• Animal cells and systems
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• 제14권4호
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• pp.351-360
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• 2010

A new species of the Cletopsyllidae belonging to the genus Isocletopsyllus Huys and Lee, 1999 is described from the materials collected from subtidal sandy bottoms at Jeju Island and Ulleung Island, Korea. So far, only two species of the genus Isocletopsyllus, viz. I. tertius (Por, 1964) from Israel and I. quartus (Soyer, 1966) from Banyuls-sur-Mer (France) are recorded, both from the Mediterranean Ocean. The new species can be clearly distinguished from its congeners by the combination of the following characters: (1) female antennule with a large process on the outer margin of first segment, (2) caudal rami with a bulbous proximal inner expansion, and shorter than those of other species (about four times long as wide in the new species), (3) second segment of P1 exopod with a short rod-like inner seta, (4) sexual dimorphism presented in the second endopodal segment of male P2, not in exopod of P4, and (6) female P5 with a very long exopod with very short second outer seta. A table comparing the modifications of swimming legs in the family Cletopsyllidae Huys and Lee, 1999 is presented. This is the first record of this family from Korea.

• 한국어류학회지
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• 제26권1호
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• pp.50-69
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• 2014

2013년 3월부터 10월까지 낙동강수계의 1차 지류인 영강의 37개 조사지점에 대하여 어류상을 조사한 결과 총 13과 31속 39종 2형의 어류가 확인되었다. 채집된 어류 중 잉어과 어류가 23종 2형(61.0%)으로 가장 많았으며 다음은 미꾸리과 어류가 4종(9.87%)이었다. 한반도 고유종은 17종으로 채집어종수의 41.5%를 차지하였다. 멸종위기종은 얼룩새코미꾸리 (Koreocobitis naktongensis)와 모래주사 (Microphysogobio koreensis)의 두 종이었으며, 외래종은 무지개송어(Oncorhynchus mykiss)와 배스(Micropterus salmoides)의 두 종이었다. 국내의 다른 하천에서 옮겨진 이입종은 끄리(Opsariichthys uncirostris amurensis), 눈동자개 (Pseudobagrus koreanus), 빙어 (Hypomesus nipponensis)의 3종이었다. 개체수를 기준으로 한 우점종은 참갈겨니 NS형(Z. koreanus NS, 23.24%), 아우점종은 참갈겨니 NE형 (Z. koreanus NE, 12.72%)와 피라미 R형(Z. platypus R, 12.35%)이었다. 어류군집분석을 실시한 결과 영강 전체는 다양도 1.134, 균등도 0.703, 우점도 0.110, 종풍부도 4.348로 나타나 다양하고 안정된 어류군집을 이루고 있었다. 조사지점 사이의 유사도지수를 이용하여 수지도를 작성한 결과 상류집단, 중상류집단, 중류집단, 하류집단의 4집단으로 구분할 수 있었다.

• 한국어류학회지
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• 제27권2호
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• pp.116-132
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• 2015

2014년 3월부터 10월까지 낙동강 상류에서 44개 조사 지점에 대하여 어류상을 조사한 결과, 총 14과 34속 42종 4형의 어류가 확인되었다. 채집된 어류 중 잉어과 어류가 17종 4형 (43.2%)으로 가장 많았으며, 다음은 미꾸리과 어류가 6종(13.6%)이었다. 한반도 고유종은 Kichulchoia multifasciata 등의 17종이었다. 멸종위기종은 Koreocobitis naktongensis, Lethenteron reissneri 및 Brachymystax lenok tsinlingensis의 3종이었으며, 외래종은 Lepomis macrochirus와 Micropterus salmoides의 2종이었다. 국내의 다른 하천에서 옮겨진 이입종은 Hemibarbus mylodon, Coreoleuciscus slpendidus Han river type, Opsariichthys uncirostris amurensis, Iksookimia koreensis, Liobagrus andersoni 등의 9종이었다. 개체수를 기준으로 한 우점종은 Rhynchocypris oxycephalus (21.44%), 아우점종은 Z. koreanus NE형 (18.55%)이었다. 어류 군집 분석을 실시한 결과 영강 전체는 다양도 1.101, 균등도 0.670, 우점도 0.400, 종풍부도 4.454로 나타나 다양하고 안정된 어류 군집을 이루고 있었다. 조사 지점 사이의 유사도지수를 이용하여 수지도를 작성한 결과 최상류, 상류I, 상류II, 중상류 및 중류 집단의 5집단으로 구분할 수 있었다.

• 한국어류학회지
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• 제23권4호
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• pp.288-299
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• 2011

2008년 4월부터 2009년 10월까지 영남지역 21개 호소를 중심으로 어류상을 조사한 결과, 서식이 확인된 어류는 15과 44속 61종이었다. 채집된 어류 가운데 잉어과가 32종 (52.5%)으로 가장 많았고, 다음은 미꾸리과 어류가 6종 (9.8%)이었다. 호소별 출현종수는 진양호에서 31종으로 가장 많은 종이 확인되었다. 전체 호소에서 확인된 61종의 어종 중 개체수에 근거할 때, 우점종은 빙어 (26.6%), 아우점종은 긴몰개(14.8%)로 나타났으며, 생체량에 근거할 때, 우점종은 블루길 (19.8%), 아우점종은 잉어 (14.8%)로 나타났다. 확인된 61종 중 한국 고유종은 6과 20종으로 나타났으며, 긴몰개가 전체 개체수의 14.8%를 차지하여 가장 높은 출현율을 나타내었다. 환경부지정 멸종위기종인 꼬치동자개는 용연지와 영천호, 잔가시고기는 용연지에서 각각 확인되었다. 유전자 분석 결과 용연지의 꼬치동자개는 낙동강수계에서 최근 이입된 것으로 확인되었다. 외래도입종으로는 배스, 블루길, 이스라엘잉어, 떡붕어, 백련어로 총 5종이 확인되었다. 블루길은 풍락지, 합천호, 번개늪, 장척호, 주남저수지와 같은 5개 호소에서 우점종 또는 아우점종으로 나타났다. 타 수계로부터 낙동강으로 이입된 종으로 끄리, 강준치, 치리, 살치, 동자개, 빙어, 얼록동사리의 7종이 확인되었으며, 이 중 끄리는 임하호와 영천호에서 우점종으로 나타났다. 본 연구를 통하여 농어목 동사리과에 속하는 좀구굴치가 낙동강 유역의 질날벌에서 처음으로 확인되었다. 21개 호소의 어류 군집 분석을 실시한 결과, 전체 호소의 종다양도, 균등도, 우점도 지수는 각각 1.079, 0.604, 0.134로 나타났으며, 호소별 어류상의 유사도는 저수량과 관계가 있는 것으로 나타났다. 본 연구는 동일시기에 영남 지역에 위치하는 21개의 호소를 대상으로 어류상을 조사하였다는 점에서 이후 관련 연구에 의미 있는 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 2004년도 춘계학술대회 학술발표 논문집 제14권 제1호
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• pp.255-258
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• 2004

본 연구는 유전자 기능예측에 있어서 유사성 검색과 비교유전체학이 가진 한계를 극복하기 위하여 9종의 Human Herpesvirus를 대상으로 COG와 계통유전학적 방법을 적용하여 향상된 유전자 기능예측을 하고자 하였다. COG의 방법을 이용하여 114 HCOGs (Human Herpesvvirus COGs)를 구축하고, HCOGs를 바탕으로 유전자 컨텐츠트리를 제작하였다. 이 트리를 통하여 각 HCOG는 $\alpha$-특이적 그룹, $\beta$-특이적 그룹, $\alpha$, $\beta$, ${\gamma}$ -특이적 그룹 중 하나에 속함을 보였다. 계통유전체학의 적용을 위하여 u, $\beta$, ${\gamma}$ -특이 그룹에 속하는 ORF중 DNA polymerase를 이용하여 종트리를 제작하였다. SDI (Speciation and Duplication) 알고리즘을 통하여 148개의 당단백질에서 47개의 복제점을 예측하였고, 초기 HCOG의 제작에서 제외되었던 7 ORF는 당단백질과 관련된 5개의 HCOG로 재 정의 하였다. 이 연구를 통하여 COG는 ortholog 그룹을 를러스터링하는데 효과적인 방법이며, 이를 더욱 보완할 수 있는 방법으로 비교유전체학이 사용될 수 있음을 확인하였다. 이는 비교유전체학의 방법과 계통유전체학적 방법을 조화시켜 유전자 기능 예측을 보완할 수 있음을 보여 주었다.

• Genomics & Informatics
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• 제11권1호
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• pp.52-54
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• 2013

Proteins in DNAJ/K families are ubiquitous, from prokaryotes to eukaryotes, and function as molecular chaperones. For systematic phylogenomics of the DNAJ/K families, we developed the Eukaryotic DNAJ/K Database (EDD). A total of 12,908 DNAJs and 4,886 DNAKs were identified from 339 eukaryotic genomes in the EDD. Kingdom-wide comparison of DNAJ/K families provides new insights on the evolutionary relationship within these families. Empowered by 'class', 'cluster', and 'taxonomy' browsers and the 'favorite' function, the EDD provides a versatile platform for comparative genomic analyses of DNAJ/K families.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제37권1호
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• pp.39-51
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• 2021

The South Korean species of family Proctotrupidae Latreille, 1802 (Hymenoptera: Proctotrupoidea) are studied. Here, seven proctotrupid species are newly added in the South Korean fauna: Cryptoserphus aculeator (Haliday), Disogmus basalis (Thomson), Mischoserphus arcuator (Stelfox), M. samurai (Pschorn-Walcher), Nothoserphus scymni (Ashmead), Proctotrupes gravidator (Linnaeus), and Tretoserphus laricis (Haliday). Which of them, four genera belonging to the tribes Cryptoserphini and Proctotrupini (Cryptoserphus, Mischoserphus, Proctotrupes, and Tretoserphus) are also newly recorded from South Korea. A key to genera of South Korean Proctotrupidae, diagnosis, photographs, distribution, and recorded hosts for each species are presented. All proctotrupid specimens were kept in the collections of the Geolim Entomological Institute, Daegu, South Korea.

• ALGAE
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• 제36권4호
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• pp.333-340
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• 2021

Phylotranscriptomics is the study of phylogenetic relationships among taxa based on their DNA sequences derived from transcriptomes. Because of the relatively low cost of transcriptome sequencing compared with genome sequencing and the fact that phylotranscriptomics is almost as reliable as phylogenomics, the phylotranscriptomic analysis has recently emerged as the preferred method for studying evolutionary biology. However, it is challenging to perform transcriptomic and phylogenetic analyses together without programming expertise. This study presents a protocol for phylotranscriptomic analysis to aid marine biologists unfamiliar with UNIX command-line interface and bioinformatics tools. Here, we used transcriptomes to reconstruct a molecular phylogeny of dinoflagellate protists, a diverse and globally abundant group of marine plankton organisms whose large and complex genomic sequences have impeded conventional phylogenic analysis based on genomic data. We hope that our proposed protocol may serve as practical and helpful information for the training and education of novice phycologists.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.69-69
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• 2022

Commelinaceae (Commelinales), consist of three subfamiles and 40 genera, are distributed in the Old and New world, except Europe. This family is commonly known as dayflower and spiderwort due to their short bloom time and a viscous stem secretion. Although, several morphological and molecular analysis were conducted, the relationships among the genera are still ambiguous. The rapid advances in next-generation sequencing (NGS) enable us to do genomic research widely. Here, we assembled 12 new plastomes of Commelinaceae including Cartonematoideae and compared with previously published data. We identified pseudogened accD and rpoA in Commelinoideae taxa. Phylogenetic analysis inferred from 78 protein-coding genes showed that Rhopalephora scaberrima was nested within Aneilema. Also, there is a need to revise the subtribal relationships in Tradescantieae. This study will contribute to define the genome structures, phylogenetic and biogeographic studies of Commelinaceae.

• 생명과학회지
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• 제32권3호
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• pp.196-201
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• 2022

곤충과 같은 새로운 단백질 공급원은 인간의 영양을 위해 제안됩니다. 단백질 가용성은 곤충 특성에 영향을 받을 수 있습니다. 발효를 통해 독특한 특성을 지닌 다양한 곤충 기반 성분 및 식품을 얻을 수 있습니다. 그러나 발효된 식용 곤충이 단백질 가용성에 미치는 영향은 알려져 있지 않습니다. 발효 쌍별 귀뚜라미 분말은 주로 단백질로 구성됩니다. 이전에는 귀뚜라미 분말의 경구 투여가 남성형 탈모증에서 모발 성장을 개선하는 것으로 보고 되었습니다. 본 연구의 목적은 동물모델에서 쌍별 귀뚜라미 발효분말의 모발 촉진 활성을 평가하는 것입니다. 수컷 C57BL/6 마우스(25-30 g)를 사용했습니다. 실험을 위해서 마우스의 복부 털(2×2.5 cm)을 부드럽게 제거했습니다. 그룹은 다음과 같이 처리되었습니다. 정상 급이군(쌍별귀뚜라미 분말 없음), 쌍별귀뚜라미 분말 급이군 및 발효 쌍별 귀뚜라미 분말 급이군으로 실험군은 구성 되었습니다. 음식은 11주 동안 공급하였습니다. 관찰을 수행하고 대조군 및 실험군의 결과를 비교했습니다. 대조군과 비교 하였을 때, 발효 쌍별 귀뚜라미 분말의 적용은 유의하게(p<0.01) 모발 성장을 촉진했습니다. C57BL/6 실험의 결과는 쌍별 귀뚜라미 발효 분말은 7주 후 모발 성장이 급격히 증가 되었음을 확인시켜줍니다. 급이 7주 후, 성장기의 모발 비율을 정상 급이군과 쌍별 귀뚜라미 분말 급이군에서 각각 비교한 결과, 발효 쌍별 귀뚜라미 급이군에서 약 125% 및 약 120% 증가하였습니다. 결론적으로 쌍별 귀뚜라미 발효 분말의 적용은 발모를 촉진하기 때문에 탈모증 치료의 유망한 대안으로 볼 수 있습니다. 또한 구성을 고려할 때 아미노산과 같은 미량 원소가 이러한 효과에 기여했을 수 있습니다.