• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권2호
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• pp.136-143
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• 2010

국내에서 분리한 9균주의 Sorangium cellulosum로부터 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 polyketide synthase(PKS)의 ketosynthase(KS) domain을 암호화하는 DNA를 증폭하고, 플라스미드 벡터에 클로닝한 후, 염기서열을 결정하였다. 전체 83개의 클로닝된 DNA 조각을 분석하여 유사한 조각을 배제한 결과, 43조각이 KS domain을 암호화하는 독립된 DNA 조각으로 판명되었다. 43조각 중 32조각의 아미노산 서열이 이미 클로닝된 PKS 유전자의 아미노산 서열과 70%-100% 유사하였으며, 나머지 11 조각은 알려진 서열과 67% 이하의 상동성을 가져 새로운 PKS 유전자일 가능성이 매우 높음을 보여주었다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제10권6호
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• pp.349-354
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• 2006

The aromatic hydrocarbon receptor (AhR) is a ligand-activated transcription factor that mediates many of the biological and toxicological effects of 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD, dioxin) and related chemicals. The application of recombinant reporter plasmid such as the firefly luciferase gene has proven to be a very effective method to detect these chemicals. The bioassay system, CALUX, is sensitive in directly detecting AhR-agonists from a variety of environmental and biologic materials. However, responses of the AhR-dependent bioassays are dependent on the cell types used. Thus, we developed a sensitive bioassay using the recombinant mouse hepatoma cell (Hepa1c1c7) for the determination of dioxins. The recombinant cell line was stably transfected with firefly luciferase reporter gene (pGudLuc1.1). The transfected cells showed the highest induction of luciferase activity at 4.5 hr and a decrease beyond this time point. The system showed the highest sensitivity of detection ever reported. Upon TCDD exposure cells showed 2 fold increase at 10 pM and 7 fold increase at 100 pM, respectively. The passage number after the transfection played an important role in the sensitivity. The increase of passage number tended to increase the sensitivity of the cells up to 15. The media without phenol red showed a higher induction rate than with phenol red, suggesting the preferable use of phenol red-free media for the bioassay. Since each of the assays has unique characteristics that make them suitable for some screening applications and not others, development of sensitive bioanalytical methods based on a variety of cellular systems in a key to the successful determination of dioxins. The bioassay system developed in this study will contribute to further development of successful screening the AhR agonists among the environmental mixture. In addition, the rapid and sensitive nature of this cellular system can be applied as a valuable tool to screen the dioxin-like moieties among the prodrugs at the initial stage, thereby expediting the new drug discovery.

• 미생물학회지
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• 제25권4호
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• pp.346-352
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• 1987

텍스트란 분해효소를 분비하는 균을 조사한 결과 117개의 콜로니중에 10개의 덱스트란 분해효소 생산균을 분리하였으며 그 중에서이 효소의 생산능이 가장 높은 균을 선택하여 동정한 결과 Flavobacterium multivorum로 나타났다. 이 균주의 생장과 특성 그리고 항생물질에 대한 내성을 검사하였고 또한 이 균이 배지에 분비한 세포의 텍스트란 분해효소의 일반적 특성을 조사하였다. F.multivorum 균은 rhamnose, xylose, glucosedh lactose 분해에서 산을 생산하였고, 또한 urease, catalase와 oxidase를 생산하는 특징을 나타냈다. 또한 이 균의 세대 시간은 LB 배지에서는 52분, LB-1% 덱스트란 배지에서는 38분이었고, 덱스트란이 함유한 최소배지에서는 660분이었다. 배지에 함유된 덱스트란 분해효소의 활성은 $35^{\circ}C$에서 반응했을 때 pH5과 9사이에서 그리고 pH8인 반응액에서는 $45^{\circ}C$와 $55^{\circ}C$사이에서 비교적 높았다. 항생물질은 ampicillin, cephalothin, tetracycline, amikacin과 tobramycin에는 내성을, chloramphenicol, cefamandole과 cefotaxine에는 중간 감수성을 그리고 gentamicin, cotrimozaloe와 cefoperazone에는 감수성을 나타냈다. 이 균주에서는 플라스미드가 추출되지 않았다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제41권4호
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• pp.203-207
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• 2003

An ELISA was developed for the diagnosis of vivax malaria using multiple stage-specific recombinant antigens of Plasmodium vivax. The DNA from the whole blood of a malaria patient was used as template to amplify the coding regions for the antigenic domains of circumsporozoite protein (CSP-1), merozoite surface protein (MSP-1), apical merozoite antigen (AMA-1), serine repeat antigen (SERA), and exported antigen (EXP-1). Each amplified DNA fragment was inserted into pQE30 plasmid to induce the expression of His-tagged protein in Escherichia coli (M15 strain) by IPTG. His-tagged proteins were purified by Ni-NTA metal-affinity chromatography and used as antigens for ELISA with patient sera that were confirmed previously by blood smear examinations. When applied to patient sera, 122 (80.3%) out of 152 vivax malaria cases reacted to at least one antigen, while no reactions were observed with 128 uninfected serum samples. We applied this ELISA to the screening of 3,262 civilian residents in endemic regions near the DMZ, which resulted in 236 positively detected (7.2%) cases. This method can be applied to serological diagnosis and mass screening in endemic regions, or can be used as a safety test for transfusion blood in endemic areas.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제29권4호
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• pp.316-321
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• 2014

The aim of study was to investigate the virulence profile of Escherichia coli O157:H7 bacteriophages isolated from sewage and livestock stools. Among 23 E. coli O157:H7 bacteriophages, 14 strains were isolated from sewage and 9 were from animal stools collected from 10 livestock farms in Korea. For each bacteriophage DNA sample, the presence of stx1, stx2, eae, aafII, ial, elt, estI, estII, astA, afa, and cnf was examined by polymerase chain reaction. The detection rate of eae, stx2, estI, astA, and ial was 100%, 69.6%, 13.0%, 13.0%, 8.7%, respectively. While all E. coli O157:H7 bacteriophages isolated from stools carried eae+stx2, stx2+eae, eae+astA, eae, stx2+eae+estI, eae+estI, stx2+eae+ial, and eae+ial were observed in bacteriophages isolated from sewage. As several plasmid-carrying virulence factors (estI, astA, and ial) were found in E. coli O157:H7 bacteriophages obtained from sewage and stools, the microbial safety of bacteriophages should be investigated in further study.

• 생태와환경
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• 제54권3호
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• pp.209-220
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• 2021

Pacific herring, Clupea pallasii, a keystone species with significant ecological and commercial importance, is declining globally throughout much of its range. While traditional fishing equipment methods remain limited, new sensitive and rapid detection methods should be developed to monitor fisheries resources. To monitor the presence and quantity of C. pallasii from environmental DNA (eDNA) extracted from seawater samples, a pair of primers and a TaqMan^® probe specific to this fish based on mitochondrial cytochrome b (COB) sequences were designed for the real-time PCR (qPCR) assay. The combination of our molecular markers showed high specificity in the qPCR assay, which affirmed the success of presenting a positive signal only in the C. pallasii specimens. The markers also showed a high sensitivity for detecting C. pallasii genomic DNA in the range of 1 pg~100 ng rxn^-1 and its DNA plasmid containing COB amplicon in the range of 1~100,000copies rxn^-1, which produced linear standard calibration curves (r²=0.99). We performed a qPCR assay for environmental water samples obtained from 29 sampling stations in the southeastern coastal regions of South Korea using molecular markers. The assay successfully detected the C. pallasii eDNA from 14 stations (48.2%), with the highest mean concentration in Jinhae Bay with a value of 76.09±18.39 pg L^-1 (246.20±58.58 copies L^-1). Our preliminary application of molecular monitoring of C. pallasii will provide essential information for efficient ecological control and management of this valuable fisheries resource.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제50권1호
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• pp.15-21
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• 2012

In Iran, $Plasmodium$ $vivax$ is responsible for more than 80% of the infected cases of malaria per year. Control interventions for vivax malaria in humans rely mainly on developed diagnostic methods. Recombinant $P.$ $vivax$ apical membrane antigen-1 (rPvAMA-1) has been reported to achieve designing rapid, sensitive, and specific molecular diagnosis. This study aimed to perform isolation and expression of a rPvAMA-1, derived from Iranian patients residing in an endemic area. Then, the diagnostic efficiency of the characterized Iranian PvAMA-1 was assessed using an indirect ELISA method. For this purpose, a partial region of AMA-1 gene was amplified, cloned, and expressed in pET32a plasmid. The recombinant $His-tagged$ protein was purified and used to coat the ELISA plate. Antibody detection was assessed by indirect ELISA using rPvAMA-1. The validity of the ELISA method for detection of anti-$P.$ $vivax$ antibodies in the field was compared to light microscopy on 84 confirmed $P.$ $vivax$ patients and compared to 84 non-$P.$ $vivax$ infected individuals. The ELISA cut-off value was calculated as the mean+2SD of OD values of the people living in malaria endemic areas from a south part of Iran. We found a cut-off point of OD=0.311 that showed the best correlation between the sera confirmed with $P.$ $vivax$ infection and healthy control sera. A sensitivity of 81.0% and specificity of 84.5% were found at this cut off titer. A good degree of statistical agreement was found between ELISA using rPvAMA-1 and light microscopy (0.827) by Kappa analysis.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제43권3호
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• pp.296-299
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• 2015

Cowpea mild mottle virus (CPMMV)는 국내 미보고 바이러스로, 넓은 숙주범위를 가지며, 국내 관리급 검역바이러스로 지정되어 있다. 본 연구에서는 검역현장에서 신속하게 CPMMV를 진단할 수 있는 방법을 개발하였다. 이번 연구는 사용자를 위한 검사방법 개발을 위하여, 기존의 검역현장에서 활용하는 PCR 조성과 조건을 활용하였다. 본 연구에서는 CPMMV를 특이적으로 진단할 수 있는 2개의 RT-PCR 프라이머를 개발하였으며 각각 579와 638 bp를 증폭할 수 있다. 최종적으로 증폭되는 nested PCR 산물의 크기는 (579 → 298 bp)과 (638 → 252 bp)로 CPMMV의 특이 유전자를 진단할 수 있다. 또한, 제한효소 Xho I이 반응할 수 있는 염기 서열을 삽입하여 양성대조구 플라스미드를 개발하였다. 이것은 실험실 오염으로부터 거짓양성을 검증할 수 있게 하였다. 본 연구는 CPMMV와 관련된 수입 작물로부터 검역진단에 기여할 것이라고 사료된다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권1호
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• pp.19-27
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• 1997

본 연구에서는 영장류에서 감염성 면역결핍 증상을 일으키는 type D simian retrovirus (SRV)를 검출하기 위해 SRV env 유전자의 특정 지역을 선정하여 증폭, 검색하는 중합효소 연쇄반응 (PCR)법을 개발하였다. 증폭반응의 대상부위인 SRV env 유전자의 3' 후반부는 서로 다른 3 종류의 SRV subtype 1, 2, 그리고 subtype 3에 걸쳐 높은 보존율을 보이고 있다. 반응 결과, 1차 PCR 만으로 3 종류의 SRV subtypes를 동시에 검출, 증폭하였으며 SRV와 더불어 영장류에서 감염성 면역결핍을 유도하는 주요 바이러스 simian immunodeficiency virus 또는 simian T-Iymphotropic virus type 1에 감염된 영장류의 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)을 비교, 완전한 증폭 특이성이 확인되었고 교차반응으로 인한 위양성반응은 발견되지 않았다. 한편, 위 증폭반응의 검출 민감도 측정을 위해 준정량적 적정 PCR을 수행하였으며 SRV 게놈과 증폭 대상 부위의 분자량을 기준으로 한 본 PCR법의 검출 한계는 단 한번의 증폭과 간단한 ethidium bromide 염색만으로 적어도 $5-7{\times}10^4$ 개의 PBMCs 중 한 개의 감염세포를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에서 확인된 신속성과 반응 특이성, 그리고 높은 민감도의 본 PCR 법은 현재 유일한 AIDS 연구모델인 영장류의 SIV 감염 연구 전후에 반드시 필요한 효과적인 SRV 감염검색에서 ELISA법의 위양성에 의한 약점을 보완하고 보다 높은 검출 민감도를 확보함으로써 연구모델 실험의 오류를 최소화하는 데 중요한 역할을 하게 될 것이다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제39권5호
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• pp.403-408
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• 1996

토양에서 세균군집의 DNA를 추출하여 이사디 분해세균의 밀도와 군집변화를 tdfA 유전자와 Spa Probe를 이용하여 조사하였다. 이사디 분해균주인 Pseudomonas cepacia/pJP4을 토양에 여러 가지 밀도로 접종한 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 Southern blot에서 분석한 결과, 본 실험에 사용된 DNA probe method에 의해 이 세균을 $10^5\;cells/g$ soil 수준까지 검출할 수 있는 것으로 나타났다. 이사디를 가해준 microcosm 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석한 실험에서는 Pseudemonas pickettii와 Sphingomonas Paucimobilis가 우점종으로 검출되었고, 사용된 두 가지의 DNA probes는 토양의 이사디 분해미생물에 대해 매우 높은 특이성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 밭에 이사디를 장기 적으로 가해준 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 분석 한 실험에서는 이사디를 최소한 10 ppm 이상 가해주어야 토양의 이사디 분해세균을 DNA probe method에 의해 검출할 수 있었고, tfdA 유전자는 실제의 밭토양에서도 높은 특이성을 나타냈으나 Spa probe는 일부의 토착세균에 비특이적으로 반응하는 것으로 나타났다. 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석하는 DNA probe method는 Southern blot과 함께 사용되었을 때 토양에 존재하는 이사디 분해미생물을 실험실 배지에 배양하지 않고 검출할 수 있었고,이 미생물들의 밀도, 군집변화, 유전적 변화 등을 효과적으로 분석할 수 있는 것으로 나타났다.