• The Plant Pathology Journal
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• 제22권1호
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• pp.94-96
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• 2006

In a search for plant extracts with potent in vivo antifungal activity against various plant pathogenic fungi, the methanol extract of the Curcuma longa rhizomes effectively controlled the development of rice blast catised by Magnaporthe grisea and tomato late blight caused by Phytophthora infestans. Three curcuminoids such as curcumin, demethoxycurcumin, and bisdemethoxycurcumin were purified from the methanol extract of C. longa rhizomes as antifungal principles. Among the three curcuminoids, demethoxycurcumin was the most active to both rice blast and tomato late blight, followed in order by curcumin and bisdemethoxycurcumin. However, they all exhibited no or little in vivo antifungal activity against other fungal pathogens causing rice sheath blight (Corticium sasaki), tomato gray mold (Botrytis cinerea), wheat leaf rust (Puccinia recondita), or barley powdery mildew (Blumeria graminis f. sp. hordel).

• Archives of Plastic Surgery
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• 제34권6호
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• pp.671-678
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• 2007

Purpose: Venous malformation(VM) which often causes pain and discomfort is the most common type of vascular malformations. Although it is presented with disfigured appearance and associated soft tissue or skeletal hypertrophy, the molecular bases of VMs are poorly understood. Differentially expressed genes(DEGs) of VMs were investigated to illuminate the molecular mechanism of the disease entity. Methods: Gene expressions of VM patients' subcutaneous tissue were studied in comparison with normal persons' by $GeneFishing^{TM}$ technique using the annealing control primers (ACPs) to identify DEGs. Candidate genes were sequenced and screened by basic local alignment search tool (BLAST) afterwards. Results: Among seventy DEGs identified, forty DEGs which had shown significantly different expression pattern were sequenced. Twenty eight out of 40 were up-regulated while 12 were down-regulated. BLAST searches revealed that 37 were known genes and 3 were unknown genes. Many genes were involved in the differentiation and remodeling of smooth muscle cells, opposed to the previous hypothesis that a lot of angiogenetic genes would be involved. Furthermore, several transcription factors and related genes, as well as cell signaling and metabolism regulators, were up regulated. Conclusion: It suggests that analysis of DEGs in VMs provide basic knowledge about its pathophysiology. and new therapeutic approaches.

• 한국균학회지
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• 제39권1호
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• pp.31-38
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• 2011

현재 70개 이상의 느타리 품종이 유통되어 재배되고 있다. 본 연구에서는 81개 품종을 수집하여 핵산지문법으로 분석하였다. 이중 수한과 그 유사품종에서 특이하게 나타나는 밴드를 이용하여 수한 품종에 특이적인 SCAR marker로 개발하였다. 수한 품종 특이 band에 대한 clone을 기존에 알려진 유전자 염기서열과 유사성이 있는지를 확인한 결과 POMFBO1 Pleurotus ostreatus cDNA clone MFB02-A05, mRNA sequence와 92%의 homology를 나타냈고, 등록된 아미노산 서열과의 유사성을 확인한 결과 큰졸각버섯인 Laccaria bicolor의 predicted protein과 가장 높은 sequence homology (BlastX score = 73.9, E value = $5e^{-25}$)를 보였다. 본 연구를 통하여 개발된 수한특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 수한계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제9권1호
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• pp.33-41
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• 2005

배반포 단계의 난자에서 차이 나게 발현하는 유전자의 발굴을 통해 초기 동물 발생과 분화에 관한 기전을 알 수 있다. 본 연구에서는 새로운 차별발현 역전사효소중합법, 이름하여 에닐링 콘트롤 프라이머(ACP) 방법에 의해 생쥐 배반포에서 차이 나게 발현하는 유전자를 줄기세포와 비교하여 발굴하였다. 총 100개의 ACP를 사용하여 26개의 유전자 단편을 확인하였고, BLAST 탐색에 의해 유전자 정보 은행(GeneBank/EMBL)에 저장된 유전자와 동일하다는 것을 알았다. 이들 유전자 중에 15개의 유전자를 선별하여 역전사효소중합법에 의해 조사한 결과, 배반포에서 차이 나게 발현함을 재확인하였다. 이러한 결과는 ACP 방법이 특정 발달 단계에 있는 소량의 배아 샘플로부터 전사되는 유전자를 확인하는데 실용적으로 사용될 수 있다는 것을 보여주고 있다.

• 한국균학회지
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• 제26권2호통권85호
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• pp.256-264
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• 1998

한국에서 자생하고 소나무와 외생균근을 갖는 송이에 대한 18S ribosmal DNA의 DNA 서열을 조사하였다. 4개의 지역에서 채집된 송이의 514 bp 분석결과 18S rDNA의 서열는 모두 동일하였고, 경북대학교 미생물연구실의 연구 결과와는 4 bp가 차이가 나타났다. NCBI의 BLAST search결과, T. matstake와 제일 유사한 것으로 나타났다. 분석된 514 bp의 서열비교에서는 다른 버섯균과 차이가 있는 서얼 부분을 파악하였다. 또한, 이러한 자료를 이용하여 유사도 분석에서 각각의 속에 속하는 균들은 같은 묶음을 나타내고 있으나, 과 혹은 그 이상의 단위에서의 비교는 좋은 결과가 나오지 않았다. 본 연구를 통해 외생균근의 확인 작업에 필요한 primer 제작을 위한 사전 자료를 얻었으며, 또한 조사된 염기서열도 분석할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.77-81
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• 2006

구름버섯균 KN9522로부터 분리한 Mn-peroxidase 동위효소 CVMP1, CVMP2, CVMP3 및 CVMP5를 코딩하는 게놈유전자를 분리하기 위해 4개의 동위효소 N-말단아미노산서열을 기준으로 제작한degenerate primer들이 사용되었다. 하나를 제외한 3개의 동위효소들은 그에 대응되는 염기서열 900정도 되는 PCR산물 (cmp1, cmp2 및 cmp5)을 얻었다. NCBI의 BLAST 프로그램을 사용하여 PCR산물들의 염기서열을 분석한 결과, cmp1, cmp2 및 cmp5는 구름버섯균 PRL572로부터 분리한 유전자 MPG-I (등록번호 Z30668) 및 PGV-II(등록번호 Z54279)와 유사하였다. cmp1과 cmp2는 MPG-I유전자의 염기서열과 각각 77%및 95%의 상동성을 보였고 cmp5는 PGV-II 염기서열과 88%의 상동성을 보였다. 본 실험을 통하여 저자들은 Mn-peroxidase 동위효소계의 아미노산 서열을 기준으로 제작된 degenerate primer들을 사용하여 게놈 DNA조각을 분리할 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제24권3호
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• pp.317-321
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• 2008

In a search for plant extracts with in vivo antifungal activity for plant diseases, we found that the methanol extract of Myristica malabarica fruit rinds effectively suppressed the development of several plant diseases. The methanol extract exhibited potent 1-day protective activity against rice blast, tomato late blight, wheat leaf rust and red pepper anthracnose. It also showed 7-day and 4-day protective activities against the plant diseases. Three antifungal resorcinols were isolated from the methanol extract of M. malabarica fruit rinds and identified as malabaricones A(MA), B(MB), and C(MC). Inhibitory activity of the three resorcinols against mycelial growth of plant pathogenic fungi varied according to compound and target species. All three compounds effectively reduced the development of rice blast, wheat leaf rust and red pepper anthracnose. In addition, MC was highly active for reducing the development of tomato late blight. This is the first report on the antifungal activities of malabaricones against filamentous fungi.

• 한국임상수의학회지
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• 제31권1호
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• pp.36-39
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• 2014

Many bacteria colonized in the horse semen affect quality of the sperm and some may cause infection in the mare reproductive tract and infertility of susceptible mare. This study was initiated to determine the prevalence of bacteria in testes of Jeju horses by determining rRNA sequence. The samples were swabed from the testes of nine Jeju horses (aged from 8 to 12 months after birth). Bacteria isolated from testes were identified by 16S rDNA sequencing. 1.6-kbp PCR products for 16S rRNA coding region were obtained using the universal primers. The PCR products were further purified and sequenced. Maximum similar species were found by BLAST search in the GenBank DNA database. BLAST results showed that the sequences were similar to those of Acinetobacter sp (A. schindleri, A. ursingii)., Bacillus cereus, Corynebacterium glutamicum, Escherichia coli, Gamma proteobacterium, Micrococcus luteus, Pseudomonas mendocina, Shigella sonnei, Sphingomonas sp., Staphylococcus sp (S. cohnii, S. saprophyticus, S. xylosus)., and Stenotrophomonas maltophilia. DNA sequences for 16S rRNA is provided useful informations for species identification of pathogenic microorganisms for the reproductive organs in horses.

• 생태와환경
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• 제44권1호
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• pp.95-101
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• 2011

본 연구에서는 하상교란으로 인해 발생한 탁수가 잉어 아가미 조직의 미세구조와 유전적 발현에 미치는 영향을 조사하였다. 탁수에 80일간 사육한 잉어 아가미 조직에서는 이차새변의 간격이 불규칙해지고, 곤봉화, 부종, 상피세포의 박리가 나타났으며, 새변사이에는 이물질의 부착이 두드러지게 관찰되었다. 20개의 ACP를 이용하여 대조군과 탁수에 사육한 잉어 아가미 조직에서 발현차이를 보이는 24개의 밴드를 확인하였고, 그 중 탁수에 사육한 잉어 아가미 조직에서 발현이 증가된 것은 17개, 발현이 감소된 것은 7개였다. BLAST search를 이용하여 확인한 결과 이들 중 각각의 유전자를 대표하는 DNA 절편인 unigene 정보가 있는 유전자는 3개였다. 정보가 있는 유전자 중 발현 증가를 보인 것은 calcium transporter 1 (TRPV6) mRNA, macha mRNA for putative puroindoline b protein 및 Efnb3 protein-like 등이었다. 아가미 조직에서 확인된 Efnb3 유전자는 세포 신호전달 과정에 관여하는 단백질들을 암호화하는 유전자로써 장기간의 탁수는 어류에 스트레스로 작용하여 새로운 유전자 발현에 영향을 줄것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제42권2호
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• pp.125-130
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• 2006

본 연구에서는 도축장과 도축물에서 plasmid 매개성 광범위 ${\beta}$-lactam (extended spectrum ${\beta}$-lactamase) 분해효소를 생성하는 Klebsiella pneumoniae와Escherichia coli가 분리됨으로서 한국에서는 이들 균주가 임상범위를 넘어 자연계까지 확산되었음을 확인하였다. 디스크 확산 시험, 등전점 수치, 접합시험 등을 통하여 돼지의 분변으로부터 최종 10균주의 접합자를 얻었고 이들의 형별결정은 아미노산서열분석과 기준주와 대조등을 BCM Search Laucncher 및 NCBI blast를 통해 이루어졌다. 광범위 ${\beta}$-lactam 유형은 Klebsiella pneumoniae 8균주가 TEM-52형이었고 2균주 Escherichia coli가 SHV-12형이었다. CMY-1형은 본 연구에서 분리되지 않았다.