• 한국환경보건학회지
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• 제34권4호
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• pp.327-332
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• 2008

To determine structure and activities of microbial communities in a food wastewater treatment system, biofilm of RABC (rotating activated Bacillus contactor) and samples of aeration tanks were analyzed. Heterotrophic bacterial concentrations were similar between biofilm and stage 1 aeration tank and decreased 2-log at stage 3 aeration tank as dissolved oxygen decreased, however portions of Bacillus groups were increased at stage 3 aeration tank. It was revealed by quantitative and qualitative analysis of metabolic fingerprinting patterns of Biolog GN2 plate that RABC represented much higher activities and a different microbial community structure compared to aeration tanks. Metabolic fingerprinting showed the carbon sources that isolated Bacillus groups could or could not use, were used similarly meaning that not only Bacillus groups but also other microbial groups would contribute to the treatment of wastewater.

• 한국임상수의학회지
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• 제16권1호
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• pp.19-25
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• 1999

A total of 137 strains of Staphylococcus aureus were isolated from dairy cow's milk with subclinical mastitis from 33 herds in 5 provinces and 36 strains of S aureus from clinical mastitis from 4 herds where the mastitis were severe problem. Arbitrary primed polymerase chain reactions with 10 bp oligonucleotide primer were performed and the PCR products were analysed with image analyzer, The S aureus strains were genotyped into 20 distinct DNA fingerprinting profiles. The size of PCR products ranged from 163 to 2,479 bp and PCR products of 506, 770, 784 and 2,479 bp were the most prevailing bands. Genotype 3 was founded in all 5 provinces. The various genotypes were identified in newly founded dairy herds, however, only one or two genotypes were identified in the closed herds. In clinical mastitis, only a limited number of different S aureus genotype was founded in each of the herds in comparision with subclinical mastitis. The results demonstrated that PCR-based DNA fingerprinting analysis of S aureus strain can be used to study epidemiology of mastitis, in addition, common genotype in geographic region can be useful for the development of an effective S aureus bacterin.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제23권1호
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• pp.1-9
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• 2008

유산균인 비피도박테리아는 사람과 동물에서 유익한 프로바이오틱 미생물로 알려져 있다. 본 연구에서는 이러한 비피도박테리아 균주의 분류를 위한 repetitive DNA element PCR fingerprinting (ERIC-또는 TAP-PCR)의 사용을 평가하였다. 사람분변으로부터 분리한 알려지지 않은 비피도박테리움 균주와 한국생명공학연구원 생물자원센터로부터 분양받은 표준균주를 가지고 분류 및 동정에 ERIC-PCR과 TAP-PCR을 이용한 RAPD-fingerprinting을 수행하였다. 그 결과 비피도박테리움 균주에 대한 속과 종단위의 분류가 가능하였으며, 실험에 사용된 모든 비피도박테리움 균주는 RAPD-fingerprinting 분석을 통해 유전적 다양성을 확인하였다. 또한 ERIC2와 TAP1 프라이머를 이용한 실험에서는 Bifidobacterium adolescenits 특이 유전자 단편을 확인하였으며 이는 B. adolescenits 균주의 동정에 유용할 것으로 사료된다.

• 한국통신학회논문지
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• 제36권5B호
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• pp.443-450
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• 2011

현대인의 삶에서 인터넷은 다양한 정보를 제공하는 필수 요소가 되었다. 이에 따라 네트워크 트래픽은 폭발적으로 증가하였고, 효율적 네트워크 관리를 위해 네트워크 트래픽 분석의 중요성이 강조되고 있다. 네트워크 트래픽 분석 방법 중 시그니쳐 기반의 분석 방법론이 많이 사용되고 있으며, 이는 다양한 응용의 증가로 시그니쳐의 탐색 공간 증가에 따라 실시간 트래픽 분석에 문제점이 나타나고 있다. 운영체제 정보를 활용하면 해당 운영체제에서 사용되는 응용의 시그니쳐만을 검색하도록 함으로써 앞선 문제점을 해결할 수 있다. 본 논문에서는 실시간 트래픽 분석을 위한 효과적인 운영체제 판별 방법을 제안한다. 본 논문에서 제안하는 운영체제 판별 방법은 실시간 트래픽 분석에 적합한 가볍고 빠른 수동형 방법을 사용하였으며, 기존 수동형 방법이 가지는 분석률과 정확성이 낮은 문제를 해결하였다. 분석률을 향상시키기 위해 입력데이터를 확장시켰으며, 운영체제 판별을 위한 시그니쳐를 HTTP의 User-Agent를 이용하여 생성함으로써 다양한 운영체제에 대한 시그니쳐를 추출하였다. 또한 기존 패킷 기반의 분석을 플로우 단위의 분석으로 변경함으로써 정확성을 향상시켰다.

• Journal of Microbiology
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• 제40권2호
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• pp.178-181
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• 2002

Streptomycete isolator strain M0137 showed cytotoxic effect on THP-1 cells. One of the purified substances produced from the strain was identified as nonadecanoic acid. Morphological and physiological properties, phylogenetic analysis, and genomic fingerprinting of strain M0137 were determined. Strain M0137 showed a high similarity with Streptomyces scabiei, phenotypically and phylogenetically. In contrast, genomic fingerprinting and G+C content analysis revealed that strain M0137 could be distinguished from S. scabiei ATCC49173$\^$T/. We propose to name strain M0137 as Streptomyces scabiei Subsp.

• 한국식품과학회지
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• 제37권6호
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• pp.1005-1011
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• 2005

본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성 식중독유발 세균들의 분리 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E. coli의 경우 0.3kb, 0.42kb 및 1.2kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, Salmonella속으로부터는 0.22kb, 0.4kb 및 0.7kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33kb와 1.25kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnei의 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44kb, 2.0kb 및 3.05kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V. parahaemolyticus의 경우 표준균주와 분리균주 모두 0.51kb와 1.5kb의 band가 증폭되어 V. cholerae, V. mimicus 등과 같은 다른 종의 Vibrio와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가 증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속 수준의 분리 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제23권3호
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• pp.83-89
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• 2023

RF-fingerprint를 이용한 클러스터링 기술은 전송 파형에 포함된 송수신기의 특성(signature)을 추출하고 이들에게 임의의 레이블을 자동으로 할당함으로써, 추후 지도 학습기반에 무선단말기 분류기의 개발을 용이하게 해준다. 동종 무선 단말기 분류를 위한 RF-fingerprint 특징 추출 알고리즘의 출력은 512개 또는 1024개 이상의 고차원 특징이다. 이러한 고차원의 특징을 분류기에는 효과적일 수 있으나 클러스터링 알고리즘의 입력으로는 부적절하다. 이에 본 논문은 다차원의 RF-fingerprinting 특징을 무선단말기의 fingerprinting 특징을 유지하면서 차원을 효과적으로 줄일 수 있는 차원 축소 알고리즘을 제안하고, 축소된 차원을 효과적으로 클러스터링할 수 있는 클러스터링 알고리즘을 제안한다. 제안된 RF-fingerprinting 클러스터링 알고리즘은 다차원 RF-fingerprinting 특징을 KL Divergence 기반에 t-SNE를 이용하여 차원을 축소하고 DPC(Density Peaks Clustering)를 이용하여 클러스터링 수행한다. 무선단말기 클러스터링 알고리즘의 성능 분석은 모토롤라XiR 10대와 윈어텍 N-Series 10대에서 수집한 3000개의 데이터셋을 이용한다. RF-fingerprintining기반 클러스터링 알고리즘의 성능 분석 결과 20개의 클러스터가 형성되었고, Homogeneity, Completeness, V-measure 모두 99.4%의 성능을 보였다.

• 한국토양비료학회지
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• 제44권1호
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• pp.127-145
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• 2011

Various environmental ecosystems are valuable sources for microbial ecology studies, and their analyses using recently developed molecular ecological approaches have drawn significant attention within the scientific community. Changes in the microbial community structures due to various anthropogenic activities can be evaluated by various culture-independent methods e.g. ARISA, DGGE, SSCP, T-RFLP, clone library, pyrosequencing, etc. Direct amplification of total community DNA and amplification of most conserved region (16S rRNA) are common initial steps, followed by either fingerprinting or sequencing analysis. Fingerprinting methods are relatively quicker than sequencing analysis in evaluating the changes in the microbial community. Being an efficient, sensitive and time- and cost effective method, T-RFLP is regularly used by many researchers to access the microbial diversity. Among various fingerprinting methods T-RFLP became an important tool in studying the microbial community structure because of its sensitivity and reproducibility. In this present review, we will discuss the important developments in T-RFLP methodology to distinguish the total microbial diversity and community composition in the various ecosystems.

• 한국축산식품학회지
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• 제26권3호
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• pp.394-401
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• 2006

Forty Clostridium perfringens isolates were obtained from twelve animal products, following the examination of eighty six beef, pork, broiler chicken and salami meat products, and eleven milk powder products. There were 21 isolates from salami stored at $25^{\circ}C$, 3 isolates from pork, 4 isolates from beef, 9 isolates from broiler chicken, and 3 isolates from milk powder. Only the cpa gene encoding a toxin among the 5 toxin genes tested (cpa, cpb, etx, iap, and cpe) was detected in all forty isolates, suggesting contamination with C. perfringens type A. DNA fingerprinting analysis using PCR of the tRNA intergenic spacer (tDNA-PCR) and the 16S-23S internal transcribed spacer (ITS-PCR), and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis were attempted to differentiate the isolates. RAPD analysis was the most discriminating method among the three PCR analyses. Isolates from the same products tended to show similar RAPD patterns. Antimicrobial susceptibility tests showed that some isolates from broiler chickens had the same antibiogram with multiple resistance to streptomycin, colistin, and ciprofloxacin. Antibiograms were similar between isolates from the same livestock products, but differed considerably between the products.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제21권6호
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• pp.55-62
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• 2016

In this paper, we present indoor positioning technologies using the wireless signal categorizing them into triangulation based, fingerprinting based, and cell ID based technologies. We describe several representative techniques for each of them emphasizing their strengths and weaknesses. We define important performance issues for indoor positioning technologies and analyze recent technologies according to the performance issues. We believe that this paper provide wise view and necessary information for recent indoor positioning technologies using wireless signals.