• 한국환경농학회지
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• 제32권2호
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• pp.148-154
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• 2013

본 연구는 CVX 바이러스저항성 삼각주 재배가 토양 미생물에 미치는 영향과 수평적 유전자 이동성을 확인하기 위해 수행되었다. 생육시기별 토양 세균과 방선균 군집밀도는 형질전환 삼각주 재배 토양의 미생물 군집밀도와 비형질전환 삼각주 군집밀도가 유사하여 토양 미생물에 미치는 영향은 유사할 것으로 추정되었다. 토양 미생물의 우점종은 Proteobacteria, Uncultured archaeon와 Uncultured bacterium으로 나타났으며, 형질전환 삼각주 재배 토양의 우점종과 비율은 거의 일정하게 유지되었다. 근권 토양 DNA의 DGGE 분석을 통해 형질전환 삼각주와 비형질전환 삼각주 토양 미생물 군집의 profile 변화는 나타나지 않았다. 형질전환 삼각주와 비형질전환 삼각주 재배 토양의 화학성은 차이가 없었다. 형질전환 삼각주에 도입된 유전자로 토양 DNA에 대한 PCR 분석결과, 도입 유전자의 잔존성이 길지 않아 수평적 유전자 이동 가능성은 희박할 것으로 추정되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제101권3호
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• pp.501-508
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• 2012

본 연구는 경상북도 봉화군, 문경시 및 상주시에 위치한 백두대간 산림지역에서 토양 시료를 채취하여 도말 평판법으로 세균을 분리 배양하고 DNA추출 및 염기배열 분석에 의하여 동정하여 지역별 토양 세균의 다양성을 비교하고, 토양환경이 토양 세균의 다양성과 밀도에 미치는 영향을 분석하였다. 지역별 세균 밀도는 봉화군에서 $5.1{\times}10^5cfu/g$로 가장 높았고, 다음으로 문경시에서 $1.9{\times}10^5cfu/g$, 상주시에서 $1.1{\times}10^5cfu/g$ 순으로 조사되었다. 토양 깊이별로 는 모든 지역의 시료에서 표토층에서 밀도가 가장 높았고 깊어질수록 밀도가 감소하였다. 각 지역 site별로 토양 세균의 밀도를 비교하였을 때, 고도, A층위의 깊이, 토양 3상 중 액상, 수분함량 및 용적밀도가 높을수록 세균의 밀도는 증가하였다. 토양 세균을 동정한 결과, 봉화군에서는 8속, 10종의 268개 균주가, 문경시에서는 9속, 15종의 134개 균주가, 상주시에서는 2속, 5종의 44개 균주가 동정되었다. 봉화군 및 문경시의 우점종은 Bacillus weihenstephanensis (36%, 40%)였으며, 상주시의 우점종은 Bacillus cereus(39%)로 확인되었다. 각 지역별 다양도, 균등도 및 우점도 지수는 봉화군의 경우 각각 6.30, 2.04, 0.59이고, 문경시는 각각 9.09, 2.94, 0.51이었으며, 상주시는 4.55, 2.34, 0.71이었다. 지역별 토양 세균 군집구조의 안정성과 토양환경과의 유의성을 비교 분석한 결과, 수분함량, 배수상태 및 석량 함량이 높을수록 토양세균의 다양도 및 균등도 지수는 증가하였고, 우점도 지수는 감소하였다.

• 한국물환경학회지
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• 제22권4호
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• pp.590-598
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• 2006

In-situ Air sparging (IAS) is a groundwater remediation technique, in which organic contaminants volatilize into air form the saturated to vadose zone. This study was carried out to evaluate the effect of sludge and soil microbial community structure on air sparging of Total Petroleum Hydrocarbons (TPH) contaminated groundwater soils. In the laboratory, diesel (10,000 mg TPH/kg) contaminated saturated soil. The Air was injected in intermittent (Q=1500 mL/min, 10 minute injection and 10 minute idle) modes. For Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) analysis of eubacterial communities in sludge of wastewater treatment plants and soil of experiment site, the 16S rDNA was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) from the sludge and the soil. The obtained 16S rDNA fragments were digested with Msp I and separated by electrophoresis gel. We found various sequence types for experiment with sludge soil samples that were closely related to Agrococcus, Flavobacterium, Thermoanaerobacter, Flexibacter and Shewanella, etc, in the clone library. The results of the present study suggests that T-RFLP method may be applied as a useful tool for the monitoring in the TPH contaminated soil the fate of microorganisms in natural microbial community.

• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.275-282
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• 2000

고추 시설 재배지 토양, 근권과 근면등으로부터 형광성 pseudomonads를 분리한 후 이들 중 35균주에 대해 계통 분석을 실시하였다. 계통 분석에 이용된 분류키는 165 rDNA의 일부 염기서열로, 종 수준에서 분류동정을 실시하였다. 고추재배지로부터 분리된 형광성 pseudomonads중 P. putida group으로 분류된 균주는 17균주 였으며, 이들은 주로 비근권 토양으로부터 분리되었다. 이들은 4개의 소그룹 (subgroup I, II, III, IV)으로 분류되었으며, 소그룹 I, IV에 속한 균주는 P putida의 표준균주가 속한 소그룹 II, III의 균주와는 분류학적으로 뚜렸히 구분되는 독특한 균주들이었다. P. fluorescens로 분류된 균주는 15균주였으며, 나머지 3균주는 P. fluorescens와 P. chloraphis의 중간 그룹으로 분류되었다. 근권으로부터 분리된 균주는 대부분 P. fluorescns로 분류되었으며, 이들의 유전적 유연관계는 매우 높게 나타났다. 본보의 결과에 비추어 볼 때, 고추의 근계는 P. fluorescens의 특정 균주에 의해 정착되는 것으로 생각되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권11호
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• pp.1765-1771
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• 2007

A polymerase chain reaction (PCR)-based method was developed to detect the DNA of Ralstonia solanacearum, the causal agent of bacterial wilt in various crop plants. One pair of primers (RALSF and RALSR), designed using cytochrome c1 signal peptide sequences specific to R. solanacearum, produced a PCR product of 932 bp from 13 isolates of R. solanacearum from several countries. The primer specificity was then tested using DNA from 21 isolates of Ralstonia, Pseudomonas, Burkholderia, Xanthomonas, and Fusarium oxysporum f. sp. dianthi. The specificity of the cytochrome c1 signal peptide sequences in R. solanacearum was further confirmed by a DNA-dot blot analysis. Moreover, the primer pair was able to detect the pathogen in artificially inoculated soil and tomato plants. Therefore, the present results indicate that the primer pair can be effectively used for the detection of R. solanacearum in soil and host plants.

• 한국응용곤충학회지
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• 제34권4호
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• pp.373-377
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• 1995

전국의 토양시료로부터 3가지의 곤충목인, 나비목, 파리목, 딱정벌레목에 속하는 10종의 곤충에 대하여 독성을 보이지 않는 4종의 Bacillus thunngiensis 균주를 분리하였다. 이들 4종의 균주를 각각 NTB-1, NTB-2, NTB-3, NTB-4로 명명하였다. 취상차 현미경과 주사전자현미경을 통해 관찰된 이들 4종 균주의 내독소 단백질 형태는 모두 원형이었으며, 각 균주의 내독소 단백질과 plasmid DNA 특성을 규명하기 위해 단백질 전기영동과 제한효소 분석을 실시하였다. 그 결과 이들 균주의 내독소 단백질과 plasmid DNA pattern은 이미 알려져 있는 무독성 균주들과는 다른 양상을 보여, 기존의 무독성 균주와 다른 새로운 균주임을 알 수 있었다.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.164-170
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• 1998

This study was carried out to develop DNA probe for specific detection of Erwinia carotovora subsp. carotovora. Universal rice primer (URP, 20 mer) developed from repetitive sequence of rice was applied for producing PCR DNA fingerprints of Erwinis spp. In E. carotovora subsp. carotovora strains, primer URP2F amplyfied polymorphic bands which are distinguisable from other Erwinia spp. A PCR band of 0.6 kb selected from PCr polymorphic bands of E. carotovora subsp. carotovora strains was cloned and evaluated as a diagnostic DNA probe. Among 28 bacterial strains including 22 Erwinia spp, the probe (pECC2F) only hybridized to total DNAs from e. carotovora subsp. carotovora strains and E. carotovora subsp. wasabiae, but sizes of hybridized bands were different between these subspecies, 10.0 kb and 3.5 kb respectively. In dot blot assays using probe pECC2F, as few as 103 colony forming units (CFU) of E. carotovora subsp. carotovora could be detected in a suspension containing about 1$\times$103 CFU of soil bacteria.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2003년도 추계학술발표회
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• pp.438-441
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• 2003

The present study reports the novel physiological function of dissimilatory perchlorate reduction by two strains JB101 and JB109 isolated from a sewage treatment facility in Incheon, South Korea. The physiological data of the isolates showed good correspondence with the members of the family Enterobacteriaceae. The partial 16S rRNA and 16S rDNA sequence of strains JB101 and JB109 showed similarity of 99.8% to Citrobacter amalonaticus and 98% to Citrobacter farmari, respectively. The study infers toward possibility of Citrobacter spp. to form an important group of dissimilatory perchlorate reducers within the (equation omitted) subclass of Proteobacteria because the majority of the known. members belong to two monophyletic groups namely Dechloromonas and Dechlorosoma in $\beta$ subclass of Proteobacteria.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제7권1호
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• pp.32-36
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• 1997

An adenosine deaminase inhibitor-producing bacterium was isolated from soil. An isolate exhibiting high adenosine deaminase inhibitory activity, was designated J-89, and classified as a strain of Bacillus subtilis on the basis of its morphological, phenotypic characteristics, the menaquinone content and cellular fatty acid composition. To confirm the taxonomic position of the strain we need more information such as DNA-DNA homology and other chemotaxonomic characteristics. In this paper we provisionally named strain J-89 as Bacillus sp. J-89 pending further chemotaxonomic study and analysis of adenosine deaminase inhibitor.

• BMB Reports
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• 제43권1호
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• pp.1-8
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• 2010

The cold shock domain (CSD) is among the most ancient and well conserved nucleic acid binding domains from bacteria to higher animals and plants. The CSD facilitates binding to RNA, ssDNA and dsDNA and most functions attributed to cold shock domain proteins are mediated by this nucleic acid binding activity. In prokaryotes, cold shock domain proteins only contain a single CSD and are termed cold shock proteins (Csps). In animal model systems, various auxiliary domains are present in addition to the CSD and are commonly named Y-box proteins. Similar to animal CSPs, plant CSPs contain auxiliary C-terminal domains in addition to their N-terminal CSD. Cold shock domain proteins have been shown to play important roles in development and stress adaptation in wide variety of organisms. In this review, the structure, function and regulation of plant CSPs are compared and contrasted to the characteristics of bacterial and animal CSPs.