• 한국동물위생학회지
• /
• 제35권4호
• /
• pp.313-319
• /
• 2012

Consumer's preference and microbial inspections on fresh raw beef were carried out to understand the actual market status in Gwanju, Korea. Over 15 questions on questionnaire by 1,111 randomly selected respondents between April and May in 2011, results showed 65.5% positive on eating fresh raw beef, 63.8% negative on good hygiene condition of fresh raw beef, and 72.5% positive on the secure of the hygiene-safety for priority program, respectively. For microbial inspections, a total of 302 samples were collected from fresh raw beef purchased from slaughterhouse (n=122), transport (n=69) and consumer (n=81) stage, from lettuce (n=30) at consumer stage. The aerobic plate count (APC), E. coli count and food borne bacteria such as Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Staphylococcus(S.) aureus and E. coli O157:H7 were tested in the samples. As results, the level of count on APC of fresh raw beef ranged $6{\times}10^1{\sim}1.8{\times}10^5CFU/g$ from slaughterhouse, $2{\times}10^2{\sim}8.3{\times}10^5CFU/g$ from transport stage and $1{\times}10^2{\sim}4{\times}10^5CFU/g$ from consumer stage. The level of count on E. coli of fresh raw beef ranged $1{\sim}9{\times}10^1CFU/g$ from slaughterhouse, $1{\sim}7{\times}10CFU/g$ from transport stage and $1{\sim}5.5{\times}10CFU/g$ from consumer stage. In total, 26 S. aureus were isolated, 10 (14.5%) from fresh raw beef at transport stage, 12 (14.8%) from fresh raw beef and 4 (13.3%) from lettuce at consumer stage. Enterotoxin of S. aureus was not detected among 26 isolates. All S. aureus isolates were typed using a DiversiLab$^{TM}$ rep-PCR system for genetic similarity test, showing over 95% of genetic relationship amon isolates.

• 식물병연구
• /
• 제23권4호
• /
• pp.314-321
• /
• 2017

Acidovorax valerianellae는 콘샐러드에서 세균검은점무늬병(bacterial black spot)을 일으키는 병원균으로 2003년 프랑스에서 최초로 보고되었고, 2011년에 국내의 수박에서 동일한 병을 일으키는 병원균으로 보고되었다. 본 연구에서는 콘샐러드 분리균주와 수박 분리균주의 2 그룹 사이에 기주특이성을 확인하고 비교하였다. 병원성검정 결과 수박 분리 5균주는 박과 6가지 작물에서 병원성을 보였으나 콘샐러드에서는 병원성이 없었고, 콘샐러드 분리 4균주는 콘샐러드에서만 병원성을 나타내었다. Biolog 기질이용성에서는 총 95개 기질 중 4개(Malonic Acid, ${\alpha}-Hydroxybutyric$ Acid, ${\alpha}-Keto$ Butyric Acid, Glycyl-LGlutamic Acid)의 기질에서 차이를 나타냈다. 16S rDNA 염기 서열을 이용하여 계통수를 작성하고 균주 간 유연관계를 분석한 결과, 모든 A. valerianellae 균주는 Acidovorax속의 다른 종과는 별개의 한 개의 clade로 그룹화되었다. 그 clade 내에서 수박 분리균주들과 콘샐러드 분리균주들이 서로 다른 2개의 소그룹으로 나뉘었다. REP-PCR 결과 또한 2개 그룹 사이에 차이를 보여주었다. 기주특이성, 기질이용성 그리고 일부 유전적 특성들은 A. valerianellae 내에 병원성이 다른 2가지 그룹 즉 수박 분리균주 그룹과 콘샐러드 분리균주 그룹이 존재함을 보여주고 있다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제59권1호
• /
• pp.63-68
• /
• 2016

어린잎 채소의 생산 및 가공 공정에서 원료농산물과 토양 및 용수 등 환경 시료를 채취하여 미생물학적 품질을 평가하고 식중독을 유발시킬 수 있는 주요 병원성 미생물을 분석하였다. 생산단계 어린잎 채소와 환경 시료의 일반 세균수는 모두 6.8 log CFU/g 이상 분석되었으며 대장균군은 어린잎 채소와 토양에서 각각 3.2 log CFU/g 및 3.5 log CFU/g 수준으로 오염되어 있었다. 가공공정 단계에서는 일반세균수와 대장균군 모두 세척공정이 진행됨에 따라 최종제품 단계에서는 오염수준이 감소되었다. B. cereus의 경우 생산단계에서는 어린잎 채소와 토양 또는 지지토에서 오염도가 높았으며, 가공공정에서는 원료 대비 최종 제품에서 약 1.4 log CFU/g 정도 감소되었다. 병원성 미생물의 정성분석 결과 생산단계에서는 S. aureus를 제외한 모든 병원성 미생물이 음성이었다. 본 연구에서 분리된 B. cereus를 이용하여 rep-PCR에 의한 유전적 상동성을 분석한 결과 생산단계의 경우 지지토와 시료에서 분리된 균주의 유전적 상동성이 높아 반복적으로 이용되는 지지토에 오염된 균주가 어린잎 채소로 이행되었을 가능성을 보여준 반면 가공공정에서 분리된 균주의 경우 유전적 상동성이 낮아 공정 중 재 오염될 가능성이 낮음을 시사하였다.

• 농약과학회지
• /
• 제20권4호
• /
• pp.349-354
• /
• 2016

트리아졸계 살균제는 세계적으로 사용량이 가장 많은 살균제 중 하나로 토양 반감기가 상대적으로 길다. 본 연구에서는 전국 과수원 토양으로부터 트리아졸계 살균제 테부코나졸, 플루퀸코나졸, 디페노코나졸을 분해할 수 있는 세균의 순수 분리를 시도하였다. 농화배양 과정에서 세 종의 살균제 중 디페노코나졸만이 100% 분해되었으며 이 배양액에서 디페노코나졸을 분해하는 세균 균주들을 순수분리하였다. rep-PCR 밴드 패턴 비교를 통해 이 균주들은 모두 동일 균주임을 확인하였으며 이 중 C8-2 균주만을 이후 연구에 사용하였다. 이 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열에 기반하여 Sphingomonas 속 C8-2 균주로 동정되었으며 최소배지에서 100 mg/L의 디페노코나졸을 24시간 내에 분자량 296의 물질로 전환하였다. 이 분해산물은 토양 세균 및 곰팡이에 대한 저해 효과가 디페노코나졸에 비해 현저히 감소하여 향후 토양 및 농작물의 디페노코나졸 무독화에 C8-2 균주를 사용할 수 있을 것으로 기대한다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제50권2호
• /
• pp.100-109
• /
• 2018

다제내성(multidrug-resistant, MDR) Acinetobacter baumannii 균주의 출현 및 확산이 전 세계적으로 보고되어 왔는데, 이들 대부분은 생물막 형성능력을 가지고 있다. 생물막 형성은 소독 및 건조에 대해 세균이 저항할 수 있도록 해주는 중요한 병독성 인자이다. 본 연구에서는 생물막을 형성하는 A. baumannii 임상 분리주를 대상으로 항균제 내성 기전에 대한 유전적 기초를 조사하였다. 크리스탈 바이올렛 분석법을 통해 생물막 형성능력을 확인한 결과 46균주가 생물막을 형성하는 것으로 나타났다. 이어서 REP-PCR을 수행하여 서로 다른 클론에 속하는 16 균주를 선택한 후 이 균주들을 대상으로 항균제 내성 인자를 검출하였다. 본 연구에서 분리된 9개 non-MDR (0.96) 균주와 7개의 MDR (1.05) 균주의 평균 생물량은 서로 달랐지만, 이 차이는 유의하지 않았다. 대부분의 생물막 형성 MDR 균주는 다양한 항균제 내성인자 ($bla_{OXA-23}$, armA 및 gyrA 및 parC의 돌연변이)를 가지고 있는 것으로 나타났다. 그러나 대부분의 non-MDR 균주는 항균제 내성인자를 포함하지 않는 것으로 나타났다. 우리의 결과는 A. baumannii 균주의 생물막 형성능력이 항균제 감수성과 상관관계가 적음을 시사한다. 또한 MDR A. baumannii 임상 분리주의 출현은 대개 항균제 내성과 관련된 유전자의 돌연변이나 또는 다양한 항균제 내성인자의 획득에 의한 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제19권12호
• /
• pp.1679-1687
• /
• 2009

Three parathion-degrading bacteria and eight pairs of bacteria showing syntrophic metabolism of parathion were isolated from rice field soils, and their genetic and phenotypic characteristics were investigated. The three isolates and eight syntrophic pairs were able to utilize parathion as a sole source of carbon and energy, producing p-nitrophenol as the intermediate metabolite during the complete degradation of parathion. Analysis of the 16S rRNA gene sequence indicated that the isolates were related to members of the genera Burkholderia, Arthrobacter, Pseudomonas, Variovorax, and Ensifer. The chromosomal DNA patterns of the isolates obtained by polymerasechain-reaction (PCR) amplification of repetitive extragenic palindromic (REP) sequences were distinct from one another. Ten of the isolates had plasmids. All of the isolates and syntrophic pairs were able to degrade parathion-related compounds such as EPN, p-nitrophenol, fenitrothion, and methyl parathion. When analyzed with PCR amplification and dot-blotting hybridization using various primers targeted for the organophosphorus pesticide hydrolase genes of previously reported isolates, most of the isolates did not show positive signals, suggesting that their parathion hydrolase genes had no significant sequence homology with those of the previously reported organosphophate pesticide-degrading isolates.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제19권2호
• /
• pp.113-120
• /
• 2009

Twenty-seven fenitrothion-degrading bacteria were isolated from different soils, and their genetic and phenotypic characteristics were investigated. Analysis of the 16S rDNA sequence showed that the isolates were related to members of the genera Burkholderia, Pseudomonas, Sphingomonas, Cupriavidus, Corynebacterium, and Arthrobacter. Among the 27 isolates, 12 different chromosomal DNA fingerprinting patterns were obtained by polymerase chain reaction(PCR) amplification of repetitive extra genic palindromic(REP) sequences. The isolates were able to utilize fenitrothion as a sole source of carbon and energy, producing 3-methyl-4-nitrophenol as the intermediate metabolite during the complete degradation of fenitrothion. Twenty-two of 27 isolates were able to degrade parathion, methyl-parathion, and p-nitrophenol but only strain BS2 could degrade EPN(O-ethyl-O-p-nitrophenyl phenylphosphorothioate) as a sole source of carbon and energy for growth. Eighteen of the 27 isolates had plasmids. When analyzed with PCR amplification and dot-blotting hybridization using various specific primers targeted to the organophosphorus pesticide hydrolase genes of the previously reported isolates, none of the isolates showed positive signals, suggesting that the corresponding genes of our isolates had no significant sequence homology with those of the previously isolated organophosphate pesticide-degrading bacteria.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제22권4호
• /
• pp.448-456
• /
• 2012

Thirty-seven carbofuran-degrading bacteria were isolated from agricultural soils, and their genetic and phenotypic characteristics were investigated. The isolates were able to utilize carbofuran as a sole source of carbon and energy. Analysis of the 16S rRNA gene sequence indicated that the isolates were related to members of the genera Rhodococcus, Sphingomonas, and Sphingobium, including new types of carbofuran-degrading bacteria, Bosea and Microbacterium. Among the 37 isolates, 15 different chromosomal DNA patterns were obtained by polymerase chain reaction (PCR) amplification of repetitive extragenic palindromic (REP) sequences. Five of the 15 representative isolates were able to degrade carbofuran phenol, fenoxycarb, and carbaryl, in addition to carbofuran. Ten of the 15 representative isolates had 1 to 8 plasmids. Among the 10 plasmid-containing isolates, plasmid-cured strains were obtained from 5 strains. The cured strains could not degrade carbofuran and other pesticides anymore, suggesting that the carbofuran degradative genes were on the plasmid DNAs in these strains. When analyzed with PCR amplification and dot-blot hybridization using the primers targeting for the previously reported carbofuran hydrolase gene (mcd), all of the isolates did not show any positive signals, suggesting that their carbofuran hydrolase genes had no significant sequence homology with the mcd gene.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제15권2호
• /
• pp.376-383
• /
• 2005

Alcaligenes sp. JMP228 carrying 2,4­dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) degradative plasmid pJP4 was inoculated into natural soil, and transfer of the plasmid pJP4 to indigenous soil bacteria was investigated with and without 2,4-D amendment. Plasmid pJP4 transfer was enhanced in the soils treated with 2,4-D, compared to the soils not amended with 2,4-D. Several different transconjugants were isolated from the soils treated with 2,4-D, while no indigenous transconjugants were obtained from the unamended soils. Inoculation of the soils with both the donor Alcaligenes sp. JMP228/pJP4 and a recipient Burkholderia cepacia DBO 1 produced less diverse transconjugants than the soils inoculated with the donor alone. Repetitive extragenic palindromic-polymerase chain reaction (REP-PCR) analysis of the transconjugants exhibited seven distinct genomic DNA fingerprints. Analysis of 16S rDNA sequences indicated that the transconjugants were related to members of the genera Burkholderia and Pandoraea. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of PCR-amplified 16S rRNA genes revealed that inoculation of the donor caused clear changes in the bacterial community structure of the 2,4-D­amended soils. The new 16S rRNA gene bands in the DGGE profile corresponded with the 16S rRNA genes of 2,4-D­degrading transconjugants isolated from the soil. The results indicate that introduction of the 2,4-D degradative plasmid as Alcaligenes sp. JMP228/pJP4 has a substantial impact on the bacterial community structure in the 2,4-D-amended soil.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제31권4호
• /
• pp.520-528
• /
• 2021

Plesiomonas shigelloides, a member of the family Vibrionaceae, is a gram-negative, rod-shaped, facultative anaerobic bacterium with flagella. P. shigelloides has been isolated from such sources as freshwater, surface water, and many wild and domestic animals. P. shigelloides contains 102 O-antigens and 51 H-antigens. The diversity of O-antigen gene clusters is relatively poorly understood. In addition to O1 and O17 reported by other laboratories, and the 12 O serogroups (O2, O10, O12, O23, O25, O26, O32, O33, O34, O66, O75, and O76) reported previously by us, in the present study, nine new P. shigelloides serogroups (O8, O17, O18, O37, O38, O39, O44, O45, and O61) were sequenced and annotated. The genes for the O-antigens of these nine groups are clustered together in the chromosome between rep and aqpZ. Only O38 possesses the wzm and wzt genes for the synthesis and translocation of O-antigens via the ATP-binding cassette (ABC) transporter pathway; the other eight use the Wzx/Wzy pathway. Phylogenetic analysis using wzx and wzy showed that both genes are diversified. Among the nine new P. shigelloides serogroups, eight use wzx/wzy genes as targets. In addition, we developed an O-antigen-specific PCR assay to detect these nine distinct serogroups with no cross reactions among them.