• 농업과학연구
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• 제45권4호
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• pp.583-590
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• 2018

Genus Typha L. (Typhaceae; Cattail in common) is one of the hydrophytic plants found in semi-aquatic regions. About nine to 18 species of the genus exist all over the world. In Korea, the most commonly found cattail species are T. laxmanni and T. angustifolia. The aim of this study was to prepare a cDNA library and sequences and analyze expressed sequence tags (ESTs) from these species, T. laxmanni and T. angustifolia. In the case of T. laxmanni, we observed that 715 out of 742 ESTs had high quality sequences, whereas the remaining 27 ESTs were low quality sequences. In this study, we identified 77 contigs, 393 unassembled clones and 65.7% singletons. Furthermore, in the case of T. angustifolia, we recorded 992 high quality EST sequences, and by excluding 28 low quality sequences from among them, we retrieved 120 contigs, 348 unassembled clones and 48.9% singletons. The basic local alignment search tool (BLAST) and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) database results enabled us to identify the functional categories, i.e., molecular function (16.5%), biological process (22.2%) and cellular components (61.3%). In addition, between these two species, the no hits and anonymous genes were 4.2% and 11.7% and 6.2% and 11.2% in T. laxmanni and T. angustifolia, respectively, based on the BLAST results. The study concluded that they have certain species-specific genes. Hence, the results of this study on these two species could be a valuable resource for further studies.

• 생명과학회지
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• 제28권3호
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• pp.300-306
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• 2018

라이소자임은 선천성 면역 물질로 개불을 포함하는 여러 무척추동물의 병원균에 대한 방어에 주요하게 작용한다. 본 논문은 개불(Urechis unicinctus)의 체벽 조직 추출물로부터 무척추형 라이소자임의 정제와 그 특성에 관한 분석을 기술하고 있다. 체벽 추출물은 우선적으로 Sep-Pak C18 cartridge를 사용하여 부분적으로 분리되었으며, 분리된 분획 중 60% 메탄올에 용출된 분획이 Bacillus subtilis KCTC 1021에서 강한 항균활성을 나타내었다. 그 후 여러 단계의 역상과 이온교환 고속액체크로마토그래피(High Performance Liquid Chromatography, HPLC)를 사용하여 항균성 물질이 정제되었으며, 분자량은 약 14 kDa이었다. 이 단백질의 일차서열은 LC-MS/MS를 통해 분석되었으며, 얻은 부분적 아미노산 서열을 NCBI BLAST를 통하여 분석해 본 결과, 이 항균성 물질은 다른 동물들로부터 동정된 무척추동물형 라이소자임(invertebrate-type lysozyme)의 서열과 유사도를 가지고 있어, 체벽으로부터 정제된 개불 라이소자임(Urechis unicinctus invertebrate-type lysozyme from body wall, Uu-iLysb)으로 명명하였다. 개불 라이소자임의 활성을 확인하기 위하여 항균활성 및 라이소자임 효소 활성실험을 진행한 결과, 개불 라이소자임이 항균활성과 라이소자임 효소활성 모두 강하게 가지고 있는 것을 확인하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권3호
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• pp.234-242
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• 2020

본 연구는 최근 소비가 크게 증가하고 있는 가정간편식의 원료에 대한 모니터링을 수행하였다. 다양한 유형의 가정간편식 제품을 구입하여 112개 원료의 DNA 바코드를 분석하였다. 원재료의 종을 동정하기 위하여 DNA 바코드 증폭에 주로 이용되는 미토콘드리아의 16S ribosomal RNA 유전자 부위를 증폭하는 프라이머 세트를 이용하였다. PCR 산물은 정제하여 염기서열을 분석한 후, 이를 이용하여 미국국립보건원에서 제공하는 BLAST search를 수행하였다. GenBank에 등록되어 있는 종의 염기서열과 유사도(Identity)와 매치 점수(Match score)를 비교하여 원료의 종을 판별하였다. 112개의 원료에서 24개의 종(Species)과 3개의 속(Genus)를 동정하였다. 3개의 속은 Identity의 기준이 되는 98% 이내에 해당하는 종이 다수 존재하여 속 수준에서 판별하였다. 판별 결과를 「식품의 기준 및 규격(제2019-57호)」 중 '(별표 1) 사용할 수 있는 원료 목록'에서 제시하는 사용 가능한 원료와 비교하여 국명 및 섭취 가능 여부를 판단하였으며, 등재되어 있지 않은 6개 종은 국제적으로 공인된 기구에서 어획량에 대한 정보를 확인하고, 식용 근거, 학명·이명 등을 확인하여 식용 가능 여부를 판단하였다.

• 식물병연구
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• 제22권2호
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• pp.122-126
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• 2016

2015년 6월에 살구나무(Modern과 Alexander 품종)에 잿빛무늬병이 발생하였으며, 과실에 대한 발병률은 5% 정도였다. 잿빛무늬병은 발생 초기 살구 과실의 표면에 작은 갈색 반점이 생기다가 병이 진전된 후에는 점차 확대되어 수침상의 병반이 퍼지고, 시간이 더 지나면 갈변된 원형의 병반 위에 백색의 포자 덩어리가 밀생하여 결국에는 과실 전체가 부패하였다. 특히, 수확기 1-2주를 앞두고 잿빛무늬병 발생이 더욱 심하였다. M. fructicola 분생포자는 분지된 염주상으로 사슬모양을 나타냈으며, 단생, 투명하고, 난형-레몬형으로 크기는 $14.6-18.0{\times}8.5-11{\mu}m$였다. 살구 잿빛무늬병을 일으키는 병원균의 형태적 특징, 병원성 검정, rDNA의 ITS 영역의 염기서열 분석을 기초로 M. fructicola로 동정하였으며, NCBI에서 BLAST search한 결과 M. fructicola로 등록된 GenBank accession Nos. KC544809, JN176564, FJ515894, KM279616 등과 100% 일치하는 것으로 확인되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권9호
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• pp.1334-1341
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• 2007

This study identified hepatic differentially expressed genes (DEGs) affecting the marbling of muscle. Most dietary nutrients bypass the liver and produce plasma lipoproteins. These plasma lipoproteins transport free fatty acids to the target tissue, adipose tissue and muscle. We examined hepatic genes differentially expressed in a differential-display reverse transcription-polymerase chain reaction (ddRT-PCR) analysis comparing high- and low-marbled Hanwoo steers. Using 60 arbitrary primers, we found 13 candidate genes that were upregulated and five candidate genes that were downregulated in the livers of high-marbled Hanwoo steers compared to low-marbled individuals. A BLAST search for the 18 DEGs revealed that 14 were well characterized, while four were not annotated. We examined four DEGs: ATP synthase F0, complement component CD, insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP3) and phosphatidylethanolamine binding protein (PEBP). Of these, only two genes (complement component CD and IGFBP3) were differentially expressed at p<0.05 between the livers of high- and low-marbled individuals. The mean mRNA levels of the PEBP and ATP synthase F0 genes did not differ significantly between the livers of high- and low-marbled individuals. Moreover, these DEGs showed very high inter-individual variation in expression. These informative DEGs were assigned to the bovine chromosome in a BLAST search of MS marker subsets and the bovine genome sequence. Genes related to energy metabolism (ATP synthase F0, ketohexokinase, electron-transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase and NADH hydrogenase) were assigned to BTA 1, 11, 17, and 22, respectively. Syntaxin, IGFBP3, decorin, the bax inhibitor gene and the PEBP gene were assigned to BTA 3, 4, 5, 5, and 17, respectively. In this study, the in silico physical maps provided information on the specific location of candidate genes associated with economic traits in cattle.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제39권5호
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• pp.605-613
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• 2022

Flavobacterium 속(genus)은 Bacteriodetes 문(phylum), Flavobacteriaceae 과(family)의 대표속(type genus)으로서, 이 속의 세균들은 황색 색소를 함유하는 그람 음성 간균이다. 이 속 세균들은 자연계의 다양한 환경에서 분리되고 있다. 황색색소를 함유하는 그람음성 간균이 경남 창원시 소재 창원대학교 교내의 연못에서 분리되었고, 이 세균은 균주 B1으로 명명되었다. 균주 B1을 생리학적, 생화학적 및 계통분석학적으로 분석한 결과, Flavobacterium 속에 속하는 것으로 결론지어졌다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 BLAST로 분석해 본 결과, 다른 어떠한 세균과도 16S rRNA 유전자 염기서열의 상동성이 99.0%를 넘지 않았다. 균주 B1의 주된 지방산은 iso-C_15:0(19.6%), summed feature 3(C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c, 16.1%), iso-CC_17:0 3OH(10.2%), iso-C_15:0 3OH(8.4%) 및 iso-C_15:1 G(6.6%)인 것으로 밝혀졌는데, 이는 다른 Flavobacterium 종들의 지방산 함량과 확연한 차이가 있는 것을 알 수 있었다. 이 세균의 16S rDNA 염기서열은 genbank에 accession number OP060681로 등록되었다.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제40권4호
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• pp.881-889
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• 2023

Hymenobacter 속(genus)은 Bacteroidota 문(phylum), Hymenobacteraceae 과(family)의 대표 속(type genus)이다. 이 속에 속하는 세균들은 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균으로서, 자연계의 다양한 환경에서 분리되고 있다. 본 연구에서 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균이 경남 창원시 소재 창원대학교 교내의 연못에서 분리되었고, 이 세균은 균주 B2로 명명되었다. 균주 B2를 계통분석 및 생화학적으로 분석한 결과, Hymenobacter 속에 속하는 것으로 밝혀졌다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 genbank의 BLAST로 분석해 본 결과, 다른 어떠한 세균과도 16S rRNA 유전자 염기서열의 상동성이 새로운 미생물로 인정되는 기준인 98.7%보다 낮은 것으로 나타났다. 균주 B2의 지방산을 분석해 본 결과, 주된 지방산은 summed feature 3(C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c, 22.8%), iso-C_15:0(16.2%), anteiso-C_15:0(12.9%), C_16:1ω5c(12.4%) 및 summed feature 4 (iso-C_17:1 I/anteiso-C_17:1)(9.5%)인 것으로 밝혀졌는데, 결과적으로 균주 B2의 지방산 함량은 다른 Hymenobacter 종들의 지방산 함량과 뚜렷한 차이가 있는 것을 알 수 있었다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열은 genbank에 accession number OQ318247로 등록되었다.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.78-85
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• 2008

In a search for new molecular pathways associated with asthma, we performed an mRNA differential display analysis using total RNA extracted from the tracheal tissues of ovalbumin (OVA)-challenged mice and sham controls. cDNAs corresponding to mRNAs for which expression levels were altered by OVA-challenge were isolate and sequenced. Twenty-eight genes differentially expressed in sham and OVA challenged mice were identified. A GenBank BLAST homology search revealed that they were related to cytoskeleton remodeling, transcription, protein synthesis and modification, energy production, and cell growth and differentiation. Two were selected for further characterization. Up-regulation of both the perinatal skeletal myosin heavy chain (skMHC) and fast skeletal muscle myosin light chain (skMLC) genes was confirmed by RT-PCR of trachea tissue from OVA challenged mice. Overexpression of skMLC protein was observed in the smooth muscle layers of OVA-challenged mice by immunohistochemistry, and the surface areas stained with skMLC antibody increased in the OVA-challenged mice. The overexpression of skMLC in murine asthma may be associated with the changes of bronchial smooth muscle.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제69권5호
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• pp.331-336
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• 2010

Background: Recently, the rate of infections with non-tuberculous mycobacteria (NTM) has been increasing in Korea. Precise identification of NTM is critical to determination of the pathogen and to target treatment of NTM patients. Methods: Sixty-eight unclassified mycobacteria isolates by rpoB PCR-RFLP assay (PRA) collected in 2008 were analyzed by National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) search after sequencing of 16S rRNA, hsp65, rpoB genes. Results: Nineteen strains of 68 isolates were specified as species after sequencing analysis of 3 gene types. We found 3 M. lentifulavum, 5 M. arupense, 4 M. triviale, 4 M. parascrofulaceum, and one M. obuense. One M. tuberculosis and another M. peregrinum were mutated at the Msp I recognition site needed for rpoB PRA. The remaining 49 isolates did not coincide with identical species at the 3 kinds genes. Conclusion: Sequencing analysis of 16S rRNA, hsp65, rpoB was useful for identification of NTM unclassified by rpoB PRA.

• Animal cells and systems
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• 제14권1호
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• pp.25-30
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• 2010

We employed a new and improved differential display reverse transcription-polymerase chain reaction (DDRT-PCR) method, which involves annealing control primers (ACPs), to identify the genes that are specifically or prominently expressed in olive flounder (Paralichthys olivaceus) juveniles (35 days post-hatch; dph) compared to larval-stage (dph 21) flounder. Using 60 ACPs, we identified eight differentially expressed genes (DEGs) and basic local alignment search tool (BLAST) searches revealed eight known genes. Gene expression levels were confirmed by RT-PCR. Phosphoglucose isomerase (PGI) was highly expressed at 21 dph, while nephrosin, myosin light chain (MLC), myosin heavy chain (MHC), carboxypeptidase A, chymotrypsin B, fish-egg protein, and matrix protein were expressed at 35 dph. PGI, MLC, and MHC expression was further analyzed by RT-PCR. The differentially expressed genes identified in this study may provide insights into the molecular basis of development in olive flounder.