• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권5호
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• pp.624-630
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• 2016

Many studies have reported the frequency and distribution of haplogroups among various cattle breeds for verification of their origins and genetic diversity. In this study, 318 complete sequences of the mtDNA control region from four Korean cattle breeds were used for haplogroup classification. 71 polymorphic sites and 66 haplotypes were found in these sequences. Consistent with the genetic patterns in previous reports, four haplogroups (T1, T2, T3, and T4) were identified in Korean cattle breeds. In addition, T1a, T3a, and T3b sub-haplogroups were classified. In the phylogenetic tree, each haplogroup formed an independent cluster. The frequencies of T3, T4, T1 (containing T1a), and T2 were 66%, 16%, 10%, and 8%, respectively. Especially, the T1 haplogroup contained only one haplotype and a sample. All four haplogroups were found in Chikso, Jeju black and Hanwoo. However, only the T3 and T4 haplogroups appeared in Heugu, and most Chikso populations showed a partial of four haplogroups. These results will be useful for stable conservation and efficient management of Korean cattle breeds.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권5호
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• pp.645-652
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• 2007

The origin of domestic donkeys in China has been controversial. To clarify the origin of Chinese domestic donkeys, we investigated the partial mitochondrial D-loop sequences of 126 samples from 12 native breeds. The results revealed two mitochondrial origins, lineage Somali and lineage Nubian of African wild ass detected in Chinese domestic donkeys. Lineage Somali was predominant in Chinese domestic donkey breeds. The pattern of genetic variation in ass mtDNA D-loop sequences indicated that the two lineages Somali and Nubian from China had undergone population expansion events. In a combined analysis of lineages Somali and Nubian between previously published sequences from other countries/regions and sequences of Chinese domestic donkeys, the results indicated that the two lineages of Chinese domestic donkeys were from Africa and supported the African maternal origins of Chinese domestic donkeys. There was no obvious geographical structure in Chinese domestic donkey breeds, but the population showed abundant mtDNA diversity. The spread routes of Chinese domestic donkeys were also discussed.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.903-909
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• 2004

The variability of mtDNA hypervariable segment I (HVS I) sequences was investigated in a total of 48 birds belonging to 12 Chinese native chicken breeds. Sixteen haplotypes were identified from 35 polymorphic nucleotide sites which accounted for 6.4% of a sequenced 544 bp fragment. Diversity analysis of the haplotypes showed that Tibetan, Langshan and Henan cockfight chicken had only one haplotype, while ancient haplotypes existed in Taihe silky and Chahua chicken. Phylogenetic analysis of the haplotypes suggested that Chinese native chicken breeds shared 5 maternal lineages and some breeds would share the same maternal lineage, regardless of their external features and ecological types. Both divergent and phylogenetic analysis of the haplotypes indicated the close genetic relationships between the Chinese native chicken breeds and G. g. gallus and G. g. spadiceus from different areas, which implied that G. g. gallus and G. g. spadiceus were the original ancestors of the Chinese native chicken breeds.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권1호
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• pp.9-19
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• 2014

Anisakis spp. (Nematoda: Anisakidae) parasitize a wide range of marine animals, mammals serving as the definitive host and different fish species as intermediate or paratenic hosts. In this study, 18 fish species were investigated for Anisakis infection. Katsuwonus pelamis, Euthynnus affinis, Caranx sp., and Auxis thazard were infected with high prevalence of Anisakis type I, while Cephalopholis cyanostigma and Rastrelliger kanagurta revealed low prevalence. The mean intensity of Anisakis larvae in K. pelamis and A. thazard was 49.7 and 5.6, respectively. A total of 73 Anisakis type I larvae collected from K. pelamis and A. thazard were all identified as Anisakis typica by PCR-RFLP analysis. Five specimens of Anisakis from K. pelamis and 15 specimens from A. thazard were sequenced using ITS1-5.8S-ITS2 region and 6 specimens from A. thazard and 4 specimens from K. pelamis were sequenced in mtDNA cox2 region. Alignments of the samples in the ITS region showed 2 patterns of nucleotides. The first pattern (genotype) of Anisakis from A. thazard had 100% similarity with adult A. typica from dolphins from USA, whereas the second genotype from A. thazard and K. pelamis had 4 base pairs different in ITS1 region with adult A. typica from USA. In the mtDNA cox2 regions, Anisakis type I specimens from A. thazard and K. pelamis showed similarity range from 94% to 99% with A. typica AB517571/DQ116427. The difference of 4 bp nucleotides in ITS1 regions and divergence into 2 subgroups in mtDNA cox2 indicating the existence of A. typica sibling species in the Makassar Strait.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제1권1호
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• pp.9-17
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• 2000

Genetic variation in the domestic silkworm strains (Bombyx mori) and phylogenetic relationships between domestic silkworms and wild silkworms (B. mandarina) were investigated by using a portion of mitochondrial CGI gene sequences. Ten geographic strains of B. mori we sequenced were identical in the 410 bp-section of mitochondrial COI gene. This sequence was also identical to the homologous sequence of the four Gen-Bank-registered strains, but one strain of B. mori differed a single nucleotide (0.2%) from others. MtDNA homogeneity in the B. mori strains appears to be resulted from fixation into the mast frequent mtDNA type during the course of breeding for new strains, in which an extensive indoor rearing and removal of unwanted individuals were accompanied. In the comparisons between domestic and wild silkworms, some wild silkworms were closely related to domestic silkworms (0.2%-1.2% of divergence), but the others were not (2.7%-3.7% of sequence divergence). This result was also reflected in the phylogenetic analyses, showing two independent phylogenetic groups: one including all B. mandarina sequences and the other including both B. mandarina and B. mori sequences. Thus, domestic silkworms may have been derived from the ancestor of B. mandarina, which belongs to this group, alto-ough more extensive study will provide better understanding on this issue.

• 한국패류학회지
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• 제24권1호
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• pp.73-80
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• 2008

동양달팽이의 metallothionein 유전자는 염기서열 195개로 이루어져 있으며 65개의 아미노산으로 이루어져 있었다. 연체동물의 metallothionein 서열의 공식인 C-x-C-x (3) -C-T-G-x (3) -C-x-C-x (3) -C-x-C-K에 맞춰본 결과 알려진 공식과 일치하는 것을 확인할 수 있었으며 아미노산의 조성도 시스테인 (Cys) 이 30% 이상 함유하는 사실을 확인 할 수 있었다. BLAST 결과를 토대로 선정된 72개의 참고 서열 중 아미노산 레벨에서 가장 높은 스코어로 align 되는 서열은 Helix pomatia의 CD-MT 서열이었다. Clustalx를 통해 multiple align 한 후 Neighbor-Joining method 방법에 따라 phylodendrogram을 그려본 결과 Helix pomatia, Helix aspersa, Arianta arbustorum, Megathura crenulata 등과 같은 복족류 육산패들과 같은 그룹으로 묶여지는 것을 확인 할 수 있었다. Psipred 소프트웨어를 통해 2D 구조를 비교 분석 한 결과도 multiplealignment 및 phylodendrogram와 밀접한 관계가 있음을 알 수 있었다. 이러한 결과를 통해 EST를 통해 밝혀진 동양달팽이의 MT서열은 근연종들과 매우 일치함을 알 수 있었으며 MT 서열이 분류에 사용 될 수 있음을 확인시켜 주었다.

• 한국어류학회지
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• 제32권2호
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• pp.39-48
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• 2020

가는돌고기(Pseudopungtungia tenuicorpa)는 8~10 cm 크기의 소형 잉어과 어류로 전 세계에서 한국의 한강 그리고 임진강에만 서식하는 멸종위기종이다. 가는돌고기는 국내 담수의 상위 포식자 중 하나인 꺽지 수컷이 돌보는 수정된 알이 있는 둥지에 탁란(brood parasitism)을 하거나 작은 바위에 생긴 틈에 산란을 하는 생식 행동을 보인다. 이 종의 특이한 생식 생태는 환경 파괴가 극심한 현대 사회에서 산란 장소를 더욱 제한할 가능성이 높아 특별한 관리와 보전 전략이 필요하다. 본 연구에서는 microsatellites와 mtDNA control region 유전자를 이용하여 가는돌고기의 종 보전 관리 전략에 필요한 개체군 수준의 유전적 다양성 등 기초자료를 확보하고자 하였다. 유전체 분석에서 얻어진 28개의 microsatellite 유전자들을 이용하여 한강의 3지역에서 채집된 67개체들의 유전자형을 밝혔다. 본 microsatellite 유전자 분석 결과, 가는돌고기는 일반적으로 알려진 담수어류의 microsatellite 다양성 정도를 훨씬 뛰어 넘는 높은 유전적 다양성을 보여주었고(평균 이형접합자 빈도 예측치=0.914; 유전자 당 평균 대립 인자 빈도=27.9), 개체군 감소나 inbreeding의 흔적은 나타나지 않았다. 그러나 북한강과 남한강 사이의 유전적 분화가 두드러졌다. 이런 유전적 구조는 14개 haplotype이 발견된 mtDNA 분석 결과에서도 유사하게 나타났다. 매우 좁은 지역에 서식하는 고유 멸종위기종에서 유전자 흐름의 제한 가능성이 나타났기 때문에, 장기적 측면에서 개체군들의 크기에 대한 고민이 필요하다. 추후 적응 유전적 분석 결과에서도 유사한 결과가 나타난다면, 북한강과 남한강 개체군들은 별도 관리가 이루어져야 하며, 복원 계획에도 이러한 유전적 구조에 대한 검토가 수반되어야 할 것이다.

• 한국동물학회지
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• 제31권3호
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• pp.236-242
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• 1988

한국산 담수 어류인 갈겨니(Zacco temminki)는 형태적으로 동일하거나 전기영동법에 의한 s-Mdh에 2type(MM과 MS type)이 있음을 (1987)이 주장하였으며 2type간 유전적 차이 정도를 분석한 결과 자매종으로 밝힌바 있다. 본 연구에서는 상기 결과를 토대로 2type의 mtDNA를 4개 집단에서 추출하여 11가지 제한 요소로 처리한 다음 fragment양상을 비교 분석하였다. 갈겨니 mtDNA의 전 genome크기는 약 16.7Kb였으며 frabment homolgy(F)에서 MS type 간 F값은 0.464,MM type간 F값은 0.762로 높은 값을 나타냈다. 또한 MM과 MS 이형간 평균 F값은 0.312(0.258-0.345범위)로 동형간보다 낮은 유사성을 나타내고 있다. 집단 또는 type간 nucleotide sequence divergence(p)를 산출한 결과 MS type 간의 P=0.128에 비해 동형간의 P값은 0.045로 매우 낮은 mtDNA sequece 변이를 나타내었다. 그러나 이형간인 2type평균 P값은 0.195(0.177-0.226범위)로 차이를 나타냈다. 이와 같은 2type간의 차이는 isozyme연구 분석 결과와 일치하고 있어 갈겨니 2type간의 종분화를 확신시키는 새로운 자료가 되었다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제51권4호
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• pp.365-370
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• 2012

콩과(Fabaceae) 작물 해충인 팥나방(Matsumuraeses phaseoli)과 어리팥나방(M. falcana) (나비목: 잎말이나방과)은 형태적으로 매우 유사하여 종 구별이 힘든 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSP(PCR with Sequence Specific Primers) 방법으로 두 종을 빠르고 정확하게 구별할 수 있는 판별법을 찾고자 두 종의 미토콘드리아 시토크롬 옥시다제 I(mtCOI) DNA 부분영역(439 bp)의 염기서열을 해독하였다. 그리고 다른 나방 종의 mtCOI 염기서열과 함께 나열하여 비교한 후 팥나방과 어리팥나방에서 종 특이적으로 차이가 나는 단일 뉴클레오티드를 프라이머의 3' 말단으로 하는 염기서열 특이 프라이머 조합을 만들었다. PCR 산물들을 전기영동 한 결과, 어리팥나방은 245 bp, 팥나방은 409 bp와 245 bp의 특이적 밴드 패턴을 보여 두 종을 구별할 수 있었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제56권5호
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• pp.453-461
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• 2018

The aim of this study is to delineate 'admixed hybrid' and 'introgressive' Fasciola genotypes present in the Fasciola population in Vietnam. Adult liver flukes collected from ruminants in 18 Provinces were morphologically sorted out by naked eyes for small (S), medium (M) and large (L) body shapes; and human samples (n=14) from patients. Nuclear ribosomal (rDNA) ITS1 and ITS2, and mitochondrial (mtDNA) nad1 markers were used for determination of their genetic status. Total 4,725 worm samples of ruminants were tentatively classified by their size: 6% (n=284) small (S)-, 13% (n=614) medium (M)-, and 81% (n=3,827) large (L)-forms. All the representative (n=120, as 40 each group) and 14 human specimens, possessed maternal mtDNA of only F. gigantica and none of F. hepatica. Paternally, all (100%) of the L-(n=40) and 77.5% (n=31) of the M-flukes had single F. gigantica rDNA indicating 'pure' F. gigantica. A majority (90%, n=36) of the S- and 15% (n=6) of the M-worms had single F. hepatica rDNA, indicating their introgressive; the rest (10%, n=4) of the S- and 7.5% (n=3) of the M-flukes had mixture of both F. gigantica and F. hepatica rDNAs, confirming their admixed hybrid genetic status. Fourteen human samples revealed 9 (64%) of pure F. gigantica, 3 (22%) of introgressive and 2 (14%) of admixed hybrid Fasciola spp. By the present study, it was confirmed that the small worms, which are morphologically identical with F. hepatica, are admixed and/or introgressive hybrids of Fasciola spp., and able to be the pathogens of human fascioliasis.