• 대한약침학회지
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• 제16권1호
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• pp.30-36
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• 2013

Objective: Panax ginseng is one of the most medicinally used herbal medicines in the world. Wild ginseng is widely accepted to be more active than cultivated ginseng in chemoprevention. However, little has actually been reported on the differences between wild ginseng and cultivated ginseng. Method: To identify wild ginseng-specific genes, we used suppressive subtraction hybridization. Results: We report that one of the clones isolated in this screen was the GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) gene (designated pGAPDH-w). DNA BLAST sequence analysis revealed that this pGAPDH-w gene contained novel sequences of 94 bp. RT-PCR results showed that the expression of the pGAPDH-w gene was significantly up-regulated in the wild ginseng as compared with the cultivated ginseng. Conclusion: The pGAPDH-w gene may be one of the important markers of wild ginseng.

• 대한약침학회지
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• 제15권2호
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• pp.20-23
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• 2012

Panax ginseng is a well-known herbal medicine in traditional Asian medicine, and wild ginseng is widely accepted to be more active than cultivated ginseng in chemoprevention. However, little has actually been reported on the difference between wild ginseng and cultivated ginseng. Thus, to identify and analyze those differences, we used suppressive subtraction hybridization (SSH) sequences with microarrays, realtime polymerase chain reaction (PCR), and reverse transcription PCRs (RT-PCRs). One of the clones isolated in this research was the chloroplast rpoC1 gene, a ${\beta}$subunit of RNA polymerase. Real-time RT-PCR results showed that the expression of the rpoC1 gene was significantly upregulated in wild ginseng as compared to cultivated ginseng, so, we conclude that the rpoC1 gene may be one of the important markers of wild ginseng.

• 대한약침학회지
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• 제15권1호
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• pp.18-22
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• 2012

Panax ginseng is a well-known herbal medicine in traditional Asian medicine. Although wild ginseng is widely accepted to be more active than cultivated ginseng in chemoprevention, little has actually been reported on the difference between wild ginseng and cultivated ginseng. Using suppressive subtraction hybridization, we cloned the p-psbB gene as a candidate target gene for a wild ginseng-specific gene. Here, we report that one of the clones isolated in this screen was the chloroplast p-psbB gene, a chlorophyll a-binding inner antenna protein in the photosystem II complex, located in the lipid matrix of the thylakoid membrane. Real-time results showed that the expression of the p-psbB gene was significantly up-regulated in wild ginseng as compared to cultivated ginseng. Thus, the p-psbB gene may be one of the important markers of wild ginseng.

• BMB Reports
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• 제34권1호
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• pp.59-65
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• 2001

In subtractive hybridization, target sequences in the tester are enriched by hybridizing with an excess amount of driver, followed by removing the tester hybridized with the driver. All of existing subtractive cloning methods are designed to remove the tester/driver hybrid. The removal of hybrid, however, is often unsatisfactory For various reasons. In this study we developed a subtractive enrichment protocol in which the tester/driver can be completely removed by selecting only the tester/tester after hybridization. In this protocol both the tester and driver DNAs are ligated with same linker DNAs and amplified by polymerase chain reaction (PCR). The tester DNA is then digested with two different enzymes and used in subsequent hybridization with an excess driver. After hybridization, the DNA is ligated with the adaptor that is only compatible with the tester/tester. Since only the tester/tester can have the new adaptor, no tester/driver can be amplified by PCR in this protocol. Unlike other methods, a 100% subtraction efficiency can be achieved even though the enzymatic treatments used in the enrichment procedure are incomplete. Furthermore, only the hybridized tester DNA can have the new adaptor and be amplified by PCR, resulting in 100% denaturation in effect. The efficacy of this novel method was verified with the model system in which a known amount of the target sequence is included.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제18권3호
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• pp.225-230
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• 2003

본 연구는 DNA 상해유도기작을 규명하기 위하여 하등 진핵생물인 분열형 효모 Schizosaccharomyces Pombe로부터 subtraction hybridization방법을 이용하여 자외선 유도 유전자인 UVI-180을 분리하고 그 유전자 구조와 발현양상을 조사하였다. UVI-180유전자의 발현양상을 Northern hybridization 방법으로 살펴본 결과 자외선(ultraviolet-light)조사 1시간 후에 최대의 발현 증가를 나타내었다. 반면 알킬화제인 MMS(methyl methanesulfonate)처리에 의해서는 전혀 발현이 증가되지 않았다. 이 결과 UVI-180유전자는 DNA상해에 따라 각기 다른 발현양상을 나타냄을 알 수 있었다. 유전자의 기능을 알기 위하여 null-mutant세포 주를 제조하여 그 특성을 살펴본 결과 이 유전자는 세포의 성장에 필수적인 유전자임을 알 수 있었다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제21권1호
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• pp.21-26
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• 2006

본 연구는 DNA 상해유도기작을 규명하기 위하여 하등 진핵생물인 분열형 효모 Schizosaccharomyces pombe로부터 subtraction hybridization방법을 이용하여 자외선 유도 유전자인 UV150과 UV200을 분리하고 그 유전자 구조와 발현양상을 조사하였다. 분리한 유전자의 발현양상을 Northern hybridization 방법으로 살펴본 결과 자외선 조사 1시간 후부터 발현이 증가되었다. 또한 알킬화제인 Methyl Methanesulfonate (MMS) 처리에 의해서도 발현이 증가되었다. 이 결과 다른 UV-inducible유전자와는 다르게 분리한 UV150유전자는 UV에 UV200유전자는 MMS에 의하여 발현이 증가됨을 알 수 있었다. 유전자의 기능을 알기 위하여 URA4 유전자를 이용하여 null-mutant 세포주를 제조하여 그 특성을 살펴본 결과 분리한 UV150 유전자는 세포의 성장에 필수적인 유전자임을 알 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제26권7호
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• pp.921-929
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• 2013

Huoyan goose is a Chinese local breed famous for its higher laying performance, but the problems of variety degeneration have emerged recently, especially a decrease in the number of eggs laid. In order to better understand the molecular mechanism that underlies egg laying in Huoyan geese, gene profiles in the pituitary gland of Huoyan geese taken during the laying period and ceased period were investigated using the suppression subtractive hybridization (SSH) method. Total RNA was extracted from pituitary glands of ceased period and laying period geese. The cDNA in the pituitary glands of ceased geese was subtracted from the cDNA in the pituitary glands of laying geese (forward subtraction); the reverse subtraction was also performed. After sequencing and annotation, a total of 30 and 24 up and down-regulated genes were obtained from the forward and reverse SSH libraries, respectively. These genes mostly related to biosynthetic process, cellular nitrogen compound metabolic process, transport, cell differentiation, cellular protein modification process, signal transduction, small molecule metabolic process. Furthermore, eleven genes were selected for further analyses by quantitative real-time PCR (qRT-PCR). The qRT-PCR results for the most part were consistent with the SSH results. Among these genes, Synaptotagmin-1 (SYT1) and Stathmin-2 (STMN2) were substantially over-expressed in laying period compared to ceased period. These results could serve as an important reference for elucidating the molecular mechanism of higher laying performance in Huoyan geese.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제50권2호
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• pp.122-125
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• 2012

본 연구는 누에 배자 발생 초기 특이 발현 유전자 프로모터를 개발하기 위한 연구의 일환으로 추진하였다. 누에 초기 및 후기 배자로 부터 분리한 mRNA를 사용하여 subtractive hybridization 분석법으로 누에 배자 발생 초기 특이 발현 유전자 4종을 선발할 수 있었다. 선발된 4종 유전자는 각각 BmNanos protein mRNA, BmNanos-P protein mRNA, BmNanos-O protein mRNA 및 BmVasa protein mRNA 유전자와 매우 높은 상동성을 보였다. 또한, 본 연구에서는 Northern hybridization 분석 및 real time PCR 분석을 통하여 배자 초기에 특이적으로 고발현하는 BmNanos-like 등 4개 선발 유전자의 발현 특성을 확인하였다. 이러한 결과는 추후 추진 할 누에 형질전환용 전이벡터의 효율성 제고를 위한 연구에 활용될 것으로 기대된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권1호
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• pp.13-22
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• 2002

한우의 성장단계 특이발현 유전자를 탐색하기 위하여, 본 연구에서는 유전자의 발현 유무 및 발현정도의 차이를 나타내는 유전자를 분리하는데 있어 가장 강력한 수단으로 알려진 subtractive cDNA hybridization 기법을 이용하여 한우 등심조직으로부터 12개월령 및 24개월령 특이적인 subtractive cDNA library를 제작하였다. 성장단계 특이적인 유전자를 탐색하기 위하여, 6, 12 및 24개월령 cDNA를 사용하여 reverse northern blot 분석을 실시하였으며, 6개월령 cDNA probe에 대하여 특이적인 signal을 나타낸 3개의 clone은 EPV 20, Ca2+ ATPase, 및 TCTP 유전자와 유사성을 나타내었다. 12개월령 cDNA probe에 대하여 특이적인 signal을 나타낸 9개의 cDNA clone은 각각 VCP, HSP 70, aldolase A, MSSK1, GM-2 activator protein, ryanodine receptor, acidic ribosomal phosphoprotein p1, ADP/ATP translocase T1 및 UCP 2 유전자와 높은 homology를 가지고 있었다. 또한 2개의 clone이 각각 12개월령 및 24개월령 cDNA probe에 대하여 특이적인 signal을 나타내었는데, 12개월령 cDNA probe에 대해서만 signal을 나타낸 clone은 ferrochelatase 유전자와 유사하였으며, 24개월령 probe에 대해서만 signal을 나타낸 clone은 ADRP 유전자와 유사하였다. 이상에서와 같이, 본 연구에서 제작한 성장단계 특이적인 subtractive cDNA library를 분석하여 14종의 유전자를 한우 성장단계 특이 발현 후보 유전자로 선정하여 염기서열을 분석하였으며, 이외에도 성장단계에 있어 특이적으로 발현될 것으로 추정되는 cDNA 클론의 염기서열을 분석하였다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제50권2호
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• pp.140-144
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• 2012

본 연구는 누에 중장으로부터 면역 관련 유전자를 대량 발굴하고 발현 특성을 분석함으로서 곤충 유래 신기능성 의약품 개발을 위한 유전자 소재를 발굴하고자 하였다. 우선 곤충병원성 섭식에 의한 누에 품종에 따른 중장 면역원으로서 적성 병원성 세균인 X. nematophila 등을 선발하고 누에 천연 면역인자의 발굴을 위해 최적 감염 조건을 설정하였다. 감염된 누에 중장 mRNA를 순수 분리하여 subtraction cDNA 유전자은행 1종씩 제작하고, subtractive differential display hybridization 방법에 의해 누에 중장 면역관련 유전인자를 선발하였다. 선발된 유전자의 정보 분석 결과, 세포 내 다양한 생물학적 기능을 수행하는 것으로 알려진 ribosomal protein L5 mRNA 등 면역 관련 유전자 9종을 선발하였다. 본 연구에서 선발된 누에 천연 면역 관련 인자는 신기능성 의약품 소재로 개발하기 위해서는 기능분석 연구가 지속되어야 할 것으로 사료된다.