• 한국가금학회지
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• 제41권4호
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• pp.287-296
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• 2014

조류의 난포 성장은 호르몬의 작용에 따라 크기가 달라져 각각의 단계를 이루며 성장하게 된다. 난의 성숙에 관련된 유전자는 난 단백질 생산과 산란률에 밀접한 관련이 있으며, 이를 유전자 발현 측면에서 심도 있는 고찰이 필요가 있다. 본 연구는 NGS를 이용한 RNA-seq 데이터를 이용하여 유전자의 발현량과 유전자 상호 구조에 대한 분석을 실시하여 난의 발달 과정에 필요한 유전자군을 조사하였다. 본 실험에 사용된 개체는 한국 재래계 흑색계통이 사용되었고, 비교조직은 미성숙란과 성숙란의 RNA를 추출하여 유전자의 발현 양상을 살펴봄으로 난의 성숙에 필요한 유전자의 발현 양상을 보고자 하였다. 실험을 위해 Total RNA를 추출하였고, HiSeq 2000 platform을 사용하여 염기서열을 분석하고, Tuxedo Protocol과 DAVID 프로그램을 통해 유전자의 기능과 상호간의 연관관계를 예측하였다. 탐색된 유전자군은 미성숙란과 성숙란 간에 많은 차이를 보이고 있는 유전자군을 탐색한 결과, 315개의 발현이 다르게 나타나는 것으로 보이고 있으며, GO 분석을 통하여 기능면에서 미성숙란과 성숙란에서 확연히 구분되는 유전자 발현 양상을 확인할 수 있었다. 이들 결과를 통하여 향후 난성숙 과정을 이해하고, 계란 품질 향상을 위한 마커 개발을 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국유기농업학회지
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• 제25권4호
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• pp.843-859
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• 2017

본 연구에서는 제주도 한라산 중산간 습지대 28개소에서 IAA 및 carotenoid 생성능이 우수한 광합성 세균 1종을 최종 선발하였으며, 16S rRNA 염기서열 분석과 생리학적 특성을 조사한 결과 Rhodopseudomonas palustris JK-1 균주로 동정하였다. JK-1 균주의 최적배양조건을 선발하기 위하여 pH, 온도, 빛 및 통기 등을 포함한 여러 가지 요인들이 균주의 생장과 IAA 및 carotenoid 등 광합성색소 생성에 미치는 영향을 조사하였다. 시험결과 JK-1 균주는 명/혐기조건에서 균생장, IAA 및 광합성색소 생성이 양호하였으며 암/혐기조건에서 균생장, IAA 및 광합성색소 형성이 모두 크게 억제되었다. 명/혐기조건에서 균생장, IAA 및 carotenoid 등 광합성색소의 생산을 위한 최적 pH, 온도 및 배양회전속도는 각각 7, $30^{\circ}C$, 150 rpm, 9, $30^{\circ}C$ 및 150 rpm, 그리고 6, $25^{\circ}C$ 및 50 rpm이었다. 그리고 명/호기조건(0.5~1 vvm)에서는 명/혐기조건(0 vvm)보다 균생장 및 IAA 합성이 양호하였으나 광합성색소 형성은 크게 억제되었다. 따라서 최적배양조건은 명/혐기조건에서 pH 7, 온도 $30^{\circ}C$ 및 회전속도 100 rpm을 선발하였으며, IAA 합성을 유도한 배양액을 생육촉진 효과검증에 이용하였다. 시험결과 R. palustris JK-1 균주를 열무에 3% (v/v) 처리 시 지상부 및 지하부 건물중이 무처리 및 배지처리구 대비 각각 20~58% 및 40-28% 증가하였다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제23권3호
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• pp.165-171
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• 2016

목적: Human parechovirus (HPeV)는 영아에서 중추신경계 감염 및 패혈증의 주요한 원인의 하나로 최근에 새로이 주목받고 있는 바이러스이다. 그러나, 영아 이후 시기에 발병하는 HPeV 감염에 대한 연구나 보고는 거의 없다. 본 연구는 소아기 전 연령대에 걸친 HPeV의 국내 유병률 및 그 임상적 특징을 알아보고자 하였다. 방법: 2013년 1월부터 2014년 7월까지 발열 혹은 수막염 의심 증상으로 서울대학교병원에 내원하여 뇌척수액 검사를 시행 받은 소아의, 보호자 서면 동의를 얻어 수집한 잉여 뇌척수액 검체를 대상으로 하였다. 뇌척수액 검체에서 HPeV 특이 5' untranslated region을 역전사 중합효소연쇄반응(reverse transcription polymerase chain reaction)으로 증폭하여 HPeV 감염을 진단하고, HPeV의 viral protein 3/1 (VP3/VP1) region의 염기서열을 분석하여 유전자형을 확인했다. 이들의 임상 및 진단검사적 특징을 후향적 의무기록분석을 통해 평가하고, 같은 시기에 뇌척수액 GeneXpert (Cepheid)검사로 진단된 장바이러스(enterovirus [EV]) 수막염 환자군과 비교하였다. 결과: 총 102개의 뇌척수액 검체를 분석하였다. 이 중 HPeV 양성인 검체는 6개(5.9%)였고, 21개의 EV양성 검체 중 2개에서 HPeV가 함께 검출되었다. HPeV는 2013년 6월과 2014년 5월에서 7월 사이에 수집된 검체에서 나타났고, 모두 HPeV3형이었다. HPeV 양성인 환자 중 2명이 3개월 이하의 영아였고, 나머지 4명은 1세 이상이었다(19-180개월). 1세 이하의 HPeV 환자들은 특별한 신경학적 증상 없이 발열과 같은 비특이적 증상을 보였으나, 1세 이상의 HPeV 환자들에서는 발열과 함께 뇌전증, 의식소실과 같은 중증 신경학적 증상이 동반되었다. EV 양성인 뇌척수액 검체의 대다수(73.7%)에서 뇌척수액 내 백혈구 증다증이 관찰된 반면, HPeV의 경우 연령 대비 정상 범위를 보였다. 결론: HPeV에 의한 중추신경 감염증은 주로 3개월 이하의 영아에서 호발하는 것으로 알려져 있으나, 본 연구에 의하면 영아기 이후의 소아청소년에서도 HPeV 감염이 발생할 수 있다. 특히, 영아기 이후의 소아청소년에서 신경학적 증상을 동반한 발열이 있으나 정상 뇌척수액 검사 소견을 보이는 경우 HPeV를 병원체의 하나로 고려할 필요가 있겠다. 국내 소아 전반에 있어서 HPeV 감염의 역학과 임상적 특징을 밝히기 위해 향후 추가 연구가 필요하다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제19권4호
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• pp.389-396
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• 2001

목적 : 임상에서 사용하는 방사선량을 조사하여 환자의 자궁경부암 세포에서 유도되는 유전자를 검색하고자 하였다. 대상 및 방법 : 자궁경부암 환자에서 방사선치료 하루 전(대조군)과 1.8 Gy 조사후 40분 지나서(조사군) 자궁경부암 조직을 생검하여 각 군에서 total RNA를 추출하였다. differential display reverse transcription-polymerase chain reaction기법(DDRT-PCR)으로 발현이 증가 또는 감소된 유전자를 탐색하였다. 발현에 변화가 있는 cDNA를 추출하고 증폭하여 얻은 클론을 reverse Northern Blot방법을 이용하여 screening하였고, Northern Blot으로 확인하였다. sequencing을 실시한 후 NCBI database를 이용하여 blast search를 하였다. 발현이 감소한 유전자를 대상으로 다른 환자에서의 발현 양상을 확인하기 위하여 방사선치료를 받는 5명의 자궁경부암 환자를 대상으로 RT-PCR로 검사 하였다. 결과 : DDRT-PCR기법을 이용하여 방사선 조사군에서 발현이 증가 혹은 감소된 18개의 cDNA band를 발견하였다. reverse northern blot을 이용한 screening에서 발현이 증가된 10개의 클론과 감소된 1개의 클론을 확인하였다. 클로닝된 cDNA 조각들은 대부분 $400\~500\;bp$ 정도 되었으며, 그중 1개의 클론은 잘 알려져 있는 chemokine receptor CXCR4 유전자와 높은 상동성을 보였으며, 4개의 클론은 Human ESTs로 확인되었고 5개의 클론은 기능이 아직 확인되지 않은 알려져 있는 염기서열로 확인되었다. 방사선에 의하여 발현이 감소한 CxCa-11 클론이 모든 환자에서 방사선치료 전 시료에서 발현을 보였으나, 방사선치료 후 시료에서는 그 발현량이 감소하거나 발현이 안되었다. 결론 : DDRT-PCR을 이용하여 임상에서 자주 사용되는 방사선량을 환자의 자궁경부암에 조사했을 때 발현되는 유전자를 확인하였다. 이러한 유전자 발현의 확인은 방사선치료과정 중에 발생하는 일련의 기전들을 이해하는데 도움이 되리라 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.284-292
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• 2012

파밤나방(Spodoptera exigua)은 유기합성 농약을 이용한 화학 살충제 외에 뚜렷한 방제방법이 알려져 있지 않으나, 그에 대한 저항성과 더불어 식물을 가해하는 방법에 있어 그들만의 독특한 숙주 가해습성으로 인해 난방제 해충으로 알려져 있다. 화학살충제에 대한 저항성의 해결을 위하여 곤충병원성 바이러스 및 세균을 이용한 살충제가 개발되어 있으나, 이들 역시 파밤나방 유충이 줄기 속으로 들어가는 가해습성으로 인하여 효과적이지 못한 실정이다. 그러므로 본 연구에서는 그들의 가해습성과 저항성을 극복할 수 있는 새로운 방제원으로써, 체벽과의 일시적인 접촉을 통해 살충성을 발휘할 수 있는 파밤나방에 대한 병원성 곰팡이를 분리하고 그 특성 및 살충성을 조사하였다. 파밤나방 병원성 곰팡이는 파밤나방 누대사육 중 곰팡이병 증상을 보이며 이병된 사충으로부터 분리하였으며, 분리 곰팡이는 배지에서의 증식상 및 현미경적 관찰을 통한 형태학적 동정과 더불어 ITS, ${\beta}$-tublin 및 EF1-${\alpha}$ 부분의 염기서열 분석을 통해 Nomuraea rileyi로 최종 동정하고 N. rileyi SDSe로 명명하였다. 분리 균주의 파밤나방에 대한 살충력 검정은 $1{\times}10^4-10^8conidia/ml$까지의 다양한 포자현탁액에 파밤나방 3령 유충을 침지하는 조건으로 수행한 결과, 20-54%의 살충률을 나타냈으며 포자현탁액의 농도가 증가할수록 살충력도 증가하는 양상을 나타냈다. 본 연구결과 분리된 N. rileyi 균주가 비록 높은 살충력을 보이지 않았으나, 파밤나방이 난방제 해충임을 감안할 때 다른 방제방법과 함께 종합적 해충 방제 방법에 있어 효과적인 방제수단의 일환이 될 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권6호
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• pp.711-718
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• 2007

본 연구는 한우의 모색발현에 정확히 어떤 유전자가 어떤 유전기작에 의해 관여하고 있는가를 규명하고자 황갈색의 모색을 지닌 한우와 검정모색을 지닌 홀스타인과의 교배를 통해 만든 F2집단의 DNA를 이용하여, MC1R, ASIP 및 TYRP1 유전자형과 한우모색 발현양상을 연관분석 하였으며, 또 한우 집단내에서의 이들 유전자형 빈도를 조사하여 황갈색 한우모색 다양성과 후보유전자 변이의 연관성연구에 필요한 정보를 제공하고자 하였다. MC1R 유전자의 경우 황갈색을 지닌 3두의 유전자형은 모두 e/e 형으로 밝혀졌으며, 검정모색을 지니고 태어난 나머지 3두의 두 좌위에서의 유전자형은 ED/e임을 확인하였는데 황갈색과 검정모색의 비율이 1:1로 나온다는 것은 MC1R 단일유전자가 한우의 모색에 중요한 영향을 미치는 것으로 사료된다. MC1R 이외의 모색발현에 영향을 줄 수 있는 ASIP와 TYRP1 유전자들은 F2 집단에서 염기서열을 분석한 결과 이들 유전자들이 한우 황갈색모색에 주된 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 하지만 TYRP1 유전자에서 발견된 329번 (Glu329Lys) 아미노산 변이는 TYRP1 단백질의 구조와 화학적 성질에 영향을 줄 수 있는 것으로 사료되어 한우집단에서 황갈색바탕의 모색변이에 영향을 줄 수 있는지에 대한 추가적인 연구가 이루어져야 할 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제32권3호
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• pp.167-173
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• 2005

본 연구는 고추열매의 capsaicinoid 생합성 조절 기작을 연구하고자 general phenylpropanoid pathway의 2번째 단계에 작용하는 것으로 알려진 3종류의 c4h cDNA clone을 확보하여 염기서열을 분석한 결과, pc4h1와 pc4h2의 크기는 각각 1,775 bp와 1,655 bp으로 505개의 아미노산으로 구성된 펩티드를 암호하는 full length의 ORF를 갖추고 있었으나 pc4h3는 5'-말단의 coding 영역 일부가 소실 되었다. 이들은 공히 모든 cytochrome P450 효소에서 진화학적으로 보존되어 있는 3종류의 conserved region 즉 domain 1(proline-rich region), domain 2 (threonine-containing binding pocket for the oxygen molecule), 그리고domain 3(heme binding region)을 포함하고 있었으며 evolutionary tree분석을 통하여 pc4h1와 pc4h2는 모두 Class I에 속하는 것으로 서로 간에는 95.8%의 유사성을 나타내어 거의 동일한 유전자인 것으로 조사되었다. 특히 Class II로 분류된 Citrus sinensis C4H1과 Phaseolus vulgaris C4H와는 단지 64.9에서 64.5%의 homology를 나타내었다. 또한 pc4h2는 상처를 주지 않은 조직에서는 비교적 적은 양의 mRNA 발현수준을 보였으나 상처를 가한 후 6시간의 열매에서는 400%, 뿌리에서는 200%까지 그 발현 양이 증가하였다. 이와 유사하게 pc4h1의 전사량도 상처에 의하여 유도는 되나 basal level이 pc4h2보다 높아서 발현증가 비율은 그다지 높지 않았다. 반면에 pc4h3 유전자는 상처를 주지 않은 모든 조직에서 거의 발현되지 않았으며 상처에 의하여서도 전혀 반응을 하지 않았다.

• 원예과학기술지
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• 제32권6호
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• pp.872-878
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• 2014

이 연구는 생물비료로서 클로렐라(Chlorella vulgaris) 분무처리에 의한 유기농 딸기와 엽채류의 신선도와 저장성 향상을 목표로 하였다. 클로렐라 균주 CHK0008은 유기농 벼재배 논의 담수에서 분리하였으며 형태적 특징과 18S rDNA와 23S rDNA 염기서열 비교에 의해 C. vulgaris로 동정하였다. 실험에 사용한 C. vulgaris CHK0008 균주는 BG11 변형배지(BGMM)에서 잘 배양되었으며 UV/VIS 분광광도계로 680nm에서 흡광도를 측정하였을 때 1 OD의 C. vulgaris CHK0008는 $2.15{\times}10^6cell/mL$ 농도로 개산하였다. 클로렐라(C. vulgaris)의 엽면처리구와 무처리구를 비교하였을 때 '설향'과 '육보' 딸기 품종의 당도가 각각 22.2%, 11.5% 향상되었다. 또한 엽면처리구의 '설향'과 '육보' 딸기 품종의 부패율은 무처리구에 비해 각각 63.8%와 74.4% 감소하였다. 엽채류인 상추, 케일, 붉은 케일, 흰 케일, 비트의 엽색 변화 및 백화현상이 저온저장 10일 후 물만 분무 처리한 무처리에서 관찰되었다. 그러나 25% C. vulgaris 배양액을 엽면 처리한 엽채류를 $4^{\circ}C$에서 저장하는 동안 부패율이 무처리에 비해 현저히 감소하였다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.756-763
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• 2013

당근의 기계적인 제모 시 발생하는 종자의 손실과 발아 시의 문제점을 개선한, 고품질의 당근 종자 생산을 위한 단모종자 당근 품종 육성에 이용할 분자표지를 개발하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 본 연구에서는 2008년도부터 2013년도까지 단모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 389-1 개체와 장모종자 표현형 CT-SMR 616-33 개체를 자가수분하여 세대 진전된 당근 계통들을 종자모 형질 관련 RAPD-SCAR 분자표지를 개발하는데 이용하였다. 이들 계통의 종자모 길이를 현미경을 이용하여 분석하였으며, 분석된 결과를 바탕으로 계통을 세대진전 시켜, 분자표지 다형성과도 비교분석하였다. 분자 표지 개발을 위하여 세대가 고정되었다고 판단되는 2011년 계통을 대상으로 80개의 random primer를 이용한 RAPD 분석을 통해 12개의 개체간 뚜렷한 차이를 보이는 종자모 형질 관련 특이적 band를 확인하였다. RAPD-SCAR 분자표지 개발을 위해 확인된 이들 특이적 band의 염기서열 분석을 통해 SCAR primer를 작성하였으며 각 SCAR primer는 24-28mer 크기로 3조합 이상 작성하였다. 분석 결과 작성된 SCAR primer 중 $SCA2_{1.2}$가 단모종자 표현형 계통에서만 특이적으로 증폭되는 것을 확인하였다. 이 $SCA2_{1.2}$ 분자표지의 정확성을 검증하기 위해 2012년도 계통과 2013년도 계통을 이용하여 재검증하였으며, 그 결과 개발된 SCAR 분자표지는 단모종자와 장모종자 계통을 구분할 수 있는 충분한 다형성을 제공하였다. 따라서 본 연구에서 개발된 SCAR 분자표지, $SCA2_{1.2}$는 당근의 단모종자 품종 육성 연구에 충분히 활용가능 할 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.461-466
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• 2014

본 연구에서는 독도에 자생하는 3종의 해안식물 해국(Aster sphathulifolius), 땅채송화(Sedum oryzifolium), 갯까치수영(Lysimachia mauritiana)을 연구 재료로 사용하였다. 각 식물에서 근권세균을 각 9주씩 분리하고, 동정하여 이들 세균의 다양성을 조사하고 근권 토양의 세균 집단 조성을 분석하였다. 16S rDNA의 염기서열 분석 결과, 계통학적으로 총 4문 19종의 근권세균이 분리, 동정, 확인되었다. 또한 본 실험을 통하여 독도 자생식물 근권 균주의 최적 생육 환경이 확인되었다. S. oryzifolium는 Rhodobacterales목, Micrococcales목, Corynebacteriales목, Flavobacteriales목, Oceanospirillales목, Bacillales목의 세균 균주가 확인되었으며, 자생식물 L. mauritiana에서는 Micrococcales목, Flavobacteriales목, Rhizobiales목, Oceanospirillales목, Rhodobacterales목, Bacillales목의 세균균주가 확인되었다. 자생식물 A. sphathulifolius에서는 Flavobacteriales목, Rhizobiales목, Corynebacteriales목, Micrococcales목, Alteromonadales목 및 Bacillales목의 균주가 분리, 동정, 확인되었다. 본 연구를 바탕으로 3종의 자생식물에서 방선균문(Actinobacteria)과 프로테오박테리아문(Proteobacteria)에 속하는 근권세균이 많이 존재함을 확인할 수 있었다.