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The Use of the Internal Transcribed Spacer Region for Phylogenetic Analysis of the Microsporidian Parasite Enterocytozoon hepatopenaei Infecting Whiteleg Shrimp (Penaeus vannamei) and for the Development of a Nested PCR as Its Diagnostic Tool

  • Ju Hee Lee;Hye Jin Jeon;Sangsu Seo;Chorong Lee;Bumkeun Kim;Dong-Mi Kwak;Man Hee Rhee;Patharapol Piamsomboon;Yani Lestari Nuraini;Chang Uook Je;Seon Young Park;Ji Hyung Kim;Jee Eun Han
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제34권5호
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    • pp.1146-1153
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    • 2024
  • The increasing economic losses associated with growth retardation caused by Enterocytozoon hepatopenaei (EHP), a microsporidian parasite infecting penaeid shrimp, require effective monitoring. The internal transcribed spacer (ITS)-1 region, the non-coding region of ribosomal clusters between 18S and 5.8S rRNA genes, is widely used in phylogenetic studies due to its high variability. In this study, the ITS-1 region sequence (~600-bp) of EHP was first identified, and primers for a polymerase chain reaction (PCR) assay targeting that sequence were designed. A newly developed nested-PCR method successfully detected the EHP in various shrimp (Penaeus vannamei and P. monodon) and related samples, including water and feces collected from Indonesia, Thailand, South Korea, India, and Malaysia. The primers did not cross-react with other hosts and pathogens, and this PCR assay is more sensitive than existing PCR detection methods targeting the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) and spore wall protein (SWP) genes. Phylogenetic analysis based on the ITS-1 sequences indicated that the Indonesian strain was distinct (86.2% nucleotide sequence identity) from other strains collected from Thailand and South Korea, and also showed the internal diversity among Thailand (N = 7, divided into four branches) and South Korean (N = 5, divided into two branches) samples. The results revealed the ability of the ITS-1 region to determine the genetic diversity of EHP from different geographical origins.

Development and Validation of an SNP Marker for Identifying Xanthomonas oryzae pv. oryzae Thai Isolates That Break xa5-Mediated Bacterial Blight Resistance in Rice

  • Tebogo Balone;Ananda Nuryadi Pratama;Werapat Chansongkram;Thanita Boonsrangsom;Kawee Sujipuli;Kumrop Ratanasut
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제40권5호
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    • pp.451-462
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    • 2024
  • Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is a pathogenic bacterium responsible for bacterial blight (BB) disease in rice, primarily mediated by the interaction between the plant and pathogen. The virulence mechanism involves the activation of the Sugars Will Eventually be Exported Transporter (SWEET) gene family in rice by transcription activator-like effectors derived from Xoo. The BB resistance gene xa5 has been identified as one of the most effective genes against Thai Xoo isolates, but xa5-mediated resistance-breaking Xoo strains have emerged. This study aimed to develop a single nucleotide polymorphism (SNP) marker for precise identification of xa5-mediated resistance-breaking Xoo. Comparative genomics of Thai Xoo isolates Xoo16PK001 and Xoo16PK002, which were incompatible and compatible with rice variety IRBB5 carrying xa5, respectively, identified eight SNP positions for the development of an SNP marker. The SNP marker XooE6 yields a specific 1,143 bp PCR product unique to Xoo16PK002. Screening 61 Thai isolates using XooE6 identified two positives: Xoo20PL010 and Xoo20UT002. Inoculation tests on rice varieties IRBB5 and IRBB13 demonstrated compatibility with IRBB5 and incompatibility with IRBB13, which bears Xa5 and xa13. Xoo16PK001 (XooE6-negative) showed different virulence. Inoculation on IRBB21 harboring Xa5, Xa13, and Xa21 resulted in partial resistance to both XooE6-positive and -negative strains. XooE6-positive strains up-regulated SWEET11 and suppressed SWEET14 in IRBB5, while Xoo16PK001 slightly induced SWEET11 but activated SWEET14 in IRBB13. This highlights the potential of XooE6 to identify xa5-mediated resistance-breaking Xoo strains and elucidate their pathogenic mechanisms through the upregulation of SWEET11.

A Novel Human BTB-kelch Protein KLHL31, Strongly Expressed in Muscle and Heart, Inhibits Transcriptional Activities of TRE and SRE

  • Yu, Weishi;Li, Yongqing;Zhou, Xijin;Deng, Yun;Wang, Zequn;Yuan, Wuzhou;Li, Dali;Zhu, Chuanbing;Zhao, Xueying;Mo, Xiaoyang;Huang, Wen;Luo, Na;Yan, Yan;Ocorr, Karen;Bodmer, Rolf;Wang, Yuequn;Wu, Xiushan
    • Molecules and Cells
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    • 제26권5호
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    • pp.443-453
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    • 2008
  • The Bric-a-brac, Tramtrack, Broad-complex (BTB) domain is a protein-protein interaction domain that is found in many zinc finger transcription factors. BTB containing proteins play important roles in a variety of cellular functions including regulation of transcription, regulation of the cytoskeleton, protein ubiquitination, angiogenesis, and apoptosis. Here, we report the cloning and characterization of a novel human gene, KLHL31, from a human embryonic heart cDNA library. The cDNA of KLHL31 is 5743 bp long, encoding a protein product of 634 amino acids containing a BTB domain. The protein is highly conserved across different species. Western blot analysis indicates that the KLHL31 protein is abundantly expressed in both embryonic skeletal and heart tissue. In COS-7 cells, KLHL31 proteins are localized to both the nucleus and the cytoplasm. In primary cultures of nascent mouse cardiomyocytes, the majority of endogenous KLHL31 proteins are localized to the cytoplasm. KLHL31 acts as a transcription repressor when fused to GAL4 DNA-binding domain and deletion analysis indicates that the BTB domain is the main region responsible for this repression. Overexpression of KLHL31 in COS-7 cells inhibits the transcriptional activities of both the TPA-response element (TRE) and serum response element (SRE). KLHL31 also significantly reduces JNK activation leading to decreased phosphorylation and protein levels of the JNK target c-Jun in both COS-7 and Hela cells. These results suggest that KLHL31 protein may act as a new transcriptional repressor in MAPK/JNK signaling pathway to regulate cellular functions.

GC-MS 를 이용한 하천수 중 Bisphenol계 화합물의 동시분석 및 모니터링 (Simultaneous Determination and Monitoring of Bisphenols in River Water using Gas Chromatography-Mass Spectrometry)

  • 김지현;최정희;강태우;강태구;황순홍;심재한
    • 한국환경농학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.154-160
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    • 2017
  • 본 연구는 하천수 중 bisphenol계 화합물 종 6 (BPA, BPB, BPC, BPE, BPF, BPS)을 동시분석하기 위하여 GC-MS를 이용하였다. 또한 최적의 전처리 방법을 확립하고자 SPE 및 LLE법을 이용하여 표준시료로부터 검량선의 직선성, MDL, LOQ, 정확도 및 정밀도를 비교하였다. SPE 및 LLE 전처리 방법에 의한 MDL은 각각 $0.0005{\sim}0.0234{\mu}g/L$$0.0037{\sim}0.2034{\mu}g/L$, LOQ는 각각 $0.0015{\sim}0.0744{\mu}g/L$$0.0117{\sim}0.6477{\mu}g/L$, 검량선의 결정계수($r^2$)는 모두 0.9969이상 정확도는 각각 93.2~108%와 97.4~120%, 정밀도는 각각 1.7~4.6%와 0.7~6.5%범위로 만족한 정도관리 결과를 얻었다. 하지만 SPE법에 의한 MDL 및 LOQ 값은 LLE법보다 약 4~45배 정도 높은 감도를 보였고, 특히 BPA의 경우는 다른 화합물들보다 45배 정도 높았다. 따라서, 본 연구에서는 SPE법을 적용하여 하천수 시료를 분석하였고, 조사지점은 본류 7개, 지류 6개, 하수종말처리장 2개 지점을 선정하였다. Bisphenol계 화합물 중에서 BPB, BPC, BPE, BPF 및 BPS는 모두 불검출 되었으나, BPA 농도는 $0.0095{\sim}0.2583{\mu}g/L$ 범위로 본류 $0.0166{\sim}0.0810{\mu}g/L$, 지류 $0.0095{\sim}0.2583{\mu}g/L$, 하수종말처리장$0.0352{\sim}0.1217{\mu}g/L$으로 미량 수준이었다.

토론을 강조한 MBL실험수업에서 리더 유형에 따른 언어적 상호작용 특성 (Characteristics of Verbal Interactions According to the Leader Style in MBL Experiment Class in Which Discussion was Emphasized)

  • 구양삼;박금홍;신애경;최병순;이국행
    • 대한화학회지
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    • 제50권6호
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    • pp.494-505
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    • 2006
  • 이 연구에서는 중학교 1학년을 대상으로 리더유형에 따라 포용적, 설득적, 배타적, 리더부재 모둠으로 편성한 후 MBL실험수업에서 나타난 학생들의 언어적 상호작용을 분석하였다. 상호작용 전체 빈도는 포용적 리더가 있는 모둠이 가장 높았고 설득적, 배타적, 리더 부재 모둠 순으로 나타났다. 인지적 측면의 질문, 응답, 의견제시, 의견받기와 관련된 상호작용 빈도는 포용적 리더가 있는 모둠에서 가장 높았으나, 정의적 측면의 행동참여와 분위기조절에 관련된 상호작용빈도는 배타적 리더가 있는 모둠에서 가장 높았다. 리더 유형에 따라 모둠내 언어적 상호작용은 매우 다른 양상을 보였는데, 그 특성을 분석한 결과, 포용적 리더가 있는 모둠은 토론활동의 분위기가 매우 허용적 이었으며, 모둠 구성원들이 활발하게 토론활동에 참여하였고, 모둠에 대한 소속감과 자부심을 나타내기도 하였다. 설득적 리더가 있는 모둠은 실험 및 토론활동을 리더학생이 주도하였고, 동료학생들은 리더에게 도전하는 일은 거의 일어나지 않았으며 오히려 의지하는 경향을 보였다. 배타적 리더가 있는 모둠의 경우는 리더와 동료들의 관계가 원만하지 않아 불만, 무시 등이 여과 없이 표현되었고, 리더 학생이 성취도가 낮은 동료들을 배려하지 못함으로서 활발한 토론활동을 하는데 장애요인이 되었다. 리더 부재 모둠의 경우, 토론활동의 내용이 마치 단답형 대화처럼 짧고, 단순하였다. 또한 동료들끼리의 질문에 대해서도 불명확한 대답이 많았고, 가끔씩 대화가 중단되기도 하였다.

한우 황체세포의 Progesterone 및 IGF-I 분비에 대한 비장세포의 역할 (Roles of Spleen Cells in the Regulation of Progesterone and IGF -I Secretion in the Hanwoo Luteal Cells)

  • 성환후;민관식;박진기;박성재;양병철;이장형;장원경
    • 한국가축번식학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.105-111
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    • 1999
  • 본 연구는 한우 난소의 황체세포를 분리ㆍ체외배양하여 progesterone 과 IGF-I 분비기능에 대한 비장세포의 첨가효과를 검토하여 난소기능에 대한 기초정보를 제공하는데 있다. 도축장에서 도축되는 한우 난소로부터 황체를 분리ㆍ효소처리하여 LLC 와 SLC (1$\times$$10^{6}$ cells/$m\ell$)를 회수하였으며 10% FCS와 antibiotic가 첨가된 D-MEM 배양액에 24 시간 체외배양하였다. 비장세포는 성숙한 거세한우의 비장에서 회수하여 5%, 10% 및 20%를 황체세포에 각각 첨가하여 공배양하였다. 황체일령별 조직내 progesterone 농도는 발정주기 중 중기황체 (CL-3)가 유의적으로 높았다. 비장세포를 5%, 10% 및 20%를 각각 황체세포에 첨가하여 배양한 결과, 배양액 중의 progesterone 농도는 대조구에 비해 유의적인 차이가 발견되지 않았으나 LH(100ng/$m\ell$) 첨가구와 비장세포 5%, 10%, 20% 첨가와 함께 LH 를 각각 공배양구에서 대조구(LH+BP)에 비해 유의적 (p<0.05)으로 높은 progesterone 분비를 나타내었다. 한편, 황체세포의 체외배양에 있어서 IGF-I은 일정하게 분비하였으나 비장세포와 LH+비장세포 5%, 10% 및 20%와의 공배양은 대조구에 비해 큰 차이가 없었으나 LH 단독처리구만이 대조구에 비해 유의적으로 (p<0.05) 높은 수준을 보였다. 이상의 결과로, 비장세포는 황체세포에 작용하여 LH 의 progesterone 분비기능을 촉진시킴으로서 황체세포의 progesterone 분비를 촉진하는 기능이 있으나 IGF-I의 분비기능은 없는 것으로 사료된다.

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질산으로 표면처리한 대나무 활성탄을 첨가한 폴리술폰 담체의 세슘제거 효율 규명 (The Cesium Removal Using a Polysulfone Carrier Containing Nitric Acid-treated Bamboo Charcoal)

  • ;김선희;탁현지;김경태;이민희
    • 자원환경지질
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    • 제53권5호
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    • pp.529-542
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    • 2020
  • 질산으로 표면 처리한 대나무 활성탄을 소량 첨가한 구형의 폴리술폰 담체(직경 3 - 5 mm)를 제조한 후, 세슘(Cesium: Cs) 오염수를 대상으로 다양한 실내 실험을 수행하여 담체의 세슘 흡착 특성과 Cs 제거효율을 규명하였다. 배치실험 결과, 질산처리한 대나무 활성탄 5%를 첨가하여 제조한 폴리술폰 담체(P-5NBC)는 수 시간 내에 흡착평형에 도달하였고, 1시간 흡착시간 동안 57.8%의 Cs 제거효율을 나타내었다. 흡착시간이 24시간인 경우에는 오염수의 온도와 pH가 비교적 넓은 범위에서도 P-5NBC의 Cs 제거효율이 69%이상을 유지하여, 다양한 수환경 조건에서 Cs 제거를 위해 적용이 가능할 것으로 판단되었다. 토양과 지하수에 서식하는 대표 미생물종인 Pseudomonas fluorescens와 Bacillus drentensis를 배양하여 P-5NBC 표면에 도포한 경우, 미생물을 도포하지 않은 기존 P-5NBC보다 Cs 제거효율은 각각 19%와 18% 증가하였다. P-5NBC의 평균 Cs 탈착율은 16% 이하를 나타내어, Cs가 폴리술폰 담체에 포함된 질산처리한 대나무 활성탄에 안정적으로 결합하고 있었다. 두 종류의 미생물로 도포한 P-5NBC로 충진하여 연속 칼럼실험을 수행한 결과, 100 공극체적량을 처리하는 동안 Cs 제거효율은 80%이상을 유지하였으며, 이러한 결과는 14.7 g의 P-5NBC 만으로(담체 내 순수 대나무 활성탄량: 0.75 g) 7.2 L의 오염수 (오염수 초기 Cs 농도: 1 mg/L; 처리수 Cs 농도: < 0.2 mg/L)를 성공적으로 처리하였음을 의미한다. 1시간 동안 반응시킨 Cs 흡착 배치실험 결과를 대표적인 Langmuir 흡착등온선에 도시한 결과, P-5NBC의 최대 Cs 흡착농도(qm: mg/g)값은 60.9 mg/g으로, 기존 선행 연구들에서 사용한 다른 흡착제들보다 높았다. 본 연구를 통하여 소량의 P-5NBC 구형 담체를 이용하여 다양한 수환경에서 Cs를 성공적으로 제거할 수 있을 것으로 기대한다.

과열증기와 초고압 처리법을 적용한 간장 소스의 냉장저장 중 품질 특성 변화 (Changes in Quality Characteristics of Seasoned Soy Sauce Treated with Superheated Steam and High Hydrostatic Pressure during Cold Storage)

  • 최윤;오지혜;배인영;조은경;권대중;박혜원;윤선
    • 한국식품조리과학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.387-398
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    • 2013
  • 본 연구에서는 한식에서 활용도가 높은 간장 소스를 생산할 때 새로운 가공 기술인 과열증기와 초고압 기술을 적용해보고, 저장기간 동안($5^{\circ}C$, 30일) 그 품질의 변화를 비교 하였다. 소스 제조에 앞서 사과, 양파, 마늘을 과열증기로 전처리하였으며, 그 결과 저장기간(0,7일)동안 PPO의 활성이 억제되고 색과 BP의 변화가 거의 없음을 확인하였고, 관능적으로 색, 향, 맛, 질감 및 전체적인 기호도도 우수한 것으로 나타났다. 이후 과열증기로 전처리한 재료를 첨가하여 간장소스를 제조하였고 열 또는 초고압을 이용하여 살균처리 하였다. 저장기간(0,7,14,30일) 동안 소스의 품질 특성을 분석한 결과, 살균방법에 따라 염도, 당도, pH에는 큰 차이가 없었다. 색도 측정 시 과열증기로 전처리하지 않은 재료를 첨가한 간장 소스에 비해 과열증기로 전처리한 재료를 첨가한 간장 소스에서 L값이 유의적으로 높았으며, 특히 살균 방법에 따라서는 초고압 처리한 경우 L값이 높게 유지되었다. 일반 세균은 열 또는 초고압 살균 시 저장기간 동안 4 log CFU/g 이하를 유지하고 있었으며, 대장균 과 B. cereus는 모든 군에서 검출되지 않았다. 소스의 점도는 열 또는 초고압 살균한 군에서 저장기간 동안 유지되었으며, 살균하지 않은 군은 점차 감소하였다. 간장 소스를 이용하여 만든 불고기의 관능검사 결과, 과열증기 전처리와 초고압 살균을 병행한 군에서 색, 향, 전체적인 기호도가 유의적으로 높게 평가되었으며, 짠 맛과 단 맛은 처리방법에 따라 큰 차이를 보이지 않았다. 즉, 사과, 양파, 마늘을 과열증기로 전처리한 후 간장 소스를 제조하고, 소스 살균을 위해 비가열 살균 방법인 초고압으로 처리했을 때 냉장 저장 중 품질 특성이 가장 좋은 것으로 나타났다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 냉장 유통 간장 소스 제조 시 품질이 유지되고 관능적으로 우수하며, 위생적으로 안전한 소스를 생산하기 위해 과열증기와 초고압 기술이 적용될 수 있을 것으로 사료된다.

개에서 Medetomidine과 Midazolam 병용 투여 시 Glycopyrrolate가 심맥관계에 미치는 영향 (Effect of Glycopyrrolate on Cardiovascular System in Dogs Sedated with Medetomidine-Midazolam Combination)

  • 한대경;신범준;이재연;지현철;박지영;김명철;정성목
    • 한국임상수의학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.317-323
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    • 2009
  • 이 연구는 혈관 내로 medetomidine (20 ${\mu}g$/kg)을 투여하고, 근육 내로 midazolam (0.3 mg/kg)을 투여한 개에서 혈관 내로 glycopyrroate를 투여하였을 때 심혈관계와 호흡기계에 미치는 영향을 평가하기 위해 실시하였다. 임상적으로 건강한 16마리의 중성화 하지 않은 비글견 (BW: 평균 8.35 kg)이 사용되었다. 혈관 내로 medetomidine과 근육내로 midazolam을 투여하기 전에 glycopyrrolate를 5 ${\mu}g$/kg (Gly-5), 10 ${\mu}g$/kg (Gly-10), 또는 20 ${\mu}g$/kg (Gly-20)의 용량으로 혈관 내로 투여하고, 대조군은 생리식염수를 혈관 내로 투여하였다. 심박수, 혈압(수축기 동맥압, 이완기 동맥압, 평균 동맥압), 우심방 동맥압, 폐동맥압, 폐동맥 쐐기압, 호흡수, 일회호흡량, 호기말 이산화탄소 분압을 환축감시기를 통해 직접 측정하였다. 심박출량을 측정하고, 계산공식으로 심박출계수, 일회심박출지수, 전신혈관 저항, 폐혈관 저항을 산출했다. 동맥혈을 채취하여 동맥혈 가스를 분석기로 분석하였다. Medetomidine/midazolam병용 투여의 부작용으로 심혈관계에서 서맥이 나타나고, 심박출량 감소와 전신혈관저항, 우심방압, 폐동맥 쐐기압은 증가 현상을 보였다. 서맥은 glycopyrrolate를 투여한 군에서는 나타나지 않았다. 그러나 Gly-10, Gly-20군에서는 빈맥이 관찰되었다. 전반적으로 glycopyrrolate를 투여한 군에서는 혈압은 상승하였으나, Gly-5 군의 경우 대조군과 유의적인 차이는 없었다. 심박출량 지수는 Gly-20군을 제외한 모든 군에서 medetomidine/ midazolam병용 투여 10분과 20분에 큰 차이는 보이지 않았다. 이상의 결과로 medetomidine/midazolam병용 투여는 빠르고 만족할 만한 진정을 보여주나, 현저한 심혈관 부작용이 관찰되고 혈관 내로 glycopyrrolate를 투여에 의해서도 큰 역전을 보이지 않는다. 이러한 결과로 medetomidine/midazolam병용 투여는 심폐기능 변화에 적응할 수 있는 건강한 개에서만 고려될 수 있는 방법이라고 생각된다.

제대혈에서 아디포넥틴, 렙틴, 인슐린, IGF-I, IGFBP-3와 신생아의 신체계측과의 상관관계 (The relationship between adiponectin, leptin, insulin, insulin-like growth factor and IGF binding protein-3 in cord blood and neonatal anthropometric parameters)

  • 조혜정;김지영;김미진;황일태;이혜란
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제51권7호
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    • pp.722-728
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    • 2008
  • 목 적 : 건강한 만삭아의 제대혈에서 아디포넥틴, 렙틴, 인슐린, IGF-I, IGFBP-3를 측정하여 출생체중, 신장, 지방량과의 관계를 알아보고자 하였다. 또한 적정 체중아 그룹에서 이 호르몬들의 출생후 1개월 동안 변화에 대해서 살펴보기로 하였다. 방 법 : 임신과 관련된 합병증이 없었던 산모에서 태어난 200명의 건강한 만삭아(남아 109명, 여아 91명)를 대상으로 하여 제대혈을 채취하여 혈장과 혈청을 분리하였고 출생체중, 출생신장, 머리둘레, 가슴둘레, 피부두께를 측정하였으며 폰더랄지수를 계산하였다. 대상 신생아들을 출생체중에 따라 AGA (n=132), SGA (n=29), LGA (n=39)의 세 그룹으로 나누었다. 적정체중아 중 15명에서 생후 3일, 7일, 30일에 신생아의 혈액을 채취하여 제대혈과 같은 방법으로 분리하였고 체중과 신장을 측정하였다. 결 과 : 아디포넥틴과 인슐린, IGF-I은 AGA, LGA군보다 SGA군에서 더 낮았다. 렙틴은 AGA, SGA군보다 LGA군에서 더 높았다. 아디포넥틴과 렙틴, 인슐린, IGF-I, IGFBP-3는 출생체중과 피부두께의 합과 양의 상관관계에 있었다. 출생 시 신장과 양의 상관관계를 보인 호르몬은 아디포넥틴, 렙틴, IGF-I이었다. 아디포넥틴은 렙틴과 양의 상관관계를 보였으나 인슐린, IGF-I, IGFBP-3와는 상관관계가 없었다. IGF-I은 남아보다 여아에서 더 높은 수치를 보였다. 출생 후 1개월 동안 렙틴은 생후 7일까지는 생리적 체중감소와 더불어 감소하다가 그 후 증가하였고 IGF-I 또한 생후 3일에 감소하다가 1개월 후 급격한 증가를 보였다. 결 론 : 아디포넥틴과 렙틴, 인슐린, IGF-I, IGFBP-3 모두 태아의 성장에 중요한 역할을 하며, 아디포넥틴은 인슐린, IGF-I 축과는 다른 기전으로 태아의 성장을 조절한다고 생각할 수 있었다. IGF-I은 남아에서보다 여아에서 더 높은 수치를 보여서 IGF-I의 성별간의 차이가 자궁 내에서도 존재하였다. 생후 1개월 동안의 성장에 다른 호르몬보다 IGF-I 이 더 중요한 역할을 한다는 사실을 알 수 있었다.