• Mycobiology
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• 제36권3호
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• pp.161-166
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• 2008

The retrotransposon marY1 is a gypsy family retroelement, which is detected ubiquitously within the fungal taxonomic groups in which mushrooms are included. To utilize marY1 as a molecular marker for the DNA fingerprinting of mushrooms, oligonucleotides marY1-LTR-L and marY1-LTR-R were designed on the basis of highly conserved regions from the multiple sequence alignment of 30 marY1 sequences retrieved from a nucleotide sequence database. In accordance with $\underline{Re}trotransposon$ $\underline{M}icrosatellite$ $\underline{A}mplified$ $\underline{P}olymorphism$ (REMAP) fingerprinting methodology, the two oligonucleotides were utilized together with the short sequence repeat primers UBC807 and UBC818 for polymerase chain reaction using templates from different mushroom genomic DNAs. Among the tested oligonucleotides, the marY1-LTR-L and UBC807 primer set yielded the greatest amount of abundance and variation in terms of DNA band numbers and patterns. This method was successfully applied to 10 mushroom species, and the primer set successfully discriminated between different commercial mushroom cultivars of the same strains of 14 Pleurotus ostreatus and 16 P. eryngii. REMAP reproducibility was superior to other popular DNA fingerprinting methodologies including the random amplified polymorphic DNA method.

• 한국축산식품학회지
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• 제26권3호
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• pp.394-401
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• 2006

Forty Clostridium perfringens isolates were obtained from twelve animal products, following the examination of eighty six beef, pork, broiler chicken and salami meat products, and eleven milk powder products. There were 21 isolates from salami stored at $25^{\circ}C$, 3 isolates from pork, 4 isolates from beef, 9 isolates from broiler chicken, and 3 isolates from milk powder. Only the cpa gene encoding a toxin among the 5 toxin genes tested (cpa, cpb, etx, iap, and cpe) was detected in all forty isolates, suggesting contamination with C. perfringens type A. DNA fingerprinting analysis using PCR of the tRNA intergenic spacer (tDNA-PCR) and the 16S-23S internal transcribed spacer (ITS-PCR), and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis were attempted to differentiate the isolates. RAPD analysis was the most discriminating method among the three PCR analyses. Isolates from the same products tended to show similar RAPD patterns. Antimicrobial susceptibility tests showed that some isolates from broiler chickens had the same antibiogram with multiple resistance to streptomycin, colistin, and ciprofloxacin. Antibiograms were similar between isolates from the same livestock products, but differed considerably between the products.

• 한국임상수의학회지
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• 제16권1호
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• pp.19-25
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• 1999

A total of 137 strains of Staphylococcus aureus were isolated from dairy cow's milk with subclinical mastitis from 33 herds in 5 provinces and 36 strains of S aureus from clinical mastitis from 4 herds where the mastitis were severe problem. Arbitrary primed polymerase chain reactions with 10 bp oligonucleotide primer were performed and the PCR products were analysed with image analyzer, The S aureus strains were genotyped into 20 distinct DNA fingerprinting profiles. The size of PCR products ranged from 163 to 2,479 bp and PCR products of 506, 770, 784 and 2,479 bp were the most prevailing bands. Genotype 3 was founded in all 5 provinces. The various genotypes were identified in newly founded dairy herds, however, only one or two genotypes were identified in the closed herds. In clinical mastitis, only a limited number of different S aureus genotype was founded in each of the herds in comparision with subclinical mastitis. The results demonstrated that PCR-based DNA fingerprinting analysis of S aureus strain can be used to study epidemiology of mastitis, in addition, common genotype in geographic region can be useful for the development of an effective S aureus bacterin.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권4호
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• pp.229-236
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• 2003

본 연구는 식품을 오염시켜 식중독을 유발하는 주요 식중독 세균인 Escherichi, Salmonella, Shigella, Vibrio, Listeria등 5속의 병원성 세균들을 반복성 염기서열을 이용한 ERIC-PCR을 이용하여 동시에 동정할 때 이용되는 주요 PCR 반응성분인 $MgCl_2$, dNTPs, primers, template DNA의 최적 농도를 결정하였다. ,$MgCl_2$ 반응성분은 2 mM을 적용하였을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 얻을 수 있었으므로 2 mM을 $MgCl_2$의 최적농도로 결정하였다. dNTPs의 농도는 250 ${\mu}M$까지 증가함에 따라 6균주 모두 200 ${\mu}M$까지는 농도 증가와 비례하여 단편의 수와 강도가 점증하였으나 그 이상의 농도에서는 단편의 수와 강도가 일정하였다. 그러므로 일정한 ,fingerprinting pattern 을 얻기 위하여 200 ${\mu}M$의 dNTPs만으로도 충분하였다. ERIC primer들은 2 ${\mu}M$의 농도를 적용했을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 나타낼 수 있었으며, 그 이상의 농도를 적용했을 때 단지 단편들의 강도만이 증가하였다. Template DNA도 다른 PCR 반응성분에 대한 실험과 마찬가지로 적용한 DNA 양의 증가에 따라 단편의 간도가 증가하였다. 그러나 대부분의 적용 균주들에 대하여 DNA의 양이 최고일 때와 최대일 때 각각의 얻어지 fingerprinting pattern들을 비교할 때 단편의 수는 별 차이가 없었다.

• 대한수의학회지
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• 제41권3호
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• pp.357-365
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• 2001

This study was performed to detect the Salmonella genus-specific DNA marker for comparing of polymophisms between S pullorum and S gallinarum by using PCR amplified techniques. A total of ten primers were used to detect DNA polymorphisms from S pullorum and S gallinarum. The number of DAF bands detected per each primer varied from 26 to 45, with an average of 32.7 using 10 primers. A total of 327 DAF bands were generated and among them 123 bands were polymorphic(37.6%). These DNA amplified fingerprinting(DAF) specific bands for S pullorum and S gallinarum were observed from all primers. For S pullorum, GEN 60-04, GEN 70-04 and GEN 70-03 primers showed a high level of polymorphism with 0.79, 0.70 and 0.57, respectively. But GEN 60-05 primer did not show a level of polymorphism. For S gallinarum, GEN 70-03, 60-04, 60-07, 70-05 and 70-04 primers showed a higher a low level of polymorphism from 0.16 to 0.28. Each five strains of S pullorum and S gallinarum were isolated from chickens showed typical clinical signs related with infection of pullorum disease or fowl typhoid at commercial chicken farms. DNA markers of these strains produced by GEN 70-04, GEN 70-05 and GEN 70-08 showed significant difference of band patterns between S pullorum and S gallinarum. These DNA markers could be used for comparison of DNA marker polymorphism between S pullorum and S gallinarum as well as rapid diagnosis of fowl typhoid and pullorum disease of domestic fowls.

• 사상체질의학회지
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• 제8권2호
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• pp.151-163
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• 1996

VNTR 및 STR 분석은 유전자지문법 (DNA fingerprinting)에서 사용되는 방법으로 개체의 식별 등을 목적으로 하는 범죄수사 및 기타 유전적 분석 연구에서 많이 쓰이고 있는 유전적 분석 방법이다. 본 연구는 사상체질의 판별에 의해서 분류된 각 체질들이 유전적으로 차이가 있는지를 조사하기 위하여 각 체질인의 제놈 DNA를 대상으로 VNTR 및 STR의 분석을 실시하여서 사상체질의학의 객관화 및 그 임상활동에 관한 유용한 자료를 제공함을 목적으로 추진되었다. 본 연구에서 실시한 MCT118, YNZ22 locus를 이용한 VNTR 분석에서는 체질별로 나타난 allele의 분포 양상이 다양할 뿐만 아니라 각 체질에서 나타난 allele의 분포빈도가 체질별로 유의적인 차이를 보이지 않았다. 따라서 VNTR의 분석을 이용하여서는 사상체질의 네 가지 체질 그룹에 대한 유전적 동질성 및 그룹간 유전적 상이성을 유추해 내기가 어려운 것으로 사료되었다. 한편 allel 의 종류가 적고 따라서 그 분포 양상이 VNTR에 비해서 다양하지 않은 STR 중에서 본 연구에서는 TH01과 vWA locus에 대한 분석을 실시하였는데 그 결과 vWA locus에서는 각 allele No.의 분포 양상이 체질별로 다소 다르게 나타났다.

• 한국가금학회지
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• 제23권4호
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• pp.177-183
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• 1996

This study was conducted to analyze genetic characteristics of Korean Native Chicken three lines classified on the basis of the feather color and appearance (Red, Yellow, and Black) using DNA fingerprinting method. To estimate the genetic relatedness among breeds and similarities within breeds, we collected blood samples from Korean Native Chicken (KNC), Rhode Island Red (RIR), White Leghorn (WL), and Cornish(CN) and obtained genomic DNA from the blood of 10 individuals randomly selected within the breeds and lines. The genomic DNA samples were digested with restriction enzymes (Hinf J, Hae Ill) and hybridized with various probes (Jeffreys' probes 33.15, 33.6 and M13) after Southern transfer. Genetic similarities within breeds were characterized by band sharing (BS) value, estimated by the DFP band pattern between the pair of lanes. BS values within WL, RIR, and KNC were 0.82, 0.70 and 0.56, respectively. Relative genetic diversity (BS value) of KNC was higher than those two breeds (WL, RIR). Estimation of genetic similarity between KNC lines and control breed (RIR) was 0.32, whereas similarity within KNC lines (6 groups) was 0.50. In this analysis, KNC was showed to have a highly genetic diver-sity at the DNA level, and to be closer in genetic distance to RIR (0.67) than any other breeds.

• 한국산림과학회지
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• 제106권4호
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• pp.408-416
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• 2017

본 연구는 국내 천연기념물 은행나무 23개체를 대상으로 8개의 microsatellite 마커를 이용하여 DNA 지문분석을 수행하였다. 그 결과, 평균 대립유전자수는 6.875개, 평균 이형접합도 관찰치와 기대치는 각각 0.711과 0.710로 나타났다. 이러한 수치는 동일한 마커로 일본 및 중국 은행나무에서 분석된 기존 연구 결과와 유사하였다. 분석된 8개 마커의 다형성 정보량(PIC) 값 및 개체식별력(PD)은 각각 0.677과 0.9999로 높은 개체식별 효율을 나타내었다. 실제 유전형을 비교한 결과에서도 모든 천연기념물 은행나무와 추가로 분석된 일반 은행나무 13개체가 모두 식별되었다. 천연기념물 은행나무에서 계산된 PIC 값을 기준으로 상위 3개의 마커(Ging06, Gb60, Gb61)에서 계산된 개체인식력과 개체식별력이 각각 $8.045{\times}10^{-5}$ 및 99.99%로 계산되므로, 이들 3개의 마커가 은행나무 개체식별을 위한 DNA 지문 분석에 우선 적용이 가능할 것이다. 본 연구의 DNA 지문 분석 결과는 천연기념물 은행나무의 관리와 후계목 육성 및 은행나무 선발 개체의 유전적 동일성 검정에 유용한 자료로 활용될 것으로 판단된다.

• 한국가금학회지
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• 제20권4호
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• pp.209-216
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• 1993

본 연구는 다가오는 농축산물 수입개방의 시대를 맞이하여 우리 고유의 맛을 지닌 순수한 재래계의 식별 유지 및 개량하기 위한 과학적인 방법을 제시하고자 실시되었다. 본 연구를 위하여 재래계 및 수입계인 백색 Leghorn종을 line별로 유지하면서 경제형질 (체중, 초산일령, 산란을, 난중)과 표현형 특이성 (체형, 두부, 깃털, 정강이)에 대하여 조사하였다. 또한 최첨단 기법인 유전자 지문 기법을 도입하여 재래계와 수입계의 DNA에 대한 유전자 지문을 실시하였다. 재래계의 경제형질에 있어서 체중은 산란계 품종인 White Leghron과 유사한 특징을 보였고, 초산일령 및 최고 산란기는 수입계보다 다소 늦었으며 평균 산란율 역시 수입계에 비해 다소 떨어졌다. 재래계의 난중은 수입계에 비해 약 10g 정도 가벼웠다. M13mp18 single-stranded DNA를 probe로 사용한 유전자 지문에서, 재래계는 4.4kb와 4.9kb에서 수입계는 10.6kb와 12.4kb에서 품종 고유의 구분이 확실한 다수의 band를 확인 할 수 있었다. 따라서 본 연구에서는 우리 고유의 유전자원인 재래계의 유전자 지문을 수입계의 유전자 지문과 식별할수 있는 것으로 개발하였으며, 향후 이 기술을 이용해서 구체적인 재래계의 유지 및 개량에 대한 방안이 강구되어야 할 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권1호
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• pp.13-24
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• 2012

The genetic diversity of plant growth-promoting rhizobacterial (PGPR) fluorescent pseudomonads associated with the sugarcane (Saccharum officinarum L.) rhizosphere was analyzed. Selected isolates were screened for plant growthpromoting properties including production of indole acetic acid, phosphate solubilization, denitrification ability, and production of antifungal metabolites. Furthermore, 16S rDNA sequence analysis was performed to identify and differentiate these isolates. Based on 16S rDNA sequence similarity, the isolates were designated as Pseudomonas plecoglossicida, P. fluorescens, P. libaniensis, and P. aeruginosa. Differentiation of isolates belonging to the same group was achieved through different genomic DNA fingerprinting techniques, including randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA), repetitive extragenic palindromic (REP), enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC), and bacterial repetitive BOX elements (BOX) analyses. The genetic diversity observed among the isolates and rep-PCR-generated fingerprinting patterns revealed that PGPR fluorescent pseudomonads are associated with the rhizosphere of sugarcane and that P. plecoglossicida is a dominant species. The knowledge obtained herein regarding the genetic and functional diversity of fluorescent pseudomonads associated with the sugarcane rhizosphere is useful for understanding their ecological role and potential utilization in sustainable agriculture.