• 제목/요약/키워드: Complex Microbial Data

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Does vitamin blends supplementation affect the animal performance, carcass traits, and nutrient digestibility of young Nellore finishing bulls?

  • Dhones Rodrigues de Andrade;Flavia Adriane de Sales Silva;Jardeson de Souza Pinheiro;Julia Travassos da Silva;Nathalia Veloso Tropia;Leticia Artuzo Godoi;Rizielly Saraiva Reis Vilela;Fernando Alerrandro Andrade Cidrini;Luciana Navajas Renno;Diego Zanetti;Tiago Sabella Acedo;Sebastiao de Campos Valadares Filho
    • Animal Bioscience
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    • 제36권12호
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    • pp.1831-1841
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    • 2023
  • Objective: This study was realized to evaluate the effects of supplementation with blends of water and fat-soluble vitamins on animal performance and carcass traits of young Nellore bulls. Methods: Forty-three Nellore bulls, with an initial weight of 261±27.3 kg and a mean age of 8±1.0 months, were used. Five animals were slaughtered at the beginning of the experiment (reference group), to determine the initial empty body weight of the bulls that remained in the experiment. The remaining 38 bulls were fed ad libitum and distributed in a completely randomized design in a 2×2 factorial scheme, with or without supplementation of water-soluble (B-blend+ or B-blend-) and fat-soluble (ADE+ or ADE-) vitamin blends. Diets were isonitrogenous (120 g of crude protein/kg dry matter [DM] of total mixed ration) and consisted of a roughage:concentrate rate of 30:70 based on total DM of diet. The experiment lasted 170 days, with 30 days of adaptation and 140 days for data collection. At the beginning and end of the experimental period, the bulls were weighed to determine the average daily gain. To estimate the apparent digestibility of nutrients and microbial efficiency, spot collections of feces and urine were performed for five consecutive days. Results: DM, ashes, organic matter, crude protein, ethereal extract, neutral detergent fiber corrected for residual ash and residual nitrogenous, and N intake and apparent digestibility were not influenced by vitamin supplementation, but total digestible nutrients intake and non-fibrous carbohydrates digestibility were influenced by B complex vitamin supplementation. Nitrogen balance, microbial efficiency, and performance data were not influenced (p>0.05) by vitamin supplementation. Conclusion: Vitamin supplementation (a blend of water-soluble and fat-soluble vitamins or their combinations) does not influence the animal performance and carcass traits of young Nellore bulls.

H2AX의 BRCA1 NLS domain과 BARD1 BRCT domain 각각과의 in vitro 상호 결합 (H2AX Directly Interacts with BRCA1 and BARD1 via its NLS and BRCT Domain Respectively in vitro)

  • 배승희;이선미;김수미;최태부;김차순;성기문;진영우;안성관
    • KSBB Journal
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    • 제24권4호
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    • pp.403-409
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    • 2009
  • 본 연구에서는 H2AX의 생리학적인 기능 및 분자세포 생물학적 기전 해석에 대한 보다 명확한 정보를 제시하고자, H2AX 관련 단백질들을 literature review 및 생물정보학적인 기술을 이용하여 최적의 결합 단백질체를 40개를 예측하곤 이들 가운데 상호작용 가능성이 높은 BRCA1와 BARD1 단백질을 선별하여 in vitro 결합실험을 통해 이를 증명하였다. 이들 두 가지의 유전자를 발굴하여, 클로닝하였다. 클로닝된 유전자를 이용하여 두 가지 단백질을 발현 및 정제하였으며, 단백질들의 자체적인 구조에 의한 결합능력을 판단하기 위해 in vitro binding assay법을 실시하였다. 단백질의 구조적 안정과 비특이적 결합을 억제하는 detergent만이 포함된 상태에서, 구조학적 및 물리학적 상호 결합의 유무를 판정할 수 있게 하였으며, BRCA1과 BARD1은 모두 H2AX에 결합함을 확인하였다. 이런 실험결과를 바탕으로 각각의 단백질에 대해 H2AX와의 최적 결합 부위를 알아내기 위해 각 유전자의 domain을 생물정보학적으로 분석하였다. 이에 RING domain, NES, NLS 및 BRCT domain에 해당하는 유전자 부분을 새로 클로닝하여, 다시 in vitro 결합실험 및 실험결과에 대한 literature review를 통한 분석을 실시한 결과, H2AX는 BRCA1의 NLS, BARD1의 BRCT domain 부분과 결합하는 것을 확인하였다. H2AX에 대한 BRCA1과 BARD1과의 결합은 DNA repair에 있어 BRCA1의 NLS와 BARD1의 BRCT domain을 통해 H2AX foci의 관련 세포 신호전달 기전에 중요한 역할을 하여 전체적으로 genomic stability에 영향을 미칠 가능성이 농후할 것으로 사료된다.

우리나라 전염성 질환의 변화 양상 (Changing Patterns of Communicable Diseases in Korea)

  • 임현술
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제38권2호
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    • pp.117-124
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    • 2005
  • Before twentieth centuries and during early twentieth centuries, communicable diseases were the major cause of morbidity and mortality in Korea. But reliable data are not available. After 1975, the overall morbidity and mortality from communicable diseases, rapidly declined. Recently many new pathogenic microbes were recognized: L. monocytogenes, Hantaan virus, Y. pseudotuberculosis, P. multocida, L. pneumophilia, Human immunodeficiency virus (HIV), G. seoi, H. capsulatum, C. burnetii, V. cholerae O139, C. parvum, F. tularensis, E. coli O157:H7, B. burgdorferi, S. Typhimurium DT104, Rotavirus, hepatitis C virus and so on. Since the first HIV infection recognized in 1985, the reported cases of infection and deaths from HIV/AIDS have been steady increased each year. Legionnaire's disease, E. coli O157:H7 colitis, listeriosis and crytosporidiasis have been occurring just sporadically among immunocompromized cases. Many re-emerging communicable diseases were occurred in Korea: leptospirosis, malaria, endemic typhus, cholera, tsutsugamushi disease, salmonellosis, hepatitis A, shigellosis, mumps, measles, acute hemorrhagic conjunctivitis, brucellosis and so on. Leptospirosis and tsutsugamushi diseases have been noticed as major public health problems since 1980s. The malaria that had been virtually disappeared for a decade has reappeared from 1993 with striking increase of patients in recent 3-4 years. The distributions of salmonella and shigella serotypes have been changed a lot in recent few decades. Furthermore rapid emergence of antibiotic-resistant bacterial strains induces more difficult and complex problems in control of communicable diseases. We must recognize on the importance of environment and ecosystem conservation and careful prescription of anti-microbial agent in order to prevent communicable diseases.

Target Identification for Metabolic Engineering: Incorporation of Metabolome and Transcriptome Strategies to Better Understand Metabolic Fluxes

  • Lindley, Nic
    • 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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    • 한국미생물생명공학회 2004년도 Annual Meeting BioExibition International Symposium
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    • pp.60-61
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    • 2004
  • Metabolic engineering is now a well established discipline, used extensively to determine and execute rational strategies of strain development to improve the performance of micro-organisms employed in industrial fermentations. The basic principle of this approach is that performance of the microbial catalyst should be adequately characterised metabolically so as to clearlyidentify the metabolic network constraints, thereby identifying the most probable targets for genetic engineering and the extent to which improvements can be realistically achieved. In order to harness correctly this potential, it is clear that the physiological analysis of each strain studied needs to be undertaken under conditions as close as possible to the physico-chemical environment in which the strain evolves within the full-scale process. Furthermore, this analysis needs to be undertaken throughoutthe entire fermentation so as to take into account the changing environment in an essentially dynamic situation in which metabolic stress is accentuated by the microbial activity itself, leading to increasingly important stress response at a metabolic level. All too often these industrial fermentation constraints are overlooked, leading to identification of targets whose validity within the industrial context is at best limited. Thus the conceptual error is linked to experimental design rather than inadequate methodology. New tools are becoming available which open up new possibilities in metabolic engineering and the characterisation of complex metabolic networks. Traditionally metabolic analysis was targeted towards pre-identified genes and their corresponding enzymatic activities within pre-selected metabolic pathways. Those pathways not included at the onset were intrinsically removed from the network giving a fundamentally localised vision of pathway functionality. New tools from genome research extend this reductive approach so as to include the global characteristics of a given biological model which can now be seen as an integrated functional unit rather than a specific sub-group of biochemical reactions, thereby facilitating the resolution of complexnetworks whose exact composition cannot be estimated at the onset. This global overview of whole cell physiology enables new targets to be identified which would classically not have been suspected previously. Of course, as with all powerful analytical tools, post-genomic technology must be used carefully so as to avoid expensive errors. This is not always the case and the data obtained need to be examined carefully to avoid embarking on the study of artefacts due to poor understanding of cell biology. These basic developments and the underlying concepts will be illustrated with examples from the author's laboratory concerning the industrial production of commodity chemicals using a number of industrially important bacteria. The different levels of possibleinvestigation and the extent to which the data can be extrapolated will be highlighted together with the extent to which realistic yield targets can be attained. Genetic engineering strategies and the performance of the resulting strains will be examined within the context of the prevailing experimental conditions encountered in the industrial fermentor. Examples used will include the production of amino acids, vitamins and polysaccharides. In each case metabolic constraints can be identified and the extent to which performance can be enhanced predicted

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LID 시설 관리를 위한 사물인터넷(IoT) 활용 복합 센싱 적용기술 개발 (Development of Composite Sensing Technology Using Internet of Things (IoT) for LID Facility Management)

  • 이승재;전민수;이정민;김이형
    • 한국습지학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.312-320
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    • 2020
  • 도시 환경문제 및 개발사업 환경영향 저감을 위하여 자연적 물 순환 기능을 가진 다양한 LID가 적용되고 있다. 그러나 LID 시설의 과도한 침투와 증발산은 LID 내부 토양을 건조화시켜 식물과 미생물 활동성을 떨어뜨리고 환경저감 능력을 감소시킨다. 본 연구는 LID 시설의 관리 방안을 도출하기 위하여 복합적인 센서를 적용한 실시간 측정 시스템을 개발하고자 하였다. 측정 가능한 센서와 사물인터넷(IoT) 적용 실험은 아크릴 상자에 형상화한 인공습지에서 수행되었다. 적용되는 센서는 분산형으로 설치되는 LID를 고려하여 저비용으로 구축하고자 하였으며 비교적 저렴하면서 상용화되어있는 아두이노와 라즈베리 파이를 기반으로 하였다. 그리고 LID 시설의 현재 상태와 유지관리 및 이상기후 시 영향을 분석하기 위해 복합적인 센서 측정 개발에 목표를 두었다. 센서는 풍향·풍속, 강우량, 이산화탄소, 미세먼지, 온도·습도, 산성도, 위치 정보 등을 실시간으로 측정하도록 하였다. 또한 측정된 데이터의 수집, 전송 및 결과 확인을 위하여 데이터 수집 장치, 저장 서버 프로그램 및 PC와 모바일 활용 결과 확인 프로그램을 개발하였다. 각 센서를 통해 얻은 측정값들은 Wifi 모듈을 통해 관리 서버로 전달되고 실시간으로 데이터베이스 서버에 저장된다. 본 연구에서 수행한 4개월간의 측정 결과를 분석한 결과 LID 시설에 ICT 기술 적용의 안정성과 적용 가능성을 확인하였다. 실시간으로 측정된 값은 LID 시설의 기능 평가 및 유지관리 방안 도출을 위한 빅데이터 활용이 가능한 것으로 나타났다.

비결핵항산성균의 rpoB DNA 염기서열과 SSCP pattern 분석에 따른 Mycobacterium avium complex (MAC) 임상분리균주의 동정 (Identification of Mycobacterium avium complex (MAC) Clinical Strains to a Species Level by Sequencing and PCR-SSCP Analysis of rpoB DNA)

  • 김범준;이승현;이근화;박정규;최명식;김익상;최성배;황응수;차창룡;김상재;배길한;국윤호
    • 대한미생물학회지
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    • 제34권5호
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    • pp.491-500
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    • 1999
  • A recent study showed that comparative sequence analysis of rpoB DNAs could reveal natural relationships in genus Mycobacterium [J Clin Microbial. 37 (6). 1999]. rpoB DNAs showed interspecies variation and intraspecies conservation. Based on these data, we developed polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) protocols which enable species differentiation in genus Mycobacterium. When this assay was applied to 24 clinical isolates identified as M. avium complex (MAC) by biochemical test, these were successfully differentiated into M. avium and M. intracellulare. These results were concordant with those obtained by 16s rDNA analysis. It is the first report that PCR-SSCP analysis of rpoB DNA could be used for species differentiation of MAC strains.

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국내 일부 초등학교 바닥먼지 내 화학적 및 생물학적 유해인자의 분석 (Chemical and Microbiological Hazard Analysis of Floor-Settled Dust in Elementary School Classrooms in Korea)

  • 김지영;정세영;김수정;김진아;시지연;조연우;조경덕;고광표
    • 한국환경보건학회지
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    • 제37권4호
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    • pp.279-288
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    • 2011
  • Objectives: This study investigated the levels and components of floor-settled dust in two elementary schools located at different sites (one near the Shihwa industrial complex and the other in a rural area) in order to evaluate the amounts of trace metal elements (As, Cd, Co, Cr, Cu, Ni, Pb and Zn) and microorganisms. Methods: Over twenty settled-dust samples were collected from the two elementary schools. Trace metal elements were extracted from the dust using hydrochloric acid and nitric acid, and the amounts were measured by ICP-OES. Microbiological analysis was performed by bacterial culturing using R2A medium and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Results: The results showed that the amounts of three metal elements (Cr, Pb, and Zn) were significantly different between the schools (${\alpha}$=0.05, p<0.04). In addition, microbial communities in each school were highly correlated with one another. Among the identified microorganisms, a number of potentially opportunistic microorganisms, including antibiotic-resistant bacteria such as Acinetobacter baumannii, were found. Conclusions: This study will provide preliminary data for assessing levels and types of chemical and microbiological agents in elementary schools and for further evaluating human health risks associated with the agents.

세자리 리간드의 전이금속 착물에 대한 합성과 전위차 및 분광학적 확인 그리고 미생물학적 연구 (Synthesis, Potentiometric, Spectral Characterization and Microbial Studies of Transition Metal Complexes with Tridentate Ligand)

  • Jadhav, S.M.;Munde, A.S.;Shankarwar, S.G.;Patharkar, V.R.;Shelke, V.A.;Chondhekar, T.K.
    • 대한화학회지
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    • 제54권5호
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    • pp.515-522
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    • 2010
  • o-phenylene diamines, dehydroacetic acid (DHA) 및 p-chloro benzaldehyde에서 유도된 세자리 Schiff 염기 리간드인 4-hydroxy-3(1-{2-(benzylideneamino)-phenylimino}-ethyl)-6-methyl-2H-pyran-2-one (HL)의 Cu(II), Ni(II), Co(II), Mn(II) 및 Fe(III) 착물의 형성상수와 항미생물 활성과의 관계를 연구하였다.리간드와 착물은 원소분석, 전도도, 자기수자율, 열분석, X-선 회절, IR, $^1H$-NMR, UV-vis 및 질량 스펙트럼으로 특성조사를 하였다. 분석데이터로부터 착물들의 화학량론비가 1:2 (금속:리간드)임을 알았다. 금속 착물들의 몰 전도도 값은 이들의 비전해질 성질을 의미한다. X-선 회절 데이터에서 Ni(II) 착물은 단사정계 그리고 Cu(II) 및 Co(II) 착물은 삼사정계 결정계임을 규명하였다. IR 스펙트럼 데이터로부터 리간드는 중심금속에 대해 ONN 주개원자 배열의 세자리 리간드로 행동함을 알았다. 열적 행동 (TG/DTA)과 Coats-Redfern 법에 의해 계산한 반응속도 파라메터는 착물형성 과정에서 좀 더 질서 있는 활성화 상태를 제안하고 있다. 착물의 양성자화 상수를 THF:물 (60:40) 용액, $25^{\circ}C$ 및 이온세기 ${\mu}=0.1\;M$ ($NaClO_4$)에서 전위차법으로 측정하였다. Staphylococcus aureu 및 Escherichia coli.에 대한 항박테리아 활성을 시험관에서 조사하였다. 또한 Aspergillus Niger 및 Trichoderma에 대한 항세균 활성도 조사하였다. 금속 이온 및 착물의 안정도가 항미생물학적 활성에 미치는 영향을 고찰하였다.

사리장 처리에 의한 수지상세포의 성숙 유도 (Sarijang Enhances Maturation of Murine Bone Marrow-Derived Dendritic Cells)

  • 김성윤;한민호;박철;황혜진;최은아;최영현
    • 생명과학회지
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    • 제21권12호
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    • pp.1789-1794
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    • 2011
  • 수지상세포(DCs)는 항원을 섭취하여 말초조직에서 lymphoid 기관으로 이동하는 특화된 항원제시세포(APCs)로서 미성숙 T 세포를 자극함으로서 일차적 면역반응에 중심적인 역할을 하기 때문에 DC의 성숙에 대한 조절은 면역학적 치료 접근에 매우 중요한 부분이다. 본 연구에서는 서목태 발효 산물이 주 원료인 사리장에 의한 DC의 성숙 유도 가능성을 조사하기 위해 GM-CSF와 IL-4를 이용하여 골수 유래 수지상세포(BMDCs)를 대상으로 DC의 성숙에 관여하는 주요 인자들의 발현에 미치는 영향을 LPS 처리군과 비교하였다. 사리장은 처리농도 의존적으로 표면 수용체인 CD80 및 CD86의 발현을 증가시켰으나, CD80 발현 증가에 더 유의적이었다. 또한 사리장은 MHC I 보다 MHC II의 발현을 현저하게 증가시켰으며, 이러한 결과는 사리장이 DC의 성숙을 위한 적용에 매우 유의적으로 사용될 수 있을 가능성과 면역활성 효능을 가질 수 있음을 의미하는 것이다.

기생성 와편모류 Amoebophrya의 생리 생태적 특성과 적조 (Physiological Ecology of parasitic Dinoflagellate Amoebophrya and Harmful Algal Blooms)

  • 박명길
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제7권3호
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    • pp.181-194
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    • 2002
  • 기생은 공생하는 두 생물사이에 한쪽(기생생물)은 이득을 얻는 반면에 다른 한쪽(숙주)은 해를 입는 관계를 말한다. 이러한 기생관계가 생물학적으로 적조를 제어하기 위한 하나의 방법으로서 응용될 수 있으며, 특히 적조생물을 숙주로 하는 기생성 와편모류인 Amoebophrya spp.는 그 잠재력이 큰 것으로 오랫동안 주목받아 왔다. Amoebophrya spp.는 유독성 및 유해성 적조를 일으키는 종을 포함하여 24속 40여종 이상의 와편모류들을 감염시킬 수 있는 것으로 알려져 있다 기생성 와편모류 Amoebophrya는 포자(dinospore)의 분산 및 감염 단계,감염 후 숙주 세포내에서 성장단계 (trophont), 그리고 숙주 세포 밖의 생식단계(vermiform) 등의 간단한 생활사를 가지고 있다. 최근의 연구결과에 의하면, 분산 및 감염을 담당하는 dinospore는 각 숙주-기생생물 관계에 따라 감염능력, 생존능력 및 감염 성공률 등 서로 다른 생물학적 차별성을 보인다. 각 숙주기생생물 관계 기원 dinospores의 서로 다른 생물학적 특성, 교차 감염실험 및 분자생물학적 연구결과 등으로 보아 Amoebophrya ceratil가 숙주 특이성이 없는 단일종이라는 이전의 주장보다는 아마도 숙주 특이성을 갖고 있는 여러 분류군으로 구성된 종 복합체 (species complex)라는 가설이 타당하다. 숙주 와편모류들은 기생성 와편모류 Amoebophrya에 의해 일단 감염되고 나면 더 이상 성장하지 못하고 생식능력을 잃고 모두 사망하게 되는데, 이 감염 과정동안 해당 플랑크톤 생태계에 대한 영향은 다양하게 나타난다. 독립영양성 와편모류들이 감염될 경우 그들의 광합성 능력이 크게 영향을 받으며, 감염위치(핵 또는 세포질)에 따라서 영향받는 속도가 다르다. 이 기생성 와편모류에 의한 감염은 광주성 및 유영속도 등에 영향을 미쳐서 숙주 와편모류의 일주 수직이동 양상과 같은 동태에도 커다란 영향을 끼칠 수 있다. 기생성 와편모류의 감염으로 인한 숙주의 사망은 자연 사망할 때보다 시간적으로 더 빨리 숙주로부터 다량의 유기물이 방출되게 할 수 있을 뿐만 아니라, 기생생물에 의한 감염은 감염기간 동안에도 숙주로부터 상당한 양의 용존 유기물이 인위적으로 방출되게 할 가능성이 있다. 기생생물에 감염시에는 상대적으로 크기가 큰 숙주 와편모류의 생체량이 사망과 동시에 크기가 작은 수많은 포자들로 생물학적 전환이 일어나고, 이어서 이들 포자들은 섬모류 등의 포식자들에게 먹이로서 이용i소화될 수 있으므로, 숙주 와편모류가 지녔던 물질과 에너지가 미소생물고리내에서 보다 오랜기간 동안 머무를 수 있는 가능성이 더욱 커질 것으로 생각된다 다양한 숙주-기생생물 관계에 대하여 다양한 물리, 화학적 환경요인과 여타의 생물학적 요인들이 어떠한 영향을 미치는지에 대한 보다 심도있는 연구는 플랑크톤 생태학과 적조역학에서 기생성 와편모류의 역할을 보다 잘 이해하도록 하는데 기여할 것으로 기대된다.