• 제목/요약/키워드: D1/D2 region of 26S rDNA

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Internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열 분석에 의한 보길도산 황칠나무의 분자 계통학적 연구 (Phylogenetic Analysis of Dendropanax morbifera Using Nuclear Ribosomal DNA Internal Transcribed Spacer (ITS) Region Sequences)

  • 신용국
    • 생명과학회지
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    • 제26권11호
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    • pp.1341-1344
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    • 2016
  • 보길도에서 자라고 있는 황칠나무(Dendropanax morbifera)를 구입하여, 캘러스로 유도한 후, ribosomal DNA(nrDNA)의 internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열을 결정하였다 보길도의 황칠나무(Dendropanax morbifera)의 ITS region의 염기서열을 분석한 결과, 총 689염기를 결정하였다. 결정된 689염기 중에서 ITS1은 222 개염기, 5.8S rDNA는 160염기, ITS2는 233염기인 것으로 판명되었다. GenBank의 BLAST 프로그램(http://www.ncbi.nlm.nih.BLAST)을 사용하여 GenBank/EMBL/DDBJ에 등록되어 있는 Dendropanax 속 33의 염기서열을 수집한 후 multiple alignment를 수행한 결과, 유사도는 99.7%(D. chevalieri)에서 92.6%(Dendropanax arboreus)로 나타났으며, 일본황칠나무(D. trifidus)와는 유사도가 99.4%로 판명되었다.

호밀(Secale cereale L.)의 핵형분석과 rDNA의 Physical Mapping (Karyotype Analysis and rDNA Physical Mapping in Rye (Secale cereale L.))

  • 이준수;서봉보;김민
    • 한국육종학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.163-168
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    • 2010
  • 본 실험은 곡류 작물중에서 육종의 소재로써 많은 장점을 지닌 호밀을 Gimsa C-분염법과 FISH기법을 이용하여 구성이질 염색질과 5S와 18S-26S rRNA 유전자의 염색체상의 위치를 확인하고자 본 실험을 수행하였다. 그 결과를 요약하면 아래와 같다. 표지되었으며 2차협착으로 부수체가 존재하는 1번 염색체의 부수체의 말단과 5번 염색체의 중간에 표지되었고, 18S-26S rDNAs 유전자는 1개의 염색체에 표지되었으며 이 염색체는 2차협착으로 부수체가 존재하는 1번 염색체의 인 형성체 부위에 표지되었다. 1번 염색체에는 5S 와 18S-26S rDNAs 유전자가 표지되었고 5번 염섹체에는 5S rDNA 유전자만이 표지되었다.

제주도 토양에서 효모의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Yeasts from Jeju Island Soils)

  • 한상민;배상민;한재원;김지윤;이종수;김하근
    • 한국균학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.267-271
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    • 2015
  • 제주도 토양에 서식하는 야생효모들의 분포 특성을 조사하기 위해, 동부지역 7곳, 서부지역 5곳에서 토양을 채취하여 효모를 분리한 후, 콜로니 PCR에 의해 증폭된 26S rDNA D1/D2 지역의 염기서열을 결정하여 BLAST를 이용하여 효모를 동정하였다. 동부지역에서 채집한 토양에서 12종에 속하는 20균주를, 서부지역에서 6종에 속하는 13균주를 분리하였다. 분리되는 효모 종은 강수량 차이를 보이는 지역에 따라서 현저한 차이가 있는 것을 알 수 있었다.

한밭 수목원의 과일과 꽃으로부터 효모의 분리 (Yeasts Associated with Fruits and Blossoms Collected from Hanbat Arboretum, Daejeon, Korea)

  • 현세희;민진홍;김선아;이종수;김하근
    • 한국균학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.178-182
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    • 2014
  • 효모는 엽권의 중요한 서식자이지만, 효모의 분포와 역할을 정확하게 이해하고 있지 못한 형편이다. 2013년 봄과 가을에, 대전시 서구 만년동에 위치한 한밭 수목원에 식재되어 있는 각종 꽃과 과일로부터 효모를 분리하였다. 분리된 효모 집락을 PCR 방법에 의해 26S rDNA의 D1/D2 지역을 증폭하고 염기서열을 결정한 후, BLAST를 이용하여 데이터베이스와 비교하여 효모를 동정하였다. 그 결과 29종의 꽃과 6종의 과일로부터, 14속 31종에 속하는 효모를 57균주를 분리하였다. 그 결과 봄과 가을, 계절에 따라서 같은 수목원에서 분리되는 효모 종에 현저한 차이가 있는 것을 발견하였다.

대전광역시와 충청남도 밭 토양으로부터 야생효모의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Wild Yeasts from Soils of Fields in Daejeon Metropolitan City and Chungcheongnam-do, Korea)

  • 한상민;한재원;배상민;박원종;이종수
    • 한국균학회지
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    • 제44권1호
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    • pp.1-7
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    • 2016
  • 우리나라 토양에서 효모 종 분포특성을 조사하기 위해 먼저 대전광역시를 포함하는 충청남도 전 지역의 밭 토양 61점을 2015년 6월부터 8월까지 수집하여 97균주 20종의 야생효모들을 분리하였고, polymerase chain reaction (PCR)을 통해 internal transcribed spacer (ITS) 부위와 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열 상동성 비교법을 이용하여 종을 동정하였다. 이들 가운데 Cryptococcus podzolicus가 11균주를 포함하는 Cryptococcus 속 균이 전체 분리 균주 중 16균주(16%)로 가장 많이 분리되었고, 다음으로 Debaryomyces hansenii와 Trichorsporon asahii도 각각 6주씩 분리되었다.

Phylogenetic Analysis of Genus Sporobolomyces Based on Partial Sequences of 26S rDNA

  • Hong, Soon-Gyu;Chun, Jong-Sik;Nam, Jin-Sik;Park, Yoon-Dong;Bae, Kyung-Sook
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제10권3호
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    • pp.363-366
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    • 2000
  • The sequences of the D1/D2 region of 26S rDNA from seven Sporobolomyces species, Bensingtonia subrosea, and Rhodosporicium toruloides were determined and compared with those from representatives of the genera Leucosporidium, Rhodosporidium, Rhodotorula, and Sporidiobolus. The five species of Sporobolomyces analyzed were distantly related to a monophyletic clade consisting of species of Sporidiobolaceae and Sporobolomycetaceae. Sporobolomyces falcatus was found to be closely related to Tremella exigua. The members of Sporidiobolaceae and Sporobolomycetaceae were divided into four groups. Group 1 was composed of Leucosporidium scottii and two Rhodotorula species, and group 2 contained three Rhodotorula species. Group 3 was designeate as the Sporobolomyces/Sporidiobolus core group, as it contained Sporidiobolus johnsonii, the type species of Sporidiobolus and the teleomorphic state of Sporobolomyces salmonicolor (the type species of Sporobolomyces). Group 4, named the Rhodotorula/Rhodosporidium core group, included Rhodosporidium toruloides and Rhodotorula glutinis, the type species of the genera Fhodosporidium and Rhodotorula, respectively. The four groups were differentiated on the basis of their physiological characteristics including the assimilation of D-glucosamine, glucuronate, 2-keto-gluconate, L-arabinitol, raffinose, methyl-$\alpha$-glucoside, and satrch. The taxonomy of the genera Leucosporidium, Rhodosporidium, Rhodotorula, Sporidiobolus, and Sporobolomyces will require a major revision when more data becomes available.

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낙동강과 영산강 담수와 주변 토양으로부터 야생효모의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Wild Yeasts from Freshwaters and Soils of Nakdong and Yeongsan River, Korea, with Characterization of Two Unrecorded Yeasts)

  • 한상민;김하근;이향범;이종수
    • 한국균학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.350-354
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    • 2016
  • 우리나라 주요 강 담수와 주변 토양 중의 야생효모 분포특성을 조사하고자 먼저 낙동강과 영산강 일부지역의 담수와 주변 토양 25점을 수집하여 15균주 9종의 야생효모들을 PCR을 이용한 ITS 부위와 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열 상동성 비교법을 이용하여 동정하였다. 이들 가운데 Aureobasidium pullulans와 Cryptococcus besiolae가 각각 3균주로 가장 많이 분리되었고, Lachancea thermotolerans와 Wickerhamomyces anomalus도 각각 2주씩 분리되었다. 특히 Candida ghanaensis와 Meira geulakonigii는 국내 처음 보고되는 미기록 균주들로서 포자를 형성하였고, YPD 배지와 potatoes dextrose 배지 등에서 잘 생육하는 특성을 갖고 있었다. 또한 두 미기록 효모들은 5% NaCl을 함유한 YPD 배지에서 생육하는 내염성 효모들이었다.

전라북도 고군산열도의 선유도 일대 야생화들로부터 효모의 분리 및 생리기능성 (Isolation and Physiological Functionality of Yeasts from Wild Flowers in Seonyudo of Gogunsanyeoldo, Jeollabuk-do, Korea)

  • 현세희;한상민;이종수
    • 한국균학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.201-206
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    • 2014
  • 전라북도 고군산열도 선유도 일대에서 2014년 4월에 개화한 야생화들로부터 효모들을 분리한 후 이들의 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열을 결정한 다음 NCBI의 BLAST database에 등록되어 있는 효모들과의 상동성을 비교 분석하여 동정하였다. 야생화 51점에서 21종의 효모들을 61 균주 분리하였고, 이들 중 Cryptococcus aureus SY1-4 등의 Cryptococcus 속 균들이 가장 많았고, Metschnikowia reukaufii SY20-1등 Metschnikowia 속 균과 Rhodotorula ingeniosa SY1-1등 Rhodotorula 속 균들도 비교적 많이 분리되었다. 이들 61 균주들의 배양상등액과 무세포추출물을 제조한 후 생리기능성을 측정한 결과 M. reukaufii SY44-6의 배양상등액이 각각 49.6%의 XOD 저해활성과 38.4%의 미백성 Tyrosinase 저해활성을 보여 우수하였다.

충남 예산군 신암면 일대 과수원의 과일과 꽃들로부터 효모의 분리 및 분포 특성 (Isolation and Diversity of Yeasts from Fruits and Flowers of Orchard in Sinam-myeon of Yesan-gun, Chungcheongnam-do, Korea)

  • 현세희;이종국;박원종;김하근;이종수
    • 한국균학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.21-27
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    • 2014
  • 충청남도 예산군 신암면 일대 과수원들의 과일과 꽃에서 효모들을 분리한 후 이들의 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열을 결정한 다음 NCBI의 BLAST 데이터베이스에 등록되어 있는 효모들과의 분자생물학적 유연관계를 비교, 분석하여 동정하였다. 2013년 4월부터 10월 사이의 과일 19점으로부터 모두 25종의 효모들을 48균주 분리하였고 Pichia kluyveri, Hanseniaspora uvarum, Rhodotorula mucilaginosa, Torulaspora delbrueckii 등 4종의 효모 등이 많이 분포하고 있었다. 과수원 주위의 꽃 39점에서 48종의 효모 등을 108균주 분리하였고 이 중 Microstroma juglandis와 Pseudozyma aphidis가 가장 많이 분리되었다.

우리나라 일부 해안 지역 야생화들로부터 분리한 효모들의 분자 생물학적 동정 (Identification of Yeasts Isolated from Wild Flowers Collected in Coast Areas of Korea Based on the 26S rDNA Sequences)

  • 민진홍;이향범;이종수;김하근
    • 한국균학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.185-191
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    • 2013
  • 국내 자연환경으로부터 다양한 효모들을 분리, 동정하고 나아가 이들로부터 유용물질을 생산하는 효모자원을 확보하기 위한 연구의 일환으로 우리나라 동해안, 서해안, 남해안에 서식하는 야생화들을 채집하여 이들로부터 효모들을 분리한 후 분자생물학적 방법으로 동정하였다. 동해시에서 수집한 야생화로부터는 Candida silvae 등을 포함한 15종에 속하는 27균주의 효모들을 분리하였다. 서해안의 대천시 해수욕장 주위 야생화에서는 Bulleromyces albus를 비롯한 17종 34균주가 분리, 동정되었다. 또한 남해안의 완도군 대문리 주위의 야생화들로부터는 Cryptococcus flavus를 포함하여 13종에 속하는 효모 22 균주들이 분리 동정되었다. 전체적으로 우리나라 동해안, 서해안, 남해안의 야생화로부터 모두 45종에 속하는 효모들 83균주를 분리, 동정하였다.