Choi, Soo Yeon;Kim, Nam Goo;Kim, Sang-Min;Lee, Bong Choon
Research in Plant Disease
/
v.28
no.1
/
pp.54-56
/
2022
A peanut plant showing wilt and browned symptom was found in the field of Gochang, Korea, in July 2021. The symptomatic peanut plant was collected from the field and isolation of the pathogen caused the wilt symptom was performed using the collected sample on TZC media. The dominated colony on media was isolated colony on media was isolated and subcultured of purification. The pure cultured bacteria was identified as Ralstonia solanacearum by sequencing of 16S rRNA gene. Multiplex polymerase chain reaction using phylotype-specific primer set identified isolate as phylotype I (R. pseudosolanacearum). Phylogenetic tree was constructed based on 16S rRNA sequence and it was closed with R. pseudosolanacearum. Pathogenicity of the isolates was assessed by soil drenching inoculation on 4-week-old peanut plant. The wilt symptom was successfully reproduced by inoculation of the isolates after 14 days. This is first report of bacterial wilt caused by R. pseudosolanacearum on peanut in Korea.
Molecular karyotyping was applied to Pneumocystis carinii (Pc) from two strains of experimental rats, Sprague Dawley(SD) and Fisher(F), in Korea. Field inversion gel electrophoresis and contour clamped homogeneous electric field electrophoresis resolved 15 chromosomal bands from the Pc. The size of the bands was estimated 270kb to 684kb from SD rats, and 273kb to 713 kb from F rats. The bands of 283 kb from SD rats and of 273 kb from F rats stained more brightly suggesting duplicated bands. Total number of chromosomes was at least 16, and total genomic size was estimated 7×106 bp. All of the bands from F rats hybridized to the probe of repeated DNA sequences of Pc and the band of 448 kb size was proved to contain rDNA sequences, but Pc. chromosome bands from SD rats showed no reactions to the probes. The 2 different karyotypes of p. carinii from 2 strains of rats were maintained consistently for 2 years.
The present study was done to assess the diversity of the bacterial community associated with Ulva pertusa collected from Jeju Island using Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) marker analysis. For RFLP analysis, a total of 145 bacterial strains associated with Ulva pertusa were screened and cultivated using Marine agar and R2A agar. The PCR amplicons of the 16S rRNA gene from all the isolated strains were digested with HaeIII and RsaI restriction enzymes and then classified into different groups according to their restriction patterns. Strains selected based on the RFLP patterns showed more than 91% 16S rRNA gene sequence similarity when compared with known bacterial species, which include 4 phyla - proteobacteria (alpha-proteobacteria, beta-proteobacteria, gamma-proteobacteria - 63%), firmicutes (11%), actinobacteria (4%), bacteroidetes (22%)–as well as 7 classes (actinobacteria, flavobacteriia, cytophagia, bacilli, α-proteobacteria, γ-proteobacteria, β-proteobacteria), 13 orders, 18 families, and 27 genera. These results confirmed a wide diversity of bacterial communities as contrasted with other regions. The newly isolated 10 strains, which show 16S rRNA sequence similarity of <97% compared to previously identified bacteria, could be noble species. Further experiments, such as morphological, physiological, and biochemical classification, are necessary to confirm the novelty of the newly isolated 10 strains.
The present study was tried to identify whether the eel's larva was close to a conger (Conger myriaster), a pipe conger (Muraenesox cinereus) or four species of Anguilla. Experimental fishes were collected by set net in the gulf of enggang, Namhae, Korea from May to June. Their morphological characteristics were compared with adult fishes of a conger, a pipe conger and four species of Anguilla. For genetic classification, DNA was isolated and amplified by using 12S rRNA and 16S rRNA primer set. The PCR products were direct sequencing in both directions. The nucleotide sequences were analyzed using softwares. As results of morphological measurement on eel's larva, the percentages of head length and preanal length against total length were similar with a conger. Based on the nucleotide sequences, the phylogenetic tree also revealed a close relationship to a conger. Therefore, eel's larva, caught in Namhae from May to June, was identified into a conger's larva.
Trichloroethylene (TCE) is a widely used substance in commercial and industrial applications, yet it must be removed from the contaminated soil and groundwater environment due to its toxic and carcinogenic nature. We investigated bacterial community structure, dominant bacterial strain, and removal efficiency in a TCE contaminated groundwater treatment system using immobilized carrier. The microbial diversity was determined by the nucleotide sequences of 16S rRNA gene library. The major bacterial population of the contaminated groundwater treatment system was belonging to BTEX degradation bacteria. The bacterial community consisted mainly of one genus of Pseudomonas (Pseudomonas putida group). The domination of Pseudomonas putida group may be caused by high concentration of toluene and TCE. Furthermore, we isolated a toluene and TCE degrading bacterium, named Pseudomonas sp. DHC8, from the immobilized carrier in bioreactor which was designed to remove TCE from the contaminated ground water. Based on the results of morphological and physiological characteristics, and 16S rRNA gene sequence analysis, strain DHC8 was identified as a member of Pseudomonas putida group. When TCE (0.83 mg/L) and toluene (60.61 mg/L) were degraded by this strain, removal efficiencies were 72.3% and 100% for 12.5 h, respectively. Toluene removal rate was 2.89 ${\mu}mol/g$-DCW/h and TCE removal rate was 0.02 ${\mu}mol/g$-DCW/h. These findings will be helpful for maintaining maximum TCE removal efficiency of a reactor for bioremediation of TCE.
We isolated microorganisms presenting high enzymatic activities for amylase, cellulase, protease, lipase or fibrinolysis from Korean traditional soybean sauce and paste. Then, the physiological properties and 16S rRNA sequences of isolated microorganisms were analyzed. All of the isolated 13 strains possessing high extra cellular enzyme activities have higher amylase and cellulase activities than Bacillus subtilis KACC 10114. All the selected strains have protease activities except for D2-14. Except D8-8 and K4-1, other strains have lipase activity. D2-7, D8-8 and K4-1 strains have higher fibrinolytic activities than others, while D8-2 strain has no activity. Most of the selected strains showed antibacterial activity even in gram positive and gram negative bacteria and yeast. Gene sequence analysis of 16S rRNA from isolated strains revealed that all the selected strains were member of Bacillus species.
Biological factors (e.g. microorganism activity) in wastewater treatment plant (WWTP) play essential roles for degradation and/or removal of organic matters. In this study, to understand the microbial functional roles in WWTP, we tried to isolate and characterize a bacterial strain from activated sludge sample. Strain S16 was isolated from the activated sludge of a municipal WWTP in Daejeon metropolitan city, the Republic of Korea. The cells were a Gram-stain-positive, non-motile, facultative anaerobe, and rod-shaped. Strain S16 grew at a temperature of $15{\sim}40^{\circ}C$ (optimum, $30^{\circ}C$), with 0~9.0% (w/v) NaCl (optimum, 1.0~2.0%), and at pH 5.5~9.0 (optimum, pH 7.0~7.5). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated that strain S16 was most closely related to the unique species Miniimonas arenae NBRC $106267^T$ (99.79%, 16S rRNA gene sequence similarity) of the genus Miniimonas. The cell wall contained alanine, glutamic acid, serine, and ornithine. Although the isolation source of the type strain NBRC $106267^T$ which considered as a marine microorganism is sea sand, that of strain S16 is terrestrial environment. It might raise an ecological question for habitat transition. Therefore, comparative genome analysis will be valuable investigation for shedding light on their potential metabolic traits and genomic streamlining.
An effective computer program for assembling fragments in DNA sequencing has been developed. The program, called SeqEditor (Sequence Editor), is usable on the pcrsonal computer systems of MS-Widows which is the mosl popular operating system in Korea. It c'm recd several sequence file formats such as GenBak, FASTA, and ASCII. In the SeqEditor program, a dynamic programming algorihm is applied to compute the maximalscoring overlapping alignment between each pjlr of fragments. A novel feature of the program is that SeqEdilor implemnents interaclive operation with a graphical user interface. The performance lests of the prograln 011 fragmen1 data from 16s and 18s rDNA sequencing pi-ojects produced saiisIactory results. This program may be useful to a person who has work of time with large-scale DNA sequencing projects.
In, Ye-Won;Ha, Su-Jeong;Yang, Seung-Kuk;Oh, Se-Wook
Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
/
v.41
no.9
/
pp.1326-1330
/
2012
This study was conducted to develop a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for the detection of Clostridium difficile. The tested target gene was 16S ribosomal RNA. Five different LAMP primer sets were designed, and LAMP was performed. All primer sets targeting the 16S rRNA gene (BIP, FIP, B3, F3, LF, PF) were determined as positive in tcdA-positive, tcdB-postive ($A^+B^+$) and tcdA-negative, tcdB-negative ($A^-B^-$) Clostridium difficile strains. As the LAMP reaction took less than 80 min and did not require expensive machine such as thermocycler, it can be used as a rapid and simple detection method for foodborne pathogens.
Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
/
v.39
no.1
/
pp.47-53
/
2010
Bacteria strains with high activities of extracellular enzymes (protease, fibrinolytic enzyme, amylase, cellulase, and lipase) were isolated from Jeju traditional fermented soybean paste (Doenjang), and characterized by 16S rRNA gene sequence analysis and physiological properties. Protease activities were higher in JR14, JR19, JR25, JR32, JR38, JR47, and JR64 than Bacillus subtilis KCCM 12027 (standard strain). Amylase activities were shown in JR6, JR25, JR38, JR56 and JR81, while not in KCCM12027. Cellulase activities were higher in JR6, JR14, JR48, and JR65 than those of other isolated strains and KCCM 12027 whereas lipase activities were the higher in JR-14 and JR-48. Thrombolytic activity in JR19 with high hemolysis activity were 192% compared with that of plasmin as a positive control. Zymogram analysis indicated that the thrombolytic active strains had 4~5 bands in the molecular weight range of 25~75 kDa. Gene sequence analysis of rRNA revealed that the isolated stains had 99% homology with Bacillus species, and the thrombolytic active stain JR19 was B. stratosphericus $41KF2a^T$.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.