• 생명과학회지
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• 제29권1호
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• pp.1-8
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• 2019

한우(한국 재래 소)에서 반수체형 페이징을 위한 고밀도 시퀀싱을 이용한 비교 분석 논문은 많지가 않다. 이런 고밀도 시퀀싱 플랫폼 중에서, 일루미나에서 서비스 하는 Truseq Synthetic Long-Read Haplotyping 시퀀싱 플랫폼(TSLRH)과 10X Genomics에서 서비스하는 The Chromium Genome 시퀀싱 플랫폼을 특별히 비교 분석하는 논문은 없다. 우리는 한우 연구소의 한우 종모우(아이디: TN1505D2184 or 27214)의 정액에서 DNA를 추출하였으며, 이 DNA로부터 각각의 시퀀싱 플랫폼을 이용하여 시퀀싱 데이터를 생산하였다. 그 후, 우리는 각각의 시퀀싱 플랫폼에 맞는 분석 방법을 이용하여 단일염기서열변이들은 찾아냈다. 그 결과, TSLRH과 10XG의 전체 리드 수는 각각 355,208,304, 1,632,772,004, 맵핑 리드의 개수는 351,992,768(99.09%), 1,526,641,824(93.50%), Q30(%)은 89.04%, 88.60%, 평균 밀도는 13.04X, 74.3X, 가장 긴 페이즈 블락은 1,982,706bp, 1,480,081 bp, N50 페이즈 블락은 57,637 bp, 114,394 bp, 전체 단일염기서열변이는 4,534,989, 8,496,813, 전체 페이징 비율은 72.29%, 87.67%였다. 더욱이, 우리는 각각의 시퀀싱 플랫폼을 비교해서 각각의 시퀀싱 플랫폼의 고유한 단일염기서열변이와 두 시퀀싱 플랫폼에서 공통적으로 존재하는 단일염기서열변이를 각 염색체 별로 확인하였으며, 단일염기서열변이의 개수는 염색체 길이에 정비례한다는 결과를 확인하였다. 결론적으로, 본 연구에서 추천하는 바는 연구비가 충분하지 않을 시에는 TSLRH 보다 10XG을 사용하는 것을 추천한다. 왜냐하면 전체 리드 및 단일염기서열변이 개수, N50 페이즈 블락, 가장 긴 페이즈 블락, 페이즈 비율 그리고 평균 밀도 등이 TSLRH 보다 10XG가 더 높거나 좋기 때문이다.

• 한국산림과학회지
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• 제32권1호
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• pp.73-86
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• 1976

무궁화의 종자(種字)에 colchicine처리(處理)를 실시(實施)하여 얻어진 18년생(年生)의 무궁화중 자주무궁화 2본(本)(선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1), 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(2))와 단심무궁화 1본(本)(선발4개체(選拔4個體)단심무궁화)을 선발(選拔)하고 그 특성(特性)을 조사(調査)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1) 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(2) 및 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화는 체세포염색체수(體細胞染色體數)가 2n=160개(個)이고 비교무궁화는 2n=80개(個)로써 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1) 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(2) 및 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화는 4배체(倍體)무궁화였다. 2. Diploid의 단심무궁화, 자주무궁화와 tetraploid의 단심무궁화, 자주무궁화의 엽(葉)의 과산화동위효소(過酸化同位酵素)가 고활성(高活性) band는 cathode측(側)에 편중(偏重)되고 있고 f band와 v band는 이들 무궁화의 기본(基本) band이며 그리고 효소변이(酵素變異)는 배수성(倍數性)과는 무관(無關)하다. 3. 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1)의 꽃은 비교(比較)자주무궁화에 비(比)하여 크고 농자색이있다. 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(2)는 꽃의 크기가 비교자주무궁화에 비(比)하여 증대(增大)되지 않았으나 색(色)이 농자색이었으며 꽃잎 기부(基部)에 있는 적단심(赤丹心)이 꽃잎길이의 $\frac{2}{3}$까지 확대되어 있었다. 그리고 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화의 꽃의 크기는 비교(比較)단심무궁화에 비(比)하여 크기가 증대(增大)되고 꽃잎의 기부(基部)에 있는 적색조맥(赤色條脈)이 꽃잎길이의 $\frac{2}{3}$까지 뻗어 있었다. 4. 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1), 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(2) 및 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화에서 잎의 두께 공변세포(孔邊細胞), 화분경(花粉徑), 섬유장(纖維長) 및 섬유폭(纖維幅)은 모두 비교(比較)무궁화에 비(比)하여 증대(增大)되었다. 5. 삽목활착율(揷木活着率)은 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1)이 80%, 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화가 36%이었으며 삽목묘(揷木苗)의 생장상황(生長狀況)은 2년생(年生)에서 선발4개체(選拔4個體)자주무궁화(1) 및 선발4개체(選拔4個體)단심무궁화 모두 비교(比較)무궁화보다 뒤떨어졌다.

• 식물분류학회지
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• 제35권3호
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• pp.161-174
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• 2005

한국산 반하속 식물의 종간 및 종내 집단간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였으며, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300 bp에서 2,500 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 7개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 70개의 유효한 polymorphic band makers를 확인하였고, Nei-Li의 유전적 거리지수를 이용하여 분석하였다. 또한 이러한 자료에 근거하여 종내 개체군 군집에 대한 UPGMA 유집분석 및 NJ tree를 도출하였다. 반하의 지역별 개체군 집단간에는 각각 낮은 유전적 거리지수 수준에서 유집되어 전반적으로 개체군간 유연관계가 밀접한 것으로 조사되었다. 반하는 지역별 개체군에 따라 잎의 형태와 꽃의 색에 따른 형태학적 변이 및 체세포염색체수의 세포학적 변이 패턴을 다양하게 보이고 있어 이는 생육지의 다양성에 의해 나타난 형질분화의 차이로 추정된다. 이런 특성은 반하의 분화속도를 빠르게 하는 주요 원인으로 판단된다. 본 연구를 통해 볼 때 새로운 종은 반하속에 속하는 분류군으로 제주도와 일본의 반하 개체군과 매우 가까운 유연관계를 형성하고 있는 것으로 밝혀졌다. RAPD 분석은 한국산 반하속 식물종의 종간 및 종내 개체군 집단간의 유연관계 파악에 매우 유용한 실험적 접근방법임을 보여주었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권3호
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• pp.193-200
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• 2009

본 연구는 한국재래돼지의 MC1R 유전자형을 결정하고 MC1R 유전자의 변이와 육질과의 연관성을 규명하기 위하여 실시하였다. 재래돼지의 MC1R 유전자형을 분석한 결과 중국재래돼지품종이 속하는 $E^{D1}$ 내에서도 0201형에 속하는 것으로 나타났으며 몇몇의 재래돼지에서는 $E^P$ 유전자형이 출현하였는데 이는 Berkshire 품종의 혼입으로 인한 것으로 사료된다. 흑색의 모색과 관련되어 있다고 보고된 Leu102Pro (T1132C) 변이를 재래돼지와 Yorkshire의 양방향 교배로 생산된 F2 집단의 171 두를 대상으로 분석하고 육질형질과의 연관성을 분석하였다. 모든 육질형질에 대하여 유의적인 효과를 나타내지 않았으며 이로써 돼지의 흑색모색과 육질과는 연관성이 없으며 다른 육질관련 유전자에 의해 영향을 받는다는 근거를 제공하였다. 또한 Duroc 품종에서 AA으로 고정되어 있어 다른 품종과의 구분 기준이 되는 Ala243Thr (G1554A) 변이를 이용하여 종돈검정소에서 출하된 Landrace, Yorkshire, Duroc, Berkshire 순종집단에 대한 유전자형 빈도를 조사하였으며 Berkshire를 제외한 나머지 품종에서 이형접합체가 일부 출현하였다.

• 한국가금학회지
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• 제41권3호
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• pp.191-196
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• 2014

가금 사육 프로그램에서 경제적으로 중요한 형질에 잠재적인 후보 유전자의 식별 및 활용은 점점 더 중요해지고 있다. Ovocalyxin-32(OCX-32) 유전자는 닭의 9번 염색체에 위치하며, 난각을 형성하는데 중요한 역할을 한다. 본 연구의 목적은 한국 재래닭의 OCX-32 유전자 내 SNP의 유전자형 결정과 산란 형질과의 연관성을 분석하기 위해 수행하였다. PCR-RFLP 방법을 통해 한국 오골계 46수, 백색 46수, 회색 43수, 흑색 46수를 포함한 총 181수의 한국 재래닭 암컷 4종의 SNP을 분석하였다. 산란 형질은 시산일령, 시산난중, 산란율, 난중의 4가지 항목을 포함하여 측정하였다. OCX-32 유전자 내 c.494A>C SNP은 오골계의 산란율과 유의적인 차이를 나타냈으며(p<0.001), 백색 재래닭에서는 난중과 유의적인 상관관계가 있었다(p<0.05). c.267T>G SNP은 오골계의 난중과 유의적인 연관성이 나타났다(p<0.05). 하지만 회색과 흑색 재래닭에서는 유의적인 상관관계가 나타나지 않았다. 본 연구 결과, 한국 재래닭의 사육 프로그램에서 산란형질을 선발하는 마커로 사용되기까지 추후 더 많은 개체군을 통한 연구가 요구되나, OCX-32 유전자 내 c.494A>C와 c.267T>G의 단일염기변이가 한국 재래닭 중 오골계와 백색 재래닭에서 산란 특성에 따른 DNA 선발 마커로서 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 아시안잔디학회지
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• 제25권1호
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• pp.17-21
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• 2011

기존 보고된 바에 의하면 한국 자생 버뮤다그래스는 군집 내에서 형태학, 생육 특성, 세포학적 특성에 대해 유전적으로 매우 다양한 변이를 보여주었다. 버뮤다그래스의 염색체 수와 핵 DNA 량에 따르면 배수성 수준의 범위가, 3배 체(2n=3x), 4배체(2n=4x), 5배체(2n=5x), 6배체(2n=6x)로 나타났었다. 본 연구에서는 한국에서 휴면이 유도되는저온과 짧은 일장에 대한 항산화효소(superoxide dismutase, catalase, peroxidase, ascorbate peroxidase)의 다양한 반응과 각 버뮤다그래스 세포형의 세포막 안정성을 조사하였다. 모든 항산화효소는 휴면 기간동안 높게 나타났으나, 과산화수소를 물과 산소 분자로 변환시키는 헴기를 함유한 카탈라제는 6배체 버뮤다그래스를 제외한 세 개의 세포형에서 휴면이 개시되기 전에 활성화되었다. 상대적으로 세엽이며 생육속도가 빠른3배체와 4배체는 superoxide dismutase와 peroxidase 효소의 활성이 증가됨을 확인하였다. 수산기를 가진 라디칼에 의해 손상을 받은 세포막에서 지질과산화의 산물인 말론디알데히드(MDA)는 온도가 감소함에 따라 모든 세포형에서 증가되었고, 방어적인 항산화효소를 더 갖고 있는 3배체와 4배체는 MDA 생산이 현저하게 더 낮게 나타났다. 전해질 유출은 5배체와 6배체에서 더 높았던 것과 유사하게, 저온이 적용될 때 외견상으로 세포막에 더 손상을 받는 것 같았다. 실험 결과, 서로 다른 세포형(cytotype)의 항산화 반응은 유전적으로 특이적이며, 이는 버뮤다그래스에서 저온 저항성과의 연관성을 분자 수준에서 더 연구하는 것이 필요하다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제30권7호
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• pp.701-707
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• 1997

그동안 폐암의 발생에 관여하는 여러가지 유전자의 이상이 보고되어 왔으나 모든 종류의 폐암에서 보이는 비억제적 성장(unconkolle6 growth)을 대변할 수 있는 유전자적 종양 표시자(molecular tumor marker)는 보고된 바 없었다. 최근 유전자(chromosome)의 말단부에 위치한 특이한 구조인 telomere가 세포의 노화나 증식정도 (proliferative activity)에 따라 그 구조, 특히 TrAGGG 반복 구조가 변한다는 것이 알려진 바 있다. 따라서 telomere의 반복 구조를 만드는 효소인 telomerase의 활성도는 대상 세포의 증식 상황이나 증식 가능성을 나타내는 표시 자로서의 기능이 있다고 추정된다. 따라서 이는 종양의 진단은 물론 대상 환자의 향후 예후를 판 단하는 데도 좋은 지표로 이용될 수 있다. 12개의 다양한 비소세포폐암 세포주와 수술로 적출된 41명의 비세포계암 환자의 종양 조직에 대해 nROolymerase chain reaction)을 기초로 한 TRAP assay를 이용하여 telomeiase활성도를 측정하였다. 대조군으로는 동시에 적출된, 종양으로부터 가장 먼 위치의 정상 폐조직을 이용하였다. 12개 전 종양 세포주는 물론 대부분의 종양 조직(94%)에서, 성별, 연령, 세포 병리학적 subtype, 암기(stage) 등과 관련이 언이, telomerase의 활성도가 측정되었으며 정상이라고 간주된 조직에서는 5명으로 부터 채취한 조직에서만 미약하게 telomerase활성도가 관찰되었다. 예후에 연관지어 telomerase활성도의 의미는 telmerase활성도가 보이지 않는 종글이 극히 적었고 또한 추적 관찰 기간이 짧아 판정할 수 없었다. Telomere의 길이의 변화는의미를 판정키 어려웠다. 이상의 결과는 비소세포폐암에 있어 telomerase활성도의 변화가 암발생에 아주 중요한 과정일 수 있다는 추정을 가능하게 하며 telomerase활성도의 측정이 종양의 진 단에 유용하게 이용될 수 있음을 확인시켜 주는 것이라 사료된다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.321-321
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• 2017

Water availability in rainfed lowlands (RFL) is strongly affected by climate change. In RFL, rice plants are exposed to soil moisture fluctuations (SMF) but rarely to simple progressive drought as widely believed. Typical RFL field is characterized by a about 5-cm thick high bulk density hardpan layer underneath the cultivated layer at about 20 cm depth that impedes deep root development. Root system has the ability to develop in response to changes in SMF, known as phenotypic plasticity. We hypothesized that genotypes that can adapt to RFL have root plasticity. The roots can sharply respond to re-wetting after drought period and thus penetrate the hardpan layer when the hardpan is wet and so becomes relatively soft, and thus access water under the hardpan. This study aimed to identify CSSLs derived from a cross between Sasanishiki and Habataki which adapted to such RFL conditions. We used 39 CSSLs together with the parent Sasanishiki, which were grown in hydroponics and pot under transient soil moisture stresses (drought and then rewatering), and compared with continuously well-watered (WW) (control) up to 14 days after sowing (DAS), and 20 DAS, respectively. Based on the results of hydroponics and pot experiments, we selected a few lines, which were grown in the soil-filled rootbox with artificial hardpan layer and without artificial hardpan. For the rootbox without artificial hardpan, plants were grown under WW and transient soil moisture stresses for 49 DAS. While the rootbox with artificial hardpan, the plants were grown under WW (control) and SMF (WW up to 21 DAS, 1st drought (22-36 DAS), rewatering (37-44 DAS), and followed by 2nd drought (45-58 DAS)). Among the 39 CSSLs, only CSSL439 (SL39) consistently showed significantly higher shoot dry weight (SDW) than Sasanishiki under transient soil moisture stress conditions as well as SMF conditions in all the experiments. Furthermore, under WW, SL39 consistently showed no significant differences from Sasanishiki in shoot and root growth in most of traits examined. SL39 showed significantly greater total root length (TRL) than Sasanishiki under transient soil moisture stress, which is considered as phenotypic plasticity in response to rewatering after drought period. Such plastic root development was the key trait that effectively contributed to root elongation and branching during the rewatering period and consequently enhanced the root to penetrate hardpan layer when the soil penetration resistance at hardpan layer reduced. In addition, using the rootbox with artificial hardpan layer ($1.7g\;cm^{-3}$, heavily compacted), SL39 showed greater root system development than Sasanishiki under SMF, which was expressed in its significantly higher TRL, total nodal RL, and total lateral RL at hardpan layer as well as at below the hardpan layer. These results prove that SL39 has plasticity that enables its root systems to penetrate hardpan layer in response to rewatering. Under SMF, such root plasticity contributed to its higher gs and Pn.

• 식물조직배양학회지
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• 제22권6호
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• pp.317-322
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• 1995

속간교잡에 의한 신품종 육성을 위한 기초 연구로서 유자와 탱자를 정역교잡한 후 배주배양하였고, 자웅배우체 형성 및 수정현상을 조사하였다. 속간교잡의 결과율은 유자$\times$탱자가 16.6%, 탱자$\times$유자는 11.7%이었다. 수분후 6주된 배주를 MT 기본배지에 Zeatin 0.5 mg/L에 NAA 1 또는 3.0 mg/L에 배양했을 때 callus형성율이 높았지만, 14~15주된 배주를 2,4-D 0.1 mg/L 또는 0.5 mg/L이 첨가된 배지에 배양했을 때는 식물체 유기가 잘 되었다. 20주된 배주배양시 발아율은 유자 $\times$ 탱자의 경우 54.5%, 행자 $\times$ 유자는 48.6%이었다. F$_1$식물의 삼엽형 출현율은 유자$\times$탱자는 56.7%, 탱자$\times$유자는 100%이었다. 유자와 행자의 염색체수는 모두 n=9 (2n=18)이었고 화분립의 크기는 각각 33.75 $\mu$, 25.0 $\mu$이었다. 유자와 탱자 배낭의 길이와 폭은 69.38~79.23 $\mu$, 27.50~38.56 $\mu$, 난세포의 길이와 폭은 17.50~41.50 $\mu$, 6.25~8.12 $\mu$이었다. 수분 후 72시간이면 수정이 끝났다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권1호
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• pp.43-50
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• 2016

Quantitative trait locus (QTL) is a particular region of the genome containing one or more genes associated with economically important quantitative traits. This study was conducted to identify QTL regions for body weight and growth traits in purebred Korean native chicken (KNC). F1 samples (n = 595) were genotyped using 127 microsatellite markers and 8 single nucleotide polymorphisms that covered 2,616.1 centi Morgan (cM) of map length for 26 autosomal linkage groups. Body weight traits were measured every 2 weeks from hatch to 20 weeks of age. Weight of half carcass was also collected together with growth rate. A multipoint variance component linkage approach was used to identify QTLs for the body weight traits. Two significant QTLs for growth were identified on chicken chromosome 3 (GGA3) for growth 16 to18 weeks (logarithm of the odds [LOD] = 3.24, Nominal p value = 0.0001) and GGA4 for growth 6 to 8 weeks (LOD = 2.88, Nominal p value = 0.0003). Additionally, one significant QTL and three suggestive QTLs were detected for body weight traits in KNC; significant QTL for body weight at 4 weeks (LOD = 2.52, nominal p value = 0.0007) and suggestive QTL for 8 weeks (LOD = 1.96, Nominal p value = 0.0027) were detected on GGA4; QTLs were also detected for two different body weight traits: body weight at 16 weeks on GGA3 and body weight at 18 weeks on GGA19. Additionally, two suggestive QTLs for carcass weight were detected at 0 and 70 cM on GGA19. In conclusion, the current study identified several significant and suggestive QTLs that affect growth related traits in a unique resource pedigree in purebred KNC. This information will contribute to improving the body weight traits in native chicken breeds, especially for the Asian native chicken breeds.