• 한국어병학회지
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• 제28권1호
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• pp.27-35
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• 2015

Viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV)는 세계적으로 담수와 해산어에 심각한 경제적 손실을 야기시키는 주요바이러스이다. 이매패류는 감염어로부터 해수로 방출된 바이러스를 여과섭식작용을 통해 축적하는 것으로 알려져 있어 carrier로써의 가능성이 보고된 바 있으므로. 본 연구에서는 이를 확인하기 위해 국내 어류 양식장 주변에 서식하는 참굴(Crassotrea gigas)과 담치(Mytilus edulis)를 샘플링하였고, RT-PCR법을 통해 바이러스를 검출하여 패류 내 VHSV존재를 확인하였다. 기존 병성감정기관에서 사용하는 primer로는 IVa genotype만을 검출할 수가 있었기 때문에 Glycoprotein(G) gene의 conserved region에 대한 primer를 제작하여 VHSV의 4가지 타입 모두 검출할 수 있게 하였고 이를 본 연구에 사용하였다. 총 84개 중 22개의 시료가 nested PCR을 통해 양성으로 확인되었고, 이 중 6개의 양성시료를 시퀀싱하여 유전학적 분석을 실시하였다. 그 결과 국내 여러 지역의 패류에서 검출된 VHSV는 모두 IVa genotype으로 아주 제한적인 결과를 보여주었으며, 이는 국내 어류에게 질병을 일으키는 VHSV의 타입은 IVa genotype이라는 이전의 보고와 상응하는 결과를 나타냈다고 할 수 있다. 결론적으로 본 연구에서는 양식장 주변에 서식하는 이매패류의 여과섭식작용으로 인한 축적되는 바이러스로 인한 전염가능성과 패류 내 존재하는 바이러스와 어류에서 질병을 발생시키는 바이러스와의 상호관계를 조사하였으며, 향후 다른 genotype의 유입 및 검출을 위한 연구는 계속적으로 필요하다고 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제25권3호
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• pp.323-328
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• 2015

본 연구에서는 울릉도 성인봉지역의 근권 토양시료로부터 세균군집의 다양성을 조사하였다. 파이로시퀀싱에 의한 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석결과 총 1,613개 OTUs를 확인했다. 세균 군집 조사결과 문 수준에서 Proteobacteria문이 42.29%, Acidobacteria문이 26.30%, 그리고 Actinobacteria문이 6.89%로 전체세균의 81.47%를 차지하였다. 강 수준에서는 α-proteobacteria강이 36.07%로 우점하고 있었으며, Acidobacteria_c강이 10.65% 차 우점하였다. 과 수준에서는 Bradyrhizobiaceae과가 22.83%로 우점하고 있었으며, Acidobacteriaceae과가 10.62%으로차 우점하고 있었다. 울릉도와 독도는 환경적으로 유사하지만 울릉도에서의 식물상이 보다 다양하고 개체수가 훨씬 많기 때문에 우점하고 있는 세균의 비율은 높은 차이를 보였지만 비우점 세균들이 차지하는 비율은 다양하게 나타났다. 울릉도와 독도의 세균군집의 다양성 차이는 환경요인에 의한 영향보다 지리적인 위치와 더 관련이 있으며 또한 식생의 유형에 따라 세균 군집의 다양성 영향을 미치는 것으로 보인다.

• 생명과학회지
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• 제28권10호
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• pp.1244-1253
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• 2018

반추위 속에는 박테리아, 고세균, 프로토조아, 곰팡이 및 바이러스와 같은 다양한 미생물들이 편성의 혐기조건에서 공생하고 있다. 사료의 발효에 중요한 역할을 하고 있는 반추위 미생물은 위내 발효과정에서 에너지 손실에 영향을 주는 메탄의 발생을 제외하면 에너지와 단백질 대사에 필수적인 다양한 휘발성 지방산을 생산한다. 반추위내 미생물의 이용효율을 개선시키기 위해 사료배합비조절, 천연사료첨가제, 생균제첨가 등의 다양한 접근방법들이 사용되고 있다. 최근에 반추위 군집에 대한 메타유전체 또는 메타전사체와 같은 차세대 유전체 해독기술 또는 차세대 시퀀싱 기술의 적용으로 반추위 미생물의 다양성 및 기능에 대한 이해가 크게 증가하였다. 특히 메타단백질체와 메타대사체는 반추위 생태계의 복잡한 미생물네트워크에 대한 더 깊은 통찰력을 제공할 뿐만 아니라, 다양한 반추가축용 사료에 대한 반응을 제공함으로서 생산효율을 개선시키는데 기여하였다. 본 논문에서는 반추위내 사료의 발효와 이용을 향상시키기 위한 메타오믹스 기술, 즉, 메타유전체, 메타전사체, 메타단백질체 및 메타대사체의 최신 응용기술을 요약하고자 한다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.427-434
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• 2008

대퇴골두무혈성괴사증은 다원적인 질병으로 특정 집단의 경우 더 많은 위험성을 내포하고 있다. 특히 스테로이드의 과용과 알코올 남용 등으로 인한 지질대사의 변화는 골괴사증의 주요 원인 중 하나이다. 본 연구는 골괴사 환자와 대조군 사이에서 HMG-CoA reductase 유전자의 다형성과 질환발생과의 연관성에 대해 알아보았다. 24명의 한국인을 대상으로 HMG-CoA reductase 유전자를 시퀀싱하여 5곳의 유전자 다형성을 확인하였다. 349명의 남성 환자와 300명의 남성 대조군을 대상으로 네 곳(-6933C>T, -6045T>G, +12673G>A, +18128C>T)의 유전자다형성의 빈도를 비교하였다. 그 결과 HMG-CoA reductase 유전자의 다형성과 질환발생 및 혈장 지질농도와는 어떠한 상관관계도 보이지 않았다.

• 한국어병학회지
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• 제31권1호
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• pp.9-13
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• 2018

2017년 1월에서 4월까지 강원도 고성에서 사육중인 명태 친어로부터 수정란을 채집하여 신경괴사증바이러스(nervous necrosis virus, NNV)의 검출을 시도하였다. 매 회 50 mg씩 수정란을 채집하여 이를 1 set로 간주하였으며 총 37 set를 제작하였다. RNA를 추출하고 cDNA를 합성하여 NNV를 대상으로 reverse transcriptase PCR을 실시하였다. 그 결과, one-step PCR법으로는 37 set의 시료가 모두 음성이었으며, two-step PCR법으로는 5.4% (2/37)의 시료가 양성을 나타내었다. 그러나, band의 농도가 매우 낮아 시퀀싱은 불가능하였다. 본 연구의 결과 및 이전 연구의 결과로부터 현재 국내에서 양식하고 있는 명태에서 NNV 감염에 의한 폐사는 발생하지 않는 것으로 추정된다. 하지만, 지속적인 모니터링 및 양성 개체 출현 시 바이러스 분리의 시도 등은 필요할 것으로 생각된다.

• 생태와환경
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• 제54권3호
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• pp.156-169
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• 2021

동물플랑크톤 군집 연구에 DNA 바코딩과 같은 DNA 분석 기법의 적용은 분류형태학을 기반으로 하는 전통적인 종동정 시 발생할 수 있는 문제(e.g. 개체의 표현형 가소성에 의한 오동정, 유사종 및 자매종, 유생 시기의 종 동정의 어려움)를 보완할 수 있다. 최근 DNA 시퀀싱 기술의 발전으로 다양한 수생태계의 동물플랑크톤 군집은 물론, 육안 및 현미경을 통해 구분하는 데 한계가 있는 동물플랑크톤의 위 내용물에 대한 DNA 기반 군집 분석 또한 가능하게 되었으며, 이는 동물플랑크톤의 섭식 먹이원 분석을 통한 생물학적 상호작용을 이해를 돕는다. 본 논문은 동물플랑크톤 연구에 DNA 분석 기법이 활용된 사례(e.g. DNA 바코딩을 이용한 계통분류학적 연구, 메타바코딩을 이용한 군집 분석, 위 내용물 분석)를 소개하고 분석 방법을 요약하여, 최종적으로 향후 이를 활용하고자 하는 연구자들에게 연구 접근성을 높일 수 있도록 방법론적인 기초 지식을 제공하고자 하였다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권4호
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• pp.399-405
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• 2021

비만은 우리 건강에 악영향을 미치며, 비만율은 전 세계적으로 증가하고 있어 그에 따라 비만을 예방하기 위한 많은 연구들이 진행되고 있다. 최근, 비만과 장내미생물 간의 상관관계가 많이 보고되고 있다. 장내미생물생태를 조사하기 위한 샘플은 분변 또는 맹장을 선택하고 있는데, 샘플 유형(분변 및 맹장)에 따라 미생물생태 결과에 미치는 영향에 대한 일반적인 이해가 없는 실정이다. 본 연구에서 마우스를 고지방 식이 섭취로 비만을 유발하여 식이 조절에 따른 분변 및 맹장의 장내미생물생태를 비교했다. 일반 식단(ND) 및 고지방 식단(HFD)은 6주령 ICR 마우스가 12주 간 섭취하도록 하였으며, 분변 및 맹장 샘플로부터 추출한 DNA에서 16S rRNA 유전자를 증폭하여 MiSeq으로 시퀀싱했다. 𝛼-diversity 결과는 식이 조절과 샘플 종류에 따라 장내미생물생태가 크게 영향을 받는다는 것을 보여준다. 분변과 맹장의 장내미생물생태의 taxonomic composition의 차이는 Family, Genus 수준에서 명확하게 확인되었다. Genus 수준에서 Faecalibaculum과 Lactobacillus는 맹장과 분변 샘플에서 각각 많은 것으로 나타났다. 일반적으로, 식단의 종류는 식이 조절을 적용한 연구 모델에서 샘플의 출처보다 미생물생태 변화에 더 상당한 영향을 미친다. 그러나, 장내미생물생태 분석 결과는 식단과 샘플의 종류(분변/맹장)를 모두 고려하여 신중하게 해석되어야 한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제48권1호
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• pp.34-43
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• 2021

CRISPR/Cas9에 의한 유전자 교정 기술은 유용 형질을 갖는 작물 및 임목의 육성에 있어 널리 사용되고 있는 핵심 기술이다. 유전자 교정 임목 육성에는 아그로박테리움에 의한 형질전환 방법이 높은 효율로 시행된 연구가 많았고 따라서 형질전환에 사용된 플라스미드 서열이 식물 유전체 안에 존재한다는 문제가 남아 있었다. 본 연구에서는 CRISPR/Cas9을 사용하여 유전자 교정 임목을 육성하는 데 기존에 알려진 벡터 도입 기술이 아닌, 단일 가닥 가이드 RNA (sgRNA)와 Cas9 단백질을 혼합하여 만든 리보핵산단백질을 현사시나무 원형질체에 도입하는 방법을 기술하였다. 염 스트레스 내성 관련 인자 PagSAP1 유전자를 표적으로 하는 3종류의 sgRNA를 디자인하고, 각 sgRNA와 Cas9 단백질을 혼합하여 만든 리보핵산단백질을 원형질체에 도입하였다. 표적화 딥시퀀싱을 통해 리보핵산단백질 형성 시 sgRNA와 Cas9 단백질을 혼합하고 일정 시간 배양하여 안정화되는 시간이 필요한 것을 확인하였다. 또한 sgRNA3의 리보핵산단백질이 sgRNA1, sgRNA2의 리보핵산단백질보다 높은 교정 효율을 보이는 것을 확인하였다. 본 실험을 통해 리보핵산단백질을 이용한 유전자 교정 기술이 임목에도 적용될 수 있음이 확인되었고, 이는 외래 유전자 없이 유전자 교정 임목을 육성하는 데 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제22권1호
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• pp.28-36
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• 2022

목적: 혈장 아미노산(PAA) 및 소변 유기산(UOA) 분석에서 비정상적인 대사 산물의 검출은 리 증후군과 같은 임상 미토콘드리아 질환을 진단하는 데 사용되었다. 본 연구에서는 PAA 및 UOA 분석의 진단적 가치와 유효성을 검토하였다. 방법: 이 논문은 2003년에서 2018년 사이에 단일 3차 진료 센터에서 진단된 리 증후군 환자에 대상으로 후향적 연구로 진행되었다. 전체 미토콘드리아 시퀀싱 및 핵 DNA 관련 미토콘드리아 유전자 패널 분석을 통해 미토콘드리아 DNA (mtDNA) 돌연변이 관련 리 증후군에 대해 19명의 환자가 양성이었고 57명의 환자는 음성인 것으로 밝혀졌다. 그 이후에 PAA 및 UOA 분석 결과를 비교하였다. 결과: 두 그룹 간의 PAA 및 UOA 분석 결과를 비교한 결과, mtDNA 돌연변이 양성 Leigh 증후군과 mtDNA 돌연변이 음성 Leigh 증후군 그룹 간에 비정상적인 대사 산물은 뚜렷한 차이를 보이지 않았다. 결론: PAA 및 UOA 분석은 리 증후군을 진단하거나 mtDNA 돌연변이 관련 리 증후군을 선별하기 위한 부적절한 검사 방법이다. 그러나 UOA 분석은 여전히 리 증후군에 대한 적합한 선별 검사일 수 있다.

• 생명과학회지
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• 제34권6호
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• pp.434-441
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• 2024

유선 종양은 중성화되지 않은 암컷 반려견에서 가장 빈번하게 발견되는 종양으로, 중요한 임상 문제로 대두되고 있다. 반려견 유선 종양(CMT)과 인간 유방암(HBC)의 강한 유사성으로 인해, 인간 유방암에서 확인된 바이오 마커는 반려견 유선종양에서도 검출될 수 있다. 이러한 바이오 마커는 조기 진단, 예후 및 치료 전략에 유용한 통찰력을 제공하는 것으로 나타났다. 본 논문은 연구되어진 반려견 유선종양 바이오 마커에 대한 간략한 개요를 제공하고자 한다. 반려견 유선 종양의 전통적인 치료는 외과적 수술로 시작하여 화학요법, 방사선 요법, 또는 호르몬 요법이 뒤따르지만, 이러한 치료법만으로는 항상 충분하지 않을 수 있다. 반려견 유선 종양 특이적 발암 기전 이해의 바탕으로 개발된 바이오 마커는 환견에게 더 나은 결과를 제공할 희망을 준다. 단일 세포 RNA 시퀀싱 분석은 종양 내 및 종양 간 이질성에 대한 유익한 정보를 제공할 수 있다. 본 리뷰 논문은 반려견 유선 종양 바이오 마커에 대한 현재 연구를 탐구하고 그 발전 방향을 제안한다.