• Title/Summary/Keyword: similarity percentage analysis

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다변량 해석법에 의한 누에 육종소재의 탐색 2. 주성분 SCORE에 의하여 분류된 주요잠품종간의 TOP 교잡에 의한 조합능력 검정과 예측 (Classification and Selection of the Breeding Materials in the Silkworm, Bombyx mori, by Multivariate Analysis 2. Combining Ability and its Pre-estimate for the Top Cross Set made from the Silkworm Parental Lines Selected by Principal Component Analysis.)

  • 정도섭;이인전;이상몽;김삼은
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.17-30
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    • 1990
  • 주성분분석에 의하여 분류된 148개 보존잠품종중에서 제일주성분 score에 따라 10개의 교배모품종을 선발한 후 (정등, 1989), 이들로부터 Top-교잡에 의해 24개 교배조합을 작성하고 조합능력검정을 행함과 동시에 주성분과 교배조합능력과의 상호관계를 분석하였다. 1. 선발된 육종모품종중에서 일본종계 N$_{39}$ 및 중국종계 $C_{46}$ 이 대부분의 형질에서 일반조합능력이 높았다. 2. 특정조합능력은 형질 또는 교배조합에 따라 차이가 심하였다. 3. 육종모품종의 제1주성분 score는 5영경과일수, 전령경과일수, 수견량, 전견중, 견층중, 견층비율, 견사장, 견사량, 해서사장, 생사량비율, 소절등의 일반조합능력과 고도의 정의 상관관계가 있었다. 4. 유사도거리(D$^2$)는 수견양, 해서사장, 해서사량, 해서율, 생사량비율, 소절등의 특정조합능력과 정의 상관이 있었다. 따라서 교배조합의 양친이 원연일수록 이들 5개형질에 대한 특정조합능력은 높게 나타났다. 5. 육종모품종의 특성을 이용한 주성분분석의 제1주성분 score에 의해 일반조합능력의 예측이 가능하였다.

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서해 보령 연안 연안개량안강망에 어획된 어류의 종조성 및 군집구조 (Species Composition and Community Structure of Fish by Coastal Stow Net Catch from the Coastal Waters Off Boryeong, Korea)

  • 최동혁;윤병일;김맹진;이승종
    • 한국수산과학회지
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    • 제53권5호
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    • pp.761-772
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    • 2020
  • In order to study about species composition and community structure of fish in the coastal water off Boryeong were investigated from January 2018 to December 2019. A total of 10,863 individuals of 87 species of 44 families were collected. The dominant species were Liparis tanakai accounted for 19.8 percent of the total with Amblychaeturichthys hexanema and Collichthys niveatus accounted for 12.4 percent and 11.0 percent of the total number. A cluster analysis based on the Bray-Curtis similarity revealed that the fish community divided into two groups, According to season. The fish species that appeared summer and autumn were mainly migratory, while the fish species that appeared in spring and winter were mainly resident species. Fish caught by stow net had a high percentage of immature fish. It presented that coastal water off Boryeong is located an important spawning and nursery for fisheries resource.

Similarity Analysis for the Dispersion of Spiraling Modes on Metallic Nanowire to a Planar Thin Metal Layer

  • Lee, Dong-Jin;Park, Se-Geun;Lee, Seung-Gol;O, Beom-Hoan
    • Journal of the Optical Society of Korea
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    • 제17권6호
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    • pp.538-542
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    • 2013
  • We propose a simple model to elucidate the dispersion behavior of spiraling modes on silver nanowire by finding correspondence parameters and building a simple equivalent relationship with the planar insulator-metal-insulator geometry. The characteristics approximated for the proposed structure are compared with the results from an exact solution obtained by solving Maxwell's equation in cylindrical coordinates. The effective refractive index for our proposed equivalent model is in good agreement with that for the exact solution in the 400-2000 nm wavelength range. In particular, when the radius of the silver nanowire is 100 nm, the calculated index shows typical improvements; the average percentage error for the real part of the effective refractive index is reduced to only 5% for the $0^{th}$ order mode (11.9% in previous results) and 1.5% for the $1^{st}$ order mode (24.8% in previous results) in the 400-800 nm wavelength range. This equivalent model approach is expected to provide further insight into understanding the important behavior of nanowire waveguides.

울진군 왕피천 주변지역의 산림생태계 분석 -식생분야를 중심으로- (The Analysis of Forest Ecosystem in Wangpicheon Area, Uljin-gun, Gyeongsangbuk-do, Korea -With a Special Reference to Vegetation-)

  • 최송현;김정호
    • 한국환경생태학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.153-168
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    • 2003
  • 최근 개발압력이 가중되고 있는 울진군 왕피천을 대상으로 하천 주변폭 약 1km씩을 대상으로 현존식생도, 녹지자연도, 식생구조 등 산림생태계 조사를 실시하였다. 현존식생도 분석결과 식생유형은 총 26개로 구분되었으며, 그 중 소나무가 우점하는 군락이 6개 유형으로 가장 많이 나타났다. 녹지자연도의 경우 등급 8지역이 전체 조사면적의 70.8%를 차지하였으며. 등급 9지역은 0.3%로 나타났다. 식물군락의 분류는 classification 기법 중 TWINSPAN을 이용한 결과 총 5개군락, 소나무군락(I), 소나무군락(II), 소나무군락(III), 신갈나무군락(IV), 굴참나무군락(V)으로 구분되었다. 각 군락별로 상대우점치를 이용하여 식생구조를 파악하였고, 그 밖에 종수 및 개체수분석 흉고직경급별 분석, 유사도지수 분석을 실시하였다.

월악산국립공원 만수골 계곡부의 해발고와 사면부위에 따른 산림구조 (Forest Structure in Relation to Altitude and Part of Slope in the Mansugol Valley at Woraksan National Park)

  • 박인협;장정재;김계선
    • 한국환경생태학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.99-105
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    • 2005
  • 월악산국립공원 만수골 계곡부(해발 $380\~915m$)의 해발고와 사면부위에 따른 산림군집 구조를 파악하기 위하여 해발고와 사면부위에 따라 48개 조사구를 설정하여 교목층과 아교목층을 대상으로 조사하였다. 계곡 하부에서 상부로 갈수록 교목층의 밀도, 수고와 흉고단면적 은 감소하였다. 이것은 해발고가 증가함에 따라 환경 조건 중 특히 토양수분이 감소하기 때 문으로 추정되었다. 아교목층은 흉고단면적이 계곡 하부에서 상부로 갈수록 증가하였는데, 이것은 교목층의 흉고단면적이 적을수록 하층의 광조건이 좋아지기 때문으로 판단되었다. 계곡 하부에서 상부로 감에 따라 상대중요치가 증가하는 경향을 보이는 수종은 신갈나무, 물푸레나무, 생강나무, 고로쇠나무 등이었으며, 감소하는 경향을 보이는 수종은 소나무, 굴참나무, 졸참나무, 쪽동백나무 등이었다. 계곡정부를 포함한 해발고대별 종다양도의 범위는 $0.351\~0.903$이었으며, 계곡 정부는 출현종수, 종다양도, 균재도가 모두 낮았다. 사면부위별 종다양도는 $0.780\~1.064$이었으며, 사면 하부에서 중, 상부로 갈수록 종수와 종다양도가 감소하는 경향을 보였다. 환경 조건이 상이한 계곡 정부를 제외한 해발고대간 유사도지수는 $36.0\~67.3\%$, 사면부위간 유사도지 수는 $66.8\~75.1\%$로써 사면부위보다는 해발고에 따른 종구성상태의 차이가 심한 것으로 나타났다. 수종별 상대중요치에 의한 Cluster분석 결과 계곡하부의 사면 상, 중, 하부와 계곡 중부의 사면 중부에 위치하는 소나무-참나무류 군집, 계곡상부의 사면 상, 중, 하부와 계곡중부의 사면 상, 하부에 위치하는 신갈나무-낙엽 활엽수 군집, 계곡정부의 신갈나무 군집으로 구분되었다. 상대중요치에 의한 종상관관계를 분석한 결과 신갈나무는 소나무, 졸참나무와 유의적인 부의 상관을 보였으며, 소나무, 졸참나무, 개옻나무는 3개 수종간 유의적인 정의 상관을 보였다.

사용자 로그 분석과 클러스터 내의 문서 유사도를 이용한 동적 추천 시스템 (A Dynamic Recommendation System Using User Log Analysis and Document Similarity in Clusters)

  • 김진수;김태용;최준혁;임기욱;이정현
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제31권5호
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    • pp.586-594
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    • 2004
  • 웹 문서들은 빠른 생성과 소멸의 특징 때문에, 사용자는 찾고자하는 웹 문서를 신속하고 정확하게 추천해 줄 시스템을 요구하고 있다. 정제되지 않은 웹 데이타에는 사용자들의 축적된 경험들을 포함하는 유용한 정보들을 포함하고 있다. 현재, 이러한 유용한 정보를 마이닝 기법이나 통계학적 측정 방법 등을 가지고 정제하여 추천 시스템을 통해 사용자에게 제공하려는 노력이 시도되고 있다. 기존의 정보 필터링 방식은 사용자들의 프로파일을 반드시 이용해야 하는 문제점을 갖고 있으며, 협력적 필터링 방식은 First Rater 문제와 Sparsity 문제가 있다. 또한 사용자 브라우징 패턴을 이용하는 동적 추천 시스템은 연관성이 없는 웹 문서들을 결과로서 제공한다는 문제점이 있다. 본 논문에서는 웹 문서 형식에 따라 웹 문서 사이의 유사도를 이용하여 웹 문서를 분류하고, 웹 서버에 기록된 로그 파일을 이용하여 사용자 브라우징 순차 패턴 DB를 생성한다. 이렇게 생성된 정보들과 사용자들의 세션 정보를 이용하여, 사용자가 웹 문서에 접근했을 때 현재 웹 문서와 유사도가 높은 상위 N개의 연관 웹 문서 집합을 제공하고, 순차적인 특성을 갖는 웹 문서를 추천 문서로 제공하는 시스템을 제안한다.

Identification and Characterization of the Causal Organism of Gummy Stem Blight in the Muskmelon (Cucumis melo L.)

  • Choi, In-Young;Choi, Jang-Nam;Choi, Dong-Chil;Sharma, Praveen Kumar;Lee, Wang-Hyu
    • Mycobiology
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    • 제38권3호
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    • pp.166-170
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    • 2010
  • Gummy stem blight is a major foliar disease of muskmelon (Cucumis melo L.). In this study, morphological characteristics and rDNA internal transcribed spacer (ITS) sequences were analyzed to identify the causal organism of this disease. Morphological examination of the Jeonbuk isolate revealed that the percentage of monoseptal conidia ranged from 0% to 10%, and the average length $\times$ width of the conidia was 70 ($\pm$ 0.96) $\times$ 32.0 ($\pm$ 0.15) ${\mu}m$ on potato dextrose agar. The BLAST analysis showed nucleotide gaps of 1/494, 2/492, and 1/478 with identities of 485/492 (98%), 492/494 (99%), 491/494 (99%), and 476/478 (99%). The similarity in sequence identity between the rDNA ITS region of the Jeonbuk isolate and other Didymella bryoniae from BLAST searches of GenBank was 100% and was 95.0% within the group. Nucleotide sequences of the rDNA ITS region from pure culture ranged from 98.2% to 99.8%. Phylogenetic analysis with related species of D. bryoniae revealed that D. bryoniae is a monophyletic group distinguishable from other Didymella spp., including Ascochyta pinodes, Mycosphaerella pinodes, M. zeae-maydis, D. pinodes, D. applanata, D. exigua, D. rabiei, D. lentis, D. fabae, and D. vitalbina. Phylogenetic analysis, based on rDNA ITS sequence, clearly distinguished D. bryoniae and Didymella spp. from the 10 other species studied. This study identified the Jeonbuk isolate to be D. bryoniae.

열린 하구인 섬진강 하구 및 광양만 연안 어류 군집의 시공간적 변화 (Spatio-temporal Variation of Fish Communities in Open Estuary, Seomjin River Estuary and Gwangyang Bay Coast)

  • 이선호;김원석;박재원;조현빈;이완옥;유태식;김효겸;지창우;곽인실
    • 생태와환경
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    • 제55권2호
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    • pp.132-144
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    • 2022
  • 강-하구-해양 연속체는 지구상에서 가장 생산적이고 역동적인 수중 생태계 중 하나이다. 어류는 생활사, 섭식 습관, 생태적 지위가 서로 다르고, 광범위하기 때문에 이를 통해 다양한 시공간적 규모에서 환경 상태를 평가할 수 있는 적합한 지표 생물이다. 2019년 3월부터 10월까지 3회에 걸쳐 섬진강-섬진강 하구-광양만 연안 연속체 내에서 조사된 어류는 멸종위기종 2종을 포함하여 31과 49종으로 나타났다. Bray-Curtis 유사도에 따라 2개의 그룹(1, 2그룹)과 두 그룹 내 속하지 않는 2개의 지점(3, 4그룹)으로 구분되었는데, 1그룹은 담수역 지점과 기수역 지점들이 주로 구성되었으며, 2그룹은 광양만 연안역 지점들인 ES4~8로만 구성되었다. 공간적인 변수와 시간적인 변수를 이용하여 ANOSIM 분석을 진행한 결과, 섬진강-광양만 연속체의 어류 군집은 계절적인 요인(ANOSIM R=0.273, P=0.002)의 차이보다 공간적인 요인(ANOSIM R=0.398, P=0.001)의 차이가 상대적으로 더 중요하였다. 구분된 그룹들 중에서도 특히 1그룹과 2그룹 간에 유의한 차이가 존재하였으며(ANOSIM R=0.556, P=0.001), 보구치(9.4%), 날개망둑(6.9%), 전어(5.9%)가 이 두 그룹의 차이에 크게 기여하는 분류군으로 나타났다. 섬진강-광양만 생태계 내 분포하는 어류상은 공간적으로 크게 구분되었으며, 종수와 개체수는 계절적인 차이를 보이는 것으로 나타났다. 본 연구는 강-하구-해양 연속체의 연속적인 환경 내에서 분포하는 어류 군집의 변화, 주요어종의 보호 및 관리를 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

Molecular detection and characterization of ovine herpesvirus-2 using heminested PCR in Pakistan

  • Riaz, Aayesha;Dry, Inga;Dalziel, Robert;Rehman, Saif Ur;Shah, Muhammad Ali;Akhtar, Hafiz Muhammad Naeem;Yousaf, Arfan;Baig, Ruqia
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권4호
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    • pp.51.1-51.10
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    • 2021
  • Background: Malignant catarrhal fever (MCF) is a highly fatal lymphoproliferative disease of cattle, deer, bison, water buffalo, and pigs caused by the gamma-herpesviruses alcelaphine herpesvirus-1 (AlHV-1) and ovine herpesvirus-2 (OvHV-2). Objectives: This study aimed to determine the prevalence of OvHV-2 in sheep, goats, cattle, and buffalo in Rawalpindi and Islamabad, Pakistan, by applying molecular and phylogenetic methods. Methods: Blood samples were aspirated from sheep (n = 54), goat (n = 50), cattle (n = 46) and buffalo (n= 50) at a slaughterhouse and several farms. The samples were subjected to heminested polymerase chain reaction (PCR), followed by sequencing and phylogenetic analysis of the OvHV-2 POL gene and the OvHV-2 ORF75 tegument protein gene. Results: The highest percentage of MCF positive samples was in sheep (13%), whereas goat, cattle, and buffalo had lower positive percentages, 11%, 9%, and 6.5%, respectively. Four OvHV-2-positive PCR products obtained from sheep samples were sequenced. The sequences obtained were submitted to the NCBI GenBank database (MK852173 for the POL gene; MK840962, MK852171, and MK852172 for the ORF75 tegument protein gene). Phylogenetic analysis revealed a close similarity of study sequences with those of worldwide samples. Conclusions: This study is the first cross-sectional study on the prevalence and molecular detection of OvHV-2 in apparently healthy cattle and buffalo that could be carrying OvHV-2 acquired from OvHV-2-positive sheep and goats. The results indicate that OvHV-2 is circulating in Pakistan. Further studies are needed to characterize OvHV-2 and elucidate further its prevalence.

Studies on the Construction of Mutant Diversity Pool (MDP) lines, and their Genomic Characterization in Soybean

  • Dong-Gun Kim;Sang Hoon Kim;Chang-Hyu Bae;Soon-Jae Kwon
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2021년도 춘계학술대회
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    • pp.9-9
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    • 2021
  • Mutation breeding is useful for improving agronomic characteristics of various crops. In this study, we constructed soybean Mutant Diversity Pool (MDP) from 1,695 gamma-irradiated mutants through two selection phases over M1 to M12 generations; we selected 523 mutant lines exhibiting at least 30% superior agricultural characteristics, and, second, we eliminated redundant morphological phenotypes in the M12 generation. Finally, we constructed 208 MDP lines and investigated 11 agronomic traits. We then assessed the genetic diversity and inter-relationships of these MDP lines using target region amplification polymorphism (TRAP) markers. Among the different TRAP primer combinations, polymorphism levels and PIC values averaged 59.71% and 0.15, respectively. Dendrogram and population structure analyses divided the MDP lines into four major groups. According to an analysis of AMOVA, the percentage of inter-population variation among mutants was 11.320 (20.6%), whereas mutant inter-population variation ranged from 0.231 (0.4%) to 14.324 (26.1%). Overall, the genetic similarity of each cultivar and its mutants were higher than within other mutant populations. In an analysis of the genome-wide association study (GWAS) using based on the genotyping-by-sequencing (GBS), we detected 66 SNPs located on 13 different chromosomes were found to be highly associated with four agronomic traits: days of flowering (33 SNPs), flower color (16 SNPs), node number (6 SNPs), and seed coat color (11 SNPs). These results are consistent with those previously reported for other genetic resource populations, including natural accessions and recombinant inbred line. Our observations suggest that genomic changes in mutant individuals induced by gamma rays occurred at the same loci as those of natural soybean population. This study has demonstrated that the integration of GBS and GWAS can serve as a powerful complementary approach to gamma-ray mutation for the dissection of complex traits in soybean.

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