• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.220-225
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• 2019

최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.

• 생명과학회지
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• 제26권7호
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• pp.819-825
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• 2016

이 논문은 제주도에서 채집한 구멍갈파래(Ulva pertusa)를 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)를 이용하여 세균군집을 조사하였다. RFLP 분석을 위해 Marine agar배지와 R2A배지를 사용하여 145개의 균주가 분리되었으며, 제한효소 HaeⅢ와 RsaⅠ을 이용하여 서로 다른 RFLP 패턴을 구분하였다. RFLP 패턴 결과로부터 균주를 선별하여 16S rRNA 유전자 염기서열 분석 결과, 알려진 균주의 염기서열과 91% 이상의 유사도를 보였다. 주요 계통군은 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria) (63%), Bacteroidetes (22%), Firmicutes (11%), Actinobacteria (4%)로 4개의 문이 관찰되었고, 7개의 강, 13개의 목, 18개의 과, 27개의 속으로 관찰되었다. 계통학적 분석 결과, 상동성이 97% 미만으로 나타난 10균주가 새로운 속이나 종으로 분류될 가능성이 높게 나타났으며, 신종 후보 균주에 대한 형태학적, 생리학적, 생화학적 등 분류·동정을 위한 추가적인 실험을 수행해야 할 것이다.

• 환경생물
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• 제31권2호
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• pp.158-164
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• 2013

환경시료에서 마이크로시스틴 분해능을 나타낸 균주 1종을 분리하였고 16S rRNA gene sequence 분석 결과, Microbacterium sp.로 동정되어 Microbacterium sp. MA21로 명명하였다. R2A배지를 기본 배지로 하여 $50{\mu}g\;L^{-1}$ microcystin-LR을 첨가하여 $30^{\circ}C$, 12시간 동안 배양한 후 PPIA를 통해 microcystin이 80% 이상 분해되는 것을 확인하였다. Microcystin-LR의 분해를 HPLC 분석을 통해 재확인하였고, microcystin 분해산물로 추정되는 두 개의 peak를 확인하였다. 16S rRNA 염기서열을 이용한 계통분류 분석 결과, 본 연구에서 분리한 Microbacterium sp. MA21은 Alphaproteobacteria의 Sphingomonas 속에 속하지 않는 것은 물론 Actinobacteria에는 속하지만 기존에 보고되지 않은, 새로운 genus로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제48권1호
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• pp.42-47
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• 2012

열수구(Hydrothermal vent)는 빛이 없는 환경에서 생명체의 진화가 일어나는 독특한 환경을 유지하고 있다. 남태평양 Tonga의 Tofua arc의 열수구로부터 퇴적물을 채취하여 산화철[iron(III)], 황(elemental sulfur, $S^0$) 그리고 질산염을 전자수용체로 사용하고, 수소($H_2$), yeast extract를 전자공여체로 사용하여 배양에 의한 미생물의 다양성을 연구하였다. 배양 온도는 각각 $65^{\circ}C$와 $80^{\circ}C$였으며, 연속희석배양법과 16S rRNA 유전자의 PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis를 분석하고, 검출된 염기서열의 정보분석을 통하여 고세균을 동정하였다. 16S rRNA 유전자의 계통분류학적 분석 결과 배양된 대부분의 고세균은 Thermococcus 속(T. alcaliphilius, T. litoralis, T. celer, T. barossii, T. thoreducens, T. coalescens)에 속하며 그들과 98-99%의 상동성을 가지고 있었다. Thermococcus 속의 미생물들이 일반적으로 이용할 수 없는 질산염과 산화철을 전자수용체로 첨가한 배양에서 관찰되었으나, 이는 환원제로 첨가한 $Na_2S$의 산화물을 이용하여 성장한 것으로 추정된다. Thermococcus 속에 속하는 고세균 외의 다양한 고세균의 배양을 위해서는 $Na_2S$ 대신 다른 환원제를 사용하는 배양조건의 이용이 요구된다.

• 한국어병학회지
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• 제20권1호
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• pp.25-31
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• 2007

비브리오증은 해수어의 중요한 질병중 하나로 알려져 있다. 본 연구에서 maroon clownfish (Premnas biaculeatus)를 대상으로 해수 관상어 종묘 생산 기술 개발 과정 중 부화 3～7일령 사이에 섭이를 하지 않고 힘없이 유영하면서 폐사하는 개체들로부터 Vibrio 균주를 분리하였다.분리균주의 16S rRNA gene 염기서열 분석결과 Vibrio ponticus CECT5869 와 99.8%의 상동성을 보여 Vibrio ponticus KJS1으로 동정하였다.GN2 microplate (BioLog, USA)를 이용한 생화학 시험결과에서 dextrin 및 sucrose를 포함한 35가지 기질 이용능이 확인되었고, α-cyclodextrin을 비롯한 52가지 기질은 분해하지 못하였으며, glycogen을 비롯한 7가지 기질은 약한 이용능을 나타내었다.분리 균주에 대한 항생제 감수성 실험 결과에서는 oxolinic acid, flumequine, ciprofloxacin, ofloxacin, norfloxacin, nalidixic acid, pefloxacin, oxycycline hydrochloride에 높은 감수성을 나타내었다.

• 생명과학회지
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• 제20권8호
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• pp.1214-1220
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• 2010

대한민국 순천의 병원 입원 환자의 검체로부터 imipenem 내성 세균을 분리하였다. 54개의 분리균을 16S rRNA 유전자와 gyrB 유전자 염기서열 비교를 기초로 하여 계통분류학적으로 동정하였다. 분리균들은 Pseudomonas aeruginosa (30균주; 55.6%), Acinetobacter baumannii (21; 38.9%), Enterobacter hormaechei (2)와 Pseudomonas putida (2)에 속했다. 22개의 균주가 metallo-$\beta$-lactamase (MBL)를 생산하였으며 종별 구성은 다음과 같다; Acinetobacter baumannii 12균주, Pseudomonas aeruginosa 7균주, P. putida 2균주 그리고 Enterobacter hormaechei 1균주. 분리균들의 항생제 감수성은 디스크 확산법과 Vitek 을 이용하여 조사하였다. IMP 와 VIM 형의 metallo-$\beta$-lactamase를 생산하는 균주들은 OXA 와 SHV 형 $\beta$-lactamase를 생산하는 균주들에 비해 ceftazidime, aztreonam, amikacin과 gentamicin에 대한 내성율이 높았다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권4호
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• pp.586-593
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• 2016

A new methanogen was isolated from an anaerobic digester using pig slurry in South Korea. Only one strain, designated KOR-1, was characterized in detail. Cells of KOR-1 were straight or crooked rods, non-motile, 5 to $15{\mu}m$ long and $0.7{\mu}m$ wide. They stained Gram-positive and produced methane from $H_2+CO_2$ and formate. Strain KOR-1 grew optimally at $38^{\circ}C$. The optimum pH for growth was 7.0. The strain grew at 0.5% to 3.0% NaCl, with optimum growth at 2.5% NaCl. The G+C content of genomic DNA of strain KOR-1 was 41 mol%. The strain tolerated ampicillin, penicillin G, kanamycin and streptomycin but tetracycline inhibited cell growth. A large fragment of the 16S rRNA gene (~1,350 bp) was obtained from the isolate and sequenced. Comparison of 16S rRNA genes revealed that strain KOR-1 is related to Methanobacterium formicicum (98%, sequence similarity), Methanobacterium bryantii (95%) and Methanobacterium ivanovii (93%). Phylogenetic analysis of the deduced mcrA gene sequences confirmed the closest relative as based on mcrA gene sequence analysis was Methanobacterium formicicum strain (97% nucleic acid sequence identity). On the basis of physiological and phylogenetic characteristics, strain KOR-1 is proposed as a new strain within the genus Methanobacterium, Methanobacterium formicicum KOR-1.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권4호
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• pp.568-572
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• 2015

Acetes chinensis is an economically important shrimp that belongs to the Sergestidae family; following fermentation, A. chinensis' economic value, however, is low in China, and much of the catch in China is exported to Korea at a low price, thus leading to potential false labeling. For this reason, we developed a simple method to identify A. chinensis' origin using allele-specific polymerase chain reaction (PCR). Ten single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified from partial (i.e., 570 bp) DNA sequence analysis of the mitochondrial 16s rRNA gene in 96 Korean and 96 Chinese individual shrimp. Among 10 SNP sites, four sites were observed in populations from both countries, and two sites located in the middle with SNP sites at their 3'-ends were used to design allele-specific primers. Among the eight internal primers, the C220F primer specific to the Chinese A. chinensis population amplified a DNA fragment of 364 bp only from that population. We were able to identify the A. chinensis population origin with 100% accuracy using multiplex PCR performed with two external primers and C220F primers. These results show that the 16S rRNA gene that is generally used for the identification of species can be used for the identification of the origin within species of A. chinensis, which is an important finding for the fair trade of the species between Korea and China.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권9호
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• pp.1483-1490
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• 2007

A Gram-negative, motile by tuft flagella, obligately aerobic chemoorganoheterotrophic, sphere-form bacterium, designated $IMCC3135^T$, was isolated from the Antarctic surface seawater of King George Island, West Antarctica. The strain was mesophilic, neutrophilic, and requiring NaCl for growth, but neither halophilic nor halotolerant. The 16S rRNA gene sequence analysis indicated that the strain was most closely related to genera of the order Chromatiales in the class Gammaproteobacteria. The most closely related genera showed less than 90% 16S rRNA gene sequence similarity and included Thioalkalispira (89.9%), Thioalkalivibrio (88.0%-89.5%), Ectothiorhodospira (87.9%-89.3%), Chromatium (88.3%-88.9%), and Lamprocystis (87.7%-88.9%), which represent three different families of the order Chromatiales. Phylogenetic analyses showed that this Antarctic strain represented a distinct phylogenetic lineage in the order Chromatiales and could not be assigned to any of the defined families in the order. Phenotypic characteristics, including primarily non-phototrophic, non-alkaliphilic, non-halophilic, and obligately aerobic chemoheterotrophic properties, differentiated the strain from other related genera. The very low sequence similarities (<90%) and distant relationships between the strain and members of the order suggested that the strain merited classification as a novel genus within a novel family in the order Chromatiales. On the basis of these taxonomic traits, a novel genus and species is proposed, Granulosicoccus antarcticus gen. nov., sp. nov., in a new family Granulosicoccaceae fam. nov. Strain $IMCC3135^T\;(=KCCM42676^T=NBRC\;102684^T)$ is the type strain of Granulosicoccus antarcticus.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권1호
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• pp.5-10
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• 2009

A freshwater bacterium, designated $IMCC1713^T$, was isolated from a highly eutrophic artificial pond. Cells of the strain were Gram-negative, chemoheterotrophic, poly-$\beta$-hydroxybutyrate granule containing and obligately aerobic short rods that were motile with a single polar flagellum. The 16S rRNA gene sequence similarity analysis showed that the novel strain was most closely related to the species Roseateles depolymerans (96.3%), Mitsuaria chitosanitabida (96.2%), Ideonella dechloratans (96.2%), and Pelomonas saccharophila (96.1%) in the Sphaerotilus-Leptothrix group within the order Burkholderiales. Phylogenetic trees based on 16S rRNA gene sequences indicated that the isolate formed an independent monophyletic clade within the order Burkholderiales. The relatively low DNA G+C content (57.4mol%), together with several phenotypic characteristics, differentiated the novel strain from other members of the Sphaerotilus-Leptothrix group. From the taxonomic data, therefore, the strain should be classified as a novel genus and species, for which the name Inhella inkyongensis gen. nov., sp. nov. is proposed. The type strain of the proposed species is strain $IMCC1713^T$ (=KCTC $12791^T$=NBRC $103252^T$=CCUG $54308^T$).