93은 아가로스를 분해하여 사이즈가 큰 올리고당 중간체를 경유하여, 최종산물로 네오아가로테트라오스와 네오아가로헥사오스까지 분해함을 확인하였으며, 이는 AgaJ93이 endo-type β-아가레이즈 임을 의미한다. AgaJ93은 pH 7.0, 35℃에서 최대 활성을 나타냈고, Co²⁺ 이온에 의해 6배 이상의 활성증가를 보였다. AgaJ93의 N-terminal sequence 분석 결과, AgaJ93은 Cellulophaga sp. W5C의 내열성 endo-type β-아가레이즈 Aga2와 82%의 상동성을 보였으나, 두 효소의 생화학적 특성이 달랐다. 따라서, AgaJ93은 기존에 보고된 β-아가레이즈 들과는 다른 신규의 아가레이즈 일 것으로 예상된다.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제39권5호
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• pp.605-613
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• 2022

Flavobacterium 속(genus)은 Bacteriodetes 문(phylum), Flavobacteriaceae 과(family)의 대표속(type genus)으로서, 이 속의 세균들은 황색 색소를 함유하는 그람 음성 간균이다. 이 속 세균들은 자연계의 다양한 환경에서 분리되고 있다. 황색색소를 함유하는 그람음성 간균이 경남 창원시 소재 창원대학교 교내의 연못에서 분리되었고, 이 세균은 균주 B1으로 명명되었다. 균주 B1을 생리학적, 생화학적 및 계통분석학적으로 분석한 결과, Flavobacterium 속에 속하는 것으로 결론지어졌다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 BLAST로 분석해 본 결과, 다른 어떠한 세균과도 16S rRNA 유전자 염기서열의 상동성이 99.0%를 넘지 않았다. 균주 B1의 주된 지방산은 iso-C_15:0(19.6%), summed feature 3(C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c, 16.1%), iso-CC_17:0 3OH(10.2%), iso-C_15:0 3OH(8.4%) 및 iso-C_15:1 G(6.6%)인 것으로 밝혀졌는데, 이는 다른 Flavobacterium 종들의 지방산 함량과 확연한 차이가 있는 것을 알 수 있었다. 이 세균의 16S rDNA 염기서열은 genbank에 accession number OP060681로 등록되었다.

• 생명과학회지
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• 제32권9호
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• pp.721-728
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• 2022

본 논문은 제주연안에서 채집한 소라(Turbo cornutus)의 장내세균을 분리하고 군집의 다양성을 조사하였다. 표준배지를 사용하여 순수 정체 배양 결과 MA agar에서 가장 많은 군집을 나타났다. 일반 배양 CFU값은 평균 1.8×10⁵, 혐기 배양 CFU값은 평균 0.4×10으로 보다 적게 나타났다. 기존 표준균주와 16S rDNA sequence 유사도 비교 분석 결과 크게 4문 12과 26속 67종으로 분류되었다. 표준균주와의 상동성 범위는 93-100%로 나타났다. 소라장내세균 군집은 크게 Proteobacteria 39% (α-proteobacteria; Phyllobacteriaceae (1), Rhodobacteraceae (8) / γ-proteobacteria; Alteromonadaecae (1), Shewanellaceae (4), Vibrionaceae(12))로 가장 우점하였고, Firmicutes 34% (Bacillaceae (21), Paenibacillaceae (2)), Actinobacteria 21% (Cellulomonadaceae (1), Mycobacteriaceae (6), Nocardiaceae (4), Streptomycetacea (3)), Bacteroidetes 6% (Flavobacteriaceae (4))로 각각 나타났다. Bacillus sp., Vibrio sp.이 가장 우점 하였으며, 그 외 대부분의 분리 균주는 해양 유래 관련 균주로 나타났다. 이전 보고된 제주 연안에 서식하는 해양동물 장내세균군과 비슷한 양상을 보였다. 분리된 일부 균주가 단당류(Cellulose), 다당류(alginate, agar)분해능을 갖고 있는 것으로 나타났는데, 대부분이 해조류 유래 세균으로 소라의 섭이가 장내세균군과 관련됨을 알 수 있었다. 동시에 probiotics 기능을 갖고 있는 일부 균주도 분리되었다.

• Journal of Species Research
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• 제12권2호
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• pp.158-164
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• 2023

In March 2021, marine sediment from East Sea samples were suspended in a 2% NaCl solution, and serial dilution was performed in fresh marine and Reasoner's 2A agar. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and showed at least 98.7% sequence similarity with previously reported bacterial species. Finally, seven bacterial strains which were validly published but not reported in Korea, were obtained. These isolates were allocated to the orders Bacillales and Flavobacteriales. The three Flavobacteriales strains are classified into the family Flavobacteriaceae. The other four Bacillales belong to the families Bacillaceae and Paenibacillaceae. The seven unrecorded bacterial strains in this study are classified into seven different genera, which are assigned to Mesobacillus, Paenibacillus, Gramella, Gillisia, Arenibacter, Fictibacillus, and Brevibacillus. During the investigation, the possibility of excavation of various unrecorded species in domestic marine sediment was confirmed. Gram-staining, cell morphology, physiological and basic biochemical characteristics, and phylogenetic analysis were performed in this study and provided in the description of each strain.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.97.1-97
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• 2003

An antagonistic bacterium, KJ1R5,, to Phytophthora capsici was obtained from root interior of a healthy pepper plant. To identify the bacterial antagonist, 16S rDNA sequence analysis, Biolog system, fatty acid methyl-esters (FAMEs), and physiological and biochemical characterization were conducted. The determined 165 rDNA sequence of KJ1R5, showed higher similarities to those of a group consisting of several Chryseobacterium strains with 95.2, 95.2, and 95,1％ similarity to C. defluvii, Chryseobacterium sp. FR2, and C. scophthalmum, respectively, In addition, Halounella gailinarum, Bergeyella zoohelcum, and Riemerella anatipestifer are another group for KJ1R5, with 94.1, 89.7, and 87.2％ similarities, respectively When identification of the antagonistic bacterium, KJ1R5, was conducted using BIOLOG system, the strain KJ1R5, was identified as Flavobacterium tirrenicum (similarity； 0.75％). Fatty acid profiles of the strain KJ1R5, were composed mainly of iso-17：0 w9c and iso-15：0 and identified as Chryseobacterium balustinum (similarity 0.524％). KJ1R5, was Gram-negative, regular short rods ranging from 0.8 $\mu\textrm{m}$ to 1.0 $\mu\textrm{m}$ and had no flagella. Phenotypic characterization of the antagonistic bacterium indicated that KJ1R5, were included in the genus Chreseobacterium, which belongs to the family Flavobacteriaceae. The strain was distinguished from these six existing species. These results indicated that strain might be placed as a new species in the genus Chryseobacterium.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.104-113
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• 2018

In order to investigate indigenous prokaryotic species diversity in Korea, various environmental samples from diverse ecosystems were examined. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 98.7% sequence similarity with known bacterial species, but not reported in Korea, were selected as unrecorded species. 28 unrecorded bacterial species belonging to the phylum Bacteroidetes were discovered from various habitats including wastewater, freshwater, freshwater sediment, wet land, reclaimed land, plant root, bird feces, seawater, sea sand, tidal flat sediment, a scallop, marine algae, and seaweed. The unrecorded species were assigned to 18 different genera in five families: Flavobacterium, Epilithonimonas, Dokdonia, Gillisia, Flavicella, Chryseobacterium, Algibacter, Aquimarina, Lacinutrix, Gaetbulibacter, Cellulophaga, Tenacibaculum, and Maribacter of Flavobacteriaceae, Dyadobacter of Cytophagaceae, Draconibacterium of Draconibacterium_f, Sunxiuqinia of Prolixibacteraceae, and Fulvivirga of Fulvivirga_f. The selected isolates were subjected to further taxonomic characterization including analysis of Gram reaction, cellular and colonial morphology, biochemical activities, and phylogenetic trees. Descriptive information of the 28 unrecorded species is provided.

• Journal of Species Research
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• 제10권2호
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• pp.117-133
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• 2021

In 2019, 43 bacterial strains were isolated from food, soil, marine environments, human, and animals related sources from the Republic of Korea. Based on the analysis of 16S rRNA gene sequence, these isolates were allocated to the phyla Bacteroidetes and Firmicutes as unrecorded species in Korea. The 10 Bacteroidetes strains were classified into the families Bacteroidaceae, Chitinophagaceae, Cytophagaceae, Flavobacteriaceae, and Prolixibacteraceae (of the orders Bacteroidales, Chitinophagales, Cytophagales, Flavobacteriales, and Marinilabiliales, respectively). The 33 Firmicutes strains belonged to the families Bacillaceae, Paenibacillaceae, Planococcaceae, Staphylococcaceae, Clostridiaceae, Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Leuconostocaceae, and Streptococcaceae (of the orders Bacillales, Clostridiales, and Lactobacillales). These unrecorded bacteria were determined based on taxonomic criterion (>98.7%; 16S rRNA gene sequence similarity). In addition, their phylogenetic affiliation, as well as cell and colony morphologies, staining reactions, and physiological and biochemical properties were investigated. Therefore, we report 43 isolates as unrecorded species, and described basic features, isolation source, and locations of these strains.

• Journal of Species Research
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• 제11권3호
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• pp.133-142
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• 2022

In 2020, 24 bacterial strains were isolated from algae, kudzu leaf, mud, pine cone, seashore sand, sea water, soil, tidal flat, and wetland from the Republic of Korea. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 98.7% sequence similarity with known bacterial species, but not reported in Korea, were highlighted as unrecorded species. These isolates were allocated to the phyla Bacteroidetes and Proteobacteria as unrecorded species in Korea. The four Bacteroidetes strains were classified into the families Chitinophagaceae, Flavobacteriaceae, and Sphingobacteriaceae (of the orders Chitinophagales, Flavobacteriales, and Sphingobacteriales, respectively). The 20 Proteobacteria strains belonged to the Aeromonadaceae, Marinobacter, Microbulbiferaceae, Enterobacteriaceae, Erwiniaceae, Morganellaceae, Yersiniaceae, Lysobacteraceae, Halomonadaceae, Moraxellaceae, Pseudomonadaceae, Steroidobacteraceae, Xanthomonadaceae, and Myxococcaceae (of the orders Aeromonadales, Alteromonadales, Cellvibrionales, Enterobacterales, Lysobacterales, Oceanospirillales, Pseudomonadales, Steroidobacter, Xanthomonadales, and Myxococcales). This study focused on the description of 24 unreported bacterial species in Korea in the phyla Bacteroidetes and Proteobacteria belonging to six classes.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.374-381
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• 2015

국내의 경우 항만과 연안해역 준설로 인하여 연간 수 천만톤 이상 준설토사가 발생하며 매년 증가하고 있으나, 대부분 투기장에 장기간 방치되며, 더구나 2012년부터 런던협약에 의해 해양투기가 금지되고 있어 환경친화적인 준설토처리 및 재활용기술개발이 시급하다. 준설토 재활용기술에서는 중간처리과정후 발생하는 현탁수(유기물과 중금속 함유 $10{\mu}m$ 미만 미세오염퇴적물 포함)의 처리가 필요한데 현재 이 기술은 연구되어 있지 않다. 본 연구에서는 복합유용미생물제제(BM-S-1)을 이용하여 미세해양오염퇴적물($10{\mu}m$ 이하 입자)내 오염되어 있는 유기물질, 영양염류 및 중금속을 정화하여 배출함으로써 오염퇴적물 정화처리수 방류수질 기준을 충족하고자 하였다. BM-S-1 복합미생물제제를 이용한 해양준설토의 친환경정화시스템으로서 일일 50 L 처리용량의 Lab scale 실험장치를 HRT 6.5일, BOD 용적부하 $0.2-0.6kg/m^3{\cdot}day$의 조건으로 생물반응기를 100일 이상 운전하였다. SCOD, T-N 및 T-P의 제거효과는 각각 96.1%, 92.0% 및 79.0%로 나타나 오염미세퇴적토 내의 유기물의 처리효과가 매우 양호하였다. 또한 몇 가지의 중금속(Zn, Ni 및 Cr) 처리에도 효과적이었다. 아울러 물리적으로 분리하기 어려운 $10{\mu}m$ 이하의 미세토양의 고액분리가 가능함을 확인하였다. 미생물군집구조를 분석한 결과 Flavobacteria 및 Gammaproteobacteria 강이 매우 우점하였으며, 이들에 속한 미생물종들은 해양 내의 각종유기물(다당류, 단백질 및 기타 생물중합체)을 처리하는 것으로 알려졌다. 따라서 본 실험에서 사용된 BM-S-1 미생물제제와 처리시스템은 고농도의 염분이 함유되어있는 유기물 및 중금속 오염 해양퇴적물 정화에 효율적으로 적용가능한 것으로 판단되며, 정화, 분리된 미세해양퇴적물은 목적에 맞게 재사용 가능할 것으로 사료된다.