• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.163-187
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• 2006

태백제비꽃파 근연 분류군인 단풍제비꽃과 남산제비꽃의 종간 유연관계를 알아보기 위하여 극단적인 형태를 보이는 7개 집단에 대해 외부형태학적, 화분학적, 해부학적 형질에 대한 분류학적 연구와, 국내에 분포하는 분류군을 비롯하여 유럽, 중국과 일본에 분포하는 근연 분류군을 포함한 28개 집단에 대한 핵 DNA의 ITS와 V. pinnata를 제외한 27집단에 대한 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 분자계통학적 연구를 수행하였다. 외부형태학적 형질에서 엽연 거치의 수, 화피의 크기, 주두와 종자의 형질 등은 형태가 유사하거나 중복되는 형질을 갖는 것으로 나타나 구분이 불가능 하였으나 잎의 모양에 의해서는 두 그룹으로 유집되었다. 화분은 단립으로 극면입상은 반각형이었고, 발아구는 3공구형이며, 표면의 돌기는 미립상, 표면무늬는 난선상으로 집단간 유사한 특징을 보였다. 화분입상은 5개 집단이 장구형으로 관찰된 반면 단풍제비꽃 type 1과 남산제비꽃 type 3은 아장구형으로 나타났다. 해부학적 형질에서 엽병, 화경, 뿌리와 주맥의 횡단면을 관찰한 결과는 7개 집단이 유사한 형태로 나타나 차이점을 찾을 수 없었으며, 기공은 모두 잎의 아랫면에만 존재하였고, 단위 면적당 기공의 수는 결각이 심할수록 많은 것으로 나타났다. 핵 DNA의 ITS지역에 대한 염기서열 분석 결과 V. pinnata와 V. dissecta는 단계통을 형성하였고 군외군으로 부터 가장 먼저 분지되어 독립된 분계조를 형성하면서 나머지 분류군들을 위한 자매군으로 유집되어 태백제비꽃과 근연 분류군을 위한 조상형으로의 가능성을 제시하였다. 그러나 태백제비꽃의 종내분류군과 V. eizanensis가 포함된 그룹은 뚜렷한 분계조를 형성하지 않았다. 이러한 결과는 엽록체 DNA의 trnL-F 지역에 대한 결과에서도 유사한 경향올 보였다. 이상의 결과에서 잎의 모양을 제외한 나머지 형질들은 태백제비꽃과 근연 분류군들을 구별하는데 유용하지 않은 것으로 확인되어 단풍제비꽃과 남산제비꽃은 태백제비꽃의 종하 분류군으로 취급하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

• 식물분류학회지
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• 제50권4호
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• pp.385-394
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• 2020

To elucidate the molecular phylogeny of Neottia japonica, which is a terrestrial orchid distributed in East Asia, the internal transcribed spacer (ITS) of nuclear DNA and the matK of chloroplast DNA were used. A total 22 species of 69 accessions for ITS and 21 species of 114 accessions for matK phylogeny were analyzed with the maximum parsimony and Bayesian methods. In addition, we sought to establish a correlation between the distribution, morphology of the auricles and genetic association of N. japonica with phylogenetic data. The phylogenetic results suggest that N. japonica is monophyletic and a sister to N. suzukii in terms of the ITS phylogeny, while it is paraphyletic with N. suzukii in terms of the matK phylogeny. N. japonica and N. suzukii show similar morphologies of the lip and column, they both flower in April, and they are both distributed sympatrically in Taiwan. Therefore, it appears to be clear that N. japonica and N. suzukii are close taxa within Neottia, although there is incongruence between the nrDNA and cpDNA phylogenies of N. japonica. The incongruence between the two datasets may have various causes, meaning that further studies are needed to confirm the evolutionary process of N. japonica. The phylogenetic status of N. kiusiana, which was not included in previous studies, was as a sister to N. nidus-avis. Meanwhile, the ITS and matK phylogenies are unsuitable for identifying genetic associations with the characteristic of auricles. The phylogenetic topologies of Korean, Taiwanese and mainland Chinese individuals suggest that the populations of N. japonica in Korea originated from China's mainland and island areas. The characterization of regional gene differences could provide useful preliminary data for future studies.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제3권3호
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• pp.183-189
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• 2014

The genus Echinochloa (L.) P. Beauv. comprised of approximately 30-40 species in the tropical and warm temperate regions of the world, including numerous interspecific and intraspecific types which make the genus difficult to identify. As an attempt to identify the species within the genus easier, the taxonomy of the genus Echinochloa, Poaceae in Korea was reviewed on the basis of sequencing data derived from nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) and external transcribe spacer and chloroplast DNA trnL intron, trnL-F intergenic spacer and matK regions using a total of 46 accessions representing all the species in Korea. The results of maximum parsimony found separate lineage comprised of E. colona and E. frumentaceae which are not Korean species, but no resolution within Korean Echinochloa species, supporting the suggestion of Yamaguchi group that E. crus-galli, E. oryzoides, and E. esculenta should be considered to belong to the same species. However, the relationship between these three species and the other species, i.e. E. oryzicola should be better understood with more detail studies.

• 한국균학회지
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• 제48권3호
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• pp.329-335
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• 2020

2008년부터 2017년도에 제주, 홍천 등에서 산철쭉에서 모무늬 증상을 나타내는 잎을 채집하였다. 산철쭉모무늬 증상은 빈번하게 잎에만 발생하여 식물의 관상가치를 떨어트리고 조기낙엽을 유발하였다. 변색부는 잎의 윗면에 작고 담갈색 내지 흑자색 점무늬가 먼저 나타나며, 잎의 세맥으로 경계가 구분되어 모무늬 또는 부정형의 증상을 나타냈다. 산철쭉에서 분리한 균주를 동정하고자 형태적 특징과 actin (Act), translation elongation factor 1-alpha (EF), internal transcribed spacer (ITS), 28S nrDNA (LSU), RNA polymerase II second largest subunit (RPB2) 염기서열을 분석하였다. 형태적 특징을 재확인한 염기서열 분석결과 Sp. azaleae와 99~100%의 상동성을 나타냈으며, 계통수를 작성하였을 때도 Sp. azaleae 계통군에 속하였다. 따라서 산철쭉에 모무늬 증상에 관여하는 곰팡이는 Sp. azaleae로 동정되었다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.50-50
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• 2022

비짜루과 둥굴레속(Asparagaceae: Polygonatum)은 전 세계적으로 약 90여 종이 알려져 있으며, 유럽, 북아메리카, 아시아 등 북반구 온대 지역에 집중적으로 분포한다. 국내 둥굴레속 분류군은 총 16분류군이며, 이중 잎이 호생하고, 난형에서 타원형 모양의 엽질성 포를 가지며, 화피통 내부에 털이 없고, 수술대 표면에 돌기가 나있는 분류군들은 용둥굴레열(series. Bracteata)에 속한다. 그러나 이들은 종간 교잡 또는 주요 기관의 형질 변이가 다양하여 중간형질을 보이는 개체군들에 대한 종 식별에 많은 어려움이 있었다. 경남 창원시에서 채집된 목포용둥굴레(P. cryptanthum) 변이 개체집단는 기존의 목포용둥굴레와 달리 식물체 높이와 화경·소화경이 길며, 포 부착위치의 변이 폭이 넓으며, 포가 타원형이고 밖으로 말리는 습성으로 형태적 차이가 나타났다. 따라서 본 연구에서는 명확한 분류학적 실체를 구명하고자 분자생물학적 계통분석(nrDNA ITS + cpDNA matK, trnK-rps16, rps16, rbcL) 연구를 진행중에 있다.

• 한국자원식물학회지
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• 제27권6호
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• pp.671-679
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• 2014

Molecular phylogenetic analyses of Korean Elaeagnus L. were conducted using seven species, one variety, one forma and four outgroups to evaluate their relationships and phylogeny. The sequences of internal transcribed spacer regions in nuclear ribosomal DNA were employed to construct phylogenetic relationships using maximum parsimony (MP) and Bayesian analysis. Molecular phylogenetic analysis revealed that Korean Elaeagnus was a polyphyly. E. umbellata var. coreana formed a subclade with E. umbellata. Additionally, the genetic difference between E. submacrophylla and E. macrophylla was very low. Moreover, E. submacrophylla formed a branch from E. macrophylla, indicating that E. submacrophylla can be regarded as a variety. However, several populations of this species were not clustered as a single clade; therefore, further study should be conducted using other molecular markers. Although E. glabra f. oxyphylla was distinct in morphological characters of leaf shape with E. glabra. But E. glabra f. oxyphylla was formed one clade by molecular phylogenetic with E. glabra. Additionally, this study clearly demonstrated that E. pungens occurs in Korea, although it was previously reported near South Korea in Japan and China. According to the results of ITS regions analyses, it showed a resolution and to verify the relationship between interspecies of Korean Elaeagnus.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.26-34
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• 2015

최근에 전 세계적으로 동물, 식물뿐만 아니라 균류, 해조류 등에서 활발하게 이용하는 DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 종들 간의 DNA 변이를 발견하여 형태적 지식 없이 정확하게 종을 동정하고 분류하는 방법이다. 고등식물에서는 단일마커로 바코드 조건을 충족할 수 없어 엽록체 DNA의 rbcL과 matK 유전자를 표준마커로 이용하고 있다. 본 연구는 식물 표준 바코드마커와 핵 DNA의 ITS 부위를 이용하여 국내 벼과 식물 252 분류군 중 주로 농경지에서 발생하는 잡초 총 84분류군 403생태형을 바코드하여 데이터베이스를 구축하기 위하여 수행하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석 성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종식별 해상력은 matK에서 가장 높았다. 80.9%의 염기서열 분석 성공률을 보인 ITS는 matK와의 조합에서 92.9% 까지 종 식별 해상력을 높일 수 있어 벼과 바코드에 매우 유용한 조합이었다. 벼과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다. 그러므로 형태적으로 동정이 어려운 벼과 잡초를 matK와 ITS 부위의 염기서열을 분석하여 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁한 데이터와 비교함으로써 쉽고 간편하게 동정할 수 있게 되었다.

• ALGAE
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• 제17권2호
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• pp.75-81
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• 2002

In this study the length of ITS2 from four species of the Ulvaceae in Jeju Island varied between 167 and 203 bp. The resuits of this investigation showed that two genus, Ulva and Enteromorpha are grouped in a monophyletic assemblage with 100% bootstrap support in all phylogenetic trees. However, a thorough eamination of these characters from representatives does not provided a way to identify any unique morphological features of clasdes in this tree. This study reveals that Ulva conglobata and Ulva pertusa belong to one clade in the phylogenetic tree with the samples from Jeju Island, Korea.

• 식물분류학회지
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• 제45권4호
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• pp.306-317
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• 2015

본 연구에서는 간혹 흰바위취(Micranthes manchuriensis)와 동일종으로 취급되기도 하는 한국 고유종 구실바위취(Saxifraga octopetala)의 분류학적 지위를 알아보고자 수행되었다. 구실바위취의 계통학적 위치와 종의 경계를 확인하기 위해 두 종의 기준표본에 대한 형태적 검토와 핵 리보솜 DNA의 ITS 지역 염기서열에 대한 집중적인 계통분석을 시행하였다. 총 65개 구실바위취 개체는 ITS 계통수에서 하나의 무리를 이루면서 Micranthes 분기군(clade)에 포함되었고, 톱바위취 및 흰바위취와 가까운 계통 유연관계를 나타내었다. 중국과 러시아에서 채집된 다수의 흰바위취 개체 역시 독자적인 분기군을 형성하면서 M. nelsoniana var. pacifica 및 M. fusca와 자매군을 이루었다. 구실바위취의 실체가 모호했던 것은 흰바위취 개체와 톱바위취의 화서를 함께 포함하고 있는 복합표본인 Wilford의 채집품(흰바위취의 기준표본)을 Nakai가 잘못 관찰하였기 때문으로 생각되었다. 구실바위취와 흰바위취의 높은 형태적 유사성에도 불구하고 이들은 지하 포복경의 특징에 있어서 차이를 보였다. ITS 계통수에서 구실바위취가 Micranthes 내에 자리하는 것으로 나타나 구실바위취는 Micranthes 내에서 종의 지위를 유지하여야 할 것으로 판단되었고, 이에 따라 신조합명(Micranthes octopetala)을 발표하였다.

• 한국약용작물학회지
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• 제12권1호
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• pp.60-66
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• 2004

한국산 옻나무속 6종에 대하여 분자식물학적 방법으로 계통유연관계를 확인하기 위하여, nrDNA의 ITS 구간과 cpDNA rbcL 염기서열을 사용하여 계통분석한 결과 ITS 1의 길이는 $246{\sim}253\;bp$이었고, ITS 2는 $234{\sim}244\;bp$이었다. ITS 1의 길이는 Rhus sylvestris와 R. succedanea에서 246 bp로 가장 작았으며, R. verniciflua에서 253 bp로 가장 긴 것으로 나타났다. ITS 2의 길이는 R. verniciflua가 234 bp로 가장 짧았으며, R. trichocarpr가 244 bp로 가장 길게 나타났다. 이들 분류군의 G+C Content는 ITS 1에서는 $58.0{\sim}68.13%$의 범위를 나타냈고, ITS 2에서는 $59.75{\sim}68.46%$로 나타나 두 구간이 비슷한 비율을 보이고 있었다. ITS 1에서의 G+C content는 R. sylvestris가 58.0%로 가장 낮았으며, 가장 높은 값은 R. ambigua가 68.13%로 확인되었다. ITS 2에서는 외군인 Cotinus coggygria가 59.75%로 가장 낮았으며, R. ambigua가 68.46%로 가장 높게 나타났다. 한국산 옻나무 속에서 ITS 염기서열은 일반적으로 피자식물이 갖는 G+C content 범위 안에 포함되는 것으로 확인되었다. 한편, rbcL의 길이는 1,428 bp로 모든 종에서 동일하였다. 또한 rbcL의 G+C content는 $43.56%{\sim}43.77%$로 나타나 종간에 거의 차이가 없음을 확인하였다. 연구결과 rbcL gene은 옻나무속의 종간 계통유연관계를 해석하는데 유용하지 않았으며, ITS 1 구간의 염기서열 변이는 향후 옻나무속을 분류할 때 신속하게 분류할 수 있는 분류 marker로 이용할 수 있다고 판단되었다.